Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"DNA polimerase memiliki peran yang penting untuk memperbanyak DNA target dalam proses Polymerase Chain Reaction (PCR). Proses PCR dilakukan dalam suhu tinggi, sehingga DNA polimerase termostabil yang tidak terdenaturasi dalam suhu tinggi lebih disukai. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan isolasi dan kloning sekuens DNA polimerase termostabil dari Geobacillus thermoleovorans strain SGAir0734 dari pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten. Sekuens utuh DNA polimerase tersebut (2637 bp) digunakan sebagai dasar pembuatan sekuens parsialnya (1737 bp) dengan menghilangkan bagian eksonuklease. DNA polimerase sekuens parsial memiliki keunggulan dapat memproses PCR dengan lebih cepat. Pada penelitian ini, akan dilakukan optimisasi produksi sekuens parsial dari DNA polimerase termostabil rekombinan dari Geobacillus thermoleovoran strain SGAir0734 (GBK Pol Sekuens parsial). Gen GBK Pol Sekuens parsial dimasukkan ke dalam plasmid pET-15b. Plasmid tersebut ditransformasikan ke dalam Escherichia coli BL21. Escherichia coli dikultur dan protein diekspresikan dengan IPTG sebagai zat penginduksi. GBK Pol sekuens parsial ini kemudian dipanaskan dan lanjut ke purifikasi dengan metode Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) menggunakan kolom His-Trap. GBK Pol sekuens parsial yang sudah berhasil dipurifikasi diuji dengan uji SDS-PAGE dan uji Lowry. Uji SDS PAGE menunjukkan bahwa ukuran protein yang didapatkan berkisar pada 58,1 kDa. Pada penelitian ini didapatkan konsentrasi GBK Pol sekuens parsial paling banyak dipurifikasi dari sampel hasil pemanasan dengan variasi inoculum 20 mL dan suhu pemanasan 60℃, yaitu sekitar 343,931 µg/ml.

---

DNA polymerase has an important role to amplify target DNA in the Polymerase Chain Reaction (PCR) process. PCR is carried out at a high temperature, so thermostable DNA polymerase which is undenatured at high temperatures is preferred. In previous study, thermostable DNA polymerase from Geobacillus thermoleovorans strain SGAir0734 from Batu Kuwung hot springs, Serang, Banten has been isolated and cloned. The full sequence of DNA polymerase (2637 bp) was used as the basis for making the partial sequence (1737 bp) by removing the exonuclease region. The advantage of partial sequence DNA polymerase is that it can process PCR more quickly. In this study, optimization of the production and purification of partial sequences of thermostable recombinant DNA polymerase from Geobacillus thermoleovorans strain SGAir0734 (GBK Pol Partial sequence) will be carried out. GBK Pol Partial sequence gene was inserted into plasmid pET-15b. The plasmid was transformed into Escherichia coli BL-12. Escherichia coli are cultured, and proteins are expressed by adding IPTG as an inducing agent. The GBK Pol partial sequence will be heated and then proceed to purification by Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) method using His-Trap column. GBK Pol Partial sequence that has been successfully purified is tested using SDS-PAGE and Lowry test. In this study, the SDS PAGE test showed that the protein size was in the range of 58,1 kDa. The concentration of GBK Pol partial sequence was found to be the most purified from the heating sample with variation of 20 mL inoculum and heating temperature of 60℃, which was around 343,931 µg/ml."

