Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar belakang: Diagnosis tuberkulosis (TB), khususnya pada pasien HIV masih merupakan masalah tersendiri, terutama pada daerah dengan sumber daya terbatas. Pemeriksaan mikroskopis hapusan bakteri tahan asam (BTA) merupakan metode yang sederhana dan cepat tetapi hanya mendeteksi 30% -40% kasus Tb sedangkan kultur (baku emas) membutuhkan waktu pemeriksaan yang berminggu-minggu. Metode genotipe (PCR dan isothermal amplification) memiliki sensitivitas yang tinggi dan kerjanya cepat tetapi metode ini masih sangat kompleks dan membutuhkan peralatan khusus. Cross-priming amplification (CPA) merupakan metode amplifikasi DNA secara isothermal dengan menngunakan multiprimer dan enzim polymerase dengan tehnik pembacaan hasil amplifikasi yang sederhana. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaanCPA dan PCR TB LMK FKUI dalam mendeteksi M. tuberculosis pada sputum pasien tersangka TB tanpa/dengan HIV. Metode: 20 sputum pasien non-HIV tersangka TB dan 37 sputum pasien HIV tersangka TB diperiksa dengan CPA dan PCR TB LMK FKUI. Hasil: Semua yang terdeteksi positif dengan CPA juga dideteksi positif oleh PCR tetapi 20% hasil yang terdeteksi negatif oleh CPA terdeteksi sebagai positif di PCR dan semua yang terdeteksi negatif oleh PCR terdeteksi negatif juga di CPA sedangkan hasil negatif di CPA (20%) masih terdeteksi positif oleh PCR. Dalam mendeteksi M. tuberculosis pada sputum pasien HIV/AIDS tersangka TB paru Terdapat hubungan bermakna antara CPA dengan PCR TB LMK FKUI, hampir semua hasil positif oleh CPA (94.1%) juga dideteksi positif oleh PCR tetapi 30% hasil negatif oleh CPA terdekteksi sebagai positif oleh PCR dan hampir semua hasil negatif oleh PCR (93.3%) terdeteksi negatif juga oleh CPA. Kesimpulan: Terdapat hubungan bermakna antara CPA dan PCR TB LMK FKUI dalam mendeteksi M. tuberculosis pada sputum pasien tersangka TB paru. PCR TB LMK FKUI lebih sensitif dibanding CPA dalam mendeteksi M.tuberculosis.

---

Background: The diagnosis tuberculosis (TB) especialy in HIV patients remains a major obstacle to global control of TB, especially in resource limited settings. Light microscopy in sputum smears as common method in detection acid-fast bacilli (AFB) is specific but it only detects 30% to 40% of TB patients, while culture methods as gold standart in TB diagnostic require several weeks of incubation time. Genotypic method (polymerase chain reaction (PCR) and isothermal amplification) is known very sensitive and works fast but it requires special equipment and complex protocols in amplifying and detection amplified products. Cross-priming amplification (CPA) principle is isothermal amplification using multiple cross-linked primers (six to eight primers) and detection of amplified products is performed on special design plastic which is easy to performed and identified.

Objective: The study aimed to determine difference of PCR and CPA to detect M. tuberculosis in sputum specimens from suspected pulmonary tuberculosis without/with HIV patients.

Methods: 20 sputum samples suspected pulmonary TB of non-HIV patients and 37 sputum samples suspected pulmonary TB of HIV patients were subjected to CPA and PCR TB LMK FKUI.

Results:. All samples which were positive by CPA were also PCR positive but 20% result that were CPA negative were still positive by PCR and all samples with PCR negative were negative detected by CPA while some samples that were negative by CPA were still positive detected by PCR (20%). In HIV/AIDS population, there were significant correlation between CPA and PCR TB LMK FKUI which all positive result of CPA (94.1%) were also PCR positive but 30% of CPA negative were still CPA positive and almost all of PCR negative (93.3%) were CPA negative.

