Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Penelitian karakterisasi morfometrik dan molekuler penting dilakukan untuk mengetahui keanekaragaman spesies Gyrodactylus sp. yang menginfeksi ikan lele (Clarias gariepinus). Hasil penelitian dapat digunakan untuk pengembangan metode deteksi serta pengendalian penyakit parasitik pada ikan air tawar lainnya. Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi karakter morfometrik dan molekuler parasit cacing Gyrodactylus sp. yang ditemukan pada ikan lele (Clarias gariepinus). Identifikasi Gyrodactylus dilakukan dengan analisis median hook dan daerah internal transcribed spacer (ITS) 1 and 2 pada DNA ribosom. Tahapan penelitian meliputi koleksi parasit, pengamatan secara mikroskopis, pengukuran karakter morfometrik, ekstraksi DNA, amplifikasi, visualisasi hasil PCR, sekuensing dan analisis data. Hasil analisis karakter morfometrik diperoleh data panjang tubuh sebesar 850,00 ± 246,22 (500?1150) μm, lebar tubuh 116,36 ± 19,30 (80?155) μm, panjang faring 52,50 ± 3,54 (50?55) μm, lebar faring 48,75 ± 1,77 (47,5?50) μm, panjang opisthaptor 56,98 ± 8,24 (44-75) μm, lebar opisthaptor 115,12 ± 18,17 (90-150) μm, panjang total jangkar 96,37 ± 7,10 (75-110) μm, panjang ruas jangkar 50,29 ± 5,72 (40?62,5) μm, panjang poros jangkar 55,15 ± 6,69 (37-70) μm, panjang akar jangkar 43,80 ± 6,16 (32-55) μm, jarak celah jangkar 31,15 ± 6,91 (24-50) μm, panjang total kait tepi 30,00 ± 3,10 (26-35) μm, panjang lengkung kait tepi 5,13 ± 1,53 (3,2-7,5) μm dan panjang poros kait tepi 24,87 ± 2,23 (22,80-29) μm. Analisis PCR sampel DNA Gyrodactylussp. berhasil dilakukan berdasarkan munculnya pita DNA (band) pada kisaran ukuran 1.009 bp-1.014 bp. Hasil analisis filogenetik menunjukkan Gyrodactylus sp. memiliki kekerabatan terdekat dengan spesies Gyrodactylus rysavyi dengan homologi mencapai 99%. Berdasarkan karakterisasi morfometrik dan molekuler dapat disimpulkan bahwa Gyrodactylus sp. hasil penelitian merupakan spesies Gyrodactylus rysavyi. ......Research on morphometric and molecular characterization important to determine the diversity of Gyrodactylus sp. infected on African catfish. The results of this research can be used to develop detection methods of other fish parasites diseases. The present study aimed to identify morphometric and molecular characteristic of the Gyrodactylus sp. parasite on African catfish (Clarias gariepinus). Gyrodactylus was identified using median hook morphology and by sequencing the nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) 1 and 2. Methods of this study included of sampling, microscopic examination, morphometric measurement and analysis, DNA extraction, PCR amplification, visualization, sequensing, and data analyses. The morphometric analysis of Gyrodactylus specimens reported as body length 850,00 ± 246,22 (500?1150) μm, body width 116,36 ± 19,30 (80-155) μm, pharynx length 52,50 ± 3,54 (50-55) μm, pharynx width 48,75 ± 1,77 (47,5-50) μm, opisthaptor length 56,98 ± 8,24 (44-75) μm, opisthaptor width 115,12 ± 18,17 (90-150) μm, hamulus total length 96,37 ± 7,10 (75-110) μm, hamulus point length 50,29 ± 5,72 (40-62,5) μm, hamulus shaft length 55,15 ± 6,69 (37?70) μm, hamulus root length 43,80 ± 6,16 (32-55) μm, hamulus aperture distance 31,15 ± 6,91 (24-50) μm, marginal hook total length 30,00 ± 3,10 (26-35) μm, marginal hook sickle length 5,13 ± 1,53 (3,2-7,5) μm and marginal hook shaft length 24,87 ± 2,23 (22,80-29) μm. PCR analysis showed an expected band of 1.009 bp-1.014 nucleotides in length on Gyrodactylus sp. DNA sample. Phylogenetic analysis showed Gyrodactylus sp.was closely related to Gyrodactylus rysavyi species with 99% similarity. Based on morphometric and molecular characterization, Gyrodactylus sp. specimens were described as Gyrodactylus rysavyi.

Abstrak :
ABSTRAK
Benih bawal bintang memperlihatkan perubahan tingkah laku seperti kehilangan kemampuan berenang dan berkumpul di dasar kolam, diduga terinfeksi RSIVD. Real time PCR dengan SBYR green telah diaplikasikan secara luas untuk diagnosis penyakit. Kesederhanaan, sensitifitas, rentang deteksi yang dinamis, reproduktifitas, dan jaminan skrining dengan kecepatan waktu yang tinggi membuat real time PCR sesuai untuk mendeteksi virus (Niesters, 2002). Oleh karena itu dilakukan aplikasi metode real time PCR dengan SYBR green untuk mendeteksi RSIV pada benih bawal bintang. Penelitian ini menggunakan primer 1F dan 1R untuk skrining Megalocityvirus, grunt fin cell line untuk kultur RSIV, pengklonaan menggunakan vektor pGEM-T easy dan primer MCPspecR697-F4 dan MCP-specR888-R6 untuk deteksi RSIV dengan metode real time PCR menggunakan SYBR green. Karakterisasi dari CPE menunjukkan sel GF menjadi berbentuk bundar dan sel-sel GF terlihat berpendar pada inokulasi RSIV pada hari ke lima sampai ke tujuh. Kurva standar menghasilkan R2 0,99999, slope -2,41675 dan y-intercept 38,68938. Limit deteksi 10 salinan DNA. Spesimen klinis menunjukkan hasil positif pada jaringan hati, limpa dan ginjal. Jumlah salinan DNA paling banyak dari ekstraksi limpa yaitu: 6054 dan 4182 salinan DNA sedangkan pada organ ginjal sebanyak 72 dan 101 salinan DNA dan hati 1 dan 2 salinan DNA. Metode real time PCR menggunakan SYBR green berhasil diaplikasikan untuk mendeteksi RSIV pada benih ikan bawal bintang.

