Hasil Pencarian

Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 12 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Sari Arta Uli Lumban Toruan
"Expression and reactivity of spike and nucleocapsid recombinant antigens for detection of anti-SARs C0V-2 antibodies

Expression and reactivity of spike and nucleocapsid recombinant antigens for detection of anti-SARs C0V-2 antibodies"
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2020
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Churi Wardah
"Treatment with antiretroviral drugs is the most clinically successful strategy for preventing HIV progression to AIDS. But some patients who have received antiretroviral treatment of undesirable effects are the presence of mutations and virus selection reacted to one or more antiretroviral drugs. Drug resistance testing is extremely important for the management of ART therapy failure in HIV patients. The commercial genotypic tests are too expensive to be used in low income countries. In house method for reverse transcriptase and protease was available in Indonesia. The objective of this study is to develop in house method for integrase inhibitor and evaluated by the analytical sensitivity and specificity, accuracy and reproducibility. First, primer designed and followed by testing primer in specificity comparing to Hepatitis C HCV RNA and total cellular RNA from PBMC. Sensitivity assay was assessed by serial dilution of HIV viral load and several subtypes of HIV 1. Precision and linearity were carried out on 3 replicates of samples from sensitivity. Accuracy was assessed by comparing 5 samples from HIVDR proficiency testing TAQAS and sequences generated by in house method. The primers specific only to HIV. Stable test sensitivity up to 1000 copies ml viral load and sensitive to all tested HIV 1 subtypes. accuracy shows 100 sequence results identic with TAQAS panels.

Terapi antiretroviral merupakan strategi yang paling berhasil secara klinis untuk mencegah progresi HIV ke AIDS. Tetapi pada beberapa pasien yang telah menerima pengobatan antiretroviral terjadi mutasi dan seleksi virus akibat pengobatan. Uji genotyping sangat penting untuk manajemen kegagalan terapi ARV pada pasien HIV. Tes genotyping komersial terlalu mahal untuk digunakan di negara berkembang seperti Indonesia. Metode in-house untuk reverse transcriptase dan protease telah tersedia di Indonesia. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan metode in-house untuk inhibitor integrase dan dievaluasi dengan sensitivitas dan spesifisitas, akurasi, presisi reprodusibilitas. Pertama, primer dirancang dan diikuti dengan pengujian primer pada spesifisitas yang membandingkan RNA Hepatitis C HCV dan total RNA seluler dari PBMC. Uji sensitivitas dinilai dengan dilusi berseri viral load HIV dan beberapa subtipe HIV-1. Presisi dan linearitas dilakukan pada 3 ulangan sampel dari sensitivitas. Akurasi dinilai dengan membandingkan 5 sampel dari uji profisiensi HIVDR TAQAS dan sekuen yang dihasilkan dengan metode in-house. Primer hanya spesifik untuk HIV. Sensitivitas tes stabil sampai viral load 1000 kopi/mL dan sensitif terhadap semua subtipe HIV-1 yang diuji. Keakuratan menunjukkan hasil urutan 100 identik dengan panel TAQAS."
