Pada pandemi COVID-19 diagnostik berbasis amplifikasi DNA dijadikan sebagai gold standard. Hal tersebut menyebabkan meningkatnya permintaan terhadap instrumentasi dan reagen amplifikasi DNA kedepannya. Indonesia, tidak memproduksi instrumentasi dan reagent secara lokal, sehingga bergantung pada impor. Hal tersebut mengkahwatirkan secara logistik dan ketahan industri domestik kedepannya. Dibutuhkan upaya mandri memproduksi instrumentasi dan reagent domestik. Sehingga dikembangkan prototipe thermocycler berbasis bahasa Phyton dan ditemukannya DNA pol lokal dari Geobacillus thermoleovorans SgAir0734 dari Batu Kuwung Banten (GBK pol). Prototipe thermocycler sebelumnya sudah dilakukan simulasi panas namun belum dilaksanakan uji coba untuk melakukan diagnostik berbasis amplifikasi DNA. GBK pol memiliki dua bentuk full (878 asam amino) dan parsial (578 AA), full memiliki bagian proofreading, baru ditemukan sekuens dan dikloning namun belum dilaksanakan uji coba aktivitasnya. Sehingga pada skripsi ini akan dicoba metode diagnostik berbasi polymerase chain reaction (PCR) dan loop-mediated isothermal amplification (LAMP) menggunakan prototipe thermocycler dan GBK pol. PCR merupakn metopde paling umum diagnostik berbasis amplifikasi DNA. Sedangkan LAMP memiliki keunggulan waktu lebih singkat dan beroperasi pada suhu lebih rendah. Enzim dari genus bacillus/geobacillus cenderung memiliki strand displacement activity (SDA) tinggi dan digunakan pada LAMP. Dikarenakan prototipe thermocycler dirancang sesederhana dan semurah mungkin untuk memudahkan manufaktur dan akses ke seluruh lapisan masyarakat. Sistem kendali panas prototipe tidak sebaik thermocyler komersil, terjadi resonansi suhu yang fluktuatif dari set-point. Sehingga prototipe belum bisa digunakan pada proses PCR, tidak ditemukan pita DNA di rentang 250-500 bp pada gel elektroforesis. Namun prototipe berhasil pada proses LAMP, dengan menunjukan pita DNA bergradien <100 bp pada gel elektroforesis. Prototipe juga dapat melakukan proses LAMP dibawah suhu dan waktu protokol, 62◦C dan 40 menit dibandingkan 66◦C dan 60 menit pada protokol. Dari empat sampel GBK pol : parsial puncak 1, parsial puncak 2, full peak , dan full peak 2 tidak dapat berekasi secara PCR baik dengan konsentrasi 200 dan 400ng. Sedangkan pada proses LAMP pada suhu 62 dan 66◦C selama 1 jam semua sampel tidak bereaksi. Sedangkan, pada suhu 58◦C dan 2 jam ditemukan aktivitas pada sampel GBK pol full puncak 2.

---

COVID-19 pandemic causes DNA amplification-based diagnostic as a gold standard. Thus, increasing the demand for instrumentation and amplification reagents locally, hence increasing import. It is a worrying state in terms of logistics and the future domestic market. An effort to produce domestic instrumentations and amplification reagents is a must. Previously a thermocycler prototype using Phyton as its software is constructed and the discovery of local DNA pol from Geobacillus thermoleovorans SgAir0734 from Batu Kuwung Banten (GBK pol). Thermocycler prototype heat profile has previously been tested but never put on a real test for DNA amplification diagnostic. Full (878 amino acid) and partial (578 amino acid) GBK pol, with full has proofreading region, is successfully sequenced and cloned, but its activity has not been tested. Thus in this thesis, both thermocycler prototype and GBK pol both tested for polymerase chain reaction (PCR) and loop-mediated isothermal amplification (LAMP) diagnostic. PCR is the most and more common method than LAMP. LAMP has a quicker reaction time and require lower temperature. DNA pol from the genus geobacillus/bacillus has high strand displacement activity (SDA) which are commonly used for LAMP. Since the prototype thermocycler is designed to be as simple and inexpensive as possible for ease of manufacture and accessibility for every layer of society. Hence, its thermal control is not as good as a commercial thermocycler, with huge temperature fluctuation resonance from its set-point. That causes prototype capability of performing PCR, no DNA band at 250-500 bp range in gel electrophoresis. However, the prototype is capable of performing LAMP, existing <100 bp DNA gradient band in gel electrophoresis. The prototype also capable of perform LAMP below its protocol temperature and time, 62◦C and 40 minutes compared to the protocol of 66◦C and 60 minutes. Four samples of GBK pol : partial peak 1, partial peak 2, full peak 1, and full peak 2 there are no PCR reactions with 200 and 400 ng. The same with the LAMP process for 1 hour at 62 and 66◦C. However GBK pol full peak 2 reacted in 58◦C for 2 hours