Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Tesis ini adalah kajian filosofis atas pengembangan komputasi DNA yang menggunakan analisis Arkeologi dan Genealogi dari Michel Foucault. Dalam penelitian ini, ditemukan adanya kesejajaran antara tiga episteme yang telah diungkap Foucault dengan tiga teknologi komputasi yang telah dikembangkan (penerapan metode Arkeologi) dan suatu jenis exercise atas kekuasaanpengetahuan sebagaimana diurai Foucault dengan titik tekan pada normalisasi, pengembangan model Artificial Intelligent Creatures, dan kemungkinan model panopticon molekuler (penerapan metode Genealogi). Hasil penelitian ini juga mengandaikan bahwa problem yang muncul harus disikapi dengan rumusan etika baru. Sebab, etika yang sudah dikembangkan tidak dapat mengatasi persoalan yang sekiranya dapat terjadi dengan dikembangkannya komputasi DNA.

---

This thesis is a philosophical study about DNA computation development which uses Genealogical and Archaeological analytics from Michel Foucault. In this thesis had been found parallelism between three episteme which described by Foucault with the three technology of computation (Archaeological applied) and a kind of exercise of knowledge-power as identified by Foucault which focusing in normalization, developing Artificial Intelligent Creatures, and possibility of molecular panopticon (Genealogical applied). This thesis supposes to formulate a new ethical approach. It is because the ethics which were developed not have an adequacy to solve a problematical discourse which comes from DNA computation development."

"Penulisan ini berangkat dari kecenderungan developmentalisme melalui institusi pembangunan global dalam menghadapi krisis kemiskinan dan keterbelakangan dunia ketiga. Diskursus tersebut mengkonstruksi perspektif pengetahuan terhadap kondisi global melalui universalisasi dan standardisasi yang diakarkan dari logika modern untuk membentuk identifikasi, definisi serta intervensi bagi identitas masyarakat dunia ketiga agar bisa menjadi masyarakat modern seutuhnya. Kesulitan untuk membentuk diri dan menjadi mandiri dari negara dunia ketiga dipengaruhi oleh adanya pengetahuan yang sudah selalu didominasi oleh pengetahuan barat sebagai perspektif dominan dan penerimaan masyarakat dunia ketiga bahwa apapun yang datangnya dari Barat adalah sebuah kebenaran final. Ketergantungan yang jelas-jelas merugikan satu pihak dalam relasi ini dianggap sebagai kewajaran global. Praktik kekuasaan dengan begitu terjadi karena adanya relasi dari kedua pihak yang menyetujuinya. Tesis ini merupakan cara lain untuk membaca kondisi global yang sebenarnya sedang terjadi tersebut. Hasil penelusuran ini berujung pada ditemukannya relasi kuasa dan upaya interpretatif untuk menjelaskan bagaimana beroperasinya sebuah diskursus dalam mekanisme kuasa. Penelusuran ini difasilitasi dari perspektif atau kerangka berfikir Michel Foucault yang digunakan oleh Post-Development sebagai bingkai analisa yang efektif dalam mengurai dan membaca kondisi relasi kekuasaan yang terjadi. Ide diskursus yang disasar oleh analisa post-development ini diberangkatkan berdasar muatan filosofis Michel Foucault terkait kondisi modernitas yang dianggap terlalu menyempitkan perspektif global dengan menutup jalan pembicaraan kondisi dunia dari posisi yang lebih plural dan lokal. Developmentalisme dan ?kecenderungan untuk selalu merugi dan terbelakang bagi negara dunia ketiga? benar-benar sedang terjadi dan kecenderungan ini menjadi candu.

---

This writing is departed from the tendency of developmentalism in facing poverty crisis and underdevelopment of third world countries through global development institutions. Such discourse constitute a knowledge perspective towards the global condition by universalising and standardizing, rooted from the modern logic in forming an identification, definition, and intervention towards the third world citizen identity in order to become a completely modern citizen. The difficulties in third world countries forming an identity and to become independent are influenced by an established biased knowledge dominated by western knowledge as a dominant perspective, as well as the acceptance from the third world countries citizen on anything coming from The West as a final truth. This dependency which clearly detriments one party of this relation is deemed as a global fairness. A practice of authority then happens as a result from a relation between two parties agreeing upon it. This thesis serves as an alternative to read such happening and ongoing global condition.