Lengkap +
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2018
T58849
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rizkyana Avissa
"Replikasi virus HIV-1 pada tubuh pasien dapat ditekan dengan penggunaan antiretroviral. Namun virus HIV-1 mudah mengalami mutasi yang menyebabkan penurunan sensitifitas satu atau lebih antiretroviral dalam menahan laju replikasi virus. Oleh karena itu diperlukan kelas antiretroviral baru yang tidak rentan terhadap mutasi virus, misalnya dengan menginhibisi interaksi protein antiviral alami manusia seperti APOBEC3G dengan protein-protein virus. Dalam penelitian ini dilakukan studi pendahuluan untuk membuat sistem penapisan antiretroviral berbasis interaksi protein APOBEC3G dengan protein Vif HIV-1 secara in vitro. Penelitian diawali dengan mendesain gen APOBEC3G yang dapat diekspresikan dengan baik di sistem prokariota. Gen APOBEC3Gopt telah dapat diklona ke plasmid vektor pQE80L dan diekspresikan di E.coli BL21 pada suhu 37 oC dengan induksi IPTG 1 mM, namun berat molekul protein APOBEC3G tidak sesuai dengan teoritis yang diperkirakan diakibatkan oleh pemotongan protein oleh protease. Protein Vif diekspresikan dalam E.coli BL21 Codon Plus pada suhu 37 oC dengan induksi IPTG 1 mM. Purifikasi protein Vif dan APOBEC3G menggunakan IMAC Immobilized Metal Affinity Chromatography matriks NiNTA dilakukan dengan keadaan denaturasi dan telah dilakukan refolding dengan cara dialisis. Protein Vif hasil dialisis dapat berinteraksi dengan protein-protein dalam sel secara in vitro. Protein Vif dan APOBEC3G disuntikkan ke kelinci dan diperoleh antibodi IgG terhadap Vif dan APOBEC3G pada minggu ketiga paska penyuntikan. Optimasi keadaan ELISA yang dilakukan untuk protein Vif menunjukkan konsentrasi protein Vif 25 g/mL, pengenceran serum 1/1.000 dan skim milk sebagai protein blocker, memberikan hasil terbaik. Optimasi keadaan ELISA yang dilakukan untuk protein APOBEC3G menunjukkan konsentrasi protein APOBEC3G 25 g/mL, pengenceran serum 1/1.000 dan skim milk sebagai protein blocker, memberikan hasil terbaik.
HIV 1 replication in vivo can be reduced by using antiretroviral. However, HIV 1 virus is easily mutated that leads to reduction of antiviral sensitifity. Therefore, a new class of antiretroviral which is not susceptible toward viral mutation is highly required. One of the options is to inhibit natural antiviral protein such as APOBEC3G to interact with viral protein Vif HIV 1. This research is a preliminary study to establish a new method to screen antiretroviral candidates which inhibit interaction between APOBEC3G and Vif HIV 1. The research begins with APOBEC3G gene optimization for prokaryotic system. The gene successfully cloned to pQE80L vector and highly expressed in E.coli BL21 strain with 1mM IPTG induction in 37 oC. However, the molecular weight of APOBEC3G protein is not suitable with theoretical molecular weight. Vif protein is expressed in E.coli BL21 Codon Plus strain with 1 mM IPTG induction in 37 oC. Vif and APOBEC3G is purified using IMAC Immobilized Metal Affinity Chromatography method with NiNTA matrix in denaturing condition and successfully refolded using dialysis method. Purified Vif protein can interact with other cellular protein in vitro. Rabbits were immunized with Vif and APOBEC3G protein and high titer of IgG anti Vif and anti APOBEC3G were obtained in 3 weeks after immunization. ELISA technique conducted for Vif protein shows that 25 g mL Vif protein, 1 1.000 serum dilution, and skim milk as the protein blocker give the optimal condition. As for the APOBEC3G protein, the optimal condition obtained is also 25 g mL APOBEC3G protein, 1 1.000 serum dilution, and skim milk as the protein blocker."
