Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Tuberkulosis (TB) masih menjadi masalah kesehatan utama di Indonesia. Salah satu penyebab tingginya kasus TB disebabkan adanya resistensi Mycobacterium tuberculosis (Mtb) terhadap obat anti tuberkulosis. Isoniazid (INH) yang merupakan salah satu obat lini pertama dalam pengobatan TB adalah pro-drug yang akan diubah menjadi bentuk aktifnya melalui aktivitas protein KatG Mtb. Mutasi pada gen katG yang mengkode protein KatG kemungkinan mempengaruhi aktivitas katalase dan peroksidase protein sehingga menyebabkan resistensi Mtb terhadap INH. Dalam studi ini, dilakukan kontruksi plasmid rekombinan protein KatG tipe liar dan protein KatG dengan mutasi baru pada residu N330D dan H400Y, serta mutasi yang umum dijumpai pada residu S315T dan S315N. Ekspresi protein KatG rekombinan dilakukan menggunakan host E. coli. Over ekspresi kelima protein rekombinan KatG terjadi setelah induksi IPTG. Purifikasi protein KatG rekombinan dilakukan berdasarkan prinsip kromatografi afinitas menggunakan Nikel sepharose. Setelah purifikasi diperoleh protein KatG yang murni. Aktivitas katalase dan peroksidase protein rekombinan KatG diukur pada berbagai konsentrasi substrat yang diperlukan dalam pengukuran efisiensi katalitik kedua aktivitas protein KatG. Hasilnya menunjukkan bahwa mutan protein KatG memiliki efisiensi katalitik yang lebih rendah dari protein KatG tipe liar. Penurunan efisiensi katalitik aktivitas katalase mutan N330D dan H400Y sebesar 31% dan 37% dan untuk aktifitas peroksidase sebesar 39% dan 3% dibandingkan KatG tipe liar. Struktur 3 dimensi protein KatG dari mutan tersebut dibuat menggunakan perangkat Modeller dan divisualisasikan menggunakan perangkat Pymol. Tidak terdapat adanya perubahan konformasi 3 dimensi protein KatG mutan dibandingkan dengan struktur 3 dimensi protein KatG tipe liar. Namun, letak residu N330D dan H400Y yang berada dekat daerah aktif ikatan INH pada protein KatG kemungkinan berpengaruh terhadap penurunan aktivitas enzimatik protein KatG.

---

ABSTRACT
Tuberculosis (TB) is currently a major health problem in Indonesia. One of the many causes of the high incident of TB is due to the resistance of the Mycobacterium tuberculosis (Mtb) to anti-TB drugs. Isoniazid (INH), one of the first line anti-TB drugs for TB treatment, is a pro-drug that is converted to its active form through the activity of Mtb KatG protein. Mutations in the katG gene encoding KatG may affect the catalytic efficiency of the catalase and peroxidase activities of the protein that eventually confers resistance to INH. In this study, recombinant plasmids containing katG gene that have new mutations on residue N330D dan H400Y, wild type, as well as mutant proteins with common mutations at residue S315T and S315N were constructed. Expression of recombinant KatG was performed using E. coli as an expression host. Over expression of recombinant KatG was facilitated by IPTG induction. Purification of recombinant KatG was performed using affinity chromatography employing Nickel sepharose. Pure recombinant proteins were obtained, and the catalase and peroxidase activities of the recombinant KatG protein were measured at various concentration of substrates. Result showed that mutant KatGs have a lower catalytic efficiency for both catalase and peroxidase activities than the wild type protein. Decreasing catalytic efficiency for catalase of mutants N330D and H400Y were 31% and 37% than that of wild type KatG, while catalytic efficiency for peroxidase of mutants N330D and H400Y were 39% and 3% lower than that of wild type. Three dimensional structures of mutant KatGs were generated using Modeller and visualized using PyMol softwares. The three dimensional structural of mutant KatG showed no conformational change compared with that of wild type KatG. However, the location of residues N330D and H400Y which are in the close proximity to the active site of KatG for INH binding is likely to have an effect on the decreased enzymatic activities of mutant KatG proteins.