The result of this finding ends to a discovery of power relation and interpretative effort to explain how a discourse in power mechanism operates. This finding is facilitated with Michel Foucault's perspective or framework used by Post-Development movement as an effective analysis frame to parse and read the happening power relation condition. The discourse idea aimed by post-development analysis is departed from the basis of Michel Foucault's philosophical content related to the modernity condition deemed much narrowing the global perspective by blocking the more plural and local conversation on the world condition. Developmentalism and the 'tendency to always detriment and under-develop the third world countries' really is happening where such tendency serves as an opium."

"Pemberitaan mengenai keragaman gender dan seksualitas non-normatif yang disebut “LGBT” oleh media di Indonesia pasca Reformasi menjadikan kelompok tersebut makin terpinggirkan. Pemberitaan media menjadikan “LGBT” sebagai folk’s devil atau setan masyarakat yang dianggap berbahaya bagi kehidupan bangsa dan negara. Pemberitaan di media massa tentang “LGBT” seolah menjadi kebenaran pengetahuan dan menjadikannya kepanikan moral. Media massa membangun sebuah rezim kebenaran informasi yang mendukung, menguatkan serta menyebarluaskan stigmatisasi tentang “LGBT”, menjadikan mereka sebagai hal yang berbahaya di masyarakat dengan berpijak pada moral agama yang menguat pasca rezim Orde Baru. Penelitian ini menggunakan paradigma kritis dan teori-teori diskursus Foucauldian yang mengedepankan kuasa dan pengetahuan sebagai pisau analisis. Metode penelitian dilakukan dengan metode arkeologi media yang bersifat analisis multilevel di tingkat mikro, meso dan makro. Metode ini berangkat dari pemikiran Foucault tentang tiga hal yang berkait satu sama lain yaitu pengetahuan, relasi kuasa dan diskursus seksualitas. Hasil temuan penelitian ini menunjukkan bahwa pertama, rezim kebenaran media yang diproduksi dalami kuasa dan pengetahuan mengenai diskursus “LGBT” yang menyebabkan kepanikan moral adalah rezim kebenaran media homofobik. Rezim kebenaran ini dibangun dari tiga peminggiran yang dilakukan melalui kuasa dan pengetahuan media, yaitu peminggiran secara ekonomi, peminggiran secara politik dan peminggiran secara sosial budaya; kedua, kepanikan moral dibentuk melalui diskursus “LGBT” dalam pemberitaan daring maupun gelar wicara melalui proses penulisan jurnalistik dan proses produksi tayangan gelar wicara. Diskursus “LGBT” muncul melalui ketidakberimbangan narasumber dan ketidaklengkapan berita yang cenderung satu sisi yang akhirnya melenyapkan suara individu maupun kelompok minoritas gender dan seksual; melalui sentimen-sentimen terhadap kelompok tersebut dengan marginalisasi, subordinasi, stereotype, kekerasan, menekankan isu seksualitas, memberikan stigma dan menguatkan isu mengenai peraturan. Kuasa dan pengetahuan di media daring dibentuk melalui peran editor dan jurnalis, sedangkan di gelar wicara dibentuk melalui peran moderator yang memoderasi dialog; ketiga, bentuk-bentuk relasi kuasa dan pengetahuan tentang diskursus “LGBT” di pemberitaan media daring dan gelar wicara terletak pada rutinitas media yang melahirkan tindakan dan pengetahuan jurnalis. Tindakan dan pengetahuan jurnalis bersumber dari berbagai faktor seperti rutinitas media dan perspektif jurnalis. Selain itu terdapat kuasa lain yang merepresi jurnalis berasal dari rezim moral yang terbentuk dari tiga rezim yaitu rezim heteronormatif, rezim Islam konservatif dan rezim pembungkaman pengetahuan seksualitas ; keempat adalah rezim kebenaran media tentang diskursus “LGBT” di pemberitaan media daring dan gelar wicara diproduksi melalui kepanikan moral untuk melanggengkan ideologi heteronormatif. Media menjadi semacam lembaga yang menjadi perpanjangan tangan negara, dijadikan sebagai salah satu moral entrepreneur yang mendisiplinkan seksualitas warganya. Kepanikan moral yang homofobik, menyebabkan rasa takut, terancam dan menganggap “LGBT adalah bahaya menjadi salah satu metode kekuasaan heteronormatif untuk melakukan penundukan seksualitas manusia: tubuh yang patuh.Mass media reporting on gender diversity and non-normative sexual identities community, dubbed by the media in Indonesia as LGBT, after the Reform has been further marginalizing the LGBT community. The mass media has been portraying the LGBT community as the folk devil that is deemed as a threat to the state. The news of LGBT on the mass media is seen as the true knowledge and causes moral panic. The mass media has established a regime of truth, comprising all information that supports, strengthens, and disseminates stigmas towards LGBT; making them a danger to society that holds fast to religious values which continue to grow stronger after the New Order. This study used critical paradigms and Foucauldian discourse theories that highlight power and knowledge as analytical knives. This study used a media-archaeological method which covers multilevel analysis at micro-, meso-, and macrolevel. This method is based on Foucault’s view of three interrelated things, namely knowledge, power relation, and discourse on sexuality. The findings of this study show that first, the regime of truth produced by media in terms of power and knowledge about LGBT that causes moral panic is homophobic; and second, moral panic is generated through the discourse on LGBT in the online news reporting or talk shows production. Discourse on LGBT emerges from imbalanced composition of spokespersons and one-sided news reporting which exclude individuals of gender and sexual minority community. Furthermore, sentiments and stigmas are visibly present in the content of the news. Power and knowledge in the online media are produced through editors and journalists, whereas in talk shows, they are shaped by the role of moderator who moderates the dialogue between the participants. The third finding is that forms of power relation and knowledge regarding discourse on LGBT in online media news and talk shows are established in the media’s routine which produces journalists’ knowledge and actions. Journalists’ knowledge and actions are heavily influenced by political, social, and cultural context as well as journalists’ lived experience. The fourth finding is that the media’s regime of truth on the discourse of LGBT in the online media news and talk shows is produced through moral panic to promote heteronormative ideology. The media has become a form of state’s think tank, that serves as a moral entrepreneur who is in charge of enforcing discipline on people’s sexuality. Homophobic moral panic that has induced fear, the feeling of being threatened, and view that LGBT is a danger are some of the methods used by heteronormative power to subjugate human’s sexuality: an obedient body"

