Hasil Pencarian

Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 4 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Hilman Fathurohman
"Plasmodium falciparum menggunakan protein EBA140 sebagai salah satu protein yang berperan pada proses invasi ke dalam sel darah merah. Polimorfisme domain F1 gen EBA-140 diketahui memengaruhi spesifisitas perlekatan protein EBA-140 pada reseptor di permukaan sel darah merah. Variasi tipe alel Gerbich pada gen GYPC yang merupakan reseptor bagi EBA-140 juga dapat memengaruhi kemampuan protein ligan EBA-140 dalam berikatan dengan reseptor GYPC di permukaan sel darah merah.
Penelitian mengenai keragaman sekuens asam amino domain F1 gen EBA-140 dan variasi alel Gerbich gen GYPC telah dilakukan terhadap 18 isolat klinis P. falciparum yang berasal dari kabupaten Bangka Barat (n = 5), kabupaten Bangka Tengah (n = 4), dan kabupaten Mimika (n = 9). Amplifikasi gen EBA-140 dari isolat parasit malaria dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Selanjutnya fragmen DNA parasit diperbanyak dengan metode kloning ke dalam sel bakteri Escherichia coli.
Analisis hasil sekuens asam amino domain F1 menunjukkan adanya 7 haplotipe gen EBA-140 dari ketiga daerah tersebut. Tiga haplotipe yaitu ISTK, DSTK, dan ISRE merupakan haplotipe baru yang belum pernah dilaporkan sebelumnya. Analisis variasi alel Gerbich pada gen GYPC menunjukkan tidak ada delesi ekson 3 pada gen GYPC pada ketiga daerah tersebut. Informasi mengenai keragaman haplotipe gen EBA-140 dan gen GYPC dapat dijadikan sebagai acuan dalam mendesain vaksin berbasis gen EBA-140 yang efektif memberantas P. falciparum di Indonesia.

Plasmodium falciparum utilizies the EBA140 as one of its proteins to invade the red cells. Polymorphisms at the domain F1 of EBA-140 gene have been known to affect the ligand recognition to its corresponding protein receptors glycophorin C (GYPC) or Gerbich antigen. Deletion on the GYPC gene, known as Gerbich blood-type, is known to prevent the parasite invasion using this pathway. Polymorphisms on the GYPC gene could alter the ability of EBA-140 ligand to bind to GYPC receptor on the surface of erythrocyte. Plasmodium falciparum clinical isolates from West Bangka (n = 5), Central Bangka (n = 4), and Mimika regencies (n = 9) were studied for their EBA-140 and GYPC gene polymorphisms. Parasite DNA was amplified using Polymerase Chain Reaction (PCR) and subsequently cloned into Escherichia coli.
Amino acid sequence analysis of the F1 domain showed that there were seven haplotypes of EBA-140 gene from all locations. Three haplotypes of EBA-140 (ISTK, DSTK, ISRE) detected in this study were new haplotypes that had not been reported previously. Analysis on the Gerbich allele detected no exon 3 deletion on the GYPC gene from all location. These findings provide useful information if the vaccine involving the EBA-140 component would be developed.
"
Lengkap +
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2014
S56171
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nur Aulia Ulfah
"ABSTRAK
Xilanase merupakan enzim yang mempunyai kemampuan menghidrolisis xilan menjadi xilosa. Xilanase memiliki peranan penting dalam bidang bioteknologi, baik digunakan tunggal maupun dikombinasikan dengan enzim lain. Xilanase umumnya diisolasi dari organisme seperti bakteri, kapang, dan jamur. Helianti dkk. berhasil mengisolasi xilanase dari Bacillus subtilis AQ1 dan memasukkan gen xilanase AQ1 dari Bacillus subtilis ke dalam lokus selulase A dari Bacillus licheniformis F11.1 sehingga dihasilkan plasmid rekombinan pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1. Laboratorium Biologi Molekuler, BPPT yang berada di LAPTIAB, PUSPIPTEK akan melakukan penelitian lanjutan yaitu mentransformasi secara konjugasi plasmid rekombinan pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 dari bakteri Escherichia coli S17-1 ke dalam bakteri Bacillus licheniformis F11.4. Penelitian ini bertujuan untuk mentransformasikan secara konjugasi plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 dari bakteri Escherichia coli S17-1 ke dalam Bacillus licheniformis F11.4. Hasil penelitian menunjukkan bahwa plasmid rekombinan pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 berhasil di konjugasi kan kedalam Bacillus licheniformis F11.4. Plasmid yang telah dikonjugasi, kemudian dianalisis dengan metode digesti dan PCR. Analisis aktivitas produk gen dari Bacillus licheniformis F11.4 rekombinan dan Bacillus licheniformis F11.4 wildtype juga dilakukan. Hasil uji aktivitas menunjukkan bahwa dari Bacillus licheniformis F11.4 rekombinan memiliki aktivitas enzim xilanase dan enzim selulase, sedangkan Bacillus licheniformis F11.4 wildtype hanya memiliki aktivitas enzim selulase.

