Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Latar Belakang: Penyakit avian influenza subtipe H5N1 Asian lineage yang mulai mewabah di kawasan Asia, Afrika dan Eropa sejak tahun 1997 selain menimbulkan kerugian ekonomi yang sangat signifikan juga mengancam aspek kesehatan manusia dimana sejumlah korban meninggal dunia karena infeksi virus yang bersifat zoonosis. Penanganan penyakit dilakukan dengan antiviral yang berbasis neuraminidase inhibitor. Permasalahan timbul sebagai akibat mutasi beberapa strain virus menjadi resisten terhadap antiviral yang ada. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan desain antiviral alternatif berbasis siRNA terhadap gen nucleoprotein yang lebih sesuai terhadap virus avian influenza subtipe H5N1 yang bersirkulasi di Indonesia. Metode: Desain siRNA dilakukan secara in silico dengan program siDirect 2.0 berdasarkan 210 sekuen gen nucleoprotein virus H5N1 yang bersirkulasi di Indonesia. Dua kandidat siRNA-NP672 dan siRNA-NP1433 dipilih berdasarkan kajian bioinformatik. Selanjutnya, kedua kandidat siRNA-NP tersebut ditantang secara in vitro pada sel Mabin-Darby canine kidney (MDCK) terhadap virus H5N1 asal Indonesia clade 2.1.3 dan 2.3.2 dengan menggunakan siRNA-NP1496 sebagai pembanding. Paramater yang diamati adalah produksi virus dan ekspresi gen virus. Terakhir, analisa mutasi gen nucleoprotein virus H5N1 dilakukan untuk melihat paparan siRNA-NP secara berulang kali. Hasil: Kandidat siRNA-NP672 memberikan efek penurunan infeksi virus H5N1 yang lebih baik dalam menurunkan tingkat infeksi virus HPAI subtipe H5N1 baik clade 2.1.3 dan 2.3.2 secara in vitro pada sel MDCK yang dicerminkan dengan titer produksi virus dibandingkan dua desain lainnya yaitu siRNA-NP1433 dan siRNA-NP1496. Pemberian siRNA-NP672 juga memberikan efek peredaman yang lebih tinggi dan konsisten terhadap ekspresi gen-gen virus, antara lain nucleoprotein, polymerase acidic, hemagglutinin, neuraminidase, Matrix, dan non-structural. Hasil kajian bioinformatik terhadap struktur sekunder dan tersier RNA gen nucleoprotein menunjukkan bahwa target siRNA-NP672 lebih berinteraksi karena memiliki bagian bebas (loop) yang lebih banyak dibandingkan dua kandidat siRNA-NP lainnya. Selanjutnya, paparan siRNA-NP tidak memicu terjadinya mutasi gen target pada virus H5N1 baik clade 2.1.3 dan clade 2.3.2 setelah 3 kali paparan. Kesimpulan: Desain siRNA-NP672 menunjukkan prospek yang lebih baik dalam menurunkan tingkat infeksi virus avian influenza subtipe H5N1 baik clade 2.1.3 dan clade 2.3.2. ......Introduction: Avian influenza disease outbreak of subtype H5N1 Asian lineage that has spread in Asia, Africa, and European continental since 1997 caused massive economic drawbacks as well as a zoonotic threat where numerous deaths related to viral infection. The treatment of viral infection has been done with antiviral based on neuraminidase inhibitors. However, mutation of numerous virus strains has been confirmed that may lead to resistance against current antivirals. This study's objective was to design an alternative antiviral based on siRNA targeting nucleoprotein gene that is more suitable for the avian influenza viruses subtype H5N1 circulating in Indonesia. Methods: The siRNA design was accomplished in silico using the siDirect 2.0 program based on 210 nucleoprotein gene sequences of H5N1 viruses circulating in Indonesia. Two siRNA candidates (siRNA-NP672 and siRNA-NP1433) were chosen based on bioinformatic analyses. Subsequently, these siRNA-NP candidates were challenged in vitro in Mabin-Darby canine kidney cell culture against the Indonesian H5N1 both clade 2.1.3 and clade 2.3.2 using siRNA-NP1496 as a comparison. The parameters analyzed within the study are including virus production and viral gene expression level. Finally, mutation analysis was performed to evaluate the effect of three serial siRNA-NP exposures to the target gene of the H5N1 viruses. Results: The siRNA-NP672 provides a better reduction of the H5N1 viral infection, especially on viral production titer for both clade 2.1.3 and clade 2.3.2 compared to the two other siRNA candidates, including siRNA-NP1433 and siRNA-NP1496. The siRNANP672 also provides a better and more consistent reduction of viral gene expression levels, including nucleoprotein, polymerase acidic, hemagglutinin, neuraminidase, Matrix, dan non-structural. This finding was confirmed by bioinformatic analyses of the siRNA-NP672 biding site in the secondary and tertiary structure of the nucleoprotein gene which has more free parts (loop) compared to the two other siRNA-NP candidates. Subsequently, three serial exposures of siRNA-NP do not induce any mutation on the target site of the nucleoprotein gene of the H5N1 virus both clade 2.1.3 and 2.3.2. Conclusion: The design of siRNA-NP672 provides a better prospect to reduce the Indonesian avian influenza virus subtype H5N1 infection for both clade 2.1.3 and 2.3.2.

