Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
DNA Sequencing by Hybridization (DNA SBH) adalah suatu proses pembentukan barisan nukleotida suatu rantai DNA dari kumpulan fragmen yang disebut spektrum. Spektrum tersebut diperoleh dari proses biokimia yang disebut hibridisasi. DNA SBH dapat dipandang sebagai masalah optimisasi yang dapat diselesaikan dengan menggunakan algoritma genetik. Prinsip kerja algoritma genetik berdasarkan pada teori evolusi Charles Darwin. Pada skripsi ini akan dibahas penerapan kinerja algoritma genetik pada DNA SBH. Terdapat tiga tahapan penting dalam algoritma genetik, yakni proses seleksi, crossover, dan mutasi. Jenis metode yang digunakan pada proses seleksi, crossover, dan mutasi secara berturut-turut adalah metode yang merupakan kombinasi antara roulette wheel dan deterministic, structured crossover, dan swap mutation. Kinerja algoritma genetik akan diuji dengan menggunakan data dari Gen Bank dan masalah DNA SBH yang dibuat secara acak. Selain itu juga akan dilihat pengaruh perubahan nilai probabilitas crossover (c) dan probabilitas mutasi (m) terhadap kinerja algoritma genetik untuk DNA SBH. Berdasarkan hasil percobaan diperoleh bahwa algoritma genetik cukup baik digunakan pada DNA SBH. Selain itu, perubahan nilai probabilitas crossover (c) dan probabilitas mutasi (m) ternyata mempengaruhi kinerja algoritma genetik dalam memperoleh solusi.

Abstrak :
The growth in the bioinformatics and computational biology fields over the last few years has been remarkable. The analysis of the datasets of next generation sequencing needs new algorithms and approaches from fields such as databases, statistics, Data mining, machine learning, optimization, computer science and artificial intelligence. Also systems biology has also been emerging as an alternative to the reductionist view that dominated biological research in the last decades. This book presents the results of the 6th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics held at University of Salamanca, Spain, 28-30th March, 2012 which brought together interdisciplinary scientists that have a strong background in the biological and computational sciences.

Abstrak :
Kasus chronic pulmonary aspergillosis (CPA) di Indonesia memiliki prevalensi ±83.000 penderita dengan penambahan kasus baru sebanyak 17.561 pasien dengan riwayat tuberkulosis paru-paru setiap tahunnya, disebabkan oleh kapang Aspergillus spp. Gen calmodulin (CaM) merupakan markah genetik Aspergillus yang memiliki spesifikasi sekuens tinggi untuk membedakan tiap spesies Aspergillus, namun studi mengenai profil sekuensnya pada isolat penderita CPA pasca tuberkulosis di Indonesia belum ditemukan laporannya. Penelitian ini menggunakan gen CaM untuk dianalisis sekuens DNA-nya sekaligus mengidentifikasi dan memantau spesies Aspergillus dari 31 isolat spesimen klinis pasien CPA beriwayat tuberkulosis paru-paru dari 6 rumah sakit umum di Jakarta. Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan metode PCI lalu gen CaM diamplifikasi dengan primer Cmd5 dan Cmd6, selanjutnya dilakukan sekuensing DNA. Hasil menunjukkan sekuens gen CaM Aspergillus spp. memiliki wilayah lestari dan polimorfik khas antar spesies intraseksi maupun interseksi (Nigri, Fumigati, dan Flavi). Hasil identifikasi molekuler menunjukkan spesies terdiri dari A. niger (n = 3), A. fumigatus (n = 17), A. flavus (n = 4), A. tubingensis (n = 2), A. welwitschiae (n = 2), A. tamarii (n = 2), dan A. brunneoviolaceus (n = 1). Spesies A. welwitschiae dan A. tamarii dikonfirmasi menjadi salah satu spesies kriptik penyebab CPA pada pasien beriwayat tuberkulosis paru-paru di Jakarta, Indonesia. ......The number of chronic pulmonary aspergillosis (CPA) cases in Indonesia reached a prevalence number ±83.000 patients with increasing rate of 17.561 patients with lung tuberculosis medical history each year, caused by Aspergillus fungi. Calmodulin (CaM) gene is a biomarker for Aspergillus which has high sequence specifity to distinguish among species within the group, however a report to characterize its sequence profile on post-tuberculosis CPA isolates in Indonesia has not yet been found. The aims of this research are to conduct sequence analysis on Aspergillus CaM genes, also to identify and monitor the species from 31 isolates of post-tuberculosis CPA patient’s clinical specimens obtained from 6 public hospital in Jakarta. The results showed that CaM gene from Aspergillus spp. have unique conserved and polymorphic regions both intra/intersectionally (among Nigri, Fumigati, and Flavi) within the genus. The molecular identification results revealed a species consisiting A. niger (n = 3), A. fumigatus (n = 17), A. flavus (n = 4), A. tubingensis (n = 2), A. welwitschiae (n = 2), A. tamarii (n = 2), and A. brunneoviolaceus (n = 1). A. welwitschiae and A. tamarii are confirmed to be one of cryptic species responsible for causing human post-tuberculosis CPA in Jakarta, Indonesia.

