Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Hemagglutinin 1 (HA1) adalah glikoprotein permukaan virus influenza yang banyak dikembangkan sebagai vaksin subunit rekombinan. Hal tersebut dikarenakan HA1 mampu menginduksi antibodi penetralisasi. Sejauh ini, vaksin influenza yang diproduksi di embrio telur ayam tidak efektif, khususnya dalam mengatasi masalah pandemik. Protein rekombinan yang diekspresikan di E. coli juga tidak efektif, sedangkan sel mamalia dan insekta membutuhkan keahlian khusus dan biaya yang mahal. Pada penelitian ini, dilakukan ekspresi protein HA1 pada ragi P. pastoris yang sudah diketahui memiliki banyak keuntungan dalam ekspresi protein rekombinan. Fragmen HA1 diperoleh dari galur Indonesia DKI271/2011 yang diamplifikasi dengan teknik PCR. Fragmen gen HA1 kemudian diinsersikan dalam vektor pPICZα-A dan ditransformasikan ke dalam P. pastoris. Protein HA1 diekspresikan dengan menginduksi sel ragi tersebut dengan metanol. Hasil menunjukkan bahwa P. pastoris yang berhasil ditransformasi dengan plasmid rekombinan mengandung sisipan gen HA1 dengan arah orientasi dan kerangka baca yang benar. Mutasi juga tidak ditemukan pada sekuens asam amino yang menjadi epitope pengenalan oleh sel T dan B. Konfirmasi ekspresi pada kultur P. pastoris melalui western bloth menunjukkan bahwa pita protein sesuai dengan besar HA1. Protein tersebut selanjutnya dapat digunakan dalam pengembangan vaksin influenza subunit rekombinan.

---

Hemagglutinin 1 (HA1) of influenza virus is a surface glycoprotein that has been developed as a recombinant subunit vaccine. It is because HA1 subunit was able to induce neutralizing antibodies. So far, influenza vaccines that are produced in chicken eggs embryos is not effective especially in addressing pandemic influenza. Recombinant proteins expressed in E. coli was also not effective, while mammalian and insect cells requires special skills and high cost. In this study, HA1 expressed in the yeast P. pastoris were already known to have many advantages in the expression of recombinant proteins. HA1 gen fragment was obtained from Indonesian strain DKI271/2011 throughout PCR technique. This fragment then inserted in the vector pPICZα-A and transformed to P. pastoris. HA1 recombinant proteins was expressed by induced yeast with methanol. The results indicate P. pastoris which is successfully transformed by recombinant plasmid containing the HA1 gene insertion with good orientation and correct reading frame. It is also found no mutations in the amino acids sequence into cell epitope recognition by T and B. Confirmation HA1 recombinant protein in P. pastoris culture throughout western bloth showed protein bands as expected. HA1 recombinant proteins that have been successfully expressed in P. pastoris can be used in the development of subunit influenza vaccines."

"Karsinogenesis serviks tidak hanya terkait dengan infeksi human papillomavirus (HPV), tetapi juga terkait dengan berbagai faktor risiko, termasuk infeksi C.trachomatis dan Mycoplasma spp., U. Urealyticum, dan U. parvum. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan infeksi Chlamydia trachomatis, Mycoplasma spp., U.urealyticum, dan U.parvum sebagai faktor risiko infeksi HPV pada kasus kanker serviks. Penelitian ini menggunakan desain casecontrol dengan 68 sampel yang dikumpulkan dari pasien yang dirawat di 5 Klinik di Makassar, Sulawesi Selatan, Indonesia, dari Juli-November 2014. Dari 68 pasien, 22 pasien positif HPV high-risk (hrHPV) dengan kanker serviks(kelompok kasus)dan 46 pasien negatif HPV non kanker serviks (kelompok kontrol). Deteksi HPV menggunakan Roche Linear Array HPV Test Kit, sementara deteksi bakteri menggunakan Real Time PCR kualitatif dan kuantitatif. Terdapat perbedaan bermakna rata-rata usia 8 tahun ([p = <0,0001]) antara kelompok kanker serviks (46 tahun) dan kelompok kontrol (38 tahun). Tidak ada hubungan yang bermakna antara infeksi C. trachomatis dan Mycoplasma spp., U. urealyticum, dan U. parvum dengan HPV secara kualitatif. Namun, terdapat hubungan bermakna secara kuantitatif pada jumlah DNA relatif Mycoplasma spp.pada kelompok kasus dibandingkan kelompok kontrol (p = 0,028).

