Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Pada tahun 2007, terjadi waban avian influenza di Indonesia yang menyebabkan tingkat kematian nampir 85%. Melinat tingginya tingkat kematian yang terjadi di Indonesia dibandingkan dengan negara Iainnya yang mengalami waban avian influenza, WHO kemudian mengumumkan banwa virus HPAI H5N1 Indonesia memiliki tingkat patogenisitas tertinggi. Hal ini menjelaskan banwa mutasi yang terjadi baik berupa antigenic drift maupun antigenic shift dapat mempengaruhi tingkat patogenisitas dari virus influenza. Studi dilakukan terhadap hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), dan matrix2 (M2) karena ketiga protein ini mempunyai peranan penting pada proses infeksi virus avian influenza. Analisis mutasi secara in silico dilakukan dengan menggunakan metode multiple allignment disertai pembuatan phylogenetic tree. Mutasi yang diamati untuk hemagglutinin dilakukan pada daerah cleavage site dan active site, sedangkan untuk neuraminidase dan matrix2 dilakukan pada active site. Perubanan sifat asam amino dari hidrofilik menjadi hidrofobik memberikan pengaruh terhadap tingkat patnogenisitas. Hasil analisis mutasi dilanjutkan dengan prediksi pemotongan olen pro-P (furin) khusus untuk HA, prediksi struktur 3D, molecular docking dan molecular dynamic. Berdasarkan hasil analisis mutasi pada daerah cleavage site HA, didapatkan pola untuk H5N1 Indonesia dan Hongkong adalan R-X-KlR-R, nasil prediksi pro-P Furin menunjukkan banwa memang benar pola ini menyebabkan HA H5N1 mudah terpotong olen furin. Hasil analisis struktur 3D menggunakan molecular docking dan molecular dynamic juga menunjukkan HA dan NA yang berasal dari virus H5N1 Indonesia berikatan dengan Iebin baik dengan reseptor sialic acid pada manusia, sedangkan untuk protein M2 virus H5N1 menunjukkan adanya resistensi ternadap obat jenis amantadine dan rimantadine. Berdasarkan hasil analisis yang dilakukan, adanya mutasi pada HA, NA, dan M2 memiliki keterkaitan dengan tingkat patogenisitas dari virus avian influenza H5N1 di Indonesia.

Abstrak :
ABSTRAK Karotenoid terutama β -karoten merupakan mikronutrien panting bagi kesehatan. β -karoten selain merupakan provitamin ,A, teryata juga merupakan anti oksidan, anti karsinogenesis, anti mutagenesis dan dapat meningkatkan sistem imunitas tubuh. Sifat kimia β -karoten antara lain mudah dioksidasi oleh udara. Proses oksidasi lebih dipermudah oleh sinar (cahaya) dan pemanasan. Wortel adalah salah satu sayuran yang kandungan 0-karotennya tinggi. Sejauh ini belum ada laporan mengenai potensial wortel yang telah dipanaskan sebagai sumber β -karoten dan vitamin A. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh pemberian ekstrak wortel yang telah dipanaskan pada beberapa suhu dan waktu pemanasan terhadap kandungan β -karoten dan vitamin A serum dan hati tikus. Kandungan β -karoten serum dan hati ditentukan dengan metoda spektrocnetri menurut Neeld, Pearson dan Olson. β -karoten dan vitamin A diekstraksi dari serum dan hati oleh petroleum eter (PE). Selanjutnya β -karoten ditentukan transmitasinya pada X = 450 nm, sedangkan vitamin A ditentukan tranmitansinya pada X 620 nm setelah fasa PE diuapkan dan ditambah pereaksi TFA-kromogen. Pengaruh pemanasan wortel dari suhu ruang ke 60°C menurunkan kandungan β -karoten dan vitamin serum masing-masing sebesar 18,5% dan 9,2%, kandungan β -karoten dan vitamin hati sebesar 29,8% 'dan 35,85%. Dari suhu 60°C ke 80°C menurunkan kandungan β -karotendan vitamin A serum masing-masing sebesar 31% dan 4,72%, β -karoten dan vitamin A hati sebesar 16,7% dan 2%. Dari suhu 80°C ke 100°C menukan kandungan β -karoten dan vitamin A serum masing-masing sebesar 84% dan 6,16%, kandungan β -karoten dan vitamin A hati 'sebesar 66,66% dan 8%. Wortel yang telah dipanaskan pada suhu "100°C dan waktu pemanasan lebih dari 15 menit ternyata masih merupakan sumber vitamin A yang baik, tetapi tidak meningkatkan kandungan β -karoten serum.

