Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Bakteriosin adalah suatu peptida antimikroba diproduksi oleh bakteri, termasuk bakteri asam laktat (BAL) telah diketahui memiliki aktivitas spermisida dan antibakteri. Bakteriosin memiliki potensi untuk digunakan sebagai senyawa spermisida yang juga berperan dalam pencegahan penyakit menular seksual, seperti Nisin yang diproduksi dari Lactococcus lactis dan Subtilosin yang diproduksi dari Bacillus amyloliquefaciens. Penelitian Weissella confusa MBF8-1 sebelumnya diketahui menghasilkan Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) yang memiliki aktivitas antibakteri, namun belum pernah ada pengujian spermisida. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas spermisida dari BLIS yang diperoleh dari W.confusa MBF8-1, serta peptida rekombinan dan sintetik Bac1, Bac2, Bac3 yang merupakan bakteriosin dari W.confusa MBF8-1. Skrining spermisida menggunakan metode Sander-Cramer untuk mengetahui pergerakan sperma setelah diberikan perlakuan, dan dihitung berdasarkan kategori progresif, non progresif, dan imotil. Hasil pengujian diolah dan dilakukan analisis statistik menggunakan SPSS untuk mengetahui perbedaan bermakna dari kontrol normal dan sperma dengan perlakuan. Hasil menunjukkan peptida sintetik kombinasi Bac1-2-3 dengan konsentrasi 300 ppm memiliki aktivitas spermisida yang paling tinggi dengan peningkatan skor imotilitas 38.25 pada waktu kontak 30 detik dan 39 pada waktu kontak 5 menit dibandingkan dengan BLIS, peptida rekombinan, dan peptida sintetik yang lain. BLIS, peptida rekombinan, dan peptida sintetik tidak menunjukkan aktivitas spermisida sebagaimana pembandingnya nisin tunjukkan. ...... Bacteriocin, is an antimicrobial peptide produced by the bacteria itself, including the lactic acid bacteria (LAB), known for its antibacterial and spermicidal activities. Bacteriocin has a potential to be developed as a spermicidal agent which can also prevent the sexual transmitted disease, such as Nisin produced by Lactococcus lactis and Subtilosin produced by Bacillus subtilis. Previous study of Weissella confusa MBF8-1 stated that it produced a bacteriocin like inhibitory substance (BLIS) and showed an antibacterial activity, but screening for its spermicidal activity has not been conducted yet. This study aimed to know the spermicidal activity of its BLIS, recombinant and synthetic form of Bac1, Bac2, Bac3 peptides which are the bacteriocins from W.confusa MBF8-1. The screening for spermicidal activity was conducted by using the modified Sander-Cramer assay and the statistic analysis had been done by using SPSS software. Result showed that the combination of Bac1-2-3 in synthetic peptide form has the highest spermicidal activity compares to BLIS, recombinant, and other synthetic pepide, with the increase of imotility score by 38.25 points in 30 seconds contact, and 39 points in 5 minutes contact. However, BLIS, recombinant and synthetic peptide Bac1, Bac2, Bac3 did not show a spermicidal activity as nisin did.

Abstrak :
Resistensi terhadap antibiotik di bidang kesehatan dapat dialami juga oleh antimikroba yang digunakan di bidang pangan. Selama ini di bidang pangan digunakan bakteriosin sebagai antimikroba. Bakteri penghasil bakteriosin terlindungi dari bakteriosin yang dihasilkannya karena memiliki bacteriocin immunity protein (bip). Gen bakteriosin disandikan bersama dengan gen imunitasnya dalam kondisi yang disebut sebagai quorum sensing. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan konfirmasi uji aktivitas bacteriocin like inhibitory substance (BLIS) Weissella confusa MBF 8-1 terhadap beberapa bakteri patogen. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari metode gene silencing dengan menggunakan model aktivitas BLIS dan bip. Pada penelitian ini dirancang sekuens siRNA bip dengan menggunakan informasi data sekuens dari basis data dan dari data whole genome sequence galur model Weissella confusa MBF8-1. Untuk membuktikan aktivitas gene silencing dari siRNA sintetik tersebut secara in vivo terhadap inang MBF 8-1 maka dilakukan esei zona hambat. Hasil rancangan siRNA yang diperoleh hanya menarget pada gene silencing di MBF 8-1. Berdasarkan analisis algoritma dan BLAST berhasil diperoleh rancangan siRNA kandidat utama, yaitu bip-a MBF 8-1_1 yang secara in vivo menunjukkan aktivitas gene silencing yang poten terhadap inangnya.

