Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKTesis ini membahas mengenai enzim L-asparaginase dimana enzim tersebut termasuk kedalam golongan agen antineoplastik yang digunakan dalam pengobatan Leukemia Limfoblastik Akut LLA . Hingga saat ini enzim L-asparaginase masih diperoleh dari bakteri Escherichia coli dan Erwina carotovora. Penggunaan enzim ini sebagai obat secara berkelanjutan diketahui sebagai penyebab timbulnya alergi pada pengguna, sehingga dibutuhkan enzim L-asparaginase dengan karakteristik yang berbeda dari sebelumnya.Hakophilic archaea yang merupakan mikroorganisme yang dapat hidup dalam kondisi lingkungan dengan kadar garam yang tinggi, kemungkinan juga mempunyai kemampuan untuk menghasilkan enzim L-asparaginase dengan karakteristik yang berbeda dari mikroorganisme lainnya.Pada penelitian ini proses skrining secara kualitatif dilakukan terhadap 71 isolat Halophilic archaea. Proses identifikasi terhadap isolat yang menghasilkan enzim L-asparaginase dilakukan secara molekular melalui pendekatan 16S rRNA. Pengujian aktivitas enzim dilakukan dengan metoda spektrofotometri Nessler dengan panjang gelombang 400 nm.Hasil dari penelitian ini telah diperoleh 9 isolat Halophilic archaea yang memiliki aktivitas enzim L-asparaginase. Hasil identifikasi dan pengujian aktivitas enzim dari 9 isolat diperoleh aktivitas tertinggi dimiliki oleh Halobaculum sp. 0.3033 U/mL , kemudian diikuti dengan Halostagnicola kamekurae 0.2134 U/mL , Halogranum rubrum 0.0927 U/mL , Haloferax, sp 0.0916 U/mL , Halococcus thailandensis 0.0808 U/mL , Halogranum, sp 0.0646 U/mL , Halococcus, sp 0.0326 U/mL , Halalkalicoccus paucihalaphilus 0.0200 U/mL dan Halococcus hamelinensis 0.0056 U/mL Kata kunci : Archaea, L-Asparaginase, Halophilic archaea, Leukemia Limfoblastik Akut

---

ABSTRACTL asparaginase enzyme that uses for treatment of acute lymphoblastic leukemia ALL is still produced from Escherichia coli dan Erwina carotovora. The use of L asparaginase enzyme for medicine in a sustainable way is thought as the most common cause the allergies to the user, so it needs an L asparaginase enzyme with different characteristics than before.Halophilic archaea is a microorganism that can live in extreme environmental condition and probablility have the capability to produce L asparaginase enzyme with different characteristics than another microorganism.Screening process on this research were using qualitative method have been done for 71 isolates of Halophilic archaea. The identification process for the isolates that produce L asparaginase enzyme were using molecular method based on 16S rRNA identification. The activity of enzyme have been done by using spectrophotometry by Nessler with wavelength 400 nm.The result of qualitative screening, 9 isolates of Halophilic archaea have a L asparaginase enzyme activity. The identification and enzyme activity for 9 isolates of Halophilic archaea shown that Halobaculum sp. Has the highest activity 0.3033 U mL and then followed by Halostagnicola kamekurae 0.2134 U mL , Halogranum rubrum 0.0927 U mL , Haloferax, sp 0.0916 U mL , Halococcus thailandensis 0.0808 U mL , Halogranum, sp 0.0646 U mL , Halococcus, sp 0.0326 U mL , Halalkalicoccus paucihalaphilus 0.0200 U mL and Halococcus hamelinensis 0.0056 U mL Keyword Archaea, L Asparaginase, Halophilic archaea, acute lymphoblastic Leukemia "