Abstrak :
Penyusutan populasi gajah sumatra (Elephas maximus sumatranus) secara drastis selama 20 tahun terakhir menempatkan gajah sumatra sebagai satwa yang sangat terancam (critically endangered). Informasi mengenai rasio seks, struktur usia, serta sebaran spasial diperlukan sebagai informasi dasar untuk merancang strategi konservasi yang tepat bagi spesies tersebut. Penentuan seks individu gajah dilakukan dengan metode PCR untuk mengamplifikasi daerah SRY1 dan AMELY2 pada kromosom Y dan daerah PLP1 pada kromosom X, menggunakan sampel feses yang dikoleksi secara noninvasif di Taman Nasional Way Kambas (TNWK), Lampung. Data sekunder berupa keliling bolus dan lokasi pengambilan sampel digunakan untuk memperkirakan usia dan sebaran individu gajah. Hasil menunjukan populasi di TNWK didominasi oleh individu muda (43,69%), dengan rasio seks 1:6,36 antara jantan dan betina. Dominansi betina mengindikasikan adanya tekanan seleksi pada individu jantan dewasa, berupa konflik gajah dengan manusia dan perburuan untuk mendapatkan gadingnya. Sementara itu, hasil analisis spasial sampel menunjukan bahwa gajah di TNWK memiliki luas jelajah total 972,87 Km2. Gajah di TNWK cenderung menggunakan area barat taman nasional sebagai area daerah jelajah dan menggunakan padang alang-alang dan hutan sebagai habitatnya. Penyelamatan gajah sumatra di TNWK dapat dilakukan dengan penegakan hukum, perencanaan penggunaan lahan, serta peningkatan patroli di dalam taman nasional sebagai strategi konservasi. ...... Drastic population decline of Sumatran elephant (Elephas maximus sumatranus) for the last 20 years puts this endemic subspecies in the IUCN Red List as critically endangered. Information on spatial distribution, age strucutre, and sex ratio are vital to develop an effective conservation management for this species. Sex determination for elephant individual was done using PCR based method to amplify SRY1 and AMELY2 region on Y chromosome, and PLP1 region on X chromosome. A total of 310 fecal samples collected noninvasively from Way Kambas National Park (WKNP) were used for this study. Data on bolus circumference and samples location were analysed to assess age structure and spatial distribution of the elephants in WKNP. Our analyses showed this population is dominated by subadult individu (43,69%), and has biased sex ratio toward female (1:6,36). This skewed sex ratio indicated that adult male under strong selection, which might due to human-elephant conflict and poaching. The elephants preferred alang-alang (Imperata cylindrica) dominated grassland and forest as their habitat, with total home range 972,87 Km2. Accordingly, a comprehensive conservation which involves strong law enforcement, land-use planning, and intensive patrol need to implemented to protect elephant population in WKNP.

