Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pseudomonas aeruginosa dan Staphylococcus aureus merupakan dua bakteri umum penyebab penyakit infeksi di masyarakat. Pencarian senyawa dari tanaman sebagai antibakteri banyak dilakukan karena meningkatnya kasus resistensi antibiotik. Diospyros nigra atau buah kesemek hitam mengandung senyawa fenol, flavonoid, dan karotenoid yang telah terbukti memiliki aktivitas antibakteri. Pada buah tua D. nigra terjadi penurunan kadar fenol dan peningkatan kadar karotenoid. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui senyawa fitokimia; kadar fenol, flavonoid, dan karotenoid total; aktivitas antibakteri terhadap ekstrak etanol 70% buah muda dan tua D. nigra yang diekstraksi dengan metode Microwave Assisted Extraction (MAE) dan Ultrasound Assisted Extraction (UAE). Berdasarkan hasil identifikasi, buah D. nigra mengandung fenol, tanin, flavonoid, saponin, terpenoid, antrakuinon, dan glikosida. Penetapan kadar fenol total dilakukan menggunakan metode Folin-Ciocalteu dengan hasil pada buah muda sebesar 24,22 mgEAG/g (MAE) dan 21,79 mgEAG/g (UAE), serta buah tua sebesar 19,83 mgEAG/g (MAE) dan 18,36 mgEAG/g (UAE). Penetapan kadar flavonoid total dilakukan menggunakan metode kolorimetri AlCl3 dengan hasil pada buah muda sebesar 6,85 mgEK/g (MAE) dan 5,73 mgEK/g (UAE), serta buah tua sebesar 2,65 mgEK/g (MAE) dan 1,84 mgEK/g (UAE). Penetapan kadar karotenoid total dilakukan menggunakan metode fraksinasi dengan hasil pada buah muda sebesar 45,59 mg/g (MAE) dan 43,67 mg/g (UAE), serta buah tua sebesar 55,71 mg/g (MAE) dan 51,10 mg/g (UAE). Pengujian aktivitas antibakteri dilakukan dengan metode mikrodilusi. Hasil pengujian menunjukkan aktivitas antibakteri paling potensial dihasilkan oleh ekstrak buah tua D. nigra metode MAE pada konsentrasi 16 mg/mL dengan persentase penghambatan pada P. aeruginosa sebesar 94% dan S. aureus sebesar 86,11%.

---

Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus are two common bacteria that cause infectious diseases in the community. The search for compounds from plants as antibacterials is widely conducted due to the increasing cases of antibiotic resistance. Diospyros nigra (black persimmon fruit) contains phenol, flavonoid, and carotenoid compounds which have been shown to have antibacterial activity. In ripe D. nigra fruit there is a decrease in phenol compounds and an increase in carotenoids levels. This study aims to determine the phytochemical compounds; total phenol, flavonoid, and carotenoid content; as well as the antibacterial activity of the 70% ethanol extract of unripe and ripe D. nigra fruit using the Microwave Assisted Extraction (MAE) and Ultrasound Assisted Extraction (UAE) methods. Based on the identification, D. nigra fruit contains phenols, tannins, flavonoids, saponins, terpenoids, anthraquinones, and glycosides. Determination of total phenol content was carried out using the Folin-Ciocalteu method with results in unripe fruit is 24,22 mgGAE/g (MAE) and 21,79 mgGAE/g (UAE), while in ripe fruit is 19,83 mgGAE/g (MAE) and 18,36 mgGAE/g (UAE). Determination of total flavonoid content was carried out using the colorimetric AlCl3 method with results in unripe fruit is 6,85 mgQE/g (MAE) and 5.73 mgQE/g (UAE), while in ripe fruit is 2,65 mgQE/g (MAE) and 1,84 mgQE/g (UAE). Determination of total carotenoid content was carried out using the fractionation method with results in unripe fruit 45,59 mg/g (MAE) and 43,67 mg/g (UAE), while in ripe fruit is 55,71 mg/g (MAE) and 51,10 mg/g (UAE). Antibacterial activity testing was carried out using the microdilution method. The results showed that the most potential antibacterial activity was produced by ripe D. nigra fruit extract using the MAE method at a concentration of 16 mg/mL with an inhibition percentage of 94% for P. aeruginosa and 86,11% for S. aureus."