"Alkana merupakan komponen senyawa hidrokarbon terbesar sebanyak 60% penyusun utama minyak bumi. Isolat bakteri potensial pendegradasi alkana telah diisolasi dari daerah perairan tercemar tumpahan minyak di Pulau Pari. Penelitian bertujuan untuk memeroleh isolat dengan kemampuan tinggi mendegradasi alkana. Pengukuran pertumbuhan isolat bakteri dilakukan pada ƛ 600 nm dan analisis degradasi alkana dengan metode GC/MS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 15 isolat yang diuji pertumbuhannya dengan menggunakan paraffin oil terdapat 2 isolat mewakili dua tipe kurva pertumbuhan yaitu isolat 97 kelompok I dengan pertumbuhan K(+) rendah (OD < 0,1 pada hari ke-12) dan isolat 19 kelompok II dengan pertumbuhan K(+) tinggi (OD ≥ 0,5 pada hari ke-12). Analisis degradasi alkana menunjukkan penurunan luas area pada isolat 97 dengan kemampuan degradasi docosane (C22H46) paling tinggi sebesar 96,04% dan isolat 19 dengan kemampuan degradasi hexadecane (C16H34) paling tinggi sebesar 61,37%. Identifikasi molekuler menggunakan 16S rRNA menunjukkan isolat 97 sebagai Pseudoalteromonas lypolitica dan isolat 19 sebagai Vibrio alginolyticus.

---

Alkane is the largest hydrocarbon component of petroleum (60%). Potential alkane degrading bacteria have been isolated from oil contaminated waters at Pari Island. The study aims to obtain isolate with high capability of alkane degradation. The measurement of bacterial growth was performed at ƛ 600 nm and analysis of the alkane degradation with GC/MS method. Isolate 97 and 19 were selected out of 15 isolates with the highest growth represent the two groups of curve growth. Isolate 97 belong to group I with the low growth of K (+) OD <0.1 on day 12 and isolate 19 belong to group II with the high growth of K (+) ≥ 0.5 OD at day 12. The alkane degradation analysis showed isolate 97 had the highest decrease of docosane (C22H46) up to 96.04% and isolates 19 had the highest decrease of hexadecane (C16H34) up to 61.37%. The results of molecular identification using 16S rRNA indicate that isolate 97 and 19 were Pseudoalteromonas lypolitica and Vibrio alginolyticus respectively."

"Enzim L-asparaginase merupakan enzim yang menghidrolisis L-asparagin menjadi asam L-aspartat dan ammonia. Enzim tersebut berfungsi untuk kemoterapi penyakit Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL). Penelitian bertujuan untuk melakukan subkloning dan ekspresi gen L-asparaginase yang berasal dari bakteri Bacillus circulans ke Escherichia coli DH5α di bawah kontrol promoter xyn AQ1. Gen yang mengkode L-asparaginase dari Bacillus circulans yang digabungkan dengan promoter xyn AQ1 diamplifikasi dengan menggunakan metode overlap PCR. Produk PCR berhasil disubkloning ke vektor pGEM®-T Easy di dalam E. coli DH5α.Hasil sekuensing menunjukkan bahwa gen sisipan memiliki persentase kemiripan sebesar 100 % dengan sekuen B. subtilis strain AQ1 endoxylanase glycosyl hydrolase family 11 (yang merupakan bagian promoter xyn AQ1) dan 99 % kemiripan dengan gen L-asparaginase dari B. subtilis BSn5. Aktivitas enzim L-asparaginase dari E. coli yang mengandung plasmid dengan promoter xyn AQ1 dan open reading frame (ORF) L-asparaginase dari B. circulans lebih tinggi daripada plasmid yang hanya mengandung ORF L-asparaginase dari B. circulans

---

L-Asparaginase is an enzyme that catalyzes the hydrolysis of L-asparagine to L-aspartic acid and ammonia. It has important role in treatment of Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL). The purpose of this research is to subclone the encoding gene of L-asparaginase and to express this gene in Escherichia coli DH5α under the control of xyn AQ1 promoter. The gene encoding for L-asparaginase from Bacillus circulans combined with xyn AQ1 promoter have been amplified using overlap PCR. The PCR product successfully subcloned into pGEM®-T Easy vector in E. coli DH5α.

