Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Pleurotus ostreatus atau jamur tiram putih merupakan salah satu jamur tiram konsumsi dengan kandungan nutrisi dan senyawa bioaktif yang bermanfaat bagi kesehatan, salah satunya adalah kandungan enzim lakase yang berpotensi sebagai senyawa agen antikanker. Enzim lakase memiliki tingkat aktivitas yang tinggi dalam menghambat proliferasi sel kanker. Salah satu gen yang dapat mengkode enzim lakase pada P. ostreatus adalah gen POXA1b. Gen POXA1b dipilih karena memiliki tingkat ekspresi gen paling tinggi pada tiga fase hidup (miselia, primordia, dan tubuh buah). Saat ini belum pernah dilakukan desain primer, isolasi, dan optimasi primer dalam amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus yang dibudidayakan di Indonesia. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan mendesain tiga pasang primer secara in silico, mengisolasi gen POXA1b dari tubuh buah P. ostreatus dan amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus yang dibuktikan dengan analisis hasil sekuensing. Penelitian ini diawali dengan desain primer gen POXA1b yang dilakukan dengan bantuan laman NCBI, PrimerBLAST, dan perangkat lunak Snapgene, kemudian persiapan sampel dan isolasi DNA dari tubuh buah P. ostreatus. Hasil isolasi DNA diukur konsentrasi dan kemurniannya dengan spektrofotometer. Tahapan amplifikasi gen target dilakukan dengan teknik PCR. Hasil amplifikasi PCR divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa lalu dilakukan analisis data. Konsentrasi isolat DNA dari tubuh buah P. ostreatus yang dihasilkan senilai 10,5—40,5 ng/nL dengan kemurnian senilai 1,694—2,189. Amplifikasi gen POXA1b dengan pasangan primer poxa1b-3F-A dan poxa1b-3R-A pada suhu annealing 59°C dan 60°C menghasilkan amplikon 244 bp. Berdasarkan hasil tersebut, desain primer, isolasi, dan optimasi primer pada amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus hasil budidaya di Indonesia berhasil dilakukan dengan persentase homologi terhadap gen POXA1b dari P. ostreatus sebesar 100%. ......Pleurotus ostreatus or white oyster mushroom is an edible oyster mushroom containing nutrients and bioactive compounds that are beneficial to health, one of them is the laccase enzyme content which has the potential as an anti-cancer agent. Laccase enzyme has a high level of activity in inhibiting the proliferation of cancer cells. One of the genes that encode the laccase enzyme in P. ostreatus is the POXA1b gene. The POXA1b gene was chosen because it has the highest gene expression in three life phases (mycelia, primordia, and fruit body) compared to other phenol oxidase genes. Currently, there has never been primer design, isolation, and primer optimization in the amplification of the POXA1b gene from P. ostreatus cultivated in Indonesia. Therefore, this study aims to design three pairs of primers in silico, isolate the POXA1b gene from fruiting bodies of P. ostreatus, and amplify the POXA1b gene from P. ostreatus as proven by analysis of the sequencing results. This study began with the design of POXA1b gene primers which was carried out with the NCBI website, PrimerBLAST, and Snapgene software, then sample preparation of P. ostreatus samples and DNA isolation from P. ostreatus fruiting body. The results of DNA isolation were measured for concentration and purity with a spectrophotometer. The stages of target gene amplification were carried out by PCR technique. The results of amplification were visualized by agarose gel electrophoresis and then data analysis was performed. The concentration of the DNA isolates from P. ostreatus fruiting bodies produced an average range of 10,5—40,5 ng/nL with a purity value of 1,694—2,189. The POXA1b gene amplification with primer pairs poxa1b-3F-A dan poxa1b-3R-A at annealing temperature of 59°C dan 60°C produced amplicons in the range of 200—300 base pairs. Based on the results, primer design, isolation, and the primer optimization of the amplification of the POXA1b gene from the P. ostreatus cultivated in Indonesia were successfully with a homology percentage to the POXA1b gene from P. ostreatus of 100%.