"DNA Polimerase merupakan enzim sintesis DNA yang dimanfaatkan dalam metode amplifikasi DNA Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk deteksi penyakit. Proses PCR dilakukan pada suhu tinggi dan memungkinkan terjadinya denaturasi enzim, sehingga diperlukan DNA polimerase yang termostabil dari bakteri termofilik. Penggunaan PCR yang meningkat mengakibatkan akibat masa pandemi mengakibatkan harga enzim tinggi. Sampai saat ini Indonesia masih menggunakan DNA polimerase dari impor sehingga menyebabkan tingginya biaya operasi. Di sisi lain, Indonesia memiliki potensi besar dalam pemanfaatan bakteri termofilik alami sehingga memungkinkan dilakukannya produksi DNA polimerase dari bakteri termofilik lokal seperti Geobacillus thermoleovorans strain SGAir0734 (GBK Pol) yang diisolasi dari sumber air panas Batu Kuwung, Banten. Sebelumnya, GBK Pol telah berhasil diproduksi pada skala laboratorium dalam flask 1000 ml. Pada penelitian ini, GBK Pol sekuens utuh diproduksi pada dalam flask yang diisi 50 ml, 100 ml, dan 250 ml serta pada skala bench menggunakan fermentor dengan volume kerja 3000 ml. GBK Pol berhasil dipurifikasi menggunakan metode immobilized metal affinity chromatography (IMAC), kemudian diuji menggunakan SDS-PAGE dan menghasilkan protein GBK Pol pada ±50 kDa. Kondisi optimum kultur pada fermentor mencakup: induksi IPTG pada jam ke-2 setelah kultur dan inkubasi setelah induksi selama 3 jam.

---

DNA polymerase is a DNA synthesis enzyme that is utilized in DNA polymerase chain reaction (PCR) amplification method for disease detection. PCR process is carried out at high temperatures which allows denaturation of the enzyme, therefore, a thermostable DNA polymerase from thermophilic bacteria is required. The increased usage of PCR after the pandemic resulting in high enzyme prices. Until now, Indonesia still uses DNA polymerase from imports, causing high operating costs. On the other hand, Indonesia has great potential in utilizing naturally occurring thermophilic bacteria to produce DNA polymerase from local source such as the Geobacillus thermoleovorans strain SGAir0734 (GBK Pol) isolated from Batu Kuwung hot springs, Banten. Previously, GBK Pol had been successfully produced on a laboratory scale in 1000 ml flasks. In this study, a full sequence GBK Pol was produced with working volume of 50 ml, 100 ml and 250 ml in flasks and 3000 ml in a fermenter. GBK Pol was successfully purified using the immobilized metal affinity chromatography (IMAC) method, and tested using SDS-PAGE, resulting in GBK Pol protein at ±50 kDa. The optimum conditions for culture on the fermentor were as follows: induction of IPTG after 2 hours and 3 hours incubation after induction."

"DNA polimerase merupakan sebuah enzim yang memiliki aplikasi luas dalam dunia bioteknologi. Peran DNA polimerase dalam sintesis DNA membuat DNA polimerase sebuah reagen yang sering digunakan pada berbagai metode amplifikasi DNA. Proses sintesis DNA pada metode-metode tersebut menggunakan suhu tinggi, sehingga dibutuhkan DNA polimerase yang tidak terdenaturasi pada suhu tinggi atau dengan kata lain termostabil. Salah satu sumber DNA polimerase termostabil adalah bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans Strain SGAir0734 (GBK Pol) yang diisolasi dari mata air panas Batu Kuwung, Banten, Indonesia. Pada penelitian sebelumnya, telah diuji coba produksi dari GBK Pol dengan suhu purifikasi pada rentang 60 – 80℃ dimana diduga terjadi denaturasi dari enzim. Maka dari itu, pada penelitian ini dilakukan purifikasi GBK Pol sekuens utuh dan parsial dengan metode immobilized metal affinity chromatography (IMAC) dengan rentang suhu 40 – 60℃ dan uji aktivitas amplifikasi DNA dengan metode loop mediated isothermal amplification (LAMP) dengan rentang suhu 25 – 60℃. Hasil uji Lowry menunjukkan bahwa pemanasan 60℃ menghasilkan GBK pol dengan konsentrasi tertinggi, yaitu sekitar 134 µg/ml untuk plasmid sekuens utuh. GBK pol hasil purifikasi kemudian diuji aktivitasnya dengan LAMP, dimana reaksi pada suhu 40℃ selama 2 jam menghasilkan pita yang jelas pada elektroforesis dan menghasilkan konsentrasi DNA tertinggi. GBK pol dari hasil purifikasi dengan pemanasan 60℃ menghasilkan konsentrasi DNA tertinggi pada LAMP suhu 40℃ baik untuk sekuens parsial dan utuh.

