Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
COVID-19 atau Coronavirus disease adalah penyakit infeksius yang mudah menular melalui tetesan air liur atau bersin orang yang terinfeksi, sehingga wabah COVID-19 ditetapkan sebagai pandemi oleh WHO pada tanggal 11 Maret 2020. Pencegahan penyebaran virus ini dapat dilakukan dengan tes diagnostik skala besar dan sejauh ini belum dilaporkan pengembangan metode elektrokimia sebagai sensor COVID-19. Umifenovir (Arbidol) adalah salah satu jenis antiviral agent yang dapat berinteraksi dengan spike glikoprotein SARSCoV- 2 sehingga dapat berpotensi digunakan sebagai pendeteksi COVID-19. Penelitian ini mempelajari perilaku elektrokimia umifenovir pada screen-printed carbon electrode (SPCE). Hasil pengukuran dengan teknik cyclic voltammetry pada rentang potensial -0,6 V hingga +0,6 V dengan scan rate 50 mV/s dalam 50 mM PBS pH 7,4 menunjukkan bahwa umifenovir bersifat elektroaktif dengan puncak oksidasi dan reduksi pada +0,2 V dan -0,19 V. Puncak oksidasi dan reduksi ini mengalami penurunan arus jika dilakukan penambahan spike glikoprotein pada larutan umivenovir. Penurunan arus mencapai keadaan optimum menggunakan umifenovir 170 μM, pH 7,4, dan waktu kontak selama 10 menit. Sejalan dengan studi elektrokimia, studi komputasi juga dilakukan untuk mengetahui interaksi molekular antara umifenovir dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Selektivitas sensor diprediksi melalui simulasi penambatan molekul umifenovir dengan SARS-CoV dan virus Influenza. Hasil penambatan molekul (docking) menunjukkan bahwa kompleks umifenovir dengan SARS-CoV-2 terbentuk spontan dengan nilai ΔGbinding sebesar -7,7306 kcal/mol. Hasil ini tidak jauh berbeda pada kompleks umifenovir dengan SARSCoV yang memiliki ΔGbinding sebesar -7,7935 kcal/mol. Hasil tersebut memprediksi adanya kompetisi SARS-CoV-2 dengan SARS-CoV untuk berinteraksi dengan umifenovir.

---

COVID-19 or Coronavirus disease is an infectious disease that can be easily transmitted through droplets of saliva or sneezes of an infected person, so that the COVID-19 outbreak was declared a pandemic by WHO on March 11, 2020. The virus spread can be prevented with large-scale diagnostic tests and so far it has not been reported the development of electrochemical methods as a sensor for COVID-19. Umifenovir (Arbidol) is a type of antiviral agent that can interact with the spike glycoprotein of SARS-CoV-2, thus it has the potential to be used as a COVID-19 detector. In this study, the electrochemical behavior of umifenovir on a screen-printed carbon electrode (SPCE) is studied. Measurement results using the cyclic voltammetry technique in a potential range of -0.6 V to +0.6 V with a scan rate of 50 mV/s in 50 mM PBS pH 7.4 indicate that umifenovir is an electroactive molecule with oxidation and reduction peaks at +0.2 V and -0.19 V. Peak current decrease, both in the oxidation and reduction peak current, occurred when the spike glycoprotein was added in the umivenovir solution. Current reduction reached the optimum state using umifenovir 170 μM, pH 7.4, and contact time for 10 minutes. Computational studies were also conducted to determine the molecular interactions between umifenovir and the spike glycoprotein of SARS-CoV-2. Sensor selectivity was predicted by docking simulations of umifenovir molecules with SARS-CoV and influenza viruses. The docking results showed that the umifenovir complex with SARS-CoV-2 formed spontaneously with a ΔGbinding value of -7.7306 kcal/mol. These results were not much different with the umifenovir complex with SARS-CoV which had ΔGbinding of -7.7935 kcal/mol. These results predict SARS-CoV-2 competition with SARS-CoV to interact with umifenovir