Abstrak :
Kanker serviks merupakan kanker dengan jumlah kasus tertinggi kedua di Indonesia. Banyaknya jumlah kasus kanker di Indonesia serta kasus kematian akibat kanker menyebabkan diperlukannya pengembangan obat-obatan untuk menyembuhkan kanker. Pengobatan yang ada dinilai cukup efektif tetapi memiliki beberapa efek samping yang berbahaya, sehingga diperlukan juga pengembangan obat antikanker dari bahan-bahan alami seperti ekstrak tumbuhan. Minyak esensial akar wangi memiliki potensi antikanker, akan tetapi pengaruh konsentrasi minyak esensial akar wangi perlu diteliti. Tujuan dari penelitian adalah untuk mengetahui pengaruh variasi konsentrasi minyak esensial akar wangi terhadap sel HeLa. Sel HeLa diberikan empat perlakuan dengan variasi konsentrasi (5 µg/mL, 10 µg/mL, 15 µg/mL, dan 20 µg/mL) minyak esensial akar wangi dan dilakukan pengulangan sebanyak lima kali. Viabilitas sel diuji menggunakan WST-1 dan Scepter cell counter. Nilai viabilitas pada metode WST-1 dihitung berdasarkan nilai absorbansi, sedangkan nilai viabilitas pada metode Scepter cell counter dihitung berdasarkan ukuran diameter sel. Semakin tinggi nilai absorbansi, maka semakin tinggi juga nilai viabilitasnya. Untuk ukuran diameter, sel HeLa yang viable memiliki rentang diameter 12—14 µm. Hasil penelitian menunjukkan tiap variasi konsentrasi minyak esensial akar wangi memiliki efek yang tidak signifikan terhadap viabilitas sel HeLa. Namun, minyak esensial akar wangi 15 µg/mL dan 20 µg/mL memiliki kecenderungan paling besar dalam menurunkan viabilitas sel HeLa berdasarkan hasil uji viabilitas dengan WST-1 dan Scepter cell counter. Kesimpulan dari penelitian adalah minyak esensial akar wangi tidak memberikan pengaruh yang signifikan terhadap viabilitas sel HeLa, akan tetapi terdapat konsentrasi tertentu yang memiliki kecenderungan dalam menurunkan viabilitas sel HeLa, yaitu konsentrasi 15 µg/mL dan 20 µg/mL. ...... Cervical cancer is the cancer with the second highest number of cases in Indonesia. The large number of cancer cases in Indonesia as well as cases of death due to cancer make it necessary to develop drugs to cure cancer. Existing treatments are considered quite effective but have several dangerous side effects, so it is also necessary to develop anticancer drugs from natural ingredients such as plant extracts. Vetiver essential oil has anticancer potential, but the effect of vetiver essential oil concentration needs to be studied. The aim of the research was to determine the effect of varying concentrations of vetiver essential oil on HeLa cells. HeLa cells were given four treatments with varying concentrations (5 µg/mL, 10 µg/mL, 15 µg/mL, and 20 µg/mL) of vetiver essential oil and repeated five times. Cell viability was tested using WST-1 and Scepter cell counter. The viability value in the WST-1 method is calculated based on the absorbance value, while the viability value in the Scepter cell counter method is calculated based on the size of the cell diameter. The higher the absorbance value, the higher the viability value. In terms of diameter, viable HeLa cells have a diameter range of 12—14 µm. The results showed that each variation in vetiver essential oil concentration had an insignificant effect on HeLa cell viability. However, 15 µg/mL and 20 µg/mL vetiver essential oil had the greatest tendency to reduce HeLa cell viability based on the results of viability tests with WST-1 and Scepter cell counter. The conclusion of the research is that vetiver essential oil does not have a significant effect on HeLa cell viability, but there are certain concentrations that have a tendency to reduce HeLa cell viability, namely concentrations of 15 µg/mL and 20 µg/mL.

Abstrak :
Peningkatan kasus kanker yang terjadi setiap tahun, termasuk pada kanker serViks menjadi penyebab utama kedua kematian akibat kanker pada perempuan di seluruh dunia. Kenaikan kasus tersebut juga diikuti dengan perkembangan penanganan dan pengobatan kanker. Obat alternatif yang bersifat nontoksik, lebih terjangkau, dan aman dengan efektiVitas yang lebih tinggi daripada pengobatan konVensional kanker yang berkembang saat ini terus dicari. Salah satunya menggunakan tanaman obat akar wangi (Chrysophogon zizanioides (L.) Roberty). Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis pengaruh Variasi konsentrasi ekstrak akar wangi yang diekstraksi dengan metode maserasi. Pengaruh ekstrak akar wangi dengan Variasi konsentrasi 5, 10, 15 dan 20 μg/mL diuji terhadap Viabilitas sel HeLa dengan metode analisis WST-1 dan scepter cell counter. Hasil uji statistik pada tingkat kepercayaan 0,05 menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan signifikan nilai Viabilitas, nilai konsentrasi, diameter dan Volume sel antara sampel kontrol dan perlakuan. Namun, ekstrak akar wangi dengan konsentrasi 15 μg/mL diketahui cenderung lebih mampu menurunkan Viabilitas sel HeLa jika dibandingkan dengan konsentrasi akar wangi lainnya. ......The increase in cancer cases that occur every year, including cervical cancer, is the second leading cause of cancer death in women worldwide. The increase in cases was also followed by the development of cancer treatment and treatment. Alternative drugs that are nontoxic, more affordable, and safe with higher effectiveness than conventional cancer treatments are currently being sought. One of them uses a medicinal plant vetiver (Chrysophogon zizanioides (L.) Roberty). This study was conducted to analyze the effect of variations in the concentration of vetiver extract extracted by the maceration method. The effect of vetiver extract with various concentrations of 5, 10, 15 and 20 g/mL was tested on the viability of HeLa cells using WST-1 and scepter cell counter analysis methods. The results of statistical tests at a confidence level of 0.05 showed that there was no significant difference in the value of viability, concentration value, diameter and volume between the control and treatment samples. However, vetiver extract with a concentration of 15 g/mL tended to be more able to reduce HeLa cell viability when compared to other vetiver concentrations.