---

DNA polymerase is an enzyme that has a wide application in the world of biotechnology. DNA Polymerase’s role in synthesizing DNA makes DNA polymerase a favorable reagent in various DNA amplification methods. The synthesis process in these methods is done in high temperatures, thus a DNA polymerase that won’t experience denaturation in high temperatures, or in other words thermostable, is needed. One source of thermostable DNA polymerase is the thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans Strain SGAir0734 (dubbed GBK Pol) that has been isolated from Batu Kuwung hot springs, Banten, Indonesia. In the previous study, a production trial of GBK pol has been carried out with purification temperatures that range between 60 – 80℃, where denaturation of the enzyme is suspected to have happened. As such, in this study, lower temperatures of 40 – 60℃ are employed in the purification of GBK Pol with immobilized metal affinity chromatography (IMAC) as well as in the activity study with loop mediated isothermal amplification (LAMP) with reaction temperatures of 25 – 60℃. The Lowry assay results show that the highest GBK pol concentration is achieved with 60℃ heat treatment, with a concentration of around 134 µg/ml for full sequence plasmid. Purified GBK pol are then tested with LAMP, where isothermal amplification at 40℃ for 2 hours resulted in the clearest bands during gel electrophoresis as well as highest concentrations of DNA. The highest concentration of DNA is achieved from GBK pol with 60℃ heat treatment, suggesting that 60℃ is the optimal temperature for purification."

"Indonesia memiliki ketergantungan terhadap impor kit untuk Polymerase Chain Reaction (PCR). Salah satu komponen krusial dalam PCR adalah DNA polimerase termostabil. Hal ini tidak sebanding dengan Indonesia yang terletak pada Ring of Fire, dimana Indonesia memiliki potensi ekosistem geothermal yang besar sebagai habitat bakteri termofilik penghasil DNA polimerase termostabil. Gen DNA pol I lokal dari Geobacillus thermoleovorans Batu Kuwung, Banten, telah berhasil dikloning pada plasmid pET-15b dan ditransformasikan pada Escherichia coli BL21. Meskipun GBK pol memiliki peran yang sangat penting dalam amplifikasi isothermal yang menjadikannya dapat diaplikasikan dalam PCR, untuk dapat memproduksi GBK pol secara komersil masih dinilai kurang layak secara ekonomi. Penelitian yang telah dilakukan untuk GBK pol masih memiliki keterbatasan dalam optimalisasi dan produksi scale-up. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan optimasi kondisi ekspresi seperti: kecepatan agitasi, waktu inkubasi setelah induksi, volume kerja dan peningkatan skala produksi pada 7,5 L bioreaktor untuk meningkatkan efisiensi, produksi dan ekspresi. Pada penelitian ini didapatkan kondisi optimum pada kecepatan agitasi 200 rpm, waktu inkubasi setelah induksi 4 jam dan 20% volume kerja. Selain itu, pada penelitian ini berhasil dilakukan produksi GBK pol pada 7,5 L bioreaktor dan menghasilkan konsentrasi protein tertinggi sebesar 0,042 µg/µL dengan waktu optimum untuk inkubasi setelah induksi selama 3 jam.

---

Indonesia relies on imported kits for Polymerase Chain Reaction (PCR). In fact, one of the crucial components in PCR is thermostable DNA polymerase. This is not comparable to Indonesia’s potential which is located on the Ring of Fire. Consequently, Indonesia holds the potential for a large geothermal ecosystem which serves as a habitat for thermophilic bacteria capable of producing thermostable DNA polymerase. The local DNA pol I gene from Geobacillus thermoleovorans Batu Kuwung, Banten, has been successfully cloned into the plasmid pET-15b and transformed into Escherichia coli K pol in isothermal amplification, making it applicable for PCR, the commercial production of GBK pol is still considered economically unfeasible. The research conducted for GBK pol still has limitations in optimization and scale-up production. Therefore, in this study optimization of expression conditions was carried out, including the speed of agitation, post-induction incubation time, working volume and scale-up production at 7,5 L bioreactor to increase efficiency, production, and expression. In this study, the optimum conditions were obtained at an agitation speed of 200 rpm, a post-induction incubation time of 4 hours and 20% working volume. Furthermore, the production of GBK pol was successfully carried out in a 7.5 L bioreactor, resulting in the highest protein concentration of 0.042 µg/µL with the optimum post-induction incubation time for 3 hours."