The sequencing results showed that the insert had 100% homology with sequence of B. subtilis strain AQ1 endoxylanase glycosyl hydrolase family 11 (part of xyn AQ1 promoter) and 99 % homology with L-asparaginase gene from B. subtilis BSn5. The activity of L-asparaginase enzyme from E. coli containing plasmid with xyn AQ1 promoter and L-asparaginase open reading frame (ORF) from B. circulans was higher than plasmid with L-asparaginase ORF from B. circulans only."

"Enzim asparaginase digunakan untuk terapi penyembuhan leukemia pada anak-anak (Acute Lymphoblastic Leukemia). Produksi enzim asparaginase saat ini sebagian besar berasal dari bakteri E. coli dimana penggunaanya menimbulkan reaksi alergi. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi gen asparaginase yang berasal dari bakteri Erwinia sp. dan Bacillus circulans, serta melakukan kloning dan sekuensing pada gen asparaginase yang didapat. Isolasi gen dilakukan dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan menggunakan genom DNA bakteri Erwinia sp. dan Bacillus circulans dengan primer yang telah didesain. Primer yang didisain adalah primer degenerated hasil alignment dari berbagai gen asparaginase yang berasal dari bakteri yang bergenus sama. Dengan menggunakan primer tersebut, berhasil didapat amplikon PCR yang spesifik dari genom bakteri Erwinia raphontici, Erwinia cypripedii, dan Bacillus circulans. Produk PCR diligasikan pada vektor cloning pGEM-T Easy dan dilanjutkan dengan mentransformasikannya ke E. coli. Sekuensing dilakukan pada transforman yang positif. Hasil sekuensing dianalisis dan di dapat gen asparaginase untuk sekuens Erwinia raphontici dan Bacillus circulans yang diprediksi dapat menyandikan enzim aktif.

---

Asparaginase is to be used for the treatment of acute lymphoblastic leukaemia (ALL) in children. Nowadays, production of asparaginase is mainly from E. coli that can lead to allergic reactions. This research was designed to isolate asparaginase gene from Erwinia sp. and Bacillus circulans, to clone and to sequence asparaginase gene obtained before. Gene isolation was conducted with PCR (Polymerase Chain Reaction) method using Erwinia sp. and Bacillus circulans?s DNA genome with primer that was already designed. Designed primer was degenerated primer as an alignment result from the same genus bacteria genes. By using the mentioned designed primer, specific PCR product was successfully retrieved from Erwinia raphontici, Erwinia cypripedii, and Bacillus circulans?s genome. PCR product was ligated to a cloning vector pGEM-T Easy and was continued to be transformed to E. coli. Sequencing was conducted to positive transformans and the sequences result was analyzed. Erwinia raphontici and Bacillus circulans?s sequence was successfully retrieved and predicted to encode the putative asparaginase."