Abstrak :
Kanker serviks menjadi kanker penyebab kematian tertinggi ketiga di Indonesia setelah kanker paru-paru dan payudara. Metode pencegahan seperti vaksin HPV dan metode pengobatan seperti pembedahan, kemoterapi, dan radioterapi telah dikembangkan. Akan tetapi, masih dibutuhkan pengembangan pengobatan alternatif, salah satunya adalah dari tumbuhan herbal dengan senyawa aktif citronellol. Penelitian-penelitian terdahulu membuktikan bahwa citronellol dapat menurunkan viabilitas dengan menginduksi apoptosis pada beberapa sel kanker, seperti sel kanker paru-paru, payudara, dan darah. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh citronellol terhadap viabilitas sel HeLa menggunakan mikroskop fluoresens. Variasi konsentrasi 10, 25, 50, dan 100 µg/mL citronellol dengan waktu inkubasi 48 jam diujikan pada sel HeLa. Uji viabilitas dilakukan dengan uji WST-1 dan deteksi apoptosis dilakukan dengan pewarnaan Annexin V-FITC/PI menggunakan mikroskop fluoresens. Hasil uji dengan ANAVA satu arah menunjukkan tidak terdapat pengaruh signifikan dari citronellol terhadap viabilitas sel HeLa. Konsentrasi 10 µg/mL cenderung menurunkan viabilitas sel HeLa dibandingkan kontrol. Pengamatan dengan mikroskop fluoresens menunjukkan terdeteksinya sel apoptosis yang lebih tinggi dibandingkan dengan sel nekrosis dan perubahan morfologi pada sel late apoptosis. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk mengetahui lebih jauh pengaruh citronellol terhadap sel HeLa. ......Cervical cancer is the third leading cause of cancer death in Indonesia following lung cancer and breast cancer.  Prevention methods such as the HPV vaccine and treatment methods such as surgery, radiotherapy, and chemotherapy have been developed. However, the development of alternative medicine is still needed, one of which is from herbal plants with the active compound of citronellol. Previous studies have shown that citronellol can reduce viability by inducing apoptosis in some cancer cells, such as lung, breast, and blood cancer cells. This study aims to determine the effects of citronellol on HeLa cells viability and to detect apoptosis by Annexin V- FITC/PI staining using a fluorescence microscope. Concentration variations of 10, 25, 50, and 100 µg/mL citronellol with an incubation time of 48 hours were treated on HeLa cells. A viability test was carried out by WST-1 test and apoptosis detection was carried out by Annexin V-FITC/PI staining using a fluorescence microscope. The results of the one-way ANOVA test showed that there was no significant effect of different concentrations of citronellol on the viability of HeLa cells. The concentrations of 10 µg/mL of citronellol tended to decrease HeLa cells viability. Observations with fluorescence microscope showed a higher detection rate of apoptotic cells than necrotizing cells and a more visible morphological changes in late apoptotic cells. Furthermore, fluorescence microscopy detected apoptotic cells. Further study is required to get a more comprehensive information on the effects of citronellol on HeLa cells.

