Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Hemagglutinin 1 (HA1) adalah glikoprotein permukaan virus influenza yang banyak dikembangkan sebagai vaksin subunit rekombinan. Hal tersebut dikarenakan HA1 mampu menginduksi antibodi penetralisasi. Sejauh ini, vaksin influenza yang diproduksi di embrio telur ayam tidak efektif, khususnya dalam mengatasi masalah pandemik. Protein rekombinan yang diekspresikan di E. coli juga tidak efektif, sedangkan sel mamalia dan insekta membutuhkan keahlian khusus dan biaya yang mahal. Pada penelitian ini, dilakukan ekspresi protein HA1 pada ragi P. pastoris yang sudah diketahui memiliki banyak keuntungan dalam ekspresi protein rekombinan. Fragmen HA1 diperoleh dari galur Indonesia DKI271/2011 yang diamplifikasi dengan teknik PCR. Fragmen gen HA1 kemudian diinsersikan dalam vektor pPICZα-A dan ditransformasikan ke dalam P. pastoris. Protein HA1 diekspresikan dengan menginduksi sel ragi tersebut dengan metanol. Hasil menunjukkan bahwa P. pastoris yang berhasil ditransformasi dengan plasmid rekombinan mengandung sisipan gen HA1 dengan arah orientasi dan kerangka baca yang benar. Mutasi juga tidak ditemukan pada sekuens asam amino yang menjadi epitope pengenalan oleh sel T dan B. Konfirmasi ekspresi pada kultur P. pastoris melalui western bloth menunjukkan bahwa pita protein sesuai dengan besar HA1. Protein tersebut selanjutnya dapat digunakan dalam pengembangan vaksin influenza subunit rekombinan. ......Hemagglutinin 1 (HA1) of influenza virus is a surface glycoprotein that has been developed as a recombinant subunit vaccine. It is because HA1 subunit was able to induce neutralizing antibodies. So far, influenza vaccines that are produced in chicken eggs embryos is not effective especially in addressing pandemic influenza. Recombinant proteins expressed in E. coli was also not effective, while mammalian and insect cells requires special skills and high cost. In this study, HA1 expressed in the yeast P. pastoris were already known to have many advantages in the expression of recombinant proteins. HA1 gen fragment was obtained from Indonesian strain DKI271/2011 throughout PCR technique. This fragment then inserted in the vector pPICZα-A and transformed to P. pastoris. HA1 recombinant proteins was expressed by induced yeast with methanol. The results indicate P. pastoris which is successfully transformed by recombinant plasmid containing the HA1 gene insertion with good orientation and correct reading frame. It is also found no mutations in the amino acids sequence into cell epitope recognition by T and B. Confirmation HA1 recombinant protein in P. pastoris culture throughout western bloth showed protein bands as expected. HA1 recombinant proteins that have been successfully expressed in P. pastoris can be used in the development of subunit influenza vaccines.