"Hiperglikemia adalah efek samping yang umum kombinasi steroid dan L-asparaginase, terjadi paling sering selama kemoterapi fase induksi LLA. Sampai saat ini di Indonesia, belum didapatkan data mengenai kejadian hiperglikemia pada pasien anak dengan LLA pada fase induksi dan bagaimana peranan perbedaan kombinasi L-asparaginase dan jenis steroid yang digunakan.Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui angka kejadian hiperglikemia pada anak LLA fase induksi, perbedaan prednison dan deksametason dalam kombinasinya dengan L-asparaginase dalam menyebabkan hiperglikemia pada anak dengan LLA dan hubungan faktor-faktor lain dengan kejadian hiperglikemia pada fase induksi LLA. Penelitian ini merupakan studi prospektif analitik dengan desain pre-post test, dilakukan di RSCM, RS Kanker ldquo;Dharmais rdquo; dan RSPAD Gatot Soebroto. Pasien yang akan menjalani kemoterapi fase induksi LLA diperiksa kadar gula darah sewaktu pada minggu ke-3 pretest, minggu ke-4, minggu ke-5 dan minggu ke-6 protokol post test .Dari 57 pasien yang berasal dari 3 Rumah Sakit yang berbeda berhasil dikumpulkan, terbanyak berasal dari RSCM 57,9 disusul RS Kanker ldquo;Dharmais rdquo; 24,6 dan RSPAD Gatot Soebroto 17,5. Rentang umur pasien berkisar antara 1,4 tahun sampai 15,8 tahun dengan rerata 6,7 tahun. Tidak terdapat perbedaan rerata kadar gula darah sewaktu sebelum dan sesudah kombinasi steroid dan L-asparaginase. Tidak didapatkan hubungan antara umur, infiltrasi SSP, leukositosis, sindrom Down, status gizi, riwayat DM pada keluarga, infeksi dan stratifikasi LLA dengan kejadian hiperglikemia. Pemberian deksametason memiliki peluang 10,68 x didapatnya angka di atas rerata perubahan kadar gula darah sewaktu dibandingkan pemberian prednison. Kesimpulan: kejadian hiperglikemia pada penelitian ini adalah 5,2. Walaupun tidak terdapat perbedaan antara prednison dan deksametason dalam kombinasinya dengan L-asparaginase dalam menyebabkan hiperglikemia, namun deksametason memiliki risiko angka di atas rerata perubahan kadar gula darah sewaktu dibandingkan prednison.

---

Hyperglycaemia is a common side effect of steroid and L asparaginase combinations, occurring most often during LLA induction phase. To date in Indonesia, it has not been obtained data on the incidence of hyperglycemia in children with LLA in the induction phase and how the role of combinations of L asparaginase and different type of steroid used.The purpose of this study is to determine the incidence of hyperglycemia in children LLA induction phase, knowing the difference between prednisone and dexamethasone in combination with L asparaginase in causing hyperglycemia in children with LLA and determine the relationship of other factors related to hyperglycaemia.

This study is a prospective analytic study with pre post test design, conducted in RSCM, National Cancer Hospital Dharmais and RSPAD Gatot Soebroto. When undergoing chemotherapy induction phase LLA, blood sugar levels were checked at the 3rd pretest, 4th, 5th and 6th week of protocol post test .Of the 57 patients from three different hospitals that had been gathered, mostly came from RSCM 57.9 followed by the Cancer Hospital Dharmais 24.6 and RSPAD 17.5. The patient age ranged from 1.4 years to 15.8 years with a mean of 6.7 years. There was no difference in mean blood sugar levels before and after combination of steroids and L asparaginase. There were no relationship between age, CNS infiltration, leukocytosis, Down syndrome, nutritional status, family history of diabetes, infections and LLA stratification with the incidence of hyperglycemia. Dexamethasone has a 10.68 x chance of obtaining a rate above the mean change in blood sugar levels compared to prednisone.

Conclusion The incidence of hyperglycemia in this study is 5.26. Despite no difference between prednisone and dexamethasone in combination with L asparaginase in causing hiperglycaemia, but dexamethasone has a risk to have value above the mean change in blood sugar levels when compared to prednisone."