Abstrak :
COVID-19 atau Corona Virus Disease 2019 adalah penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 masuk melalui saluran pernapasan dan menginfeksi paru-paru. Pada penelitian ini metode sensor elektrokimia menggunakan S-protein sebagai biomarker untuk mendeteksi SARS-CoV-2 dikembangkan dengan menggunakan dua jenis senyawa pengenal yang berbeda, yaitu umifenovir dan N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir dan Neu5Ac merupakan senyawa elektroakif yang mampu berikatan dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Studi elektrokimia dengan metode voltametri siklik menunjukkan puncak arus oksidasi umifenovir pada elektroda screen-printed boron-doped diamond (SPE-BDD) pada potensial +0,29 V. Penambahan spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2 pada larutan umifenovir menyebabkan penurunan puncak arus oksidasi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan puncak arus oksidasi ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S2 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dan limit deteksi (LOD) 18,98 ng/mL dan limit kuantifikasi (LOQ) 63,27 ng/mL dapat dicapai. Sementara itu, keberadaan senyawa Neu5Ac tidak menunjukkan respon pada elektroda SPE-BDD. Namun, pada elektroda screen-printed gold (SPGE) Neu5Ac dapat diidentifikasi dengan meningkatnya puncak arus reduksi Au pada potensial +0,23 V. Penambahan spike glikoprotein S1 SARS-CoV-2 pada larutan Neu5Ac menyebabkan penurunan puncak arus reduksi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dengan nilai LOD dan LOQ masing-masing 21,80 ng/mL dan 72,69 ng/mL. Kedua jenis sensor memiliki keberulangan yang baik dengan % RSD kurang dari 5% pada 10 kali pengukuran. Sensor ini juga memiliki selektivitas yang baik dan tidak dipengaruhi keberadaan hemaglutinin H1N1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL yang ditambahkan pada pengukuran spike glikoprotein SARS-CoV-2. ......COVID-19 or Corona Virus Disease 2019 is a disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 enters through the respiratory tract and infects the lungs. In this study an electrochemical sensor method using S-protein as a biomarker to detect SARS-CoV-2 was developed using two different types of identifier compounds, namely umifenovir and N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir and Neu5Ac are electroactive compounds that are able to bind to the spike glycoprotein of SARS-CoV-2. An electrochemical study using the cyclic voltammetry method showed the peak of the oxidation current of umifenovir at a screen-printed electrode boron-doped diamond (SPE-BDD) at a potential of +0.29 V. The addition of spike glycoprotein S2 SARS-CoV-2 to the umifenovir solution caused a decrease in the peak of the oxidation current with an optimum contact time of 10 minutes. This decrease in the peak of the oxidation current was linear with increasing concentrations of the spike glycoprotein S2 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL and a detection limit (LOD) of 18.98 ng/mL and a quantification limit (LOQ) of 63.27 ng/mL could be achieved. Meanwhile, the presence of the Neu5Ac compound did not show a response to the SPE-BDD electrode. However, on the screen-printed gold electrode (SPGE) Neu5Ac can be identified by increasing the peak reduction current of Au at a potential of +0.23 V. The addition of spike glycoprotein S1 SARS-CoV-2 to Neu5Ac solution causes a decrease in the peak of the reduction current with an optimum contact time of 10 minute. This decrease was linear with increasing concentrations of spike glycoprotein S1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL with LOD and LOQ values of 21.80 ng/mL and 72.69 ng/mL, respectively. Both types of sensors have good repeatability with % RSD less than 5% for 10 measurements. This sensor also has good selectivity and is not affected by the presence of hemagglutinin H1N1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL added to the measurement of the spike glycoprotein of SARS-CoV-2.

Abstrak :
SARS-CoV-2 merupakan virus RNA penyebab COVID-19 yang telah menjadi pandemi dunia selama dua tahun terakhir. Hingga saat ini, metode deteksi RT-PCR menjadi metode terbaik dalam deteksi COVID-19. Namun mahalnya biaya reagen dan instrumentasi menyebabkan diperlukannya metode lain yang lebih murah dan praktis. Sementara itu Umifenovir (arbidol) merupakan senyawa elektroaktif yang dapat berinteraksi dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Pada penelitian ini interaksi umifenovir dan glikoprotein S2 dipelajari dengan studi elektrokimia di permukaan elektroda boron-doped diamond (BDD). Sebelum dilakukan studi elektrokimia, dilakukan studi penambatan molekul dengan Homology Modelling dan Molecular Docking menggunakan umifenovir. Studi interaksi umivenofir terhadap glikoprotein S2 SARS CoV-2 menghasilkan affinity binding sebesar -6,1 kcal/mol. Sedangkan studi elektrokimia umifenovir menggunakan elektroda BDD pada rentang potensial dari (-0,8 V) hingga (+0,8 V) dan scan rate 50 mV/s menunjukkan korelasi linear pada rentang konsentrasi 10- 100 μM. Selanjutnya deteksi spike glikoprotein S2 SARS CoV-2 menggunakan kondisi optimum dengan 100 μM umifenovir dan 0,0025 μg/mL spike glikoprotein melalui perbandingan 20:1 menunjukkan nilai limit deteksi (LoD) dan limit kuantifikasi (LoQ) berturut-turut sebesar 0,001497 μg/mL dan 0,004991 μg/mL. Hasil studi menunjukkan bahwa ode deteksi yang dikembangkan dengan elektroda BDD dapat digunakan untuk sampel klinis SARS-CoV-2. ......SARS-CoV-2 is RNA virus causing Covid-19 which has become the global pandemic in the last two years. To date, RT-PCR is the best method for Covid-19 detection. However, the costly chemical reagents and instruments for this method suggesting another cheaper and practical method is necessary. Meanwhile, umifenovir (arbidol) is an electroactive compound which can interact with the SARS-CoV-2 glicoprotein spike. In this research, umifenovir interaction with glicoprotein S2 is investigated through the electrochemical study on the electrode surface of boron-doped diamond (BDD). Prior to the electrochemical study, computational study using Homology Modelling dan Molecular Docking was performed for umifenovir. Affinity binding of -6.1 kcal/mol was obtained from the umivenofir against glicoprotein S2 SARS CoV-2. On the other hand, the electrochemical study on umifenovir using BDD electrode in the potential range of -0.8 V to +0.8 Vand scan rate of 50 mV/s shows a linear correltaion in the concentration range of 10-100 μM. Moreover, the detection of S2 SARS CoV-2 glicoprotein spike using the optimum condition of 100 μM umifenovir and 0.0025 μg/mL glicoprotein spike with 20:1 ratio shows the limit of detection (LoD) and limit of quantification (LoQ) are 0.001497 μg/mL and 0.004991 μg/mL, respectively. The results of this study reveal that the detection method developed with BDD electorde can be applied for the real samples of SARS-CoV-2.