Abstrak :
Virus influenza A subtipe H1N1 menjadi perhatian kesehatan global karena memiliki patogenisitas yang tinggi disebabkan gen penyusunnya berupa RNA yang mudah mengalami mutasi. Pengobatan dengan antiviral (oseltamivir dan zanamivir) adalah salah satu upaya untuk mencegah pandemik influenza, namun terjadi resistansi terhadap obat antiviral tersebut. Resistansi ini sudah diatasi dengan penemuan laninamivir. Laninamivir terbukti mampu menginhibisi aktivitas neuraminidase virus influenza A dan B, termasuk subtipe N1 sampai N9 dan virus yang resistan terhadap oseltamivir. Penelitian ini akan dilakukan drug design berbasis laninamivir, hal ini disebabkan laninamivir dapat menghambat kerja neuraminidase secara efektif, sehingga hasil modifikasi dari laninamivir dapat menghambat kerja neuraminidase lebih efektif daripada laninamivir itu sendiri. Proses molecular docking dilakukan untuk mendapatkan 3 ligan terbaik dari 336 ligan modifikasi. Hasil molecular docking menunjukkan bahwa AM3G1, CA3G1 dan F1G2 memiliki energi bebas ikatan dan interaksi yang lebih baik daripada standar. Selanjutnya dari hasil analisis toxicological properties secara keseluruhan ligan AM3G1, CA3G1, dan F1G2 tidak bersifat carcinogen dan mutagen. ......Influenza A virus subtype H1N1 becomes a global concern because it has high pathogenicity, due to the constituent genes of the virus is RNA. Treatment with antiviral (oseltamivir and zanamivir) is the way to prevent pandemic influenza, but influenza virus resistance to antiviral drugs. This resistance has been overcome by laninamivir. Laninamivir proved able to inhibit neuraminidase activity of influenza A and B viruses, including subtypes N1 to N9 and viruses resistant to oseltamivir. This research was conducted to modify laninamivir-based drug design, so that results of modified laninamivir can inhibit neuraminidase more effective than laninamivir itself. Molecular docking was conducted to get 3 best ligand modifications from 336 modifications. Results of molecular docking indicated that AM3G1, CA3G1 and F1G2 have interaction and free binding energy better than standards. Furthermore, the analysis of toxicological properties of the ligand AM3G1, CA3G1, and F1G2 shown that the ligands have noncarcinogen and non-mutagen.

Abstrak :
Penelitian mengenai optimasi PCR untuk deteksi gen matriks (m) virus influenza A telah dilakukan. Penelitian bertujuan mendapatkan kondisi optimum PCR yang digunakan untuk mendeteksi salah satu gen yang terkonservasi pada virus influenza A, yaitu gen m, menguji sensitivitas, dan spesifisitas PCR dengan menggunakan metode Reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Primer yang digunakan yaitu MAF26-- MAR500 dan MAF306--MAR744. Parameter dalam optimasi PCR meliputi temperature annealing (TA), konsentrasi MgCl2, primer, dan Q-solution [Qiagen]. Hasil penelitian menunjukkan penggunaan primer random lebih sensitif dibandingkan dengan oligo(dT) pada reaksi sintesis cDNA. Selain itu, hasil penelitian menyimpulkan kondisi optimum pasangan primer MAF26-- MAR500 untuk mendeteksi gen m virus influenza A, yaitu temperature annealing (TA) 55° C, 3 mM MgCl2, 1 μM primer, dan 0,5x Q-solution [Qiagen], sedangkan pasangan primer MAF306--MAR744 yaitu TA 59,5° C, 3 mM MgCl2, 1 μM primer, dan 0,5x Q-solution [Qiagen]. Uji sensitivitas menunjukkan pasangan primer MAF26--MAR500 dapat mendeteksi gen m virus influenza A sampai 0,05 ng/μl (dengan two-step RT-PCR) dan 0,02048 HA/unit (dengan one-step RT-PCR), sedangkan pasangan primer MAF306-- MAR744 dapat mendeteksi sampai 0,5 ng/μl. Uji spesifisitas dari spesimen influenza H5N1, H1N1, dan H3N2, menunjukkan bahwa teknik PCR dapat mendeteksi influenza A tanpa adanya cross-reaction pada sejumlah bakteri saluran pernapasan.