---

ABSTRACT Carotendoids particularly β -carotene is an important mi ro nutrient for human being. Its function not only as provitamin A, but also as an antioxidant, antimutageriesis, anticarcinogenesis and it can modify immune response. Among vegetables which rich in carotenoid, especially β -carotene is carrots. Unfortunately β -carotene is unstable, easily oxidized by air and stimulated by light or heating. Meanwhile no repport on the potentiality of cooked carrots as the source of 0-carotene and vitamin A. The research was done to observe the effect of preheated carrots at various temperatures and time of heating on β -carotene and vitamin A concentration in serum and rat's liver. β-carotene and vitamin A in serum and liver were determined by spectrometric method according to Neeld, Pearson and Olson. 0-carotene and vitamin A were extracted from serum and liver by petroleum ether (PE). β -carotene was directly detected at 450 nm, while vitamin A was detected at 620 nm after evaporating the PE phase and adding the TFA-chromogen reagent. The effect of preheated carrots extract from room temperature to 60pC decreased the concentration of (3-carotene and vitamin A in serum {18,5% and 9,2% respectively), 0-carotene and vitamin A in liver (29,8% and 35,85% respectively). From 60 C to 80C decreased the concentration of 0-carotene and vitamin A in serum (31% and 4,72% respectively), β -carotene and vitamin A in liver ( 16,7% and 2% respectively). From 800C to 100 C decreased the concentration of β --carotene and vitamin A in serum (84% and 6,16% respectively), β -carotene and vitamin A in liver (66,66% and 8% respectively). Preheated carrots extract at 100°C longer than 15 minutes is no more a good source of β -carotene, but still good for vitamin A.

Abstrak :
Kanker servik (mulut rahim) merupakan salah satu penyebab utama kematian wanita yang berhubungan dengan kanker. Diperkirakan terjadi sekitar 500.000 kanker servik baru dan 274.000 kematian setiap tahunnya di dunia dan ± 80% terjadi di negara - negara berkembang. Di Indonesia, insidensi kanker mulut rahim merupakan kanker penyebab kematian Modifikasi hybrid..., Sinta Ria Rahman, FMIPA UI, 2009 nomor satu dari seluruh kanker yang menyerang wanita. Dengan mempertimbangkan tingginya angka kejadian dan mortalitas kanker servik, maka dibutuhkan upaya prevensi untuk menekan insidensi seperti deteksi dini kanker mulut rahim melalui metode hybrid capture. Tahapan yang penting dari metode hybrid capture adalah hibridisasi DNA target dengan RNA probe. Perbaikan hibridisasi DNA-RNA akan meningkatkan efektivitas metode hybrid capture. Untuk itu perlu dirancang probe RNA yang spesifik dengan DNA target dengan cara sequence alignment HPV 16, 18, 52 daerah gen L1 dan HPV 16,18,52 daerah gen L2 untuk mencari kesamaan antar sekuens dan memperoleh conserved region sebagai kandidat probe. Untuk mendapatkan daerah yang spesifik, maka dilakukan seleksi lebih lanjut terhadap conserved region menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Hasilnya diperoleh 2 region terbaik untuk HPV hasil alignment daerah gen L1 dan 7 region terbaik untuk HPV hasil alignment daerah gen L2 yang kemudian ke 9 region terbaik ini ditranskripsi ke RNA. ......Cervical cancer is the main causes of womens death. About 500.000 new cervical cancer and 274.000 women?s died every year in the World. About 80% incidence of this cancer is first occupying in developing countries, especially in Indonesia. Considering about highest mortality of this cervical cancer, we need to depress on incidence, with hybrid capture method for early detected about the cervical cancer. The main steps of a method is hybridization of DNA target with RNA probe. To increase evectivity of hybrid capture method doing by repairing DNA-RNA hybridization. Therefore, we need to designed RNA probe within specific DNA target by means of sequence alignment HPV 16, 18, 52 of gene L1 and HPV 16, 18, 52 of gene L2 to provides similarity sequence and conserved region as probe's. Finding a specific region is done through selection using BLAST. 2 region are determined by HPV L1 and 7 region by HPV L2. Finally, the results are transcripted to RNA.