Lengkap +
2018
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Aditya Chandra Nugraha
"Pandemi virus SARS-CoV-2 yang terjadi telah membuat kebutuhan untuk pemeriksaan massal deteksi virus menjadi meningkat. Saat ini pemeriksaan gold standard untuk mendeteksi virus SARS-CoV-2 adalah dengan metode reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) yang berbiaya mahal. Oleh karena itu dibutuhkan metode pemeriksaan alternatif yang lebih murah, cepat, dan mudah digunakan sebagai sistem deteksi virus. Metode Loop Mediated Isothermal Amplification LAMP) dapat melakukan reaksi amplifikasi nukleotida pada suhu isothermaltanpa perlu mesin thermal cycler dan dapat diamati langsung dengan penambahan zat pewarna. Metode deteksi virus berbasis LAMP yang dikembangkan menggunakan desain primer yang menarget gen S dan ORF1ab ditambah pewarna Calcein-Mangan dan senyawa tambahan Guanidine Hydrochloride (GuHCl). Sistem deteksi dilakukan optimasi konsentrasi komponen reaksi, suhu dan template yang menggunakan plasmid DNA kontrol. Optimasi didapatkan dengan konsentrasi reaksi FIP/BIP 0,4 µM, F3/B3 0,2 µM, Loop F/P 0,4 µM, Calcein-Mangan 12 µM, dan GuHCl 40 mM. Sistem LAMP yang dikembangkan dapat mendeteksi sekuens gen target pada DNA kontrol hingga 1 copy number dalam waktu sekitar 1 jam pada inkubasi suhu 55 ºC. Meski begitu, sistem LAMP yang dikembangkan belum mapu mengamplifikasi RNA virus SARS-CoV-2 hasil ekstraksi sampel swab pasien. Hal ini disebabkan oleh enzim Bst 3.0 yang dipakai dalam sistem LAMP tidak memiliki kemampuan reverse transcriptase yang diharapkan.

The SARS-CoV-2 virus pandemic has made the need for mass screening of virus detection increased. Currently, the gold standard  test to detect SARS-CoV-2 virus is reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) method that costly. Therefore, an alternative method that is cheaper, faster, and easier to use as a virus detection system is needed. The Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method can perform nucleotide amplification reactions at isothermal temperatures  without the need of thermal cycler  machine and can be observed directly with the addition of coloring agents. The LAMP-based virus detection method development use primers design targeting the S and ORF1ab genes with Calcein-Manganese dyes and the additive compound Guanidine Hydrochloride (GuHCl). The detection system performed optimization of the concentration of reaction components, temperature and template using plasmid DNA control. Optimization was obtained with reaction concentration of FIP/BIP 0.4 μM, F3/B3 0.2 μM, Loop F/P 0.4 μM, Calcein-Manganese 12 μM, and GuHCl 40 mM. The developed LAMP system can detect target gene sequences in control DNA up to  1 copy number in about 1 hour at 55 ºC incubation temperature. Even so, the LAMP system developed still unable to amplify the RNA of the SARS-CoV-2 virus from the extraction of patient swab samples. This issue occurred due to the Bst 3.0 enzyme that used in the reaction did not have reverse transcriptase activity as expected."
Lengkap +
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2022
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ima Magisma
"Coronavirus disease 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh infeksi virus SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan, telah menjadi isu kesehatan publik. Vaksin COVID-19 platform mRNA beserta sistem penghantar LNP, menunjukkan kemampuan ekspresi protein yang baik, serta imunogenisitas yang tinggi. Meskipun demikian, biaya produksi LNP yang tinggi perlu dipertimbangkan apabila produksi skala besar dalam negeri ingin dilakukan. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan ekspresi protein cell-penetrating-peptide (CPP) ALM yang menunjukkan potensi dalam menghantarkan asam nukleat ke dalam sitosol. Pada penelitian ini dilakukan pengklonaan dan ekpresi CPP ALM dalam sistem prokariot. Adapun mRNA penyandi RBD Spike dan mRNA penyandi IRES eGFP ditranskripsi secara in vitro. Interpretasi hasil penelitian dilakukan secara deskriptif dan kualitatif. Protein ALM belum berhasil diekspresi. Analisa struktur sekunder mRNA perlu dilakukan pada penelitian-penelitian selanjutnya untuk memprediksi keberhasilan ekspresi protein. mRNA penyandi RBD Spike dan eGFP belum dapat mengekspresikan protein target. Modifikasi mRNA lebih lanjut perlu dilakukan untuk meningkatkan kemampuan translasi dan stabilitas mRNA.