Abstrak :
COVID-19 merupakan penyakit menular yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 dan ditetapkan sebagai pandemi global pada 11 Maret 2020 oleh WHO. Pemerintah Republik Indonesia mulai melaksanakan program vaksinasi booster untuk meningkatkan durabilitas sistem imun, khususnya pada tenaga kesehatan untuk memicu reaksi imunogenitas pada tubuh melalui produksi antibodi netralisasi (NAb). Namun, NAb memiliki durabilitas tertentu dan mungkin akan mengalami penurunan yang turut dipengaruhi oleh adanya SARS-CoV-2 varian baru yang muncul seperti varian Delta dan Omicron. Tujuan dari penelitian ini adalah mengevaluasi antibodi netralisasi yang dihasilkan oleh tenaga kesehatan di Jakarta sebelum dan setelah 12 bulan vaksinasi booster COVID-19, mengevaluasi antibodi netralisasi setelah 12 bulan vaksinasi booster COVID-19 terhadap 4 varian SARS-CoV-2 berupa varian wild type, Delta, Omicron (B.1.1.529), dan Omicron (BA.2), dan mengevaluasi antibodi netralisasi pada partisipan yang mengalami breakthrough infection dengan partisipan yang tidak mengalami breakthrough setelah 12 bulan vaksinasi booster COVID-19. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah uji Surrogate Virus Neutralization Test (sVNT) yang sesuai untuk digunakan dalam mendeteksi antibodi netralisasi karena memiliki hasil yang baik dengan waktu deteksi singkat. Hasil penelitian yang diperoleh adalah terdapat kenaikan antibodi netralisasi yang signifikan pada saat 12 bulan pascavaksinasi booster dibandingkan dengan saat pravaksinasi booster. Selain itu, terdapat perbedaan kadar antibodi netralisasi antara keempat varian dengan penurunan antibodi netralisasi yang cukup signifikan sekitar 10—20% pada varian Omicron (B.1.1.529 dan BA.2). Tidak terdapat perbedaan antibodi netralisasi yang signifikan pada partisipan yang mengalami breakthrough infection dengan partisipan yang tidak mengalami breakthrough infection, namun, seluruh partisipan breakthrough infection memiliki tingkat keparahan COVID-19 kategori ringan. Kesimpulan penelitian ini adalah vaksinasi booster pertama pada partisipan menunjukkan durabilitas imun pada bulan ke-12 pascavaksinasi booster pertama yang masih tergolong baik dan kemungkinan berpengaruh terhadap rendahnya tingkat keparahan gejala COVID-19 pada partisipan yang mengalami breakthrough infection. Varian baru SARS-CoV-2 seperti Omicron (B.1.1.529 dan BA.2) menyebabkan penurunan respons kekebalan tubuh sehingga perlu dilaksanakan vaksinasi booster lanjutan. ......COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 and was declared as global pandemic on 11 March 2020 by WHO. The Government of the Republic of Indonesia has started implementing a booster vaccination program to increase the durability of the immune system, especially for healthcare workers to trigger an immunogenic reaction in the body through the production of neutralizing antibodies (NAb). However, NAb has a certain durability and may experience a decrease which is also influenced by the emergence of new SARS-CoV-2 variants such as the Delta and Omicron variants. The purpose of this study was to evaluate the neutralization antibodies produced by healthcare workers in Jakarta before and after 12 months of the COVID-19 booster vaccination, to evaluate the neutralization antibodies after 12 months of the COVID-19 booster vaccination against 4 variants of SARS-CoV-2 in the form of wild type variants, Delta, Omicron (B.1.1.529), and Omicron (BA.2), and evaluated neutralizing antibodies in participants who experienced a breakthrough infection with participants who did not experience a breakthrough after 12 months of the COVID-19 booster vaccination. The method used in this study is the Surrogate Virus Neutralization Test (sVNT) which is suitable for detecting neutralizing antibodies because it has good results with a short detection time. The results of the study were that there was a significant increase in neutralizing antibodies 12 months after the booster vaccination compared to the prevaccination booster. In addition, there were differences in neutralizing antibody levels between the four variants with a significant decrease in neutralizing antibodies of around 10—20% in the Omicron variants (B.1.1.529 and BA.2). There was no significant difference in neutralizing antibodies in participants who experienced a breakthrough infection and participants who did not experience a breakthrough infection. However, all breakthrough infection participants had a mild level of COVID-19 severity. The conclusion of this study is that the first booster vaccination in participants shows immune durability at the 12th month after the first booster vaccination which is still relatively good and may have an effect on the lower severity of COVID-19 symptoms in participants who experience a breakthrough infection. New variants of SARS-CoV-2 such as Omicron (B.1.1.529 and BA.2) cause a decrease in the body's immune response so that further booster vaccinations are necessary.