ABSTRACT
Xylanase enzyme has the ability to hydrolyze xylan into xylose. Xylanase has an important role in the field of biotechnology, used alone or in combination with other enzymes. Generally Xylanase are isolated from organisms such as bacteria, mold, and fungus. Helianti et al. successfully isolated xylanase from Bacillus subtilis AQ1 and incorporated AQ1 xylanase genes from Bacillus subtilis into a cellulase locus of Bacillus licheniformis F11.4 then resulted recombinant plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1. Laboratory of Molecular Biology, BPPT in LAPTIAB, PUSPIPTEK will conduct advanced research about transformation recombinant plasmid conjugation pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 of the bacteria Escherichia coli S17-1 into the bacterium Bacillus licheniformis F11.4. This study aims to transform by conjugation plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 of the bacteria Escherichia coli S17-1 into Bacillus licheniformis F11.4. The results showed that the recombinant plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 succeed in conjugation to Bacillus licheniformis F11.4. Plasmids which have been conjugated, analyzed by digestion and PCR methods. Analysis of the activity of the gene product of recombinant Bacillus licheniformis and Bacillus licheniformis F11.4 wildtype also performed. The test results showed that the Bacillus licheniformis F11.4 recombinant has xylanase and cellulase enzyme activity, while wildtype Bacillus licheniformis F11.4 only has cellulase enzyme activity."
Lengkap +
2015
S62189
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Isma Nur Azzizah
"ABSTRAK
Subunit protein NS2B-NS3 merupakan protein nonstruktural penyusun virus dengue. Kedua protein tersebut berperan dalam proses replikasi, memodulasi patogenesis, serta respons terhadap sel inang. Penelitian bertujuan untuk memvalidasi hasil kloning yang telah dilakukan oleh peneliti BPPT, mengekspresi dan mempurifikasi protein rekombinan NS2B-NS3 DENV serotipe 3. Vektor yang digunakan untuk kloning dan ekspresi ialah vektor plasmid pYES2/CT. Proses kloning yang telah dilakukan belum tervalidasi sehingga perlu divalidasi dengan metode digesti menggunakan enzim restriksi serta diamplifikasi menggunakan metode PCR. Plasmid yang telah tervalidasi ditransformasi menggunakan metode heat shock ke Saccharomyces cerevisiae sehingga memudahkan proses ekspresi. Hasil ekspresi kemudian divisualisasi menggunakan SDS-PAGE dan western blot. Hasil purifikasi kemudian divisualisasi menggunakan SDS-PAGE saja. Plasmid rekombinan pYES2/CT(NS2B-NS3) yang telah tervalidasi, terekspresi dan terpurifikasi kemudian dikirim untuk proses sekuensing. Hasil visualisasi ekspresi menggunakan metode SDS-PAGE dan western blot ialah terlihat pita spesifik pada ukuran 83 kDa. Hasil visualisasi purifikasi menggunakan SDS-PAGE terlihat muncul pita spesifik pada ukuran 83 kDa pada bagian flow-through dan resin. Hasil sekuensing menunjukan nilai kemiripan 96--99% antara plasmid rekombinan NS2B-NS3 dengan DENV serotipe 3 (DENV-3). Analisis homologi hasil sekuensing dengan isolat nomor 141 asal Jakarta menunjukan nilai 91--94% dan 97% untuk asam amino penyusun DENV.