Abstrak :
Transmedia storytelling merupakan sebuah narasi fiksi bersifat interaktif yang terjadi di berbagai platform media. Sejumlah perusahaan menerapkan transmedia storytelling dalam strategi brandingnya. Salah satunya adalah The LEGO Group melalui seri The LEGO Movie. Studi ini bertujuan untuk menganalisis penerapan transmedia storytelling dalam The LEGO Movie dengan analisis sequence dan analisis tujuh prinsip transmedia storytelling. Metode yang digunakan dalam studi ini adalah desk study dengan mengumpulkan sejumlah data sekunder yang relevan. Analisis sequence memperlihatkan rangkaian media yang digunakan dalam The LEGO Movie dan bagaimana kaitan antar medianya. Dalam analisis tujuh prinsip transmedia storytelling, penulis membahas unsur-unsur dalam seri The LEGO Movie yang dapat menjelaskan ketujuh prinsip tersebut. Adapun prinsip transmedia storytelling menurut Jenkins (2010) antara lain Spreadability vs. Drillability, Continuity vs. Multiplicity, Immersion vs. Extractability, Worldbuilding, Seriality, Subjectivity, dan Performance. Sebagai hasil, seri The LEGO Movie dapat mengimplementasikan seluruh prinsip transmedia storytelling tersebut. Dengan dua prinsip yang paling menonjol yaitu Immersion vs Extractability dan Performance.

---

Transmedia storytelling is an interactive fictional narrative that occurs on multiple media platforms. Several companies have implemented transmedia storytelling in their branding strategies. One of these companies is The LEGO Group through The LEGO Movie franchise. This study aims to analyze the implementation of transmedia storytelling in The LEGO Movie through sequence analysis and analysis of the seven principles of transmedia storytelling. The method used in this study is desk study with some secondary data collected. Sequence analysis shows all the media used in The LEGO Movie and the connection between them. In analyzing the seven principles of transmedia storytelling, the author examines the elements in the LEGO Movie that can explain the seven principles. According to Jenkins (2010), seven principles of transmedia storytelling are Spreadability vs. Drillability, Continuity vs. Multiplicity, Immersion vs. Extractability, Worldbuilding, Seriality, Subjectivity, and Performance. The results show that The LEGO Movie can implement all of the seven principles of transmedia storytelling, with two most significant principles that are Immersion vs Extractability and Performance.

Abstrak :
Dengan tersedianya data genom berupa sekuen DNA pada domain publik, banyak peneliti dari berbagai lintas bidang yang memfokuskan penelitian mereka dalam studi genom untuk analisa ekstrasi informasi dan analisa data. Penelitian pada sekuen DNA dilakukan dengan menggunakan metode pengolahan signal digital disebut dengan Genomic Signal Processing (GSP). GSP dapat digunakan untuk mendiagnosis penyakit genetik yang muncul karena mutasi pada sekuen DNA, seperti kanker. Saat ini, kanker menduduki peringkat kedua sebagai penyebab kematian di dunia. Pada tingkat yang paling mendasar, kanker adalah penyakit DNA, dimana perubahan sekuen DNA dan molekul yang berinteraksi dengan DNA pada akhirnya menyebabkan profilerasi sel yng tidak terkendali. Pada skripsi ini, akan dilakukan simulasi untuk membandingkan tranformasi fourier dengan transformasi wavelet dalam mendeteksi kanker. Perancangan diawali dengan mengkonversi sekuen DNA menjadi sekuen numerik menggunakan binary sequence method. Selanjutnya,transformasi fourier / wavelet digunakan untuk menganalisa karakteristik spektral dan IIR Low Pass Filter Butterworth digunakan untuk meningkatkan akurasi dengan menekan noise. Berdasarkan simulasi, diperoleh bahwa transformasi wavelet dapat digunakan untuk mendeteksi kanker melalui analisa sekuen DNA dimana wavelet ortogonal memberikan hasil lebih baik daripada biortogonal. Dibandingkan transformasi fourier, transformasi wavelet memiliki performa yang lebih baik dalam mendeteksi sel kanker. ...... With the enormous amount of genomic data of DNA sequence available in the public domain, many researcher from various cross fields have concentrated their research in genomic study for information extraction and data analysis technique that is used to analyze DNA sequences using Digital Signal Processing (DSP) is Genomic Signal Processing (GSP). GSP can be used to diagnose genetic diseases that appear due to mutations in DNA sequences, such as cancer. Cancer is the second leading disease that cause of death in the world. Cancer is the disease of DNA because a permanent change in the DNA can develop cancer cells. This thesis will design a simulation to compare between fourier transformation and wavelet transformation for cancer detection. The design begins by converting the DNA sequence into numerical sequences using binary sequence method. Furthermore, the fourier/wavelet transform is used to analyze the spectral characteristics of DNA sequence and IIR Butterworth Low Pass Filter is used to improve the accuracy in predicting and identifying cancer cells. The result of simulation shows that wavelet transform can be used to detect a cancer through DNA sequence analysis. Wavelet transform shows the better performance than fourier transformation. In wavelet transform, orthogonal wavelet give better result that biorthogonal wavelet.