Abstrak :
Penggunaan halal kit komersial dan qPCR dalam mendeteksi kehalalan produk pangan masih minim dilakukan di Indonesia. Hal ini dikarenakan sebagian besar kit deteksi berbasis PCR masih diimpor sehingga pendeteksian kehalalan pangan belum ekonomis. Selain itu, gen referensi untuk uji kehalalan suatu produk yang ditetapkan dalam International Organization for Standardization (ISO) juga masih sangat terbatas. Oleh karena itu, diperlukan adanya gen alternatif dalam mendeteksi kehalalan pangan, seperti gen COI. Gen tersebut digunakan karena bersifat sensitif, stabil, serta memiliki laju mutasi dan variabilitas yang rendah. Tujuan penelitian ini adalah merancang primer gen COI secara in-silico dengan nilai spesifisitas dan sensitivitas yang baik, serta dapat digunakan sebagai gen alternatif ISO. Tahapan desain primer yang dilakukan menghasilkan sepasang primer dan probe terbaik, yaitu primer forward 5’- GTA ACT GAC TCG TAC CGC TAA TAA -3’, primer reverse 5’- GTA ATA GGA AGG ATG GTG GAA GT -3’, dan probe 5’- AGC TCC CGA TAT GGC CTT TCC ACG TA -3’. Ekstraksi dan purifikasi DNA sampel ayam, sapi, babi domestik, dan babi hutan dilakukan menggunakan GenEluteTM-E Single Spin Blood DNA Kit. DNA yang telah diisolasi selanjutnya dikuantifikasi menggunakan Nanodrop Spectrophotometer. Hasil kuantifikasi DNA yang dilakukan pada keempat sampel menunjukkan nilai kemurnian pada absorbansi A260/A280 berada pada rentang nilai 1,136—2,000 dan nilai konsentrasi DNA berada pada rentang nilai 70—1060 μg/mL. Suhu annealing optimal yang diperoleh adalah 57oC. Uji spesifisitas primer COI dan ACTB menggunakan metode qPCR menunjukkan bahwa kedua primer masih dapat mengamplifikasi sekuens DNA ayam dan persentase spesifisitas kedua primer yang didapatkan melalui perhitungan adalah 50%. Hasil uji sensitivitas primer COI menunjukkan nilai limit of detection (LoD) sebesar 1 pg/µL, nilai efisiensi (E) sebesar 82,55%, dan linearitas (R2) sebesar 0,9855. Hasil uji sensitivitas primer ACTB menunjukkan nilai limit of detection (LoD) sebesar 5 pg/µL dengan nilai efisiensi (E) sebesar 92,22%; dan linearitas (R2) sebesar 0,9951. Hasil uji sensitivitas primer COI dan ACTB menunjukkan nilai persentase sensitivitas yang sama, yaitu sebesar 100%, namun primer COI dinilai lebih sensitif dalam mendeteksi gen target karena menunjukkan nilai LoD yang lebih rendah daripada primer ACTB, yaitu sebesar 1 pg/µL. Berdasarkan keseluruhan hasil yang diperoleh, diperlukan adanya penelitian lebih lanjut terhadap primer gen COI untuk meningkatkan spesifisitasnya dalam mendeteksi kandungan babi domestik (Sus scrofa domesticus) dan babi hutan (Sus scrofa) pada produk pangan agar dapat digunakan sebagai primer alternatif untuk pengembangan halal kit berbasis qPCR di Indonesia. ......The use of commercial halal kits and qPCR in detecting halal food products is still minimal in Indonesia. This is because most of the PCR-based detection kits are still imported so the detection of halal food is not yet economical. In addition, the reference gene for the halal test of a product specified in the International Organization for Standardization (ISO) is still very limited. Therefore, it is necessary to have alternative genes in detecting food halalness, such as the COI gene. The gene is used because it is sensitive, stable, and has a low mutation rate and variability. This study aimed to design an in-silico primer for the COI gene with good specificity and sensitivity, which could be used as an alternative gene for ISO. The primer design phases were carried out to produce the best primer and probe pair, namely forward primer 5’- GTA ACT GAC TCG TAC CGC TAA TAA -3’, reverse primer 5’- GTA ATA GGA AGG ATG GTG GAA GT -3’, and probe 5’- AGC TCC CGA TAT GGC CTT TCC ACG TA -3’. DNA extraction and purification of chicken, cattle, domestic pig, and wild boar samples were carried out using the GenEluteTM-E Single Spin Blood DNA Kit. The isolated DNA was then quantified using a Nanodrop Spectrophotometer. The results of DNA quantification performed on the four samples showed that the purity values for the absorbance of A260/A280 were in the range of 1.136-2.000 and the DNA concentration values were in the range of values of 70—1060 μg/mL. The optimal annealing temperature obtained is 57oC. The specificity test of COI and ACTB primers using the qPCR method showed that both primers were still able to amplify chicken DNA sequences and the percentage specificity of the two primers obtained by calculation was 50%. The results of the COI primary sensitivity test showed a limit of detection (LoD) value of 1 pg/µL, an efficiency value (E) of 82.55%, and a linearity (R2) of 0.9855. The ACTB primary sensitivity test results showed a limit of detection (LoD) value of 5 pg/µL with an efficiency value (E) of 92.22%; and linearity (R2) of 0.9951. The results of the COI and ACTB primer sensitivity tests showed the same sensitivity percentage value, which was 100%, but the COI primer was considered more sensitive in detecting target genes because it showed a lower LoD value than the ACTB primer, which was 1 pg/µL. Based on the overall results obtained, further research is needed on the COI gene primer to increase its specificity in detecting domestik pork (Sus scrofa domesticus) and wild boar (Sus scrofa) content in food products so that it can be used as an alternative primer for developing qPCR-based halal kits in Indonesia.