Abstrak :
Tesis ini membahas pengelompokan virus-virus influenza A. Virus influenza A adalah virus RNA yang berbahaya, karena memiliki kemampuan mutasi yang tinggi dan menyebabkan wabah di beberapa negara. Dengan kemajuan bioinformatika, virus-virus dapat dikelompokkan dengan menganalisis sekuens-sekuens protein dari virus-virus tersebut. Markov clustering (MCL) telah diaplikasikan dengan baik pada bioinformatika, seperti; mengelompokkan jaringan-jaringan antara protein yang satu dengan yang lain, jaringan kemiripan antar protein, dan penentuan keluarga protein. Tujuan penelitian ini adalah mengelompokkan virus-virus influenza A berdasarkan protein hemaglutinin (HA) menggunakan algoritma Markov clustering (MCL) dan program menggunakan perangkat lunak Octave berbasis open source. Simulasi program menggunakan tiga buah faktor penggelembungan yang berbeda, yaitu; r = 1.5, r = 2.0, dan r = 2.5. Pengelompokan virus-virus influenza A menghasilkan dua kelompok. Kelompok pertama dengan pusat kelompoknya A/duck/Jiangsu/115/2011(H4N2) dan kelompok kedua dengan pusat kelompoknya A/duck/Victoria/0305-2/2012 (H5N3). Struktur pengelompokan virus-virus influenza A berdasarkan sekuens protein hemaglutinin (HA) yang diperoleh dengan menggunakan algoritma Markov clustering (MCL) mempunyai kemiripan struktur dengan struktur pengelompokan protein hemaglutinin (HA), dengan demikian pengelompokan virus-virus influenza A dapat mengacu pada pengelompokan keluarga protein hemaglutinin (HA). ...... The focus of this study is the clustering of influenza A viruses. Influenza A virus is an RNA virus that is dangerous, because it has a high mutation capability and caused outbreaks in several countries. With the development of bioinformatics, the viruses can be clustered by analyzing the protein sequences of these viruses. Markov clustering (MCL) has been very well applied to bioinformatics, such as to cluster protein-protein interactions (PPI) networks, determine the similarity between the protein network, and determine the protein families. The aim of this study is to cluster influenza A viruses based on hemagglutinin protein (HA) using Markov clustering (MCL) and programs using software Octave which based on open source. The simulation of program using three different inflation factors, ie; r = 1.5, r = 2.0 and r = 2.5. Clustering of influenza A viruses resulted in two clusters. The center of the first cluster is A / duck / Jiangsu / 115/2011 (H4N2) and the center of the second cluster is A / duck / Victoria / 0305-2 / 2012 (H5N3). Clustering structure of influenza A viruses using Markov clustering (MCL) have the similar structure with clustering structure of the hemaglutinin protein (HA), thus clustering of influenza A viruses can refer to the clustering of hemagglutinin proteins (HA) families.

Abstrak :
Resistensi oseltamivir sebagai inhibitor neuraminidase virus influenza A subtype H1N1 telah dilaporkan oleh Cheng, et al pada tahun 2009. Sebagai salah satu upaya mengatasi pemasalahan ini, beberapa penelitian yang menggunakan metode simulasi molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptide siklis yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial neuraminidase H1N1 sehingga dapat menghambat replikasi virus tersebut. Pada penelitian ini dipelajari dan dievaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi dengan menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada temperatur yang berbeda. Simulasi dilakukan terhadap tiga inhibitor peptida siklis disulfida yaitu DNY, LRL, NNY dan oseltamivir, zanamivir sebagai ligan standar. Hasil penelitian menunjukkan pergerakan dinamis yang dimiliki oleh kelima kompleks enzim-ligan dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan DNY memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Arg 293, ligan LRL dengan Arg 118, Arg 293, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 425 dan Arg 293. Pada temperatur 312 K, ligan DNY tidak memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim. Ligan LRL memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Glu 425, Tyr 402, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 278 dan Arg 293. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor. Konformasi yang berubah akibat perilaku dinamis kompleks enzim-ligan juga dapat terlihat dalam plot kurva RMSD. ......Resistence of oseltamivir as an inhibitor of neuraminidase influenza A virus subtype H1N1 has been reported by Cheng, et al in 2009. To solve this problem, several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for neuraminidase H1N1 to inhibit the replication of this virus. This research was studied and evaluated the interaction of ligands toward enzyme in the hydrated state using molecular dynamics simulation at two different temperatures. Simulations performed on three disulfide cyclic peptide inhibitors namely DNY, LRL, NNT along with oseltamivir, zanamivir as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of five proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues. In the end of simulation, two of three disulfide cyclic peptide inhibitors have good interaction with catalytic site of the enzyme. At the end of simulation temperature of 300 K, DNY formed hydrogen bond with catalytic site Asp 151, Arg 293, LRL with Arg 118, Arg 293, NNY with Asp 151, Glu 425 and Arg 293. Then at the end of simulation temperature of 312 K, DNY could not form hydrogen bond with catalytic site of enzyme. LRL formed hydrogen bond with Asp 151, Glu 425, Tyr 402, NNY with Asp 151, Glu 278, and Arg 293. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor. The changing of enzymes conformation as the result of dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor also could be seen in RMSD curve.