"DNA polimerase adalah enzim sintesis molekul DNA dari deoksiribonukleotida yang digunakan untuk replikasi DNA dengan potensi aplikasi yang luas. Indonesia sebagai negara pada jalur “Ring of Fire” memiliki banyak gunung vulkanik dan mata air panas yang menyimpan bakteri termofilik dengan potensi DNA polimerase termostabil. Dari penelitian eksplorasi bakteri termofilik di Indonesia, terdapat berbagai macam spesies yang berhasil diisolasi dan dikarakterisasi, salah satunya Geobacillus thermoleovorans SGAir0734 (GBK Pol). Sampel GBK Pol berhasil diisolasi dari mata air panas Batu Kuwung, Serang, Indonesia. Untuk itu, dilakukan uji coba produksi GBK Pol dengan purifikasi metode IMAC (Immobilized Metal Affinity Chromatography) menggunakan Fast Flow Chelating Column untuk menguji pengaruh kondisi kultur pada produksi. Hasil purifikasi menunjukkan GBK Pol terdeteksi dengan berat massa 69 kDa dan berhasil terekspresi secara optimal pada konsentrasi IPTG 0,5 mM serta suhu pemanasan 80 °C. Hal ini menunjukkan bahwa GBK Pol berhasil diproduksi dengan metode IMAC.

---

DNA polymerase is a DNA synthesis enzyme that used for DNA replication process with various application potential. Indonesia as one of the countries located on “Ring of Fire” inherits numerous volcanoes and hot springs containing thermophiles that possess thermostable DNA polymerases. From the past several thermophiles exploration studies Indonesia, there are a few thermophiles species that had isolated and characterized, including Geobacillus thermoleovorans SGAir0734 (GBK Pol). GBK Pol sample has isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Indonesia. In order to proceed the development, a GBK Pol production test is conducted with IMAC (Immobilized Metal Affinity Chromatography) purification method using Fast Flow Chelating Column to determine the culture condition impacts on the DNA pol product. The result shows that GBK Pol is detected with molecular weight of 69 kDa and optimally expressed with IPTG concentration of 0,5 mM and heating temperature of 80 °C. This finding indicates that GBK Pol is successfully produced with IMAC method."

"DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli."

"Pada pandemi COVID-19 diagnostik berbasis amplifikasi DNA dijadikan sebagai gold standard. Hal tersebut menyebabkan meningkatnya permintaan terhadap instrumentasi dan reagen amplifikasi DNA kedepannya. Indonesia, tidak memproduksi instrumentasi dan reagent secara lokal, sehingga bergantung pada impor. Hal tersebut mengkahwatirkan secara logistik dan ketahan industri domestik kedepannya. Dibutuhkan upaya mandri memproduksi instrumentasi dan reagent domestik. Sehingga dikembangkan prototipe thermocycler berbasis bahasa Phyton dan ditemukannya DNA pol lokal dari Geobacillus thermoleovorans SgAir0734 dari Batu Kuwung Banten (GBK pol). Prototipe thermocycler sebelumnya sudah dilakukan simulasi panas namun belum dilaksanakan uji coba untuk melakukan diagnostik berbasis amplifikasi DNA. GBK pol memiliki dua bentuk full (878 asam amino) dan parsial (578 AA), full memiliki bagian proofreading, baru ditemukan sekuens dan dikloning namun belum dilaksanakan uji coba aktivitasnya. Sehingga pada skripsi ini akan dicoba metode diagnostik berbasi polymerase chain reaction (PCR) dan loop-mediated isothermal amplification (LAMP) menggunakan prototipe thermocycler dan GBK pol. PCR merupakn metopde paling umum diagnostik berbasis amplifikasi DNA. Sedangkan LAMP memiliki keunggulan waktu lebih singkat dan beroperasi pada suhu lebih rendah. Enzim dari genus bacillus/geobacillus cenderung memiliki strand displacement activity (SDA) tinggi dan digunakan pada LAMP. Dikarenakan prototipe thermocycler dirancang sesederhana dan semurah mungkin untuk memudahkan manufaktur dan akses ke seluruh lapisan masyarakat. Sistem kendali panas prototipe tidak sebaik thermocyler komersil, terjadi resonansi suhu yang fluktuatif dari set-point. Sehingga prototipe belum bisa digunakan pada proses PCR, tidak ditemukan pita DNA di rentang 250-500 bp pada gel elektroforesis. Namun prototipe berhasil pada proses LAMP, dengan menunjukan pita DNA bergradien <100 bp pada gel elektroforesis. Prototipe juga dapat melakukan proses LAMP dibawah suhu dan waktu protokol, 62◦C dan 40 menit dibandingkan 66◦C dan 60 menit pada protokol. Dari empat sampel GBK pol : parsial puncak 1, parsial puncak 2, full peak , dan full peak 2 tidak dapat berekasi secara PCR baik dengan konsentrasi 200 dan 400ng. Sedangkan pada proses LAMP pada suhu 62 dan 66◦C selama 1 jam semua sampel tidak bereaksi. Sedangkan, pada suhu 58◦C dan 2 jam ditemukan aktivitas pada sampel GBK pol full puncak 2.