Abstrak :
Jamur tiram putih atau Pleurotus ostreatus merupakan salah satu jamur tiram konsumsi dengan kandungan senyawa bioaktif, salah satunya adalah α-glukan yang berpotensi sebagai imunomodulator. Gen yang mengkode pembentukan α-glukan pada P. Ostreatus adalah gen α-glucan synthase (AGS1). Konstruksi primer, isolasi, dan optimasi primer untuk amplifikasi gen AGS1 dari P. ostreatus yang dibudidaya di Indonesia belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengamplifikasi gen AGS1 menggunakan dua pasang primer yang dikonstruksi secara in silico, mengisolasi DNA dari P. ostreatus, dan optimasi suhu annealing menggunakan dua pasang primer (AGS1-1 dan AGS1-2). Penelitian ini diawali dengan konstruksi primer gen AGS1 yang dilakukan dengan bantuan laman NCBI Primer-BLAST, Primer3Plus, dan FastPCR. Isolasi DNA dilakukan dari tubuh buah P. ostreatus menggunakan kit, kemudian konsentrasi dan kemurnian hasil isolasi diukur dengan spektrofotometer. Tahapan amplifikasi gen target dilakukan dengan teknik PCR, lalu amplifikasi PCR divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa dan dilakukan analisis data. Isolat DNA dari tubuh buah P. ostreatus memiliki konsentrasi sebesar 4,561—23,539 ng/μL dengan kemurnian 1,778—2,226. Pasangan primer AGS1-1 dan AGS1-2 berhasil mengamplifikasi dan menghasilkan amplikon berukuran 700—800 pb dan 600—700 pb pada suhu annealing 57 oC yang diduga sebagai gen AGS1. ......White oyster mushroom or Pleurotus ostreatus is an edible mushroom containing bioactive compounds, one of which is alpha glucan which has potential as an immunomodulator. One of the genes that encodes the formation of alpha glucan is the α-Glucan Synthase (AGS1). Currently, there has been no primer construction, isolation, and primer optimization in the amplification of the AGS1 gene from P. ostreatus cultivated in Indonesia. Therfore, this study aims to amplify the AGS1 gene using two pairs of primers constructed in silico, isolate DNA from P. ostreatus, and optimize the annealing temperature using two pairs of primers (AGS1-1 dan AGS1-2). This research began with the construction of AGS1 gene primers with the help of NCBI Primer-BLAST, Primer3Plus, and FastPCR. DNA isolation from the fuiting body of P. ostreatus was done using a kit, then the concentration and purity of the isolation results were measured with a spectrophotometer. The amplification of the target gene was carried out by PCR technique, then the PCR amplification results were visualized by agarose gel electrophoresis and data analysis was performed. The concentration of DNA isolates from P. ostreatus fruiting bodies amounted to 4,561—23,539 ng/μL with a purity of 1,778—2,226. Primer pairs AGS1-1 and AGS1-2 successfully amplified and produced amplicons with a range of 700—800 bp dan 600—700 bp at annealing temperature of 57 oC, which is suspected to be AGS1 gene.