Abstrak :
Flu babi H1N1 merupakan salah satu penyakit menular akibat virus influenza tipe A yang telah menjadi pandemik dan mortalitasnya sangat tinggi pada manusia. Salah satu pencegahan penularan penyakit tersebut dengan cara vaksinasi. Mengetahui bagian antigenik (epitope) suatu virus merupakan hal penting untuk merancang suatu vaksin. Beberapa epitope telah diprediksi dari perwakilan protein hemagglutinin (HA), neuramidase (NA), dan matrik 2 (M2). Pendekatan in silico dilakukan melalui kombinasi prediksi pada tahap-tahap respon imun oleh adanya antigen yaitu; proteasomal cleavage (NetChop), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), dan Major Histocompatibility complex (MHCPred). Upaya meningkatkan respon imun juga dilakukan dengan memprediksi epitope sel B menggunakan server DiscoTope (conformational epitope) dan BepiPred (sequential epitope). Enam vaksin, yaitu NHM, MHN, HNM, MNH, HMN, dan NMH diperoleh dari 21 kombinasi terbaik epitope sel T dan sel B sebagai representasi variasi allele Human Leukocyte Antigen (HLA) dan protein virus sehingga diharapkan mampu memberikan respon imun. Struktur 3D vaksin diprediksi dan dimodeling menggunakan server CPHModels dan program Swiss-Pdb Viewer (Deep View ). Hasil struktur 3D vaksin dievaluasi menggunakan Ramachandran Plot, BLASTp (database PDB virus), dan FeatureMap3D. Vaksin terdiri dari 258 asam amino dan memiliki kesamaan struktur 3D dengan protein dalam database lebih besar dari 50 %. Terakhir dilakukan molecular docking antara vaksin dengan antibodi dalam database diperoleh 14 clustering dengan waktu yang dibutuhkan sekitar 18 detik dan data energi minimum interaksi antibodi dengan vaksin NHM sebesar -13,6859 kkal/mol. ......Swine flu H1N1 is one of the diseases due to influenza type A virus that has become pandemic and very high mortality to humans. One of the prevention of this disease with a vaccination. Knowing the antigenic (epitope) of a virus is important for designing a vaccine. Some have predicted epitope of representatives from protein hemagglutinin (HA), neuramidase (NA), and matrix 2 (M2). In silico approach was undertaken through a combination of input stages by immune response, namely antigen; proteasomal cleavage (NetChop), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), and Major Histocompatibility Complex (MHCPred). An effort to improve the immune response is also conducted to predict the B-cell epitope using DiscoTope (conformational epitope) and BepiPred (sequential epitope) server. Six vaccines (vaccine NHM, MHN, HNM, MNH, HMN, and NMH) are the best combinations of 21 B-cell epitope and T-cell variations in allele representation as Human Leukocyte antigen (HLA) and protein the virus are expected to provide the immune response. The 3D structure and predicted vaccine was modeled by CPHModels program and the Swiss-PDB Viewer (Deep View). The results of 3D structure of vaccines evaluated using the Ramachandran Plot, BLASTp (protein database human - virus GDP), and FeatureMap3D. Vaccines consist of 258 amino acids have a similar 3D structure with protein in the database bigger than 50 %. The last performed molecular docking between vaccines and antibody was found in the database received 14 of clustering with the time needed about 18 seconds and the minimum energy of antibody interaction with NHM vaccine was -13,6859 kkal/mol.