---

Resistance to antibiotics in the health sector can be experienced by antimicrobial in the food industry. During this period, food industry has used bacteriocin as an antimicrobial. Bacteria is protected from its bacteriocin because it has bacteriocin immunity protein (bip). Bacteriocin gene is encoded with its immunity protein gene on a condition which was called as quorum sensing. In previous study, Weissella confusa MBF 8-1 possess Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) activity against several pathogen bacteria. This study aimed to study gene silencing method using BLIS and bip activity as model. On this study siRNA bip sequence was designed using information from sequence database and model Weissella confusa MBF 8-1 whole genome sequence database. Disc dilution method was done to prove gene silencing activity of synthetic siRNA against its own host MBF 8-1. Result revealed that siRNA design is aimed as a gene silencing agent against MBF 8-1 alone. Based on algorithm analysis and BLAST, top rank bip-a MBF 8-1_1 siRNA design is potent and has proved its gene silencing activity against its own host.

Abstrak :
Bakteriosin merupakan senyawa peptida yang dihasilkan bakteri asam laktat yang berguna untuk menghambat pertumbuhan bakteri lain dengan tingkat kekerabatan yang dekat. Bakteriosin 2 (bac2) dari W. confusa MBF8-1 dapat diamplifikasi dengan metode PCR dan dikloning dengan menggunakan sistem rekombinasi Gateway®. Sistem Gateway® memanfaatkan sistem rekombinasi spesifik bakteriofage lambda sehingga tidak diperlukan enzim restriksi dan ligasi. Metode Gateway® terdiri dari dua tahap, yaitu tahap pertama menggunakan primer spesifik gen bac2 yang ditambahkan penyangga dan tahap kedua menggunakan primer adapter yang juga ditambahkan penyangga dan sekuens Shine Dalgarno yang berfungsi sebagai situs pengikatan dalam proses translasi. Gen yang telah diamplifikasi disisipkan ke dalam vektor pDONR 221 menggunakan reaksi rekombinasi BP. Vektor rekombinan ditransformasi ke sel inang Escherichia coli DH5α yang telah dibuat kompeten dengan metode heat shock. Plasmid rekombinan dari koloni yang tumbuh di media LB agar dengan kanamisin diisolasi kemudian dianalisis dengan metode PCR dan sekuensing DNA. Hasil analisis menunjukkan bahwa gen bac2 dari W. confusa MBF8-1 berhasil disisipkan ke dalam vektor sehingga diperoleh plasmid pENT_Wcbac2.

---

Bacteriocins are peptide compounds produced by lactic acid bacteria that inhibit the growth of closely related bacteria. Bacteriocin 2 (bac2) from W. confusa MBF8-1 can be amplified by PCR method and cloned by recombinatorial Gateway® system. Gateway® system affects the specific recombination of bacteriophage lambda that does not require the presence of restriction enzyme and DNA ligase. Gateway® method consists of two steps, first step using bac2 specific primer added by tagged gene and second step using adaptor primer added by tagged gene and Shine Dalgarno sequences as ribosome binding site used for translation process. Amplified gene was inserted into pDONR 221 vector by BP recombination reaction. Recombinant vector was transformed by heat shock method into competent cell Escherichia coli DH5α host. Plasmid recombinant was isolated from colonies that grow in LB agar media with kanamysin, then analyzed by PCR and DNA sequencing method. The result showed that gene of bac2 from W. confusa MBF8-1 was successfully inserted into the vector named pENT_Wcbac2.