---

ABSTRACT
Snubnose pompano juvenile showed behavioral changes such as losed the ability to swim and congregated at the bottom of the pool, suspected of being infected RSIVD. Real time PCR with green SBYR has been widely applied to the diagnosis of the disease. Simplicity, sensitivity, dynamic range of detection, reproducibility, and the assurance screening with a high speed makes real time PCR according to detect viruses (Niesters, 2002). Therefore, it is done in real time application method with SYBR green PCR to detect RSIV on Snubnose pompano juvenile. This study using the primers 1F and 1R for screening Megalocityvirus, grunt fin cell line for RSIV culture, cloning using pGEM-T easy vector and primer MCPspecR697-F4 and MCP-specR888-R6 for RSIV detection by real-time PCR method using SYBR green.GF cells infected by RSIV showed round and flourescence as a result of CPE at day 5 to 7. Subnose pompano juvenile positive infected by RSIV at 191 bp. Standard curve equation R2: 0.99999, slope: -2.41675 and y-intercept: 38.68938. qPCR using primers MCP-specR674-F4 and MCP-specR888 R6 primer assay showed detection limit of 10 copies of the. Liver, spleen and kidneys of Subnose Dart juvenile were infected by RSIV, positively. The highest of copy number of DNA were shown in the spleen (6054 and 4182 copies DNA, respectively), while in kidney were 101 and 72 copies DNA respectively. The lowest copy number DNA were shown in the liver (1 to 2 copies DNA, respectively). SYBR green quantitative PCR method can be applied to detect RSIV on Subnose pompano juvenile.

Abstrak :
Penelitian penggunaan rumput laut sebagai fitoremediasi limbah budidaya udang vanamei adalah salah satu upaya untuk mengatasi pencemaran perairan dan kerusakan lingkungan yang diakibatkan oleh kegiatan budidaya udang. Penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif, dengan 3 jenis rumput laut sebagai kandidat fitoremediasi yaitu: Caulerpa sp, Gracilaria sp dan Eucheuma sp. Tempat pelaksanaan penelitian adalah Kampus Sekolah Tinggi Perikanan desa Karangantu, Kec. Kasemen Kota Serang Propinsi Banten. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Gracilaria sp memiliki kemampuan biofiltrasi lebih tinggi dibandingkan Caulerpa sp dan Eucheuma sp yaitu kemampuan menyerap limbah organik budidaya udang vanamei baik amonia, nitrit, nitrat dan total bahan organik. Nilai rata-rata tingkat biofiltrasi Gracilaria sp terhadap amonia, nitrit, nitrat dan total bahan organik secara berturut-turut sebesar 36,3 , 20,1 , 30,8 dan 14. Hasil uji skala lapangan menunjukkan bahwa penggunaan rumput laut juga mampu meningkatkan pertumbuhan udang dan kualitas air budidaya. Rata-rata pertumbuhan udang vanamei mencapai 0,3 g/hari dengan tingkat kelangsungan hidup berk isar antara 75-85 . Produktivitas hasil panen udang vanamei berkisar 3,8-4,5 kg/m2 dengan size 53-63 ekor/kg. Kualitas air selama kegiatan budidaya berada dalam kisaran normal dan jauh lebih baik dibandingkan dengan kualitas air di tambak konvensional. Persepsi masyarakat terhadap teknologi fitoremediasi memiliki nilai cukup baik. Teknologi ini diyakini oleh masyarakat memiliki manfaat secara ekologi, ekonomi dan sosial. Bertambahnya nilai manfaat limbah berdampak positif terhadap pemakaian sumberdaya yang lebih efesiensi.

---

AbstractTo overcome environmental pollution and degradation from shrimp farming activities, research on the use of seaweeds for phytoremediation is necessary and gaining momentum. This research employed quantitative approach, with 3 types of seaweed are used as the phytoremediation candidate, namely Caulerpa sp, Gracilaria sp and Eucheuma sp. The research took place at the Jakarta Fisheries University Campus - Karangantu station, Banten. The results showed that Gracilaria sp has higher biofiltration ability than Caulerpa sp and Eucheuma sp, including the ability to absorb organic waste either ammonia, nitrite, nitrate or total organic matter from vanamei shrimp culture. The average biofiltration rates of Gracilaria sp on ammonia, nitrite, nitrate and total organic matter were 36.3 , 20.1 , 30.8 and 14 , respectively. Field trial indicated that the use of seaweed can also increase shrimp growth and improve water quality. The average growth of shrimp reached 0.3 g/day, with survival rate ranging from 75 to 85 . Productivity of vanamei shrimp ranged from 3.8 to 4.5 kg/m2, with the size of 53-63 heads/kg. During the trial, water quality was within the normal range and much better when compared to that of the conventional pond. Public perception on phytoremediation technology appeared to be "good". This technology is believed to possess ecological, economic and social benefits. Increase value of waste benefits would positively affect the utilisation of resources in a more sustainable way.