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) which is caused by SARS-CoV-2 virus infection, attacks the respiratory tract and has become a public health issue. The mRNA platform COVID-19 vaccine along with the LNP delivery system exhibits good protein expression capabilities, as well as high immunogenicity. Nevertheless, the high cost of LNP production needs to be considered if large-scale domestic production is to be carried out. Therefore, in this study, the expression of ALM cell-penetrating-peptide (CPP) protein was carried out which showed the potential to deliver nucleic acids into the cytosol. In this study, cloning and expression of CPP ALM were carried out in a prokaryotic system. The mRNA encoding RBD Spike and the mRNA encoding IRES eGFP were transcribed in vitro. Interpretation of research results is done descriptively and qualitatively. ALM protein has not been successfully expressed. Analysis of mRNA secondary structure needs to be carried out in future studies to predict the success of protein expression. mRNA encoding RBD Spike and eGFP cannot yet express the target protein. Further modification of the mRNA needs to be done to improve the translation ability and stability of the mRNA."
Lengkap +
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2022
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Aulia Tresna Amalia Ilmi
"Infeksi human papillomavirus tipe 16 (HPV16) dapat menyebabkan kanker servikk, penyebab kematian no 2 di dunia. Salah satu pencegahannya adalah dengan imunisasi. Vaksin komersil saat ini merupakan vaksin viral like particles (VLP) diproduksi pada sistem ekspresi yeast dan baculovirus. Sebagai upaya penyediaan vaksin dengan harga lebih ekonomis telah dilakukan pengembangan vaksin DNA dan protein rekombinan L1 HPV16 yang diekspresikan di prokariota. Antigenitas vaksin DNA dan L1 rekombinan diujikan dalam peneltian ini. Penelitian dimulai dari pemindahan L1 dari pUC L1 HPV16 ke pCDNA3.1, ekspresi L1 rekombinan dalam prokariota, pengamatan pembentukan VLP oleh L1 rekombinan dengan transmission electron microscope (TEM), pengujian antigenitas kombinasi vaksin DNA dan protein rekombinan pada BALB/c. Hasil menunjukkan pcDNA3.1 L1 berhasil diperoleh yang dibuktikan dengan analisis enzim restriksi dan sekuensing. L1 rekombinan berhasil membentuk VLP, vaksin komposisi 12,5 μg pcDNA3.1 L1 dikombinasikan 2 μg L1 rekombinan menginduksi titer antibodi endpoint tertinggi pada pengambilan serum terakhir yaitu 23.55 (p<0.05) dibandingkan vaksin 12,5 μg pcDNA3.1 L1 (2.775) dan 2 μg L1 rekombinan (10.45) yang diberikan secara terpisah setelah 3 kali imunisasi. Sebagai kesimpulan pCDNA3.1L1 berhasil diperoleh, protein L1 rekombinan dapat membentuk VLP dan pemberian kombinasi pcDNA3.1 L1 dan L1 rekombinan menginduksi respon kekebalan tubuh lebih bagus dibandingkan pemberian secara terpisah.

Infection with human papillomavirus type 16 (HPV16) can cause cervical cancer, the second cause of death in the world. One way to prevent it is with a barrier. The current commercial vaccine is a viral like particle (VLP) vaccine produced on yeast and baculovirus expression systems. As an effort to provide a vaccine at a more economical price, a DNA vaccine and a recombinant L1 HPV16 protein that are expressed in prokaryotes have been developed. The antigenicity of recombinant DNA and L1 vaccines was tested in this study. The research started with the transfer of L1 from pUC L1 HPV16 to pCDNA3.1, expression of recombinant L1 in prokaryotes, assessment of VLP formation by recombinant L1 with transmission electron microscopy (TEM), testing the antigenicity of a combination of DNA vaccines and recombinant protein on BALB/c. The results showed that pcDNA3.1 L1 was successfully obtained, as evidenced by restriction enzyme analysis and sequencing. The recombinant L1 succeeded in forming a VLP, the composition of the vaccine 12.5 µg PCDNA3.1 L1 combined 2 µg L1 recombinant induced the highest endpoint antibody titer (10.45) which was given 23.55 (p <0.05) compared to the 12.5 µg vaccine PCDNA 3.1 L1 (2,775) and 2 µg L1 recombinant (10.45) given by 3 times. As a conclusion, pCDNA3.1L1 was successfully obtained, recombinant L1 protein can form VLP and provide a combination of recombinant pcDNA3.1 L1 and L1 induce an immune response better than administration separately."