Abstrak :
Dari penelitian sebelumnya, diketahui bahwa terdapat tiga jenis bakteriosin yang disandi oleh Weissella confusa MBF8-1, yaitu Bac1, Bac2, dan Bac3. Penelitian ini bertujuan untuk menguji keberhasilan ekspresi Bac3 yang dibawa oleh Bacillus subtilis DB403 serta karakterisasinya dengan elektroforesis SDS-PAGE dan uji KHM. Keberadaan gen bac3 dikonfirmasi dengan PCR yang menunjukkan fragmen DNA berada pada 135 bp. Produksi skala besar rekombinan B. subtilis DB403 dilakukan dengan menggunakan fermenter dengan agitasi 100 rpm dan suhu 30oC. Pelet sel yang diperoleh, dipanen dengan sentrifugasi dan dipecah dengan ultrasonikasi. Pada saat pemecahan sel, PMSF sebagai penghambat protease ditambahkan ke dalam suspensi sel, kemudian disentrifugasi. Proses purifikasi menggunakan kolom HisTrap dan fraksi purifikasi diliofilisasi. Konsentrasi protein yang akan dikarakterisasi dengan elektroforesis SDS-PAGE diukur dengan menggunakan BCA Assay. Hasil elektroforesis SDS-PAGE tidak menunjukkan pita protein seperti yang diharapkan dan ini diduga karena adanya fenomena folding, hasil purifikasi menunjukkan pita berada pada ukuran 86-87 kDa. Untuk konfirmasi proses purifikasi, uji aktivitas antimikroba KHM dilakukan, hasil uji menunjukkan peptida rekombinan Bac3 memiliki aktivitas antimikroba yang lemah. ...... From the previous study, it was reported that three type of bacteriocins were produced by Weissella confusa MBF8-1, they are Bac1, Bac2, and Bac3. The objectives from this study are to know the result of Bac3 expression in Bacillus subtilis DB403 and the characterization by SDS-PAGE and MIC. The existence of bac3 encoding gene was confirmed by PCR showing DNA fragment at 135 bp. Large scale production of recombinant B. subtilis DB403 is done by fermenter with the agitation was set to 100 rpm and the temperature was 30oC. The pellet cell obtained was collected by centrifugation and the cell lysed by ultrasonication. During cell lysis, protease inhibitor PMSF was added to the cell suspension, followed by centrifugation. Purification by HisTrap column was carried out and the protein was lyophilized. The concentration of protein for SDS-PAGE characterization was measured by performing BCA Assay. The SDS-PAGE did not show protein band as expected and it was assumed due to folding phenomenon problem, purification result showed at 86-87 kDa band. To confirm the purification process, antimicrobial activity assay performing MIC was carried out, the result showed weak antimicrobial activity of Bac3 recombinant peptide.

Abstrak :
Lisat bakteri telah menarik perhatian dan pemanfaatannya dalam bidang kesehatan semakin meningkat, beberapa contohnya adalah lisat Streptococcus pyogenes sebagai imunomodulator pada pasien ekserbasi akut penyakit paru obstruktif kronis dan lisat Bifidobacterium longum untuk mengobati alergi dan menghambat penuaan pada kulit. Penelitian terdahulu telah berhasil mengekstraksi dan menguji bakteriosin yang dihasilkan oleh Weissella confusa MBF8-1. Plasmid pengkode bakteriosin dari bakteri tersebut, pWcMBF8-1, bahkan telah diidentifikasi. Namun, produksi dan pemanfaatan lisat dari bakteri Weissella confusa belum pernah dilaporkan sebelumnya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh kondisi optimum produksi lisat yang dihasilkan oleh Weissella confusa MBF8-1 dalam medium modifikasi, yaitu MRS Medium de Man, Rogosa, and Sharpe Vegitone menggunakan metode permukaan respon RSM serta membandingkan hasil optimasi yang diperoleh dengan hasil dalam medium MRS standar. Faktor variabel yang diuji adalah konsentrasi proteose peptone vegetable, konsentrasi dekstrosa, dan lama fermentasi, sedangkan respon yang diamati adalah aktivitas BLIS Bacteriocin-Like Inhibitory Substance dan pH lisat. Hasil menunjukkan bahwa berdasarkan RSM, kondisi optimum produksi lisat dalam medium MRS Vegitone adalah konsentrasi dekstrosa 1,50 ; konsentrasi proteose peptone vegetable 0,75 ; serta lama fermentasi 11,75 jam, menghasilkan diameter zona hambat 7,41 mm dan pH lisat 7,36. pH lisat dipengaruhi secara signifikan oleh lama fermentasi p = 0,0216, sedangkan aktivitas BLIS tidak dipengaruhi secara signifikan oleh ketiga faktor yang diuji. Lisat yang dihasilkan dalam medium MRS standar pada kondisi optimumnya konsentrasi dekstrosa 2 ; konsentrasi pepton 1 ; lama fermentasi 8 jam menghasilkan aktivitas BLIS lebih tinggi dan pH lisat lebih rendah dengan diameter zona hambat 7,85 mm dan pH lisat 7,26. Meskipun hasil dalam medium MRS standar pada kondisi optimumnya lebih baik dibandingkan hasil optimasi dalam medium modifikasi, medium MRS Vegitone dapat dijadikan sebagai medium alternatif untuk produksi lisat bakteri Weissella confusa.