Abstrak :
Pleurotus ostreatus atau jamur tiram putih merupakan jamur yang umum dibudidaya di Indonesia dan mengandung senyawa kitin. Kitin merupakan polisakarida struktural dari jamur yang berperan sebagai imunomodulator dengan memicu respons imun. Salah satu gen pengkode senyawa kitin pada P. ostreatus adalah gen chitin synthase class IV (CHS4). Gen CHS4 diketahui memiliki tingkat ekspresi gen yang tinggi pada ketiga fase pertumbuhan jamur, yaitu miselia, bakal tubuh buah, dan tubuh buah dewasa. Desain primer, isolasi, dan optimasi primer dalam amplifikasi gen CHS4 dari P. ostreatus yang dibudidayakan di Indonesia belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, penelitian dilakukan untuk mengisolasi gen CHS4 dari tubuh buah P. ostreatus. Penelitian diawali dengan desain primer gen CHS4 yang dilakukan dengan bantuan laman NCBI PrimerBLAST, Primer3Plus, Netprimer, dan FastPCR. Isolasi DNA dilakukan dari tubuh buah P. ostreatus menggunakan kit, kemudian hasil isolasi DNA diukur konsentrasi dan kemurniannya dengan spektrofotometer. Amplifikasi gen target selanjutnya dilakukan dengan teknik PCR lalu hasil amplifikasi divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa dan dilakukan analisis data. Isolat DNA yang diperoleh memiliki rerata nilai konsentrasi sebesar 20,106 ng/μL dan rerata nilai kemurnian sebesar 2,007. Pasangan primer CHS4 B yang telah didesain berhasil mengamplifikasi pita DNA dari gen CHS4 dengan panjang ukuran diperkirakan 570 pb pada suhu annealing 54 °C. ......Pleurotus ostreatus, or white oyster mushroom, is a commonly cultivated mushroom that contains high levels of nutrients and bioactive compounds with immunomodulating properties, one of which is chitin. Chitin, structural polysaccharide found in mushrooms, has immunomodulatory properties that can stimulate an immunological response. One of the genes that encodes chitin in P. ostreatus is chitin synthase class IV gene (CHS4). The CHS4 gene known to be highly expressed in the three life stages of P. ostreatus (mycelia, primordia, and fruiting body). Currently, there has never been primer design, DNA isolation, or primer optimization in the amplification of the CHS4 gene from P. ostreatus cultivated in Indonesia. Therefore, this study aims to isolate CHS4 gene from the fruiting body of P. ostreatus. This study began with designing CHS4 gene primers using websites and applications such as NCBI PrimerBLAST, Primer3Plus, Netprimer, and FastPCR. The DNA was isolated from P. ostreatus fruiting body. The results of DNA isolation were measured for concentration and purity with a spectrophotometer. The stages of target gene amplification were carried out by PCR technique then visualized using agarose gel electrophoresis and results were assessed. The DNA isolate has an average of 20,106 ng/μL in concentration and 2,007 in purity. Result of this study is CHS4 B primer pair was able to amplify CHS4 gene with an estimated sequence size of 570 bp in annealing temperature of 54 °C.

Abstrak :
Jamur tiram putih (Pleurotus ostreatus (Jacq.) Kumm 1871) diketahui mengandung senyawa bioaktif yang bermanfaat bagi kesehatan. Salah satunya adalah senyawa beta glukan (β-glukan) yang memiliki kemampuan imunomodulator dengan meningkatkan jumlah sel natural killer dan mendukung perkembangan respons imun. Senyawa β-glukan dikode oleh gen FKS, yaitu gen spesifik pada kompleks β-1,3-glukan sintase. Gen FKS terekspresi di fase miselia, primordia, bakal tubuh buah, dan tubuh buah dewasa P. ostreatus dan paling tinggi pada fase tubuh buah dewasa. Studi mengenai desain primer, isolasi, dan optimasi primer untuk amplifikasi gen FKS dari P. ostreatus yang dibudidayakan di Indonesia belum pernah dilakukan. Oleh sebab itu, penelitian ini dilakukan untuk mendesain dua pasang primer (FKS-A dan FKS-B) secara in silico, mengisolasi gen FKS dari tubuh buah P. ostreatus, dan optimasi primer untuk amplifikasi gen FKS. Penelitian diawali dengan desain primer yang dibantu oleh NCBI PrimerBlast dan Primer3Plus, kemudian DNA diisolasi dari tubuh buah P. osteatus. Konsentrasi dan kemurnian isolat DNA diukur menggunakan spektrofotometer. Gen target diamplifikasi dengan teknik PCR yang kemudian divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa. Isolat DNA dari tubuh buah P. ostreatus memiliki konsentrasi senilai 2,803—22,616 ng/μL dengan rerata 14,819 ng/μL dan kemurnian di rentang 1,815—2,083. Pasangan primer FKS-A dan primer FKS-B berhasil mengamplifikasi dan menghasilkan amplikon berukuran 100—200 bp dan 300—400 bp yang diduga sebagai gen FKS. Hasil tersebut menunjukkan bahwa desain primer, isolasi dan optimasi primer untuk amplifikasi yang diduga sebagai gen FKS dari P. ostreatus berhasil dilakukan. ......White oyster mushroom (Pleurotus ostreatus (Jacq.) Kumm) is known to contain bioactive compounds that are beneficial to health. One of them is the beta glucan compound (β-glucan) which has immunomodulatory abilities by increasing the number of natural killer cells and supporting the development of the immune response. β-glucan compounds are encoded by the FKS gene, which is a specific gene in the β-1,3-glucan synthase complex. The FKS gene is expressed in the mycelia, primordia, young fruiting body, and mature fruiting body phases of P. ostreatus and is highest in the mature fruiting body phase. Studies on primer design, isolation, and primer optimization for FKS gene amplification of P. ostreatus cultivated in Indonesia have never been conducted. Therefore, this study was conducted to design two pairs of primers (FKS-A and FKS-B) in silico, isolate the FKS gene from the fruiting body of P. ostreatus, and optimize the primers for the amplification of the FKS gene. The research began with a primer design assisted by NCBI PrimerBlast and Primer3Plus, then DNA was isolated from the fruit body of P. osteatus. The concentration and purity of DNA isolates were measured using a spectrophotometer. The target gene was amplified by PCR technique which was then visualized by agarose gel electrophoresis. DNA isolates from the fruit body of P. ostreatus had concentrations of 2,803—22,616 ng/μL with an average of 14,819 ng/μL and purity in the range of 1,815—2,083 with an average of 1,978. Primer pairs of FKS-A and FKS-B successfully amplified and produced amplicons measuring 100-200 bp and 300-400 bp which are suspected to be FKS genes. The results showed that the primer design, isolation and primer optimization for the amplification of the suspected FKS gene from P. ostreatus were successfully carried out.