ABSTRACT
NS2B-NS3 protein subunit are nonstructural protein which construct dengue virus. Both of these proteins take a role in the replication process, modulating pathogenesis, and responding to the host cell. This research aimed to validate the cloning product that had been conducted by BPPT researchers, express and purify recombinant proteins NS2B-NS3 DENV serotypes 3. The vector used for cloning and expression was a plasmid pYES2/CT vector. Furthermore, the cloning product was validated using restriction enzyme digest and amplified using PCR method. Then the plasmid vectors that had been validated were transformed using a heat shock method into Saccharomyces cerevisiae to facilitate the expression process. The results of expression were visualized using SDS-PAGE and western blot. Whereas, the results of purification were visualized using SDS-PAGE only. Recombinant plasmid pYES2/CT (NS2B-NS3) that had been validated, expressed, and purified were proceed to the sequencing process. The visualized expression showed a band of 83 kDa. The visualized purification showed a band of 83 kDa in the flow-through and resin part. The sequencing results showed 96--99% sequence similarity between NS2B-NS3 recombinant plasmid and DENV serotypes 3 (DENV-3). The homology analysis of the sequencing results using isolates number 141 from Jakarta showed 91--94% value and 97% for the amino acid which construct DENV."
Lengkap +
2016
S62957
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Emilia Rahmadaniah Utami
"ABSTRAK
Epidermal growth factor receptor variant III (EGFRvIII) adalah salah satu varian mutan dari protein human EGFR. Mutasi yang terjadi pada EGFR menyebabkan terjadinya kanker. Berbagai mutan EGFR, termasuk EGFRvIII, telah banyak dipelajari karena potensinya sebagai molekul target dalam terapi kanker. Gen penyandi domain ekstraselular EGFRvIII telah berhasil dikonstruksi pada penelitian sebelumnya untuk studi ekspresi protein sebagai molekul target dalam terapi kanker. Penelitian bertujuan untuk subkloning gen EGFRvIII ke dalam plasmid ekspresi pPICZ? dan transformasi plasmid rekombinan ke dalam sel Pichia patoris SMD1168H. Fragmen gen EGFRvIII diperoleh melalui amplifikasi secara in vitro dengan teknik PCR plasmid pJ404-EGFFRvIII-bfp. Gen EGFRvIII tersebut telah terfusi dengan gen bfp penyandi blue fluorescent protein BFP pada ujung-C. Fusi gen tersebut disubklon ke dalam plasmid pPICZ? pada situs XhoI untuk memperoleh plasmid pPICZa-EGFRvIII-bfp . Plasmid rekombinan ditransformasikan ke dalam sel E. coli TOP10 F rsquo; dengan metode kejut panas. Plasmid rekombinan diseleksi dan dikarakterisasi dengan analisis PCR dan sequencing. Plasmid yang telah dikonfirmasi susunan basa dan ukurannya ditransformasikan ke dalam sel P. pastoris SMD1168H dengan metode elektroporasi untuk ekspresi protein rekombinan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fusi gen EGFRvIII-bfp 1317 bp telah berhasil disubklon ke dalam plasmid pPICZ? dan plasmid rekombinan pPICZ?-EGFRvIII-bfp berhasil ditransformasikan ke dalam P. patoris SMD1168H dengan efisiensi transformasi sebesar 90 CFU/ g DNA plasmid.

ABSTRACT
Epidermal growth factor receptor variant III EGFRvIII is one of the mutant variant of the EGFR protein. Mutations that occur in EGFR cause cancer. Various mutants of EGFR, including the mutant variant III have been widely studied because of their potential as target molecules in cancer therapy. The extracellular domain coding EGFRvIII gene has been successfully constructed in previous studies for the study of protein expression as a molecule target in cancer therapy. The objective of research are to subclone the EGFRvIII gene into the pPICZ expression plasmid then recombinant plasmid transformation into Pichia patoris SMD1168H cells. Epidermal growth factor receptor variant III EGFRvIII gene fragment was obtained with in vitro amplification by PCR of pJ404 EGFFRvIII bfp plasmid. Epidermal growth factor receptor variant III EGFRvIII gene has been fused with the bfp gene encoding blue fluorescent protein BFP at the C end. The gene fusion was subcloned into the pPICZ at the XhoI site to obtain the pPICZa EGFRvIII bfp plasmid. Recombinant plasmid was transformed into E. coli TOP10 F 39 cells by heat shock method. Recombinant plasmids were selected and characterized by PCR analysis and sequencing. The confirmed plasmid of the base structure and size is transformed into the P. pastoris SMD1168H cell by an electroporation method for the expression of the recombinant protein. Results showed that the fusion of the EGFRvIII bfp 1317 bp gene was successfully subcloned into the pPICZ and the recombinant plasmid pPICZ EGFRvIII bfp was successfully transformed into P. patoris SMD1168H with a transformation efficiency of 90 CFU g DNA plasmid."
Lengkap +
2017
S68714
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library