---

Bacterial lysate have gained an increasing interest recently, mostly for its uses in medical practice, for examples Streptococcus pyogenes lysate as immunomodulator for acute exacerbation of chronic obstructive pulmonary disease COPD and Bifidobacterium longum lysate for anti aging and reactive skin treatment. The extraction and activity assay of bacteriocin from Weissella confusa MBF8 1 have been done, even bacteriocin encoding plasmid from these bacteria, pWcMBF8 1, has been identified in previous study. However, lysate production from Weissella confusa and its uses has never been reported yet. The study aims to obtain optimum condition of lysate production from Weissella confusa MBF8 1 in modified MRS medium, MRS Vegitone using Response Surface Methodology RSM and compare their results with standard MRS medium. Variables that used in this study were as follows, i.e. proteose peptone vegetable concentration, dextrose concentration, and fermentation time. While responses observed were BLIS Bacteriocin Like Inhibitory Substance activity and lysate pH. Result showed that based on RSM, the optimum condition for lysate production in MRS Vegitone medium was 1.50 dextrose, 0.75 proteose peptone vegetable, and 11.75 hours fermentation, with 7.41 mm zone of inhibition and 7.36 lysate pH. Lysate pH was significantly affected by fermentation time p 0.0216, but BLIS activity was not significantly affected by all variables. Lysate produced in MRS medium on its optimum condition 2 dextrose, 1 peptone, and 8 hours fermentation showed higher BLIS activity 7,85 mm zone of inhibition and had lower pH 7,26. Although the result in standard MRS medium was better than in modified medium, MRS Vegitone may be used as an alternative medium for lysate production from Weissella confusa.

Abstrak :
Bakteri Weissella confusa MBF 8-1 yang diisolasi dari produk ampas kacang kedelai terfermentasi telah diteliti memiliki aktivitas Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) terhadap bakteri Leuconostoc mesenteroides. W. confusa MBF8-1 menyandikan tiga jenis bakteriosin yaitu bakteriosin 1 (Bac1), 2 (Bac2), dan 3 (Bac3). Di masa depan, diharapkan bakteriosin tersebut dapat digunakan sebagai peptida antimikroba baru maupun sebagai komplemen antibiotik. Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan vektor rekombinan pembawa gen bakteriosin 1 (bac1) yang dapat diintroduksi ke inang yang sesuai. Vektor rekombinan dikloning dengan metode rekombinatorial Gateway®. Amplifikasi bac1 dengan teknik PCR menggunakan primer yang didesain spesifik dari sekuens bac1 dengan tag attB. Produk PCR disisipkan ke plasmid pDONRTM221 lewat reaksi BP. Plasmid rekombinan selanjutnya ditransformasikan ke sel inang Escherichia coli DH5α. Keberadaan bac1 pada plasmid rekombinan diverifikasi dengan sekuensing. Transformasi yang dilakukan berhasil mengkloning bac1 ke vektor rekombinan, sehingga diperoleh plasmid pENT_Wcbac1 yang dapat digunakan untuk proses selanjutnya dalam ekspresi Bac1.

---

Weissella confusa MBF 8-1 was isolated from waste of fermented soya and showed Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) activity against bacteria Leuconostoc mesenteroides. There are three types of bacteriocin produced by W. confusa MBF8-1: bacteriocin 1 (Bac1), 2 (Bac2), and 3 (Bac3). In the future, bacteriocin is potent either to be a new antimicrobial peptide or as antibiotics complement. This experiment was conducted to clone recombinant vector containing bacteriocin 1 gene (bac1) that later can be introduced to suitable expression system. Recombinant vector was cloned by Gateway® recombinatorial technique. First, bac1 was amplified by PCR, using specifically designed primers from bac1 sequence added with attB tag. The PCR product then inserted into pDONRTM221 by BP recombination reaction. Finally, the resulting recombinant plasmid was transformed to Escherichia coli DH5α. The bac1 was verified by sequencing. The transformation successfully cloned bac1 into recombinant vector, named pENT_Wcbac1, which later can be used in the next step of Bac1 expression.