"Sifat transportasi elektron dalam molekul DNA Aperiodik dan Molekul DNA G4 telah dipelajari. Kedua molekul DNA ini, dimodelkan dengan menggunakan Hamiltonian ikatan kuat tight binding . Sifat transpor elektron dipelajari dengan menghitung probabilitas transmisi elektron menggunakan metode transfer matriks dan hamburan matriks secara bersamaan. Formalisme Landauer-B ttiker digunakan dalam menghitung karakteristik I-V molekul dari probabilitas transmisi. Pada molekul DNA Aperiodik dan DNA G4 sudah dilakukan perhitunganan untuk DNA berukuran 32 pasangan basa. Parameter perhitungan yang diperhatikan adalah gerakan sudut putar pasangan basa yang berhubungan dengan konstanta loncatan elektron antar basa melalui teori semi-empiris Slater-Koster-Harrison. Hasil perhitungan dianalisis dengan memperhatikan variasi frekuensi getar gerak memutar, temperatur, dan energi gangguan backbone. Hasil perhitungan pada molekul DNA Aperiodik dan DNA G4 menunjukkan bahwa transpor muatan DNA bergantung pada frekuensi gerak memutar pasangan antarbasa. Jika frekuensi tinggi, terjadi peningkatan arus dan probabilitas transmisi. Dan ketika temperatur ditingkatkan, probabilitas transmisi dan arus menurun dan tegangan ambang meningkat di tiap variasi frekuensi getar gerak memutar. Terakhir, jika nilai energi gangguan backbone yang diberikan semakin besar maka nilai transmisi, arus dan tegangan ambang menurun. Pada molekul DNA G4 transmisi dan kurva I-V lebih tinggi dari molekul DNA Aperiodik.