"Menurut Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) bakteri Staphylococcus aureus dan Pseudomonas aeruginosa memiliki tingkat resistensi dan mortalitas yang tinggi, sehingga terapi barunya perlu segera dikembangkan. Diospyros nigra mengandung senyawa fenol, flavonoid, dan karotenoid yang telah terbukti menunjukkan aktivitas antibakteri. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengekstraksi buah muda dan tua D. nigra dengan pelarut etanol 70% menggunakan metode konvensional, yaitu maserasi dan refluks kemudian melakukan identifikasi senyawa fitokimia serta menguji aktivitas antibakteri ekstrak yang didapatkan terhadap P. aeruginosa dan S. aureus. Ekstraksi buah muda memberikan rendemen sebesar 40,5% dan 51,5% untuk metode maserasi dan refluks secara berturut turut. Sedangkan pada buah tua memberikan rendemen sebesar 8,11% dan 16,33% untuk metode maserasi dan refluks secara berturut turut. Hasil penapisan fitokimia menunjukkan adanya kandungan tannin, fenol, flavonoid, saponin, terpenoid, antrakuinon, dan glikosida. Hasil penetapan kadar fenol total menunjukkan ekstrak buah muda D. nigra metode refluks memberikan nilai paling besar yaitu 23.5193±0,181 mgEAG/ gr Ekstrak. Penetapan kadar flavonoid menunjukkan buah muda D. nigra yang diekstraksi menggunakan metode refluks memberikan nilai paling tinggi, yaitu 6.6987±0,133 mgEK/ gr Ekstrak. Pada penetapan kadar karotenoid total, buah tua D. nigra metode maserasi memberikan kadar paling tinggi yaitu 48.2129±0,583 mg/gr Ekstrak. Uji aktivitas antibakteri dilakukan terhadap bakteri patogen Staphylococcus aureus dan Pseudomonas aeruginosa dan didapatkan sampel dengan aktivitas terbaik yaitu buah tua denga metode maserasi yang memberikan nilai persen inhibisi sebesar 83,77% terhadap bakteri uji S. aureus dan 60,37% terhadap bakteri uji P. aeruginosa. Dapat disimpulkan bahwa ekstrak etanol 70% buah D. nigra memiliki aktivitas antibakteri.

---

Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa are pathogenic bacterial whose therapy need to be developed due to its high resistance to antibiotics, high mortality rate, and high burden to community and/or healthcare. Diospyros nigra contain phenolic compound, flavonoids, and carotenoids that has been proven to have antibacterial activity. This research is conducted to extract unripe and ripe fruit of D. nigra with ethanol 70% as the solvent using conventional method that is maceration and reflux, doing phytochemical screening, and testing the antibacterial activity of the extract obtained against P. aeruginosa and S. aureus. The yield of unripe fruit extraction is 40,5% and 51,5% for maceration and reflux, meanwhile the yield of the ripe fruit extraction is 8,11% and 16,33% for maceration and reflux. Phytochemical screening’s result shows that the extract contain tannin, phenol, flavonoid, saponin, terpenoid, anthraquinone, and glycoside. The determination of total phenolic compound shows that ripe fruit extracted using reflux gives the highest yield, that is 23,5193 mgGAE/ gr extract. The determination of flavonoid also shows that unripe fruit extracted using reflux gives the highest yield, 6,6987 mgQE/gr extract. In the determination of total carotenoid compound, ripe fruit extracted using reflux gives the highest yield, that is 48,2129 mg/ gr extract. The antibacterial activity test of the extract are conducted upon pathogenic bacteria that is Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus and the obtained results shows that ripe fruit extracted using maceration gives the highest inhibition rate up to 83,77% against S. aureus and up to 60,37% against P. aeruginosa. It is concluded that the extract of D. nigra fruit has an antibacterial activity."