Lengkap +
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Chairunisa Fadhilah
"Protein Transaktivator transkripsi (Tat) adalah protein regulator HIV-1 berfungsi sebagai aktivator transkripsi genom HIV-1. Varian protein Tat-Eli adalah aktivator transkripsi paling kuat daripada varian lain melalui induksi promotor LTR HVI-1. Kemampuan tersebut digunakan sebagai kontrol positif dalam pengembangan uji infeksitivitas HIV-1 berbasis gene reporter eGFP diregulasi LTR HIV-1. Pengembangan uji infeksivitas tersebut menawarkan waktu deteksi infeksi lebih singkat daripada uji p24 pada uji fenotipik. Penelitian ini bertujuan untuk mengekspresikan protein rekombinan Tat-Eli di sistem ekpresi prokariot dan mempurifikasinya sehingga dapat dijadikan kontrol positif penginduksi promotor. Pada penelitian ini dilakukan pengklonaan gen sintetik Tat-Eli ke vektor pQE80L. Protein rekombinan Tat-Eli dipurifikasi menggunakan Ni-NTA. Pengklonaan ulang gen reporter eGFP disisipkan setelah promotor LTR HIV-1. Aktivitas protein rekombinan Tat-Eli terhadap ekspresi eGFP di sel mamalia dinilai berdasarkan persentase sel pengekspresi eGFP dan intensitas cahaya eGFP.Konstruksi plasmid rekombinan membawa gen Tat-Eli, pQETat, berhasil dibuat, diekspresikan dan dipurifikasi kondisi native. Plasmid pengekspresi eGFP  dengan promoter HIV-1, pLTReGFP berhasil dikonstruksi. Penambahan Tat-Eli rekombinan pada sel mamalia yang ditransfeksi pLTReGFP menunjukkan perbedaan intensitas cahaya eGFP yang bermakna dan paling tinggi dari semua perlakuan. Protein rekombinan Tat-Eli dapat diekspresikan dan dipurifikasi secara optimal dari E.coli. Penambahan protein Tat-Eli pada sel yang ditransfeksi pLTReGFP meningkatkan intensistas cahaya eGFP.

Transcriptional Transactivator Protein (Tat) is an HIV-1 regulatory protein functioning as an activator of HIV-1 genome transcription. The Tat-Eli protein variant was the most potent transcriptional activator than other variants through the induction of the HVI-1 LTR promoter. This ability was used as a positive control in the development of an HIV-1 infection test based on the eGFP reporter gene regulated by LTR HIV-1. The development of the infectiousness test offers a shorter infection detection time than the p24 test in the phenotypic test. This study aims to express Tat-Eli recombinant protein in the prokaryotic expression system and to purify it so that it can be used as a positive control inducer of the promoter. In this study, synthetic Tat-Eli gene was cloned into the pQE80L vector. Tat-Eli recombinant protein was purified using Ni-NTA. Recloning of the eGFP reporter gene was inserted after the HIV-1 LTR promoter. The activity of Tat-Eli recombinant protein on eGFP expression in mammalian cells was assessed based on the percentage of eGFP-expressing cells and eGFP light intensity. The recombinant plasmid construction carrying the Tat-Eli gene, pQETat was successfully generated, expressed and purified in native conditions. An eGFP-expressing plasmid with HIV-1 promoter, pLTReGFP was successfully constructed. The addition of recombinant Tat-Eli to mammalian cells transfected with pLTReGFP showed a significant difference in eGFP light intensity and was the highest of all treatments. Tat-Eli recombinant protein can be optimally expressed and purified from E. coli. The addition of Tat-Eli protein in pLTReGFP-transfected cells increased eGFP light intensity."