Abstrak :
ABSTRAK
Antibodi poliklonal matriks 1 Virus Influenza A H1N1 dapat dimanfaatkan untuk pendeteksian antigen matriks 1 dalam pengembangan sistem diagnostik maupun pengembangan vaksin virus influenza A. Antibodi poliklonal antara lain dapat diperoleh dengan imunisasi kelinci menggunakan antigen rekombinan M1. Protein rekombinan M1 yang digunakan sebagai antigen diekspresikan pada EscherichiacoliBL21 dan dipurifikasi menggunakan resin Ni¬NTA, kemudian digunakan dalam imunisasi 1 ekor kelinci betina, Oryctalogouscuniculus,galur NewZealandWhite. Respon antibodi spesifik M1 diuji dengan ELISA dan westernblot. Hasil uji ELISA yang dinilai pada panjang gelombang 450 nm, menunjukkan titer antibodi yang tinggi pada serum paska imunisasi terhadap antigen M1 rekombinan (0,544) dibandingkan dengan serum pra imunisasi (0,102).Hasil uji westernblotmenunjukkan adanya reaktivitas serum kelinci paska imunisasi dengan pita protein berukuran ~27 kDa, yang diartikan sebagai adanya respon antibodi spesifik terhadap antigen M1, sedangkan serum kelinci pra imunisasi tidak memperlihatkan reaksi dengan pita protein berukuran 27 kDa tersebut. Terlihat pula adanya reaksi non spesifik yang relatif lemah terhadap pita protein lainnya, baik pada serum paska imunisasi maupun pra imunisasi yang menunjukkan adanya residu protein EscherichiacoliBL21 pada sediaan antigen M1 hasil purifikasi. Antibodi poliklonal yang diperoleh dapat digunakan untuk mendeteksi antigen M1 baik untuk pengembangan uji diagnostik maupun vaksin influenza A H1N1.

---

ABSTRACT
Polyclonal antibody against influenza A H1N1 matrix 1 protein can be utilized for detection of matrix 1 antigen in the development of Influenza A diagnostic system and vaccine. Polyclonal antibody can be obtained by rabbit immunization using M1 recombinant antigen. M1 recombinant proteins that will be used as antigen was expressed in EscherichiacoliBL21 and purified using Ni-NTA resin. This recombinant antigen was used for immunization of female rabbit, Oryctalogouscuniculus,NewZealandWhitestrain. M1-specific antibody responses were tested by ELISA and westernblot. ELISA test results at a wavelength of 450 nm, showed a high antibody titer in the post-immunization serum against the recombinant antigen M1 (0,544) compared with the preimmunization serum (0,102). Westernblottest results showed reactivity of post-immunized serum against a band of ~ 27 kDa protein, which indicate the presence of specific antibody response against M1 antigen, whereas preimmunization rabbit serum showed no reaction with the 27 kDa protein band. The existence of non-specific reactions that are relatively weak against other protein bands was also observed , both in the post-immunization and pre-immunization sera, indicating the presence of residual E.coliprotein in the purified M1 antigen preparation. The Polyclonal antibody obtained in this study can be used to detect M1 antigen, for development of H1N1 Influenza A diagnostic test and vaccine.