"Kejadian resistensi antimikroba telah menyebabkan berkurangnya efektivitas agen antimikroba yang sudah beredar. Bakteriosin adalah peptida antimikroba (PAM) yang dihasilkan oleh bakteri. Penelitian sebelumnya telah mengidentifikasi bakteriosin jenis lantibiotik Salivaricin 9 dan nonlantibiotik Sm1 dan Sm2 yang dihasilkan oleh Streptococcus macedonicus MBF10-2. Upaya pengembangan agen antimikroba baru dikendalai oleh masalah seperti jumlah produksi bakteriosin alami yang terbatas dan harga bakteriosin sintetik yang tinggi. Ekspresi peptida bakteriosin secara heterolog dapat menjadi metode alternatif produksi bakteriosin. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh fragmen gen bakteriosin secara in vitro dan perancangannya untuk kloning secara in silico. Fragmen gen penyandi bakteriosin matur diperoleh dengan metode polymerase chain reaction (PCR) dengan primer hasil rancangan. Fragmen gen bakteriosin kemudian dilakukan kloning secara in vitro pada vektor pTA2 untuk menghasilkan plasmid rekombinan pTA2_Sal9, pTA2_Sm1 dan pTA2_Sm2. Seluruh plasmid rekombinan dikonfirmasi dengan PCR dan Sanger sekuensing. Seluruh plasmid rekombinan yang telah dikonfirmasi digunakan untuk mengamplifikasi fragmen gen bakteriosin dengan primer modifikasi yang mengandung situs enzim restriksi untuk dielongasi pada setiap ujung fragmen gen secara in silico. Fragmen gen bakteriosin yang telah dimodifikasi kemudian dikloning secara in silico pada vektor pNZ8148 dan pET-28a(+) untuk produksi pada Lactococcus lactis dan Escherichia coli secara berturut-turut dengan restriksi-insersi. Primer dan plasmid rekombinan hasil perancangan yang dihasilkan perlu dilanjutkan ke tahap uji coba in vitro.

---

The emergence of antimicrobial resistance has resulted in the decrease of efficiency of the current available antimicrobial agents. Bacteriocins are antimicrobial peptides (AMP) that are produced by bacteria. Bacteriocins produced by Streptococcus macedonicus MBF10-2 have been previously identified as the lantibiotic salivaricin 9 and the nonlantibiotics Sm1 and Sm2. The development of bacteriocins as new antimicrobial agents is challenged by the limited natural production of bacteriocins and the high costs of synthetic bacteriocins. Heterologous expression of bacteriocin peptides can be an alternative method. This study aims to isolate the bacteriocin gene fragment of Sal9, Sm1 and Sm2, followed by in vitro and in silico cloning. Specific primers were designed to obtain the gene fragments by polymerase chain reaction (PCR). The gene fragments were then cloned in vitro into pTA2 vector, generating pTA2_Sal9, pTA2_Sm1 dan pTA2_Sm2 recombinant plasmids. The recombinant plasmids were then confirmed by PCR and Sanger sequencing. In silico studies were carried out by using all recombinant plasmids and the gene fragments were amplified by employing modified oligonucleotide primers containing enzyme restriction sites to flank the gene fragment. The modified bacteriocin gene fragments are then cloned in silico into expression vectors pNZ8148 and pET-28a(+) for the production in Lactococcus lactis and Escherichia coli respectively by restriction-insertion. The designed primers and plasmid constructs serve as reference for further in-vitro study."