Lengkap +
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2022
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Fathurrohim
"Latar belakang: Dari 36,9 juta orang yang terinfeksi oleh Human Immunodeficiency Virus (HIV) pada akhir tahun 2018 di seluruh dunia, terdapat sekitar 1-2 juta yang terinfeksi HIV-2. Meskipun HIV-2 kurang patogen dibandingkan dengan HIV-1, misdiagnosis infeksi HIV-2 dapat menyebabkan kegagalan pengobatan yang berujung pada perkembangan Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). Diagnostik yang akurat diperlukan untuk menentukan apakah suatu individu telah terinfeksi HIV-1, HIV-2 atau koinfeksi HIV-1 dan HIV-2. Metode: Penelitian ini menggunakan DNA sintetik penyandi antigen rekombinan gp125-gp36 HIV-2 yang bersifat immunodominan, lestari, telah dioptimasi kodon untuk sistem ekspresi E. coli, dan telah dianalisis struktur sekunder mRNAnya. DNA sintetik diklona ke plasmid pQE80L untuk diekspresikan, kemudian dipurifikasi menggunakan kromatografi afinitas Ni-NTA. Antigen rekombinan kemudian diuji reaktivitasnya dengan antibodi anti-HIV-2, serta 7 serum positif HIV-1, HBV, HCV, dan serum normal.
Hasil: Gen sintetik berhasil dikonstruksi pada plasmid pQE80L dan dapat diekspresikan dengan induksi 0,1 mM IPTG selama 4 jam. Antigen rekombinan terpurifikasi secra optimal pada kondisi denature dengan pH elusi 4,5. Selanjutnya, hasil uji reaktivitas menunjukkan hasil reaktif untuk antibodi anti HIV-2 dan tidak tidak reaktif untuk 7 sampel serum positif HBV, HCV, dan serum normal. Sedangkan untuk serum positif HV-1, terdapat hasil reaktif pada sampel serum nomor 3 yang diduga disebabkan oleh protein kontaminan dari E. coli.
Kesimpulan: Antigen rekombinan gp125-gp36 HIV-2 untuk deteksi antibodi anti-HIV-2 telah berhasil dikembangkan, akan tetapi perlu dilakukan optimasi lebih lanjut untuk mendapatkan antigen rekombinan yang benar-benar murni.

Background: From 36.9 million people worldwide infected by the Human Immunodeficiency Virus (HIV) at the end of 2018, 1-2 million are infected by HIV-2. Although HIV-2 is less patogenic than HIV-1, misdiagnostic of HIV-2 infection could effect to treatment failure which leads to development of Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). Accurately diagnostic is required to ascertain whether an individual has been infected HIV-1, HIV-2, or HIV-1 and HIV-2 co-infection.
Method: This study used immunodominant and sustainable synthetic DNA encoding of recombinant antigen gp125-gp36 HIV-2 which was optimized by codon for E. coli expression system, and analyzed the secondary structure of its mRNA. Synthetic DNA was cloned to the pQE80L plasmid to be expressed, purrifyed using Ni-NTA affinity chromatography. Recombinant antigen therefore was verified for reactivity by anti-HIV-2 antibodies and 7 positive serum of HIV-1, HBC, HCV, and normal serum.
Result: The synthetic gene was succesfully constructed on pQE80L plasmid and able to be expressed by induction of 0.1 mM IPTG for 4 hours. Recombinant antigen was optimally purified in denature conditions due to elusion pH of 4.5. Furthermore, the reactivity test revealed reactive result for anti HIV-2 antibodies and unreactive to 7 positive sample serum of HBC, HCV, and normal serum. While positive serum HIV-1 demonstrate a reactive result in sample serum number 3 supposed causing by protein contaminants from E. Coli. Conclusion: Recombinant antigen gp125-gp36 HIV-2 for the detection anti HIV-2 antibodies has been succesfully developed, however further optimization is required in case to obtain truly pure recombinant antigens.