---

This study aimed to determined the association of infection Chlamydia trachomatis, Mycoplasma spp., Ureaplasma urealyticum and U. Parvum with HPV in cervical cancer cases.This study used a case-control design with 68 samples collected from patients treated in 5 gynecologic centers in Makassar, South Sulawesi, Indonesia, between July-November 2014. Of 68 patients, 22 were the high-risk HPV (hrHPV) positive patients (case group) with cervical cancer and 46 were the HPV negative patients (control group) with non cervical cancer. HPVs were detected and typed by Roche Linear Array HPV Test Kit, while bacteria were detected by qualitaitive and quantitative real time PCR assays.There was a significant difference of mean age (8 years old [p= <0.0001]) between the cervical cancer group (46 years) and control group (38 years). There was no significant association of C. trachomatis and Mycoplasma spp., U. Urealyticum, and U. parvum qualitatively with HPV. However, we found a significant association of relative DNA quantity of Mycoplasma spp. in the case group with the control group (p=0.028).There were the significant difference of mean age and the significant association of relative DNA quantity of Mycoplasma spp. between the case and control groups. In the future study, it is important to understand the role of the factors in increasing the risk for cervical cancer disease."

"Cervical cancer remains the second most common cancer in women worldwide, include Indonesia. HPV persistence is known as the main cause of cervical precancer and cancer, but it has been postulated that HPV persistence is implicated by sexually transmitted diseases as risk factor such as C. trachomatis, M. hominis, U. urealyticum dan U. parvum. There is no data showing the prevalance of C. trachomatis, M. hominis, U. urealyticum dan U. parvum infection in abnormal cervical cytology in Indonesia, therefor this study was conducted to determine whether there is association between C. trachomatis, M. hominis, U. urealyticum and U. parvum coinfection in abnormal cervical cytology. Liquid based cytology and duplex PCR was used to determined cytology abnormality and the infection. 59 specimens was collected and divided into 14 specimens with cervical cytology abnormality and 45 specimens with normal cervical cytology. Statistical analysis shown association between U. urealyticum infection and HPV p 0,017 and no association between C. trachomatis, M. hominis, and U. parvum infection with p value 0,203, 0,266 and 0,089 respectively. Furthermore, there were no association between C. trachomatis, M. hominis, U. urealyticum and U. parvum coinfection in abnormal cervical cytology by statistical analysis p 0,417, 0,682, 0,682 and 0,689.

---

Kanker serviks merupakan kanker yang menduduki urutan ke-dua dari keganasan pada wanita di dunia, termasuk di Indonesia. Kejadian lesi prakanker dan kanker serviks diketahui tidak hanya disebabkan oleh infeksi persisten HPV sebagai penyebab utama, namun melibatkan faktor risiko lain salah satunya adanya agen infeksi penyakit menular seksual selain HPV seperti C. trachomatis, M. hominis, U. urealyticum dan U. parvum. Data mengenai infeksi bakteri terhadap wanita dengan lesi prakanker serviks di Indonesia belum ada. Oleh karena itu penelitian ini dilakukan untuk mengetahui hubungan infeksi C. trachomatis, M. hominis, U. urealyticum dan U. parvum dengan sitologi serviks abnormal pada wanita dengan HPV positif. Metode pemeriksaan sitologi serviks dengan menggunakan LBC dan deteksi bakteri menggunakan PCR dupleks. Dari total 59 spesimen didapatkan 14 dengan sitologi serviks abnormal dan 45 dengan sitologi serviks normal. Hasil analisa hubungan infeksi C. trachomatis, M. hominis, U. urealyticum dan U. parvum dan infeksi HPV adalah p 0,203, 0,266, 0,017 dan 0,089. Hubungan infeksi C. trachomatis, M. hominis, U. urealyticum dan U. parvum dengan HPV positif pada sitologi serviks abnormal adalah 0,417, 0,682, 0,682 dan 0,689. Berdasarkan uji statistik terdapat hubungan antara infeksi U. urealyticum dan HPV, serta tidak didapatkan hubungan bermakna antara infeksi bakteri dengan HPV positif pada sitologi serviks abnormal."