"Candida krusei merupakan organisme komensal pada manusia sehat, namun pada pasien dengan gangguan sistem kekebalan tubuh dapat menjadi patogen oportunistik. Candida krusei memiliki prevalensi yang rendah, namun tingkat mortalitas yang cukup tinggi sehingga diperlukan metode deteksi yang cepat dengan sensitivitas serta spesifisitas yang tinggi. Quantitative PCR berbasis intercalating dye merupakan teknik amplifikasi DNA yang mendeteksi secara real-time, namun dapat berikatan secara non-spesifik pada DNA untai ganda yang rentan terhadap kesalahan sehingga diperlukan primer yang baik dan spesifik. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi Candida krusei menggunakan qPCR berbasis intecalating dye dengan merancang primer secara in silico dengan target gen ITS yang memiliki karakteristik baik dan spesifik terhadap Candida krusei serta dilakukan uji spesifisitas primer pada beberapa spesies jamur dan uji sensitivitas pada sampel biologis (whole blood) manusia. Hasil perancangan primer yang diperoleh adalah primer Cc3 yang memiliki panjang masing-masing adalah 20 dan 18 oligonukleotida dengan karakterisasi yang baik. Hasil uji spesifisitas dengan qPCR berbasis intercalating dye pada tiga Candida sp. dan satu spesies Malassezia menunjukkan hasil yang spesifik dimana hanya dapat mendeteksi Candida krusei. Hasil uji sensitivitas pada sampel biologis (whole blood) menunjukkan bahwa qPCR berbasis intercalating dye menggunakan primer Cc3 mampu mendeteksi hingga batas 1000 sel/mL.

---

Candida krusei is a commensal organism in healthy humans, but in patients with immunocompromised it can become an opportunistic pathogen. Candida krusei has a low prevalence with a fairly mortality rate. Intercalating dye-based quantitative PCR is a DNA amplification technique that allows real-time detection, however it can binds to any double-stranded DNA unspecifically which is error-prone, primer with a good characteristics and specific is needed. This study aims to develop a Candida krusei detection method using intercalating dye-based quantitative PCR was carried out by primers designing in silico with the target gene for ITS which has good characteristics for Candida krusei, and specificity tests in several fungal species and sensitivity tests in human biological sample (whole blood). The primer design results obtained are primer Cc3 which has lengths of 20 and 18 oligonucleotides with good characterization. The results of the specificity tests with intercalating dye-based qPCR in three Candida sp. and one Malassezia sp. showed specific results which were only able to detect Candida krusei. The results of the sensitivity tests in whole blood sample showed that intercalating dye-based qPCR using a primer that had been designed was able to detect up to 1000 cells/mL."

"Dalam beberapa tahun terakhir, beberapa penelitian telah membuktikan bahwa variasi genetik berkontribusi terhadap kesehatan fisik dan mental manusia serta mempengaruhi hasil terapinya. Sejumlah penelitian juga telah menyelidiki peran Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) dalam farmakodinamik dan farmakokinetik kemoterapi seperti fluoropyrimidine, meskipun implementasi hasil yang diperoleh masih sederhana. Pada akhir tahun 2019, WHO menemukan kasus pneumonia baru yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus – 2 (SARS-CoV-2), yang kemudian dinyatakan sebagai pandemi coronavirus disease 2019 (COVID-19). Regulasi virus dipengaruhi oleh gen Angiotensin Converting Enzyme (ACE) dan Renin-Angiotensin System (RAS). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan uji coba deteksi SNP menggunakan protokol real-time quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) dengan rhAmp SNP genotyping system pada rs4343. SNP rs4343 terletak di ekson 17 gen ACE dengan alel G dan A. Sampel darah diperoleh dari penyintas COVID-19 dan DNA genom diekstraksi dari sampel darah. Penelitian ini menggunakan fragmen gen gBlocks™ sebagai kontrol positif dan campuran qPCR terdiri dari rhAmp Master Mix, rhAmp Reporter Mix, dan rhAmp rs4343 assay. Hasil disajikan dalam bentuk plot allelic discrimination dan memberikan hasil yang kurang memuaskan untuk deteksi rs4343. Hanya 27 sampel terdeteksi memiliki alel G homozigot dari 50 sampel yang diuji dimana 23 sampel lainnya tidak berhasil dideteksi.