"
Lengkap +
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2019
T59209
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Debie Rizqoh
"Indonesia is one country with highest number cases of H5N1 influenza virus infection. Therefore, it is necessary to attempt to overcome the infection and prevent a pandemic. Vaccines are one of the effective efforts for the prevention of infectious diseases. This study will be developed H5N1 virus-like particle (VLP) vaccine detection system with green fluorescent protein (GFP). H5N1 VLP and GFP protein encoding plasmid was constructed in a transient pBACgus4x-1 which has four promoters of baculovirus expression, two polh promoters and two p10 promoters. Construction of plasmid transient conducted gradually. Each H5N1 VLP protein (HA, NA, and M) encoding gene and the eGFP gene was inserted in a different promoter.
Based on analysis of polymerase chain reaction (PCR), restriction enzymes and sequencing, the recombinant plasmid construction pBACM1H5N1eGFP successfully obtained. Co-transfection of pBACM1H5N1eGFP with BacVector® 1000 showed GFP successfully expressed. GFP expressed continuously from co-transfection until 5th passage and used as a parameter of recombinant baculovirus infection and VLP encoding protein expression. Until the passage of the 5th, the highest percentage of expression is 3%. PCR results have confirmed the presence of VLP and GFP gene in Sf9 cells infected with recombinant baculovirus.
Results of immunostaining using polyclonal antibodies against HA, NA and M are observed in confocal microscopy have shown the presence of H5N1-forming protein expression is at GFP expressing cells. GFP detection system to control the H5N1 VLP expression has been successfully performed. The increase of titer recombinant baculovirus in Sf9 cells is required to detect recombinant baculovirus and VLP.

Indonesia merupakan salah satu negara dengan kasus infeksi virus influenza H5N1 terbanyak dibandingkan negara lainnya. Oleh karena itu perlu dilakukan usaha untuk menanggulangi infeksi dan mencegah terjadinya pandemi. Vaksin merupakan salah satu upaya yang efektif untuk pencegahan penyakit infeksi. Dalam penelitian ini akan dikembangkan vaksin virus-like particle (VLP) H5N1 dengan sistem pendeteksi green fluorescent protein (GFP). Protein pengkode VLP H5N1 dan GFP dikonstruksi dalam satu plasmid transien pBACgus4x-1 yang memiliki empat promotor ekspresi baculovirus yaitu dua promotor polh dan dua promotor p10. Konstruksi plasmid transien dilakukan secara bertahap. Setiap gen pengkode VLP H5N1 (HA, NA, dan M) serta gen eGFP diinsersi di promotor yang berbeda.
Berdasarkan hasil analisis polymerase chain reaction (PCR), enzim restriksi dan sekuensing, konstruksi plasmid rekombinan pBACM1H5N1eGFP berhasil diperoleh. Kotransfeksi pBACM1H5N1eGFP dengan BacVector® 1000 memperlihatkan GFP berhasil diekspresi. Protein GFP berhasil diekspresi secara kontinu dari tahap ko-transfeksi hingga pasase ke-5 dan dijadikan sebagai parameter infeksi baculovirus rekombinan dan ekspresi protein pembentuk VLP. Hingga pasase ke-5, persentase ekspresi paling tinggi hanya 3%. Hasil PCR telah mengkonfirmasi adanya gen penyandi VLP dan GFP di sel SF9 yang terinfeksi baculovirus rekombinan.
Hasil immunostaining menggunakan antibodi poliklonal terhadap HA, NA dan M yang diamati pada mikroskop konfokal telah menunjukkan adanya ekspresi protein pembentuk H5N1 yang berada pada sel pengekspresi GFP. Sistem pendeteksi GFP untuk kontrol ekspresi VLP H5N1 telah berhasil dilakukan. Peningkatan titer baculovirus rekombinan pada sel SF9 diperlukan untuk mendeteksi Baculovirus rekombinan dan VLP."