Conclusion: There were significant correlation between CPA and PCR TB LMK FKUI in ditected of M.tuberculosis in sputum of suspected pulmonary TB in populations of non HIV/AIDS patients and HIV/AIDS patients."

"ABSTRAKBifidobacterium, mikrobiota yang bermanfaat terhadap kesehatan, jumlahnya dipengaruhi oleh diet, genetik, dan usia. Makanan khas Minangkabau dan Sunda yang mengandung tinggi lemak, dan Healthy Eating Index HEI yang berhubungan kuat dengan asupan asam lemak jenuh dapat digunakan untuk mengukur kualitas diet. Penelitian potong lintang pada wanita 19-50 tahun dilakukan untuk menilai hubungan HEI dan asupan asam lemak jenuh dengan jumlah Bifidobacterium usus pada wanita keturunan Minangkabau dan Sunda. Data asupan diperoleh menggunakan 2-day repeated 24-hour food recall, pemeriksaan jumlah Bifidobacterium menggunakan real time quantitative Polymerase Chain Reaction. Tidak terdapat hubungan antara HEI dengan jumlah Bifidobacterium, namun cenderung terdapat hubungan antara asupan asam lemak jenuh dengan jumlah Bifidobacterium pada wanita keturunan Minangkabau dan Sunda setelah dikontrol dengan faktor pengganggu.

---

ABSTRACTBifidobacterium, the beneficial microbiota on human health, is influenced by various factors such as dietary intake. Minangkabau and Sundanese food are contain of high fat, and Healthy Eating Index HEI that is strongly associated with saturated fatty acid intake can be used to measure the quality of diet. A cross sectional study of women aged 19 50 years was conducted to assess the relationship between HEI and saturated fatty acids intake with intestinal Bifidobacterium in Minangkabau and Sundanese women. Dietary intake was assessed by 2 day repeated 24 hour food recall and Bifidobacterium was quantified using real time quantitative Polymerase Chain Reaction. There was no significant relationship between HEI with intestinal Bifidobacterium, but saturated fatty acids intake tend to have association with intestinal Bifidobacterium in Minangkabau and Sundanese women after adjustment for confounding factors."

"Demam akut yang disertai gejala mirip demam Dengue nyeri kepala, nyeri sendi, ruam, perdarahan perifer seperti mimisan, ptekie adalah gejala yang paling sering dikeluhkan oleh pasien. Gejala-gejala tersebut seringkali diakibatkan infeksi arbovirus yang sangat endemik di Indonesia sebagai negara tropis. Deteksi agen penyebab infeksi tersebut sangat diperlukan untuk penatalaksanaan yang tepat. Studi ini melakukan uji optimasi untuk deteksi molekuler virus penyebab demam mirip demam Dengue, meliputi DENV, ZIKV, WNV, JEV, YFV, CHIKV, dan Hantavirus menggunakan RT PCR. Primer pada studi ini dirancang menggunakan perangkat lunak online Primer-BLAST dari NCBI dan primer-primer tersebut memenuhi kriteria untuk reaksi RT PCR. Kontrol positif pada real time RT-PCR menggunakan DNA sintetik yang dirancang sesuai dengan amplicon target virus. DNA sintetik sepanjang 1.047 pasang basa dirancang untuk digunakan pada virus ZIKV, JEV, YFV, WNV, CHIKV, dan Hantavirus. Suhu penempelan optimum pada primer-primer adalah 600C kecuali primer flavivirus universal yaitu 560C. Limit deteksi primer JEV mencapai 4.355 salinan DNA setiap reaksi real time RT PCR. Tidak terdapat reaksi silang maupun positif palsu pada sampel RNA DENV serotipe 2 maupun pada sampel orang sehat yang digunakan pada studi ini. Sebagai kesimpulan, studi ini menghasilkan primer dan protokol real time RT-PCR yang berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut untuk digunakan dalam uji diagnostik pada sampel pasien demam akut menyerupai gejala demam Dengue.