---

In recent years, several studies have shown that genetic variation contributes to both the physical and mental health of humans and affects the outcome of therapy. A number of studies have also been carried out on the role of Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) in the pharmacodynamics and pharmacokinetics of chemotherapy such as fluoropyrimidines, although the implementation of the results obtained is yet simple. At the end of 2019, WHO found a new case of pneumonia caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus – 2 (SARS-CoV-2), which was later declared a pandemic coronavirus disease 2019 (COVID-19). The regulation of the virus was influenced by the Angiotensin Converting Enzyme (ACE) and Renin-Angiotensin System (RAS) genes. The aim of this study was to carry out a SNP detection trial employing a protocol of a real-time quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) performing rhAmp SNP genotyping assay on rs4343. SNP rs4343 is located in exon 17 of the ACE gene with alleles G and A. Blood samples were obtained from COVID-19 survivors and the genomic DNAs were extracted from them. This study used gene fragment gBlocksTM as the positive control and the qPCR mix consisted rhAmp Master Mix, rhAmp Reporter Mix, and rhAmp rs4343 assay. The results were presented in the form of allelic discrimination plots and is not satisfied to use the method to detect rs4343.There are only 27 samples were detected to have the homozygous G allele out of 50 samples where the other 23 samples were undetermined."

"Gangguan reseptivitas endometrium telah diidentifikasi sebagai penyebab potensial infertilitas yang tidak dapat dijelaskan. Hewan model dapat menggambarkan patofisiologi terkait gangguan ini. Pembentukan hewan model gangguan reseptivitas endometrium sudah pernah dilakukan sebelumnya, tetapi belum pernah dilakukan di Indonesia. Konfirmasi dan validasi dibutuhkan untuk menilai reliabilitas pembentukan hewan model. Identifikasi siklus estrus penting untuk melacak fase sebagai variabel yang dapat mempengaruhi penelitian. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis karakter tiap fase siklus estrus untuk penentuan waktu awal pemberian perlakuan dan menganalisis pengaruh induksi hidroksiurea-adrenalin dalam pembentukan hewan model terhadap ketebalan endometrium. Tikus betina galur Wistar dibagi menjadi 3 kelompok, yaitu kelompok model (hidroksiurea 450 mg/kgBB, adrenalin 0,3 mg/kgBB), kontrol normal (CMC Na 0,5%), dan kontrol positif (hidroksiurea 450 mg/kgBB, adrenalin 0,3 mg/kgBB, progesteron 0,9 mg/200gBB). Pemberian perlakuan dilakukan setelah fase statik teridentifikasi. Metode apusan vagina digunakan untuk mengidentifikasi siklus estrus. Hasil pengamatan apusan vagina menunjukkan ciri khas dari fase yang diketahui dari siklus estrus dan dapat dengan mudah diidentifikasi. Fase statik dapat diidentifikasi sebagai fase diestrus dari siklus estrus. Pemberian perlakuan dilakukan selama 10 hari, kemudian tikus betina dipasangkan dengan tikus jantan dan dikorbankan pada hari ke-8 kehamilan. Organ uterus diambil dan ketebalan endometrium dihitung dari pengukuran panjang rata-rata antara batas lumen uterus dan batas miometrium pada 4 kuadran. Hasil analisis menunjukkan tidak ada perbedaan yang signifikan secara statistik pada ketiga kelompok (F(2,15) = 1.584, p = 0.238). Sebagai kesimpulan, pembentukan hewan model dimulai setelah fase diestrus teridentifikasi dan pemberian hidroksiurea dan adrenalin tidak menyebabkan penurunan ketebalan endometrium.