---

COVID-19 pandemic causes DNA amplification-based diagnostic as a gold standard. Thus, increasing the demand for instrumentation and amplification reagents locally, hence increasing import. It is a worrying state in terms of logistics and the future domestic market. An effort to produce domestic instrumentations and amplification reagents is a must. Previously a thermocycler prototype using Phyton as its software is constructed and the discovery of local DNA pol from Geobacillus thermoleovorans SgAir0734 from Batu Kuwung Banten (GBK pol). Thermocycler prototype heat profile has previously been tested but never put on a real test for DNA amplification diagnostic. Full (878 amino acid) and partial (578 amino acid) GBK pol, with full has proofreading region, is successfully sequenced and cloned, but its activity has not been tested. Thus in this thesis, both thermocycler prototype and GBK pol both tested for polymerase chain reaction (PCR) and loop-mediated isothermal amplification (LAMP) diagnostic. PCR is the most and more common method than LAMP. LAMP has a quicker reaction time and require lower temperature. DNA pol from the genus geobacillus/bacillus has high strand displacement activity (SDA) which are commonly used for LAMP. Since the prototype thermocycler is designed to be as simple and inexpensive as possible for ease of manufacture and accessibility for every layer of society. Hence, its thermal control is not as good as a commercial thermocycler, with huge temperature fluctuation resonance from its set-point. That causes prototype capability of performing PCR, no DNA band at 250-500 bp range in gel electrophoresis. However, the prototype is capable of performing LAMP, existing <100 bp DNA gradient band in gel electrophoresis. The prototype also capable of perform LAMP below its protocol temperature and time, 62◦C and 40 minutes compared to the protocol of 66◦C and 60 minutes. Four samples of GBK pol : partial peak 1, partial peak 2, full peak 1, and full peak 2 there are no PCR reactions with 200 and 400 ng. The same with the LAMP process for 1 hour at 62 and 66◦C. However GBK pol full peak 2 reacted in 58◦C for 2 hours"

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan memperoleh identitas dua isolat bakteri termofilik dari geiser. Isolat LC2-23 diperoleh dari serasah pada geiser di Cisolok, Jawa Barat, Indonesia, dan isolat RKB-2 diperoleh dari serasah pada geiser di Onikobe, Miyagi, Jepang.!!Identifikasi dilakukan berdasarkan gabungan data fenotipik dan genotipik. Berdasarkan karakterisasi fenotipik, isolat LC2-23 memiliki sel berbentuk batang; menghasilkan endospora; motil; gram positif; bersifat aerob dan fakultatif aerob; mampu tumbuh pada suhu 60 oC, sedangkan suhu optimum pertumbuhan 50 oC. Berdasarkan karakterisasi genotipik, data full sequence gen 16S rRNA isolat LC2-23 memiliki homologi 99,1% terhadap Brevibacillus agri. Berdasarkan data fenotipik dan genotipik, isolat LC2-23 diidentifikasi sebagai Brevibacillus agri (Family Paenibacillaceae, Order Bacillales, Class Bacilli, Phylum Firmicutes). Berdasarkan karakterisasi fenotipik, isolat RKB-2 membentuk miselium vegetatif dan aerial yang bercabang; menghasilkan spora aerial; gram positif; bersifat aerob; mampu tumbuh pada suhu 60 oC, sedangkan suhu optimum pertumbuhan 50 oC. Berdasarkan karakterisasi genotipik, data full sequence gen 16S rRNA isolat RKB-2 memiliki homologi yang rendah, yaitu 98,4% terhadap spesies terdekatnya, Thermosporothrix hazakensis (Family Thermosporotrichaceae, Order Ktedonobacteriales, Class Ktedonobacteria, Phylum Chloroflexi). Hasil analisis filogenetik menunjukkan posisi isolat RKB-2 terpisah dari T. hazakensis. Data kemotaksonomi (komposisi asam lemak) dan hasil analisis proteomik menggunakan MALDI-TOF MS mendukung perbedaan antara isolat RKB-2 dan T. hazakensis. Berdasarkan perbedaan tersebut isolat RKB-2 diidentifikasi sebagai spesies baru dari Thermosporothrix. Untuk pengajuan nama spesies baru diperlukan data hibridisasi DNA-DNA antara isolat RKB-2 dengan T. hazakensis.