Abstrak :
Latar Belakang. Candida albicans (C. albicans) merupakan flora normal rongga mulut sebagai agen utama infeksi kandidiasis oral. Asap rokok dilaporkan sebagai salah satu faktor peningkatan biofilm dan transisi perubahan morfologi C. albicans. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis peran cigarette smoke condensate (CSC) terhadap pembentukan biofilm dan transisi perubahan morfologi C. albicans isolat saliva. Metode Candida albicans isolat saliva perokok dikultur pada CHROM Agar dan disetarakan dengan Mc. Farland 0,5 (1 × 108 CFU/ml). Selanjutnya diuji potensi pembentukan biofilm berdasarkan optikal densitas spektrofotometri pada panjang gelombang 620 nm yang hasilnya dianalisis dengan one way anova. Sedangkan transisi perubahan morfologi sel C. albicans setelah disensitisasi dengan CSC kretek dan non-kretek diamati dengan mikroskop pada pembesaran 1000x. Hasil. Akititas CSC non kretek lebih kuat menginduksi pembentukan biofilm dibandingkan dengan CSC kretek, khususnya pada waktu 24, 48, dan 72 jam (p<0,05) dibandingkan masa inkubasi 12 jam, dengan korelasi yang sangat kuat (p<0,01), hal ini sejalan dengan profil massa biofilm yang diamati secara visual dengan mikroskop. Hasil tersebut sejalan dengan transisi perubahan morfologi C. albicans dari blastospora ke bentuk psudohypha dan hypha yang diinduksi dengan CSC non-kretek lebih baik dibandingkan dengan CSC kretek dan C. albicans isolat saliva (tanpa sensitisasi dengan CSC). Kesimpulan. CSC kretek dan non-kretek dapat meningkatkan pembentukan biofilm Candida albicans isolat saliva, sekaligus mempercepat perubahan transisi morfologi dari blastospora menjadi pseudohypha dan hypha. ......Candida albicans (C. albicans) is a commensal of oral cavity and the main agent of oral candidiasis. Cigarette smoke is reported as predispose factors of biofilm formation and transition of morphological changes of C. albicans. This study to analyze the role of cigarette smoke condensate (CSC) on biofilm formation and transition of morphological changes of C. albicans saliva isolates. Candida albicans smoker saliva isolate is cultured on CHROM-Agar and synchronized with Mc. Farland 0.5 (1×108 CFU/ml). Biofilm assay based on spectrophotometric density at 620 nm wavelength and data analyzed by one way ANOVA. The biofilm mass and transition of morphological changes of C. albicans cells was observed by light microscope at 1000x magnification. Result study shown The CSC no-kretek strongly induced the formation of biofilms compared with CSC kretek, particularly at 24, 48, and 72 hours (P<0.05) compared to the 12-hour, correlation (P<0.01) in accordance with the biofilm mass observed by light microscope also consistent the transition of C. albicans morphological changes from blastospora to pseudohypha and hypha (P<0,05). CSC kretek and non-kretek could increase the biofilm formation of Candida albicans saliva isolates, simultaneously accelerating the morphological transition changes from blastospora to pseudohypha and hypha.