Abstrak :
Seperti pada negara Asia Tenggara lainnya, hemoglobinopati umum ditemukan di Indonesia. Berbeda dengan studi mengenai mutasi thalassemia beta yang sudah banyak dilakukan, pengetahuan mengenai spektrum dan frekuensi thalassemia alpha pada populasi di Indonesia masih sangat terbatas. Tujuan dari penelitian ini adalah mengkarakterisasi spektrum mutasi thalassemia-αo pada populasi Gayo, Maluku Utara, dan Sumba. Penelitian dilakukan menggunakan 800 sampel darah yang diperoleh dari Gayo (218), Maluku Utara (389), dan Sumba (193) pada tahun 2005-2011. Berdasarkan parameter hematologi diketahui frekuensi pembawa sifat thalassemia-α+ sebesar 15,25% (122/800) dan pembawa sifat thalassemia-αo 11% (88/800). Karakterisasi spektrum mutasi thalassemia dilakukan pada 88 sampel terduga pembawa sifat thalassemia-αo. Pada studi pendahuluan telah dilakukan analisis DNA untuk mendeteksi mutasi jenis delesi yang umum didapatkan pada populasi Asia Tenggara dengan metode PCR multipleks dan terdeteksi 3 jenis delesi gen globin alpha pada 46 sampel (46/88, 53%) yaitu homozigot (16/88) dan heterozigot (29/88) delesi 1 gen globin alpha tipe 3,7kb dan 4,2kb, dan heterozigot delesi 2 gen globin alpha tipe SEA (1/88). Pada penelitian ini dilakukan deteksi mutasi lanjutan pada sampel yang tidak terdeteksi dengan metode tersebut (42/88) dan sampel heterozigot untuk mutasi delesi 1 gen globin alpha (29/88), menggunakan teknik PCR-RFLP, MLPA, dan sekuensing. Hasil penelitian ini mendeteksi 6 jenis mutasi thalassemia alpha pada 6 sampel yaitu Hb Adana (kodon 59 GGCGly>GACAsp α2) yang umum ditemukan pada populasi Asia Tenggara, dan mutasi yang tidak umum seperti IVS-116 A>G α2 dan Hb Evanston (kodon 14 TGGTrp>AGGArg α1) ditemukan pada populasi Gayo dan tiga jenis mutasi baru ditemukan pada populasi Maluku Utara yaitu IVS1 del24bp nt11-34 α2, kodon 137 ACCThr>ACTThr α2, dan IVS2 nt-34 G>A α2. Sedangkan di Sumba terdeteksi hanya mutasi delesi 3,7kb dan delesi 4,2kb dengan frekuensi yang tinggi. Jenis delesi yang tidak umum di Asia Tenggara tidak ditemukan menggunakan teknik MLPA. Studi ini menyediakan data yang sangat bernilai dan memberikan informasi dasar yang berguna untuk program kontrol dan manajemen thalassemia di Indonesia.

---

In Indonesia, like other Southeast Asian countries, various hemoglobinopathies are commonly found. In contrast to the beta thalassemia study which has been carried out to define the frequency and the spectrum of the mutations, the study of alpha thalassemia in Indonesian population is still very limited. The aim of this study is to define the spectrum of αo-thalassemia determinants existing in Gayo, North Mollucca, and Sumba populations. A total of 800 blood samples were collected from Gayo (218), North Molluca (389), and Sumba (193) during the period of 2005-2011. Based on hematology parameter, the study revealed the frequency of α+-thalassemia carrier was 15.25% (122/800) whereas the frequency of αo-thalassemia carrier was 11% (88/800). Characterization of alpha thalassemia spectrum mutation had been performed for those 88 samples suspected αo-thalassemia. Preliminary study had been carried out to detect common deletional mutation in Southeast Asia using multiplex PCR and characterized 3 types of alpha globin gene deletions in 46 out of 88 samples (53%), which are homozygous (16/88) and heterozygous (29/88) for one gene deletion of 3.7kb and 4.2 kb deletion types, and heterozygous two genes deletion SEA type (1/88). This study had been performed using the more advance methods namely PCR-RFLP, MLPA, and sequencing techiques to examine the samples which the multiplex PCR failed to define the causative mutations (42/88) and heterozygous for one gene deletion (29/88). This study revealed 6 types of mutation in 6 samples, there are Hb Adana (codon 59 GGCgly>GACAsp α2) which is commonly found in Southeast Asia, uncommon mutation IVS-116 A>G α2 and Hb Evanston (codon 14 TGGTrp>AGGArg α1) were found in Gayo, and 3 novel mutations such as IVS1 del24bp nt11-34 α2, codon 137 ACCThr>ACTThr α2, and IVS2 nt-34 G>A α2 were discovered in North Molluca. None of uncommon deletional types were detected by MLPA in this study. While in Sumba only 3.7kb and 4.2kb deletion were detected in high frequency. This pilot study provides valuable and basic information that could be useful for the management and control program of thalassemia in Indonesia.