---

This research was aimed to identify two bacterial isolates obtained from geysers. Strain LC2-23 was isolated from litters on a geyser in Cisolok, West Java, Indonesia, and isolate RKB-2 was obtained from litters on a geyser in Onikobe, Miyagi Prefecture, Japan. Identification of bacteria was based on integrated data of phenotypic and genotypic characterizations. Based on phenotypic characterizations of isolate LC2-23: it has a rod (bacilli)-shaped cells, forms endospores; gram positive; motile; aerobic, and able to grow up to a temperature of 60 oC. Based on genotypic characterizations of isolate LC2-23: the full sequence of genes 16S rRNA shows 99.1% sequence homology to Brevibacillus agri. Based on phenotypic and genotypic data, isolate LC2-23 can be identified as Brevibacillus agri (Family Paenibacillaceae, Order Bacillales, Class Bacilli, Phylum Firmicutes). Based on phenotypic characterizations of isolate RKB-2: vegetative and branching aerial mycelia forms, gram positive, aerobic, and able to grow up to a temperature of 60 oC. Based on genotypic characterizations of isolate RKB-2: the full sequence of 16S rRNA gene of isolate RKB-2 showed low homology (98.4%) to Thermosporothrix hazakensis (Family Thermosporotrichaceae, Order Ktedonobacteriales, Class Ktedonobacteria, Phylum Chloroflexi). Phylogenetic analysis showed the isolate RKB-2 was distinct from cluster of Thermosporothrix hazakensis and Ktedonobacteria bacterium. The genotypic and phylogenetic data, plus chemotaxonomic and proteomic analysis using MALDI-TOF MS, suggest that isolate RKB-2 represent novel species of the genus Thermosporothrix. The DNA-DNA hibridization data is needed for proposal of new species."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian : Sindrom Down (SiD) merupakan suatu kelainan genetik yang paling sering dijumpai yang menyebabkan retardasi mental. SiD disebabkan oleh kelainan jumlah kromosom atau aberasi numerik yaitu trisomi 21 sehingga penderita mempunyai susunan kromosom 47,XX,+21 atau 47,XY,+21. Trisomi kromosom'21 disebabkan oleh proses gagal pisah ('nondisjunction') yang dapat terjadi baik pada ibu (75-80%) maupun pada ayah (20-25%). Beberapa studi yang berusaha mengungkap sebab-sebab atau etiologi dari gagal pisah telah dilakukan, namun penyebab gagal pisah kromosom 21 masih tetap banyak yang belum diketahui. Kemungkinan bahwa banyak faktor atau mekanisme turut berperan. Penelitian genetika molekuler ini bertujuan untuk melihat polimorfisme panjang fragmen restriksi (RFLP) DNA satelit alfa daerah sentromer kromosom 13/21 (D13Z1/D21Z1) yang mungkin berhubungan dengan proses terjadinya gagal pisah pada trisomi 21 yang menyebabkan SiD. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah Blot Southern dengan menggunakan enzim restriksi EcoRI dan Xba I. Hasil dan Kesimpulan : 1. Dengan menggunakan enzim restriksi EcoRI dan pelacak DNA satelit alfa kromosom 13/21 (D13Z1/D21Z1) terdapat polimorfisme (RFLP) yang tidak spesifik pada wanita yang mempunyai anak SiD. RFLP terdapat pada fragmen 850, 1190, 1360 dan 1870 pb. 2. Dengan menggunakan enzim restriksi Xba I dan pelacak DNA satelit alfa kromosom 13/21 (D13Z1/D21Z1) tidak terdapat polimorfisme (RFLP) baik pada wanita yang mempunyai anak SiD maupun pada wanita pembanding. Hibridisasi menghasilkan 8 fragmen yang seragam pada semua individu yang diperiksa dengan ukuran: 0,7 ; 0,9 ; 1.0 ; 1,2 ; 1,4 ; 1,5 ; 1,7 dan 1,9 kb. Hal ini berarti bahwa dengan menggunakan enzim Xba I, polimorfisme DNA satelit alfa kromosom 13/21 tidak terdeteksi."