---

Acute fever with Dengue like fever symptoms headache, rash, joint pain, perifer bleeding like ptechie, rinhorrhea is general symptoms that often being complained by patient. Usually the etiology agent of the symptoms are arbovirals which are endemic in Indonesia as a tropical country. In this case, molecular detection is very important to confirm the etiology of disease for prompt and adequate management. This study optimized viral molecular detection as an etiology agent for Dengue like fever symptoms using real time RT PCR. The viruses that were investigated were DENV, ZIKV, WNV, JEV, YFV, CHIKV, and Hantavirus. Primer were designed used Primer BLAST software from NCBI. Those primers fulfilled the good primer requirements and could be used in real time RT PCR reaction. Synthetic DNA with 1.047 base pairs was designed based on amplicon target to be used as control positive for ZIKV, JEV, YFV, WNV, CHIKV, and Hantavirus. The optimal annealing temperature for all primers were at 600C except for flavivirus universal primer was at 560C. The limit of detection of JEV primer was 4355 copies DNA per reaction. Cross reactivity between all primers with DENV serotype 2 RNA and healthy person sample were not found. This study still need RNA viruses as negative or positive control and clinical sample to determine the sensitivity and specificity. As a conclusion, this study provided primers and real time RT PCR protocol that potentially be further developed as diagnostic tools for patient with Dengue like fever symptoms. "

"Latar Belakang : Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) adalah masalah kesehatan masyarakat yang utama di dunia, termasuk di Indonesia. Analisis menggunakan whole-genome sequencing (WGS) masih jarang digunakan untuk investigasi penyakit TB dan MDR-TB di Indonesia.Tujuan: Mengevaluasi potensi penggunaan WGS untuk melakukan drug susceptibility testing (DST) dan mengetahui strain Mycobacterium tuberculosis resisten obat antituberkulosis di Jawa, Indonesia.Metode: Tiga puluh isolat MDR-TB dilakukan DST menggunakan Mycobacteria Growth Indicator Tube 960 (MGIT) dan WGS. Analisis filogenetika dilakukan menggunakan data dari WGS. Hasil DST yang didapatkan dengan menggunakan MGIT dan WGS dibandingkan.Hasil:. Kesesuaian antara WGS dan MGIT adalah 93,33% untuk rifampicin, 83,33% untuk isoniazid, dan 76,67% untuk streptomycin tetapi hanya 63,33% untuk ethambutol. Kesesuaian yang moderat ditemukan pada obat antituberkulosis lini kedua termasuk amikacin, kanamycin, dan fluoroquinolone (73,33%-76,67%). MDR-TB lebih sering ditemukan pada isolat yang berasal East Asian Lineage (63,33%).Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan penerapan dari WGS untuk DST dan epidemiologi molekular dari TB resisten obat di Jawa, Indonesia.

---

Background: Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) is a major public health problem globally, including in Indonesia. Whole-genome sequencing (WGS) analysis has rarely been used for the study of TB and MDR-TB in Indonesia.

Aim: We evaluated the use of WGS for drug susceptibility testing (DST) and to investigate population structure of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Java, Indonesia.

Method: Thirty suspected MDR-TB isolates were subjected to MGIT-960 system (MGIT)-based DST and WGS. Phylogenetic analysis was done using the WGS data. Results obtained using MGIT-based DST and WGS-based DST were compared.

Result: Agreement between WGS and MGIT was 93.33% for rifampicin, 83.33% for isoniazid and 76.67% for streptomycin but only 63.33% for ethambutol. Moderate WGS-MGIT agreement was found for second-line drugs including amikacin, kanamycin, and fluoroquinolone (73.33-76.67%). MDR-TB was more common in isolates of the East Asian Lineage (63.33%).

Conclusion: This study demonstrated the applicability of WGS for DST and molecular epidemiology of DR-TB in Java, Indonesia."

