Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang: Lebih dari 50 % kasus neuroblastoma datang dengan stage lanjut. Untuk itu, perlu upaya deteksi dini kasus neuroblastoma agar terapi menjadi lebih tepat dan terarah. Salah satu upaya deteksi dini tumor adalah dengan dengan menemukan mikro RNA (miRNA) yang berpotensi sebagai petanda hayati. Jenis tumor yang berbeda mengekspresikan profil miRNA yang berbeda pula. Dengan meneliti profil miRNA pada penderita neuroblastoma, maka bisa diketahui miRNA mana yang berperan sebagai petanda hayati neuroblastoma. Metode: Mikro RNA yang terkandung di dalam eksosom plasma diekstraksi dan disekuens dengan teknologi Next Generation Sequencing menggunakan mesin MiSeq. Data yang didapat menjalani normalisasi dan dilakukan analisis lanjutan yakni mencari miRNA yang terekspresi signifikan secara statistik di sampel plasma dan jaringan terkait dengan stage (M vs Non M), luaran (Meninggal vs Hidup), dan status amplifikasi gen MYCN (teramplifikasi atau tidak). Hasil: Pada parameter stage, terdapat 40 miRNA pada plasma dan 20 miRNA pada jaringan yang terekspresi signifikan. Di parameter luaran, terdapat 35 miRNA pada plasma dan 39 miRNA pada jaringan yang terekspresi signifikan. Pada analisis MYCN, terdapat 11 miRNA pada plasma dan 110 miRNA pada jaringan yang terekspresi signifikan. Mikro RNA-375 ter-upregulated secara signifikan pada stage M. Pada parameter luaran, miRNA-92a-3p ter-upregulated secara signifikan pada luaran meninggal. Mikro RNA 92a-3p dan miR-99a-5p ter-upregulated secara signifikan pada sampel yang terdapat amplifikasi gen MYCN. Kesimpulan: Mikro RNA 375 terekspresi signifikan pada parameter stage M. Mikro RNA 92a-3p terekspresi signifikan pada parameter luaran meninggal. Mikro RNa 92a-3p dan miR-99a-5p terekspresi signifikan pada parameter gen MYCN teramplifikasi. Ketiga miRNA ini, yakni miR-375, miR-92a-3p, miR-99a-5p berpotensi menjadi petanda hayati pada neuroblastoma.

---

Background: More than 50 % of neuroblastoma cases present in advance stage. An early detection effort is needed to direct the treatment with precision. One such effort is to find potential micro RNA (miRNA) that functions as biomarker. Different tumor type produces different miRNA expression profile. The study of miRNA profile in neuroblastoma may pave way to identify potential miRNA that may play role as biomarker in neuroblastoma.

Methods: Exosomal miRNA were extracted and sequenced using MiSeq, a Next Generation Sequencing platform machine. The counts obtained underwent normalization and further analysis of significantly expressed miRNA in stage (M vs Non M), Output (Deceased or Alive), and MYCN gene amplification (present or not) in both plasma and tissue samples were done.

Results: In stage parameter, there were 40 and 20 miRNAs significantly expressed in plasma and tissue. In output parameter, there were 35 and 39 miRNAs significantly expressed in plasma and tissue. In MYCN parameter, there were 11 and 110 miRNAs significantly expressed in plasma and tissue. Micro RNA-375 was significantly upregulated in stage M. In output parameter, miRNA-92a-3p was significantly upregulated in deceased cases. Micro RNA 92a-3p and miR-99a-5p were significantly upregulated in samples with amplified MYCN gene.

Conclusion: Micro RNA 375 was significantly expressed in stage M. Micro RNA 92 a- 3p was significantly expressed in deceased cases. Micro RNA 92a-3p and miR-99a-5p were significantly expressed in amplified MYCN samples. Those three miRNAs, miR- 375, miR-92a-3p, miR-99a-5p have potential to be biomarkers for neuroblastoma."

"Latarbelakang: Cell-free DNA (cfDNA) sebagai liquid biopsy dapat digunakan sebagai alat diagnostik noninvasif pada kanker paru. Cell-free DNA membawa informasi genetik sel kanker dan berkorelasi dengan karakteristik tumor. Penelitian ini mengevaluasi perancf DNA dalam menentukan prognosis pada pasien Kanker Paru Bukan Karsinoma Sel Kecil (KPKBSK).Metode: Cell-free DNA diisolasidari 23 serum pasien adenokarsinoma paru di Hiroshima University Hospital pada tahun 2006-2018. Mutasi gen EGFR ekson 19 E745-A750del dan ekson 21 L858R pada tumor diperiksa pada saat diagnosis. Deteksimutasi gen EGFR ekson 19 E745-A750del dan ekson 21 L858R pada cfDNA dilakukan dengan menggunakan droplet digital PCR.Hasil: Dari total 23 pasien, 10 pasien dengan delesi E745-A750del dan 13 pasien dengan mutasi L858R terdeteksi pada tumor. Delesi E745-A750del dan mutasi L858R pada cfDNA terdeteksi pada 6 dan 8 pasien, secara berurutan. Variant allele frekuency yang terdeteksis ebesar 0,01%-18,6%. Median angka tahan hidup untuk pasien yang terdeteksi cfDNA adalah 42 bulan dan pasien yang tidak terdeteksi cfDNA adalah 76 bulan. (p=0,29).Kesimpulan: Terdeteksi nya cfDNA merupakan petanda noninvasif prognosis yang lebihburuk pada pasien KPKBSK.