"Eksplorasi bakteri termofilik di Indonesia sangat penting untuk berbagai aplikasi industri. Penelitian ini bertujuan untuk identifikasi Gen 16S-rRNA dari bakteri termofilik yang terdapat di Mata Air Panas Cisolong, Banten. Ekstraksi dilakukan dengan dua metode yaitu komersial GeneAll® Exgene™ dan LOC ChipGenie® Edition P. Hingga saat ini, belum ada yang melakukan identifikasi bakteri dari mata air panas dengan menggunakan LOC untuk purifikasi DNA. Oleh karena itu, dalam penelitian ini dilakukan pengujian identifikasi bakteri dengan membandingkan kedua metode. Harapan kedepannya LOC dapat membantu purifikasi DNA secara langsung sehingga mempermudah identifikasi tanpa perlu di laboratorium.Penelitian selanjutnya juga akan dilakukan reverse engineering sehingga dapat membuat LOC sendiri. Variabel yang diujikan adalah hasil kemurnian, konsentrasi template DNA, dan identifikasi jenis bakteri. Purifikasi dilakukan dengan variasi jumlah kultur bakteri berdasarkan absorbansi agar dapat mengetahui jumlah bakteri optimum untuk LOC. Didapatkan hasil bahwa bakteri berhasil dipurifikasi menggunakan LOC pada variasi waktu kultur 4 dan 28 jam. Konsentrasi template DNA bakteri yang dihasilkan LOC juga baik dan dapat bersaing dengan kit komersial. Hasil PCR didapatkan bakteri sumber berada pada 1518 bp dan bakteri kolam 1422 bp. Bakteri berhasil diidentifikasi dengan BLAST dan berdasarkan pohon filogenetik, hubungan terdekat bakteri sumber yaitu Geobacillus kaustophilus strain BGSC 90A1 dan bakteri kolam yaitu Geobacillus thermoleovorans strain V0 chromosome.

---

Exploration of thermophilic bacteria in Indonesia is important for various industrial applications. This study aims to identify the 16S-rRNA gene from thermophilic bacteria found in Cisolong Hot Springs, Banten. Extraction was carried out by two methods, namely GeneAll® Exgene™ commercial kit and LOC ChipGenie® Edition P. To date, there has not yet been bacteria identification from hot springs using LOC for DNA purification. Therefore, in this study, a bacterial identification test carried out by comparing the two methods. The hope of this research is that in the future, LOC can be directly implemented in DNA purification, making it easier to identify without the need for laboratory procedures. In future research, reverse engineering will also be carried out so that we can make our own LOC. The variables tested were the results of DNA purity, templates concentration, and identification of the type of bacteria. Purification was also carried out by varying the number of bacterial cultures based on absorbance in order to determine the optimum number of bacteria for LOC. It was found that the bacteria were successfully purified using LOC at 4 and 28 hours of culture. The concentration yield of LOC is good and can compete with commercial kits. From the PCR results, it was found that the source bacteria were at 1518 bp and the pool bacteria at 1422 bp. Bacteria were identified by BLAST and based on the phylogenetic tree, the closest relationship to the source bacteria is Geobacillus kaustophilus strain BGSC 90A1 and the pool bacteria is Geobacillus thermolevorans strain V0 chromosome."