---

Electron transport characteristics in G4 and Aperiodic DNA molecules have been studied. Both molecules are modelled using tight binding Hamiltonian. Electron transport characteristics are studied by calculating electron transmission probability using matrix transfer and scattering matrix methode simultaneously. Landauer B ttiker formalism is used in calculating the I V characteristics of molecules from transmission probability. The calculation in Aperiodic and G4 DNA molecules is done for 32 base pairs long DNA. Variable in the calculation is twisting motion angle of base pairs which is correlated to electron the hopping constant between bases within Slater Koster Harrison semi empirical theory.

Calculation results are analyzed in variation of twisting motion frequency, temperature, and backbone disturbance energy. The calculation result in Aperiodic and G4 DNA molecules shows that DNA change transport on DNA depends on twisting motion frequency of bases. When the frequency become higher, the current and transmission probability will increase. Moreover, when the temperature increases, the current and transmission probability decreases, then threshold the voltage becomes higher for all twisting motion frequency. Lastly, as the backbone disturbance energy become large, the current and transmission decreases, then the threshold voltage will be small. In G4 DNA molecule the transmission and curve I V are higher, than in Aperiodic DNA molecule. "

"Barisan DNA dapat diartikan sebagai permutasi dari empat kode basa DNA yaitu A, T, G, dan C. Pada hasil sekuensing DNA, kadang kala ada basa DNA yang sulit terbaca dengan jelas apakah A, T, G, atau C. Untuk mengatasi masalah ini, maka diberikan kode-kode lain yang merupakan probabilitas munculnya A, T, G, atau C pada setiap kode basa DNA. Sehingga secara keseluruhan terdapat kode basa DNA yang dapat dibentuk dari kode A, T, G, dan C. Enam belas kode basa DNA yang telah terbentuk dapat dinyatakan dalam quaternion berbentuk. Dengan menggunakan perkalian titik antara keenambelas kode basa DNA tersebut, diperoleh matriks skoring. Matriks skoring dibutuhkan pada pensejajaran barisan DNA untuk memberikan skor kecocokan atau ketidakcocokan antara dua kode basa DNA. Algoritma pensejajaran barisan DNA yang diimplementasikan pada penelitian ini adalah Algoritma Needleman-Wunsch untuk pensejajaran global dan Algoritma Smith-Waterman untuk pensejajaran lokal, algoritma ini diimplementasikan menggunakan bahasa pemrograman berbasis open source (Octave). Kemudian program pensejajaran yang telah dibuat diaplikasikan untuk mensejajarkan barisan DNA dari bakteri Streptococcus pneumoniae yang diambil dari pangkalan data gen (GeneBank) dengan barisan DNA hasil sekuensing dari bakteri yang diduga Streptococcus pneumoniae. Dari hasil pensejajaran, diketahui bahwa kedua barisan mempunyai kemiripan yang maksimal.

---

DNA sequence can be defined as a permutation of four DNA base codes: A, T, G, and C. From the result of DNA sequencing, sometime there were dificulties to determine whether the DNA base code of A, T, G, or C. the Probability of other DNA base codes were given to solve this umbigue of DNA sequence reading with form of DNA base code which can be obtained from base code of A, T, G, and C. Sixteen of DNA base code can be represented with a quaternion form: . The scoring matrix was obtained from those sixteen of DNA base code using a dot product method. This scoring matrix can be applied in the DNA aligmnent for match and mismatch between two DNA base code.

In this study, we applied the Needleman-Wunsch Algorithm for gobal alignment and Smith-Waterman Algorithm for local aligment using the Octave, an open soucre program. The alignment program used for DNA sequences alignment from Streptococcus pneumoniae obtained from the GeneBank and the DNA sequence obtained from sequensing result and suspected as Streptococcus pneumoniae. From this alignment, we found that two DNA sequences have maximum similarity."