"Dalam penelitian ini, arkaea termoasidofil diisolasi dari sumber mata air panas bersulfur di Kawah Domas, Tangkuban Perahu. Isolat KD1 sampai KD3 diambil dengan kondisi pH 2 dan temperatur antara 52 dan 57 oC. Kultur diatur untuk mendukung pembiakan Thermoplasma dikarenakan dalam habitat alami tersebut terdapat beberapa mikroorganisme ekstremofilik lainnya (spesies Sulfolobus, Bacillus acidocaldarius) sehingga mikroorganisme lainnya terseleksi. Themoplasma dari alam yang terdapat di Kawah Domas bertumbuh dengan kondisi anaerob-autorof dengan bantuan elemental sulfur, namun di dalam laboratorium Thermoplasma ini mampu bertumbuh secara mikroareofil-heterotrof di dalam kultur yang ditambahkan glukosa dan yeast extract Difco dengan keasaman diatur menggunakan asam sulfat. Kondisi pembiakan laboratorium tadi diatur pada temperatur 55±2 oC and pH 1.5-2 di dalam medium Freundt melalui serial transfer sampai beberapa generasi agar terpilih spesies Thermoplasma. Mikroaerasi diatur dengan menggunakan kanula jarum suntik yang ditancapkan pada tutup botol kultur. Sebelum pengkulturan, medium dan komponen tambahan tersebut dibagi ke dalam botol dengan volume 300 mL dan disterilisasi pada 121 oC di dalam autoclave. Laju pertumbuhan kultur dipantau menggunakan spektrofotometer melalui nilai densitas optisnya pada panjang gelombang 578 nm dan kondisi mikroskopisnya menggunakan mikroskop beda fase. Jumlah sel tiap mililiter dihitung menggunakan kamar hitung Neubauer. Kurva pertumbuhan dibuat untuk tiga generasi kultur dari isolat KD3. Sel dipanen pada fase logaritma akhir setelah 150-200 jam pada nilai densitas optis 0.35. Pengamatan mikroskop beda fase menunjukkan 57.5 x 106 sel Thermoplasma tiap mililiter, berbentuk telur mata sapi dengan rata-rata ukuran diameternya 1.2 μm. Tidak ada kontaminasi mikroorganisme lain yang ditemukan, khususnya Bacillus acidocladarius yang dalam eksperimen ini tidak ditemukan. Dari sel yang dipanen, dilakukan ekstraksi total lipid membrannya, cairan organik diuapkan dalam rotavapor dan pola lipid yang dianalisis menggunakan kromatografi lapis tipis menunjukkan pola karakteristik spesies Thermoplasma. Kesimpulan: Dari isolat Kawah Domas, spesies Thermoplasma dapat dikultur secara selektif seperti ditunjukkan oleh mikroskop beda fase dan menggunakan kromatografi lapis tipis yang menunjukkan pola lipid yang khas pada membrannya.

---

In this study, thermoacidophilic archaea were isolated from hot acidic sulfur springs in Kawah Domas, Tangkuban Perahu. Isolates KD1 to KD3 were taken at pH 2 and temperatures between 52 and 57 oC. From the variety of extremophilic microorganisms in such habitat (e.g., Thermoplasma species, Sulfolobus species, Bacillus acidocaldarius), selective cultures with optimum conditions for the growth of Thermoplasma species were applied. Wild type Thermoplasma at Kawah Domas is growing anaerobic-autotrophically on elemental sulfur, but is able to grow microaerophilic-heterotrophically in culture with glucose and Difco yeast extract in sulfuric acid. The latter growth conditions were chosen at 55±2oC and pH 1.5-2 in Freundt’s medium through serial transfer for several generations to select Thermoplasma species. For micro-aeration, a syringe cannula was inserted into the rubber top of the culture bottles. Prior to culture, the medium and additional components were divided into 300 mL bottles and sterilized at 121 oC in an autoclave. Culture growth was monitored photometrically by OD at 578 nm and by phase contrast microscopy. The number of cells per mL of culture was counted in a Neubauer chamber. Growth curves were plotted for three culture generations of isolate KD3. Cells were harvested in late log-phase after 150 - 200 hours at OD 0.35. Phase contrast microscopy showed 57.5 x 106 Thermoplasma cells per mL, typically “fried-egg” shaped with an average size of 1.2 μm in diameter. No contamination by other microorganisms could be found, especially Bacillus acidocaldarius was not present. From harvested cells, total membrane lipids were extracted, organic solvents evaporated in a rotavapor and the lipid pattern analysed by thin layer chromatography showing a lipid pattern characteristic of Thermoplasma species.