Lengkap +
Depok: Universitas Indonesia, 2015
T58720
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Debie Rizqoh
"Indonesia is one country with highest number cases of H5N1 influenza virus infection. Therefore, it is necessary to attempt to overcome the infection and prevent a pandemic. Vaccines are one of the effective efforts for the prevention of infectious diseases. This study will be developed H5N1 virus-like particle (VLP) vaccine detection system with green fluorescent protein (GFP). H5N1 VLP and GFP protein encoding plasmid was constructed in a transient pBACgus4x-1 which has four promoters of baculovirus expression, two polh promoters and two p10 promoters. Construction of plasmid transient conducted gradually. Each H5N1 VLP protein (HA, NA, and M) encoding gene and the eGFP gene was inserted in a different promoter.
Based on analysis of polymerase chain reaction (PCR), restriction enzymes and sequencing, the recombinant plasmid construction pBACM1H5N1eGFP successfully obtained. Co-transfection of pBACM1H5N1eGFP with BacVector® 1000 showed GFP successfully expressed. GFP expressed continuously from co-transfection until 5th passage and used as a parameter of recombinant baculovirus infection and VLP encoding protein expression. Until the passage of the 5th, the highest percentage of expression is 3%.
PCR results have confirmed the presence of VLP and GFP gene in Sf9 cells infected with recombinant baculovirus. Results of immunostaining using polyclonal antibodies against HA, NA and M are observed in confocal microscopy have shown the presence of H5N1-forming protein expression is at GFP expressing cells. GFP detection system to control the H5N1 VLP expression has been successfully performed. The increase of titer recombinant baculovirus in Sf9 cells is required to detect recombinant baculovirus and VLP.

Indonesia merupakan salah satu negara dengan kasus infeksi virus influenza H5N1 terbanyak dibandingkan negara lainnya. Oleh karena itu perlu dilakukan usaha untuk menanggulangi infeksi dan mencegah terjadinya pandemi. Vaksin merupakan salah satu upaya yang efektif untuk pencegahan penyakit infeksi. Dalam penelitian ini akan dikembangkan vaksin virus-like particle (VLP) H5N1 dengan sistem pendeteksi green fluorescent protein (GFP). Protein pengkode VLP H5N1 dan GFP dikonstruksi dalam satu plasmid transien pBACgus4x-1 yang memiliki empat promotor ekspresi baculovirus yaitu dua promotor polh dan dua promotor p10. Konstruksi plasmid transien dilakukan secara bertahap. Setiap gen pengkode VLP H5N1 (HA, NA, dan M) serta gen eGFP diinsersi di promotor yang berbeda.
Berdasarkan hasil analisis polymerase chain reaction (PCR), enzim restriksi dan sekuensing, konstruksi plasmid rekombinan pBACM1H5N1eGFP berhasil diperoleh. Kotransfeksi pBACM1H5N1eGFP dengan BacVector® 1000 memperlihatkan GFP berhasil diekspresi. Protein GFP berhasil diekspresi secara kontinu dari tahap ko-transfeksi hingga pasase ke-5 dan dijadikan sebagai parameter infeksi baculovirus rekombinan dan ekspresi protein pembentuk VLP. Hingga pasase ke-5, persentase ekspresi paling tinggi hanya 3%.
Hasil PCR telah mengkonfirmasi adanya gen penyandi VLP dan GFP di sel SF9 yang terinfeksi baculovirus rekombinan. Hasil immunostaining menggunakan antibodi poliklonal terhadap HA, NA dan M yang diamati pada mikroskop konfokal telah menunjukkan adanya ekspresi protein pembentuk H5N1 yang berada pada sel pengekspresi GFP. Sistem pendeteksi GFP untuk kontrol ekspresi VLP H5N1 telah berhasil dilakukan. Peningkatan titer baculovirus rekombinan pada sel SF9 diperlukan untuk mendeteksi Baculovirus rekombinan dan VLP."
Lengkap +
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2   >>