---

Background: Cell-free DNA (cfDNA) as liquid biopsy can be used as a nonivasive diagnostic tool in lung cancer. Cell-free DNA carries genetic information from cancer cells and correlated with the tumor characteristics. The present study evaluated the role of cfDNA to predict the prognosis in the nonsmall cell lung cancer (NSCLC

Methods: Cell-free DNA were isolated from 23 serum from lung adenocarcinoma patients in Hiroshima University Hospital in 2006-2018. EGFR exon 19 E740-A750 del and exon 21 L858R in the tumor were analyzed at the time of diagnosis. EGFR exon 19 E740-A750 del and exon 21 L858R in cfDNA were detected using droplet digital PCR.

Results: Of 23 patients. 10 patients with E745-A750del and 13 patients with L858R. E745-A750 del and L858R mutations on cfDNA were detected in 6 and 8, respectively. Variant allele frequency detected ranged from 0.01% to 18.6%. Median overall survival in patient with detected cfDNA was 42 months and in patient with no cfDNA detected was 76 months (p=0.29).

Conclusions: Cell-free DNA detected in the serum is a noninvasif biomarker for worse prognosis in NSCLC."

"Latar belakang: Antibiotik gentamisin (GEN), klindamisin (CLI) dan minosiklin (MIN) digunakan dalam penanganan infeksi Staphylococcus aureus kebal metisilin (methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA). Teknologi next-generation sequencing (NGS) merupakan metode mutakhir yang digunakan untuk pemetaan pola kekebalan kuman untuk pengendalian infeksi di suatu fasilitas pelayanan kesehatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil genom isolat MRSA klinis melalui pemeriksaan NGS. Metode: Proses sequencing DNA menggunakan Illumina® MiSeq dilakukan pada 92 isolat MRSA klinis yang diperoleh dari pasien yang dirawat di Hiroshima University Hospital, Hiroshima, Jepang sehingga didapatkan masing-masing susunan genom de novo. Susunan genom de novo tersebut kemudian dianalisis in silico menggunakan ResFinder sehingga didapatkan profil genom kekebalan antibiotik kuman. Data ini kemudian dianalisis bersama data fenotip kadar hambat minimum (KHM) GEN, CLI, dan MIN.Hasil: Penelitian ini menunjukkan MRSA aac(6')aph(2")+,spc+, ermA+,tetM+ merupakan isolat terbanyak (42/92) dan memiliki KHM GEN >16 mg/L (40/42), CLI >4 mg/L (26/42) dan MIN >8 mg/L MIN (30/42). Deteksi gen aac(6')aph(2") berhubungan dengan KHM GEN (p<0,001), deteksi gen ermA berhubungan dengan KHM CLI (p<0,001) dan deteksi gen tetM berhubungan dengan KHM MIN (p<0,001). Deteksi bersamaan aac(6')aph(2")-spc-ermA-tetM berkorelasi dengan KHM GEN (φc= 0,398, p <0,001), CLI (φc= 0,448, p <0,001) dan MIN (φc= 0,515, p <0,001). Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan korelasi fenotip KHM dan genotip kekebalan antibiotik GEN, CLI dan MIN pada MRSA. Teknologi NGS berpotensi sebagai uji cepat deteksi kekebalan antibiotik pada kasus infeksi MRSA yang merupakan bagian dari upaya pengendalian infeksi.

---

Background: Gentamicin (GEN), clindamycin (CLI) and minocycline (MIN) are amongst the widely used antibiotic treatments in methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) infection. The emerging next-generation sequencing (NGS) technology provides antibiotic resistance pattern mapping to be inferred as a consideration in healthcare infection control policy. The subjective of this study is to reveal genomic resistome using NGS and to correlate the resistome with the phenotype of antibiotic resistance represented as minimum inhibitory concentration (MIC) between clinically isolated MRSA specimens.Methods: Illumina® MiSeq was used to sequence and to de novo assembly the genomic DNA of 92 MRSA specimens obtained from the patients treated in Hiroshima University Hospital, Hiroshima, Japan. Resistome was determined by feeding the de novo genome assembly to ResFinder annotation tool prior to correlation analysis with MIC data. These procedures were performed during GEN, CLI and MIN susceptibility observation.Results: The aac(6')aph(2")+,spc+, ermA+,tetM+ MRSA strains were revealed to be predominant (42/92) of which were possessing GEN MIC >16 mg/L (40/42), CLI MIC >4 mg/L (26/42) and MIN MIC >8 mg/L MIN (30/42). This study also revealed the correlation of aac(6')aph(2") and GEN MIC (p<0.001), ermA and CLI MIC (p<0.001), and tetM and MIN MIC (p<0.001). Simultaneous detection of aac(6')aph(2")-spc-ermA-tetM was correlated with GEN MIC (φc= 0.398, p <0.001), CLI MIC (φc=0.448, p <0.001), and MIN MIC (φc= 0.515, p <0.001).Conclusions: This study showed correlation between the MIC and resistome of GEN, CLI and MIN in MRSA. The emerging NGS technology provides promising method in rapid detection of antibiotic resistance in MRSA thus feasible for infection control near in the future."