"Latar belakang: Difteri merupakan penyakit infeksi bakteri yang diperantarai olehtoksin. Corynebacterium diphtheriae adalah penyebab tersering difteri. Diagnostiklaboratorium harus dilakukan dengan cepat untuk menunjang diagnosis klinis difteri.Pemeriksaan mikroskopik tidak direkomendasikan karena tidak spesifik, kultur dan ujitoksin yang merupakan uji baku emas cukup memakan waktu, membutuhkanketerampilan dan pengalaman serta hanya dilakukan di laboratorium rujukan. PCRmerupakan metode pemeriksaan yang cepat, sensitif dan spesifik. Duplex real-time PCRdapat mendeteksi bakteri penyebab tersering dan gen pengkode toksin secara simultan.Tujuan penelitian: Melakukan optimasi uji duplex real time PCR untuk deteksi C.diphtheriae potensial toksigenik dan menerapkannya pada spesimen usap tenggorokpasien tersangka difteri.Metode: Duplex real-time PCR menggunakan dua pasang primer dan probe dengantarget gen rpoB C.diphtheriae dan toksin difteri subunit A Tox. Parameter yangdioptimasi adalah suhu penempelan, konsentrasi masing-masing primer dan probe,inhibitor, reaksi silang dengan patogen lain dan ambang batas deteksi uji. Kemudian ujidiaplikasikan pada spesimen usap tenggorok pasien tersangka difteri yang dirawat diRSPI Sulianti Saroso pada periode 2018-2019. Sebagai perbandingan dilakukan uji Elekuntuk konfirmasi toksigenitas dan analisa data klinis pasien.Hasil: Kondisi optimal uji didapat pada suhu penempelan 55oC, konsentrasi primer Cd0,4 μM, primer Tox 0,6 μM, probe Cd 0,5 μM dan probe Tox 0,625 μM, volume elusiekstraksi DNA 50 μL, volume cetakan DNA 5 μL dan ambang batas deteksi 2 CFU/ml.Uji tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme lain yang dicobakan. Dari 89 sampel,proporsi positif C.diphtheriae potensial toksigenik dengan uji duplex real-time PCRadalah 21,3%, sedangkan proporsi positif C.diphtheriae toksigenik menggunakan ujibaku emas adalah 11,2%.Kesimpulan: Duplex real time PCR untuk deteksi C.diphtheriae potensial toksigeniktelah dioptimasi dan diaplikasikan pada pasien tersangka difteri. Diharapkan uji inidapat meningkatkan diagnosis laboratorium kasus difteri.

---

Background: Diphtheria is toxin-mediated bacterial infection. The most common

etiology is Corynebacterium diphtheriae. Laboratory diagnostic should be done

immediately to support clinical diagnosis. Microscopic examination is not

recommended, culture followed by toxin test is consider gold standard but timeconsuming,

require experience and only done in referral laboratory. PCR is fast,

sensitive and specific. Duplex real-time PCR can detect bacteria and toxin-encoding

gene simultaneously.

Objective: Optimizing duplex real-time PCR assay for detection of potentially

toxigenic C.diphtheriae and applicate the assay on throat swab of suspected diphtheria

patient.

Method: Two pair of primers and specific probe targeting rpoB gene of C.diphtheriae

and A-subunit of diphtheria toxin gene were used in this study. Parameters including

annealling temperature, concentration of primers and probes, inhibitors, cross reaction

and detection limit were being optimized to receive optimal condition. The optimized

assay was applicated on throat swab of suspected diphtheria patient in Sulianti Saroso

Infectious Disease Hospital at 2018-2019. Elek toxigenity test was used for comparison

and clinical data of the patient were analyzed.

Result: The optimum condition for duplex real-time PCR was received upon the

annealing temperature 60oC, concentration of Cd primer 0,4 μM, Tox primer 0,6 μM,

Cd probe 0,5 μM, Tox probe 0,625 μM, DNA elution volume 50 μL, DNA template

volume 5 μL and detection limit 2 CFU/ml. There was no cross reaction found with

other tested microorganisms. Of 89 samples, proportion of potentially toxigenic

C.diphtheriae was 21,3% and proportion of toxigenic C.diphtheriae confirmed by gold

standard was 11,2%.