Abstrak :
Dalam beberapa tahun terakhir, produksi produk komersial mikroba telah berkembang. Bakteri asam laktat BAL merupakan salah satu produsen asam laktat yang banyak dimanfaatkan oleh industri farmasi. Lisat, salah satu produk yang dihasilkan dari bakteri asam laktat, dapat digunakan dalam formulasi kosmetik. Lisat dari bakteri memiliki aktivitas biologis luas yang dapat dimanfaatkan untuk memberi manfaat pada kulit. Asam laktat dalam kandungan lisat berperan sebagai pelembab alami, antimikroba, dan bekerja pada pemodelan ulang dari epidermal dan dermal. Salah satu dari bakteri asam laktat adalah Weissella confusa. Lisat yang berasal dari Weissella confusa sampai saat ini belum ada produknya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh kondisi optimum proses fermentasi dari hasil fermentasi bakteri Weissella confusa MBF8-1 pada media MRS modifikasi soy peptone dan medium MRS standar. Perbedaannya adalah pepton pada medium MRS merupakan pepton hewani yang memiliki kandungan nitrogen >10, sedangkan pepton pada MRS soy peptone merupakan pepton nabati yang mengandung nitrogen 8,7. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah pengukuran pH lisat sebagai indikator peningkatan asam laktat, pengamatan hasil aktivitas BLIS Bacteriocin Like Inhibitory Substances, dan analisis menggunakan metodologi permukaan respon RSM yang didukung oleh Software Design Expert 7.0. Hasil yang didapatkan dari penelitian ini adalah keadaan optimum untuk fermentasi Weissella confusa MBF 8-1 pada medium MRS soy peptone berdasarkan RSM yang selanjutnya dibandingkan dengan hasil pada medium MRS standar. Dengan program optimasi numerik dari Software Design Expert 7.0 dan RSM nilai desirability tertinggi pada medium MRS soy peptone adalah 0,853 dengan komposisi medium dekstrosa = 2,05, soy peptone = 1,05, dan lama fermentasi 7,53 jam. Nilai desirability yang ideal harus mendekati 1 dan hasil ini dianggap cukup baik. Dari pilihan solusi tersebut, dihasilkan pH lisat 7,30 dan aktivitas BLIS sebesar 7,80 mm. Pada penggunaan MRS standar, lisat dari hasil fermentasi selama 8 jam memiliki pH 7,264 dan aktivitas BLIS sebesar 7,85 mm. Dari hasil tersebut, dapat disimpulkan bahwa lisat dari Weissella confusa MBF 8-1 memiliki pH yang sedikit lebih rendah dan aktivitas BLIS yang lebih baik bila difermentasikan pada medium MRS standar.

---

In recent years, the production of microbial commercial products has grown. Lactic acid bacteria LAB is one of the producers of lactic acid which has widely used by the pharmaceutical industry. Lysate, one of the products from lactic acid bacteria, can be used in cosmetic formulations. Lysate from LAB has extensive biological activity that can be utilized for skin. Lactic acid in lysate acts as a natural moisturizer, antimicrobial, and works on epidermal and dermal remodelling. One of the LAB is Weissella confusa. The lysate from Weissella confusa has not been produced as a product until now. The objective of this research is to obtain optimum condition of fermentation process from fermentation of Weissella confusa MBF8 1 on MRS modified soy peptone medium and standard MRS medium. The difference from the two medium is the peptone on the MRS medium which is an animal pepton containing nitrogen 10 , while peptone on MRS soy peptone is a vegetable pepton containing nitrogen of 8.7. The method used in this research was measurement of lysate pH as an indicator of lactic acid enhancement, observation from activity of BLIS Bacteriocin Like Inhibitory Substances, and analysis using response surface methodology RSM supported by Software Design Expert 7.0. The result of this research was the optimum condition for Weissella confusa MBF 8 1 fermentation on MRS soy peptone based on RSM which compared with the result on standard MRS medium. By the numerical optimization program of Software Design Expert 7.0 and RSM, the highest desirability value on MRS soy peptone medium was 0.853 with the composition of 2.05 dextrose medium, 1.05 soy peptone, and fermentation length of 7.53 hours. The ideal desirability value should be close to 1 and this result was considered good. From the solution, the result of lysate pH was 7.30 and BLIS activity was 7.80 mm. Meanwhile, the most optimum result on standard MRS medium was with the fermentation length of 8 hours, the lysate pH of 7.264 and the BLIS activity of 7.85 mm. From these results, it can be concluded that the lysate from Weissella confusa MBF 8 1 had slightly lower pH and higher BLIS activity when fermented on a standard MRS medium.