Abstrak :
Latar Belakang: Avian influenza merupakan penyakit infeksius yang mudah menular secara aerosol. Salah satu subtipenya yakni H9N2 mewabah pertama kali di wilayah peternakan unggas di Indonesia pada tahun 2016 dan dilaporkan membawa gen yang cenderung menginfeksi sel mamalia. Antiviral berbasis sialidase dikembangkan sebagai pencegahan dan pengobatan infeksi virus saluran pernafasan seperti avian influenza yang membutuhkan sialic acid sebagai pintu masuknya virus ke dalam sel. Penelitian ini bertujuan mengembangkan antiviral berbasis sialidase asal bakteri Pasteurella multocida, khususnya terhadap infeksi subtipe H9N2. Metode: Penelitian diawali dengan kultur Pasteurella multocida yang secara genetik hanya mengandung satu jenis sialidase yakni NanB. Sialidase dipurifikasi melalui metode kloroform, dan dilanjutkan dengan ion exchange chromatography dan affinity chromatography. NanB sialidase yang dihasilkan diuji aktivitasnya pada suhu, pH dan lama waktu inkubasi yang berbeda. Uji toksisitas dan spesifisitas NanB sialidase dilakukan dengan menggunakan berbagai dosis sialidase pada media sel darah merah ayam dan kelinci serta sel MDCK. Dilanjutkan dengan uji hambatan infeksi virus avian influenza H9N2 dan ekspresi gen penyandi apoptosis sebagai respon sel terhadap infeksi avian influenza H9N2. Hasil: Pasteurella multocida B018 terbukti menghasilkan NanB sialidase dengan berat molekul sekitar 55 kDa. NanB sialidase yang dihasilkan bersifat stabil pada suhu 37℃ dan pH 5 hingga 7 meskipun mengalami penurunan aktivitas pada 72 jam inkubasi. Dosis 0.258 U/ml merupakan dosis toksik yang melisiskan sel darah merah dan merusak sel MDCK. Dosis efektif yang mampu menghirolisis sialic acid adalah 0.129 U/ml, namun NanB sialidase cenderung menghidrolisis sialic acid Neu5Acα(2,6)-Gal pada mamalia. Dosis tersebut juga mampu menghambat ikatan virus H9N2 pada sel darah merah serta menekan jumlah infeksi virus pada sel MDCK tanpa menyebabkan peningkatan ekspresi gen penyandi apoptosis sel. Kesimpulan: NanB Sialidase asal bakteri Pasteurella multocida berpotensi sebagai antivirus avian influenza melalui hilangnya sialic acid akibat proses hidrolisis yang terjadi. ......Background: Avian influenza is an infectious disease easily transmitted by aerosol. One of the subtypes, H9N2, first appeared in poultry farming areas in Indonesia in 2016 and was reported to carry a gene that tends to infect mammalian cells. Sialidase-based antivirals were developed to prevent and treat viral respiratory infections such as avian influenza, which require sialic acid as the entry point for viruses to enter cells. This study aims to develop a sialidase-based antiviral from the Pasteurella multocida, especially against infection with the H9N2 subtype. Methods: The research started with Pasteurella multocida culture, which contains only one type of sialidase, NanB. Sialidase was purified by the chloroform method and followed by ion-exchange chromatography and affinity chromatography. NanB sialidase was tested for its activity at different temperatures, pH, and incubation times. The toxicity and specificity test of NanB sialidase was carried out using various doses of sialidase on chicken and rabbit red blood cells and MDCK cells, followed by the inhibition test of avian influenza H9N2 virus infection and expression of apoptotic coding genes as a cell response to avian influenza H9N2 infection. Results: Pasteurella multocida B018 produced NanB sialidase with a molecular weight of about 55 kDa. The resulting NanB sialidase was stable at 37℃ and pH 5 to 7, although it decreased in activity at 72 hours of incubation. The dose of 0.258 U/ml is a toxic dose that lyses red blood cells and destroys MDCK cells. The effective dose capable of hydrolyzing sialic acid is 0.129 U/ml, but NanB sialidase tends to hydrolyze Neu5Acα(2,6)-Gal sialic acid in mammals. This dose also inhibited the binding of the H9N2 virus on red blood cells. It suppressed the number of viral infections in MDCK cells without increasing the expression of genes encoding cell apoptosis. Conclusion: NanB Sialidase from Pasteurella multocida has the potential as an antiviral for avian influenza through the loss of sialic acid due to the hydrolysis process