Conclusion: Duplex real time PCR has been optimized for detection of potentially

toxigenic C.diphtheriae. This method can be used to detect C.diphtheriae and Tox

simultaneosly and increase supporting diagnosis."

"Latar belakang: Protein VP6 rotavirus adalah protrein struktural utama yang berperan penting selama replikasi, dan merupakan bagian yang paling lestari dan memiliki potensi dalam menstimulasi respon imun, yaitu sebagai protein target yang dapat menstimulasi sel T, dan memiliki epitop yang cross-reactive di antara genotipe rotavirus lainnya, sehingga memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai vaksin.Tujuan: Untuk mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 rotavirus strain Indonesia, serta pengklonaan gen dan ekspresi protein VP6 pada Escherichia coli BL21 untuk pengembangan vaksin rotavirus.Metode: RNA rotavirus R55 dan R10 diperoleh dari ekstraksi sampel klinis. RNA tersebut kemudian diamplifikasi dengan reaksi RT-PCR dan menghasilkan amplikon 1194 bp yang selanjutnya disekuensing untuk konfirmasi dan mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 secara bioinformatika. Gen VP6 sebagai sisipan dan plasmid pQE-80L sebagai vektor direstriksi ganda dengan enzim restriksi dan diligasi menggunakan enzim ligasi. Produk ligasi ditransformasikan pada sel kompeten E.coli Top 10 dan diseleksi klon pembawa plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan yang mengandung gen VP6 ditransformasikan ke sel kompeten E.coli BL21. Ekspresi protein dilakukan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi dianalisis dengan SDS-PAGE dan dikonfirmasi dengan Uji Western Blot.Hasil: Sekuen asam amino gen VP6 rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 memiliki tingkat homologi yang tinggi dengan epitop yang lestari bila dibandingkan dengan strain vaksin dan kandidat vaksin rotavirus; strain R55 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe I, strain R10 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe II. Sekuen VP6 rotavirus strain R55 dan R10 menunjukkan tingkat hidrofobisitas yang sama, hal ini mengindikasikan sejenis protein permukaan atau protein yang bersifat hidrofilik. Hasil analisa struktur sekunder pada strain R55 dan R10 menunjukkan adanya perbedaan pada posisi asam amino 149-152 dan 341-349. Telah didapatkan klon pQE-80L yang mengandung gen VP6 dari strain R55 dan R10. Ekspresi protein VP6 pada SDS-PAGE menunjukkan adanya perbedaan intensitas pita protein antara sel E. coli yang diinduksi IPTG dengan yang tidak diinduksi, mengindikasikan protein VP6 diduga berhasil diekspresikan. Konfirmasi ekspresi protein menggunakan Western-Blot menunjukkan hasil yang sama antara sel yang diinduksi dengan yang tidak diinduksi, namun hasil ini perlu dikonfirmasi lebih lanjut.Kesimpulan: Hasil karakterisasi molekular protein VP6 rekombinan dan pengklonaan gen VP6 dari rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 dapat dikembangkan sebagai studi awal pada pengembangan vaksin subunit berbasis protein VP6 rekombinan. Namun untuk tahap ekspresi protein rekombinan VP6 perlu optimasi lebih lanjut.Latar belakang: Protein VP6 rotavirus adalah protrein struktural utama yang berperan penting selama replikasi, dan merupakan bagian yang paling lestari dan memiliki potensi dalam menstimulasi respon imun, yaitu sebagai protein target yang dapat menstimulasi sel T, dan memiliki epitop yang cross-reactive di antara genotipe rotavirus lainnya, sehingga memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai vaksin.Tujuan: Untuk mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 rotavirus strain Indonesia, serta pengklonaan gen dan ekspresi protein VP6 pada Escherichia coli BL21 untuk pengembangan vaksin rotavirus.Metode: RNA rotavirus R55 dan R10 diperoleh dari ekstraksi sampel klinis. RNA tersebut kemudian diamplifikasi dengan reaksi RT-PCR dan menghasilkan amplikon 1194 bp yang selanjutnya disekuensing untuk konfirmasi dan mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 secara bioinformatika. Gen VP6 sebagai sisipan dan plasmid pQE-80L sebagai vektor direstriksi ganda dengan enzim restriksi dan diligasi menggunakan enzim ligasi. Produk ligasi ditransformasikan pada sel kompeten E.coli Top 10 dan diseleksi klon pembawa plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan yang mengandung gen VP6 ditransformasikan ke sel kompeten E.coli BL21. Ekspresi protein dilakukan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi dianalisis dengan SDS-PAGE dan dikonfirmasi dengan Uji Western Blot.Hasil: Sekuen asam amino gen VP6 rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 memiliki tingkat homologi yang tinggi dengan epitop yang lestari bila dibandingkan dengan strain vaksin dan kandidat vaksin rotavirus; strain R55 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe I, strain R10 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe II. Sekuen VP6 rotavirus strain R55 dan R10 menunjukkan tingkat hidrofobisitas yang sama, hal ini mengindikasikan sejenis protein permukaan atau protein yang bersifat hidrofilik. Hasil analisa struktur sekunder pada strain R55 dan R10 menunjukkan adanya perbedaan pada posisi asam amino 149-152 dan 341-349. Telah didapatkan klon pQE-80L yang mengandung gen VP6 dari strain R55 dan R10. Ekspresi protein VP6 pada SDS-PAGE menunjukkan adanya perbedaan intensitas pita protein antara sel E. coli yang diinduksi IPTG dengan yang tidak diinduksi, mengindikasikan protein VP6 diduga berhasil diekspresikan. Konfirmasi ekspresi protein menggunakan Western-Blot menunjukkan hasil yang sama antara sel yang diinduksi dengan yang tidak diinduksi, namun hasil ini perlu dikonfirmasi lebih lanjut.Kesimpulan: Hasil karakterisasi molekular protein VP6 rekombinan dan pengklonaan gen VP6 dari rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 dapat dikembangkan sebagai studi awal pada pengembangan vaksin subunit berbasis protein VP6 rekombinan. Namun untuk tahap ekspresi protein rekombinan VP6 perlu optimasi lebih lanjut.