---

Impaired endometrial receptivity has been identified as potential cause of unexplained infertility. Animal models can provide depiction of the pathophysiology related to this impairment. The establishment of impaired endometrial receptivity animal models has been done previously, but has never been done in Indonesia. Confirmation and validation are required to assess the animal models reliabilities. Identification of the estrus cycle is important to track the phase as a variable that can affect the study. The present study aims to analyze the character of each estrous cycle phase to determine the initial time of treatment and analyze the effect of hydroxyurea-adrenaline induction on the animal models establishment on endometrial thickness. Female Wistar rats is divided into 3 groups, namely the model grpup (hydroxyurea 450mg/kgBW, adrenaline 0.3mg/kgBW), normal control (CMC Na 0.5%), and positive control (hydroxyurea 450mg/kgBW, adrenaline 0, 3 mg/kg, progesterone 0,9 mg/200gBW). Treatment is carried out after the static phase is identified. The vaginal smears method is used to identify the estrus cycle. The results of vaginal smears observations showed the characteristics of a known phase of the estrus cycle and can be easily identified. The static phase can be identified as the diestrus phase of the estrus cycle. The treatment was carried out for 10 days, then female rats were paired with male rats and sacrificed on the 8th day of pregnancy. Uterine organs were removed and endometrial thickness was calculated from the measurement of the average length between the inner and outer layers of the uterus in 4 quadrants. The results of analysis showed that there is no statistically significant difference in the three groups (F(2.15) = 1.584, p = 0.238). In conclusion, the animal models establishment begins after the diestrus phase is identified and administration of hydroxyurea and adrenaline did not cause a decrease on endometrial thickness."

"Candida albicans adalah organisme komensal, akan tetapi, adanya perubahan fisiologis dan sistem kekebalan tubuh dapat mengakibatkan perubahan organisme ini menjadi patogen. Terdapat beberapa masalah pada penggunaan beberapa obat jamur yang biasa digunakan untuk mengobati infeksi Candida, seperti resistensi dan nefrotoksik, sehingga diperlukan terapi alternatif salah satunya adalah minyak biji pala (Myristica fragrans Houtt.). Telah dilaporkan bahwa minyak biji pala terbukti memiliki efek antikandida namun, belum ada data yang menunjukkan pada tahap pembentukan biofilm mana dari Candida albicans yang dihambat dan efek kombinasi minyak biji pala dengan obat antijamur konvensional, sehingga pada penelitian ini dilakukan evaluasi kuantitatif penghambatan oleh minyak biji pala dan kombinasi minyak biji pala dengan flukonazol terhadap pertumbuhan jamur; dan inhibisi tahapan pembentukan biofilm Candida albicans berdasarkan uji Time of Addition menggunakan qPCR. Sebelum pengujian dengan qPCR, terlebih dahulu dilakukan optimasi suhu annealing dan konsentrasi primer, lalu dilanjutkan dengan kuantifikasi jumlah gen Candida albicans yang teramplifikasi pada setiap uji. Dari hasil penelitian, penghambatan Candida albicans yang diberi minyak biji pala dengan konsentrasi 0,625% dan 2,5% adalah masing-masing sebanyak 23,9% dan 67,8%. Pada uji Time of Addition, minyak biji pala efektif menghambat tahap perkembangan (development) pada biofilm hingga 88,2%. Efek kombinasi minyak biji pala dan flukonazol menunjukkan adanya efek sinergis berdasarkan dari efektifitasnya menghambat lebih dari 80% sel Candida albicans yang tumbuh.

---

Candida albicans is a commensal organism, however, changes in physiological and immune system can result in the transformation of this organism into a pathogen. There are several problems with the use of fungal drugs commonly used to treat Candida infections, such as resistance and nephrotoxicity, therefore alternative therapies are needed, one of which is nutmeg seed oil (Myristica fragrans Houtt.). It has been reported that nutmeg seed oil shown to have an anticandidal effect however, there are no data showing at which stage of Candida albicans biofilm formation is inhibited and the combination effect of nutmeg seed oil with conventional antifungal drugs, therefore in this study a quantitative evaluation of the inhibition by nutmeg seed oil and the combination of it with fluconazole on the fungal growth; and inhibition the stages of biofilm formation based on Time of Addition Assay on Candida albicans using qPCR was carried out. Before testing with qPCR, annealing temperature and primer concentration were optimized first, continued with quantification of Candida albicans genes number that was amplified in each test. From the results of the study, the inhibition of Candida albicans given nutmeg seed oil with concentrations of 0.625% and 2.5% were 23.9% and 67.8%. In the Time of Addition Assay, nutmeg seed oil was effective in inhibiting the development stage up in biofilm up to 88.2%. The combined effect of nutmeg seed oil and fluconazole showed a synergistic effect based on its effectiveness in inhibiting more than 80% of Candida albicans cells that grew."