Abstrak :
Lipase B Candida antarctica (CALB) secara ekstensif dipelajari dalam produksi biodiesel, produk farmasi, deterjen, dan senyawa lainnya secara enzimatis. Salah satu kekurangan penggunaan CALB adalah suhu optimumnya yang relatif rendah pada 40oC (313 K). Tujuan penelitian ini adalah untuk merancang mutan CALB yang lebih termostabil dibanding CALB wild type dengan rekayasa penambahan ikatan disulfida. Simulasi dinamika molekul dilakukan untuk mengamati proses unfolding atau denaturasi termal CALB. Denaturasi termal CALB dipercepat dengan melakukan simulasi pada suhu tinggi. Simulasi dinamika molekul CALB dilakukan dengan perangkat lunak GROMACS pada suhu 300-700 K. Prediksi pasangan residu yang dapat dimutasi menjadi sistein dilakukan dengan perangkat lunak ?Disulfide by DesignTM?. Pemilihan residu yang dimutasi, didasarkan pada hasil analisis fleksibilitas CALB. Berdasarkan hasil analisis tersebut dirancang tiga mutan enzim CALB yaitu Mutan-1 (Leu73Cys/Ala151Cys), Mutan-2 (Trp155Cys/Glu294Cys), dan Mutan- 3 (Thr43Cys/Ser67Cys). Parameter yang digunakan untuk membandingkan termostabilitas enzim mutan dengan wild type adalah RMSD, SASA (solvent accessible surface area), jari-jari girasi (Rg), dan struktur sekunder. Simulasi dinamika molekul yang dilakukan pada ketiga mutan tersebut menunjukkan bahwa Mutan-1 memiliki termostabilitas yang lebih baik dibanding CALB wild type. Diharapkan hasil penelitian ini dapat memberikan saran rancangan mutasi yang dapat diimplementasikan ke dalam laboratorium basah (wet experiment). ......Candida antarctica lipase B (CALB) is extensively studied in enzymatic production of biodiesel, pharmaceutical products, detergents, and other chemicals. One drawback of using CALB is its relatively low optimum temperature at 313 K (40oC). The objective of this research is to design CALB mutant with improved thermostability by introducing extra disulfide bond. Molecular dynamic simulation was conducted to get better insight on the process of thermal denaturation or unfolding in CALB. Thermal denaturation of CALB was accelerated by conducting simulation at high temperature. Molecular dynamic simulation of CALB was performed with GROMACS software package at 300-700 K. Prediction of possible mutation was conducted using ?Disulfide by DesignTM? software. Selection of mutated residues was based on flexibility analysis of CALB. From those analyses, three mutants were designed, which are Mutant-1 (73LeuCys/151AlaCys), Mutant-2 (155TrpCys/294GluCys), and Mutant-3 (43ThrCys/67SerCys). Parameters that were used to compare the thermostability of mutant with wild type enzyme were RMSD, SASA (solvent accessible surface area), radius of gyration (Rg), and secondary structure. Molecular dynamic simulation conducted on those three mutants showed that Mutant-1 have better thermostability compared to wild type CALB. The resulted mutant design will be used as a suggestion to engineer CALB mutant in wet experiment.

Abstrak :
Kanker mulut rahim merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi Human papillomavirus, sampai saat ini cara deteksi yang dilakukan melalui pendekatan genomic yaitu deteksi berdasarkan keberadaan genom HPV, misaikan metode Hybrid Capture dan PGR yang berhasil menolong banyak nyawa wanita. Tujuan jangka panjang penelitian ini adalah mencari suatu protein yang dapat mendeteksi keberadaan HPV sebagai alat deteksi dini. Kanker mulut rahim disebabkan oleh onkoprotein E6 (|an E7 HPV yang mengadakan ikatan dengan tumor suppresor gene sehingga menjadi tidak berfungsi dan akan membuat pembelahan sel menjadi tidak terkontrol. Metode yang digunakan adalah bioinformatik dengan menggunakan data sekuens asam amino onkoprotein HPV dan Juga tumor suppressor gene p53 dan pRb yang bisa didapat dari database. Conserved region yang digunakan adalah tumor suppressor gene p53 dan pRb dari hasil penelitan yang ada kemudian dengan PS! BLAST dicari protein lain yang memiliki f jfTjil!3n|35- Pfrj pp^^Tdiambil p^jp^rapg yang similar dan untuk melihat sebarapa besar similiaritasnya dilakukan mplltiple alignment dengan ClustalW 1.82. Hasil yang didapatkan akan dikembangkan lebih lanjut yang akan digunakan untuk mendeteteksi keberadaan HPV sebagai penyebab utama kanker mulut rahim