Abstrak :
Jamur tiram putih (Pleurotus ostreatus) merupakan jamur tingkat tinggi yang mengandung komponen nutrisi dan berkhasiat obat. Jamur tersebut mengandung polisakarida dengan β-glukan sebagai salah satu komponen utama. Beta-glukan memiliki potensi sebagai imunomodulator. Penelitian mengenai efek imunomodulator yang menggunakan miselium P. ostreatus sudah pernah dilakukan, tetapi belum ada penelitian yang menggunakan tubuh buah P. ostreatus yang telah diketahui mengandung lebih banyak β-glukan. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui pengaruh ekstrak kasar polisakarida tubuh buah P. ostreatus dengan konsentrasi 25, 50, 100, dan 200 μg/mL terhadap viabilitas sel RAW 264.7 dengan metode trypan blue dan peningkatan aktivitas fagositosis sel RAW 264.7 dengan metode neutral red. Hasil analisis statistik dengan tingkat kepercayaan 0,05 menunjukkan tidak terdapat perbedaan signifikan pada viabilitas sel RAW 264.7 dari semua sampel dan aktivitas fagositosis sel RAW 264.7 menunjukkan tidak terdapat perbedaan signifikan pada nilai rata-rata persentase aktivitas fagositosis pada semua sampel. Namun, berdasarkan hasil perhitungan persentase, aktivitas fagositosis sel RAW 264.7 cenderung meningkat pada ekstrak kasar polisakarida P. ostreatus konsentrasi 50 μg/mL. Penelitian yang dilakukan memperoleh hasil bahwa ekstrak kasar polisakarida jamur P. ostreatus (25, 50, 100, dan 200 μg/mL) tidak memiliki pengaruh signifikan terhadap viabilitas sel RAW 264.7 dan tidak meningkatkan aktivitas fagositosis pada sel RAW 264.7 secara dose-dependent. Namun, konsentrasi 50 μg/mL cenderung menjadi konsentrasi optimum dalam meningkatkan aktivitas fagositosis sel RAW 264.7. ......White oyster mushroom (Pleurotus ostreatus) is a high-level mushroom that contains nutritional components and medicinal properties. These mushrooms contain polysaccharides with β-glucan as one of the main components. Beta-glucan has potential as an immunomodulator. Research on the immunomodulatory effects using P. ostreatus mycelium has been carried out, but there has been no research using P. ostreatus fruit bodies which are known to contain more β-glucan. The aim of this research was to determine the effect of crude polysaccharide extract of P. ostreatus fruit bodies with concentrations of 25, 50, 100, and 200 μg/mL on the viability of RAW 264.7 cells using the trypan blue method and increasing the phagocytic activity of RAW 264.7 cells using the neutral red method. The results of statistical analysis with a confidence level of 0.05 showed that there was no significant difference in the viability of RAW 264.7 cells from all samples and the phagocytic activity of RAW 264.7 cells showed that there was no significant difference in the average value of the percentage of phagocytic activity in all samples. However, based on the percentage calculation results, the phagocytic activity of RAW 264.7 cells tended to increase in the crude polysaccharide extract of P. ostreatus at a concentration of 50 μg/mL. Research carried out showed that crude polysaccharide extract of P. ostreatus fungus (25, 50, 100, and 200 μg/mL) did not have a significant effect on the viability of RAW 264.7 cells and did not increase the phagocytic activity of RAW 264.7 cells in a dose-dependent manner. However, a concentration of 50 μg/mL tends to be optimum concentration in increasing the phagocytic activity of RAW 264.7 cells.