"Aerobiologi dari lingkungan rumah sakit merupakan cerminan kebersihan rumah sakit dan berperan dalam penyebaran penyakit infeksi. Berbagai macam kontaminan udara, seperti spora jamur, dapat menyebabkan penyakit pada pasien bila terinhalasi ataupun teringesti, terutama pada populasi pasien imunokompromais. Penelitian ini merupakan penelitian pendahuluan yang bertujuan untuk mengevaluasi jumlah kontaminan jamur udara di dua ruang rawat imunokompromais di Indonesia, RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo. Rerata jumlah koloni di ruang rawat inap hematologi (tanpa filter HEPA) adalah 132 CFU/m3 (76 – 1085 CFU/m3) dan rerata jumlah koloni di ruang rawat intensif dewasa (dengan filter HEPA) adalah 16 CFU/m3 (8 – 42 CFU/m3). Suhu dan kelembapan relatif pernah mencapai ambang batas yang direkomendasikan di kedua ruangan. Ragi, Penicillium spp., dan Aspergillus spp. merupakan tiga kelompok jamur dengan jumlah terbanyak yang berhasil diisolasi dari kedua ruangan.

---

Hospital aerobiology is a reflection of hospital cleanliness and has a major role in infectious disease transmission. Several air contaminants, such as fungal spores, can cause disease if inhaled or ingested, especially in immunocompromised patients. This study is a preliminary study that aimed to evaluate the level of fungal airborne contamination in two wards in a referral hospital in Indonesia, RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo. The mean airborne fungal colony count in the hematology ward (without HEPA filter) was 132 CFU/m3 (76 – 1085 CFU/m3) and in the intensive care ward (with HEPA filter) was 16 CFU/m3 (8 – 42 CFU/m3). Temperature and relative humidity were observed above or below the recommended level. Yeast, Penicillium spp., and Aspergillus spp. were three groups of fungi that were mostly isolated from both rooms. "

"Latar belakang : Penyakit periodontal baik periodontitis kronis maupun periodontitis agresif adalah manifestasi klinis dari interaksi agen, yaitu bakteri seperti A.actinomycetemcomitans ( Aa ) dan produknya antara lain Cytolethal Distending Toxin ( CDT ) dengan sel inang di jaringan periodontal seperti sel fibroblas dan osteoblas. Interaksi tersebut dan dampaknya dalam patogenesis penyakit periodontal belum sepenuhnya dipahami.Tujuan penelitian : Untuk mengungkapkan peran CDT-like protein Aa yang diisolasi dari periodontitis kronis dan agresif dalam patogenesis penyakit periodontal, dengan cara memaparkan lisat bakteri yang mengandung CDT-like protein dengan fibroblas dan osteoblas. Dampak dari interaksi tersebut dievaluasi berdasarkan analisis viabilitas dan ekspresi mRNA IL - 1, IL - 6, TNF - α dan RANKL dengan menggunakan metode MTT assay dan Real Time PCR.Metoda : Digunakan tiga macam konsentrasi CDT-like protein dari lisat bakteri Aa hasil isolasi dari periodontitis kronis dan agresif yaitu 2 g / l, 10 g / l dan 20 g / l untuk uji viabilitas fibroblas dan osteoblas hasil kultur. Untuk uji ekspresi mRNA, digunakan konsentrasi 2 g / l CDT-like protein dari lisat bakteri yang sama dan diaplikasikan ke sel fibroblas dan osteoblas.Hasil : Terdapat kecenderungan berbeda pada viabilitas dan ekspresi sitokin antara sel fibroblas dan osteoblas setelah diberi pemaparan dengan CDT-like protein Aa, baik yang diisolasi dari periodontitis kronis maupun dari peridontitits agresif.Kesimpulan : CDT-like protein yang diproduksi oleh dua isolat Aa yang berbeda yaitu dari periodontitis kronis dan periodontitis agresif mengakibatkan respons biologis yang berbeda terhadap sel fibroblas dan osteoblas. Hasil ini mencerminkan perbedaan mekanisme patogenesis kedua penyakit periodontal tersebut."