Conclusion: From Kawah Domas isolates, Thermoplasma species could be cultured selectively as demonstrated by phase contrast microscopy and by thin layer chromatography with the characteristic membrane lipid pattern."

"The aim of this research is to select and analyse lovastatin from isolated molds of Aspergillus spp. from University of Indonesia Culture Collection (UICC). Lovastatin is an inhibitor 3 hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme-A reductase (HMG-CoA reductase) enzyme and a competitive inhibitor of the biosynthesis of cholestrol. The result revealed that out of 40 cultures, 18 cultures (45%) produced lovastatin and 22 cultures (55%) were negative. Aspergillus flavus UICC 360 showed the biggest lovastatin production compared to a number of selected cultures. Thin Layer Chromatography (TLC) analysis showed an amount of Aspergillus with same similarities of Rf value compared to the standard High Performance Chromatography (HPLC) analysis which confirmed that lovastatin Aspergillus flavus UICC 360 has the same retention time with the standard (13.2) minutes."

"Rhodotorula minuta merupakan salah satu khamir oleaginous yang dapat mengakumulasi lipid dengan komposisi asam lemak tertentu. Penelitian bertujuan untuk mengetahui persentase lipid total, kelas lipid, dan komposisi asam lemak dari Rh. minuta UICC Y-154, UICC Y-156, UICC Y- 161, UICC Y-206, dan UICC Y-227 dari Cagar Alam Pulau Rambut dan Cagar Alam Muara Angke. Penelitian dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi, Departemen Biologi, FMIPA-UI, Depok dan Laboratorium Bioproses Balai Penelitian Bioteknologi Perkebunan Indonesia, Bogor dari Januari hingga Agustus 2008. Kurva pertumbuhan menunjukkan bahwa kelima strain khamir memasuki fase stasioner untuk pemanenan biomassa pada waktu yang sama, yaitu pada jam ke-72. Hasil ekstraksi tanpa alat Soxhlet dan dengan alat Soxhlet menunjukkan strain khamir Rh. minuta UICC Y-227 memiliki persentase lipid total tertinggi berturut-turut sebesar 18,62% dan 3,15% dari berat biomassa kering dibandingkan keempat strain khamir lainnya. Hasil analisis menggunakan kromatografi lapis tipis (KLT) memperlihatkan sampel lipid kelima strain khamir selalu menunjukkan adanya ergosterol, 1,2-diolein, dan triolein, sedangkan mono-olein dan 1,3-diolein tidak terdeteksi. Hasil analisis komposisi asam lemak menggunakan kromatografi gas-cair (KGC) menunjukkan strain Rh. minuta UICC Y-154 mengandung asam laurat 0,14%, miristat 0,66%, palmitat 21,34%, stearat 0,19%, oleat 71,73%, dan linoleat 3,58%. Strain Rh. minuta UICC Y-156 mengandung asam laurat 0,04%, miristat 0,36%, palmitat 21,16%, stearat 0,14%, oleat 74,99%, dan linoleat 1,88%. Strain Rh. minuta UICC Y-161 mengandung asam miristat 0,70%, palmitat 22,89%, stearat 0,17%, oleat 71,83%, dan linoleat 3,38%. Strain Rh. minuta UICC Y-206 mengandung asam miristat 0,30%, palmitat 19,88%, stearat 0,16%, oleat 74,59%, dan linoleat 2,88%. Strain Rh. minuta UICC Y-227 mengandung asam miristat 0,49%, palmitat 19,05%, stearat 0,21%, oleat 75,61%, dan linoleat 3,21%. Strain khamir Rh. minuta UICC Y-227 menghasilkan asam linoleat tertinggi sebesar 74,65 mg/l dibandingkan keempat strain khamir lainnya."