---

Background: VP6 protein is an intermediate layer on rotavirus outer capsid shell which is the major structural protein and play an important role in replication cycle. VP6 protein is a conserved region that can induce immune response as target protein of T cell with cross-reactive epitopes within another genotypes.

Objectives: This research conducted to determine the molecular characterization of rotavirus VP6 recombinant protein of Indonesia strain, and to determine the clone and expression of VP6 protein in Escherichia coli BL21 for development of rotavirus vaccine.

Methods: Rotavirus RNA was extracted from clinical sample of R55 and R10 strains that having correlation with genotipes I and II rotavirus. RNA samples were amplified with RT-PCR reaction and produced 1194 bp amplicon, and sequencing reaction were conducted to confirm and analyze the molecular characterization of VP6 protein in bioinformatics. VP6 gene as insert and pQE-80L plasmids as vector were double restricted and then ligated by ligation enzyme. Product of ligation were transformed to E.coli Top 10 competent cells and the clones were selected to get the recombinant plasmids which bearing VP6 gene. The recombinant plasmid than subcloned to E.coli BL21 competent cells and induced by IPTG and its pellets were loaded directly onto SDS-PAGE, approximately 45 kDa protein was observed on the SDS-PAGE. The protein was analyzed using Western-blotting.

Results: Level of amino acids homology from R55 and R10 rotavirus strain compared with vaccine strains and vaccine candidate strains showed high level of homology, with the conserved regions of T-cell epitopes. R55 strain having close relativity with genotype I while R10 strain having close relativity with genotype II. there are the same level of hydrophobicity between R55 and R10 which indicated as surface proteins or as a hydrophilic protein. The differences of secondary structure between R55 and R10 in amino acids position of 149-152 and 341-349. The VP6 cloned obtained from E.coli Top 10 with pQE-80L plasmid. The profile of expressed VP6 recombinant protein from R55 and R10 strains in SDS-PAGE showed the different intensity of protein between induced condition with IPTG and non-induced condition, indicated that VP6 protein might be successfully expressed. The Western-Blot assay showed the same result between the cell that induced and non-induced, but it still need another confirmation.

Conclusion: The result of molecular characterization from VP6 recombinant protein and the cloned of VP6 gene that obtained from R55 and R10 rotavirus strains of Indonesia could be applied as a preliminary study to develop rotavirus candidate vaccine based on subunit vaccine."