Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"COVID-19 atau Coronavirus disease adalah penyakit infeksius yang mudahmenular melalui tetesan air liur atau bersin orang yang terinfeksi, sehinggawabah COVID-19 ditetapkan sebagai pandemi oleh WHO pada tanggal 11Maret 2020. Pencegahan penyebaran virus ini dapat dilakukan dengan tesdiagnostik skala besar dan sejauh ini belum dilaporkan pengembangan metodeelektrokimia sebagai sensor COVID-19. Umifenovir (Arbidol) adalah salah satujenis antiviral agent yang dapat berinteraksi dengan spike glikoprotein SARSCoV-2 sehingga dapat berpotensi digunakan sebagai pendeteksi COVID-19.Penelitian ini mempelajari perilaku elektrokimia umifenovir pada screen-printedcarbon electrode (SPCE). Hasil pengukuran dengan teknik cyclic voltammetrypada rentang potensial -0,6 V hingga +0,6 V dengan scan rate 50 mV/s dalam50 mM PBS pH 7,4 menunjukkan bahwa umifenovir bersifat elektroaktif denganpuncak oksidasi dan reduksi pada +0,2 V dan -0,19 V. Puncak oksidasi danreduksi ini mengalami penurunan arus jika dilakukan penambahan spikeglikoprotein pada larutan umivenovir. Penurunan arus mencapai keadaanoptimum menggunakan umifenovir 170 μM, pH 7,4, dan waktu kontak selama10 menit. Sejalan dengan studi elektrokimia, studi komputasi juga dilakukanuntuk mengetahui interaksi molekular antara umifenovir dengan spikeglikoprotein SARS-CoV-2. Selektivitas sensor diprediksi melalui simulasipenambatan molekul umifenovir dengan SARS-CoV dan virus Influenza. Hasilpenambatan molekul (docking) menunjukkan bahwa kompleks umifenovirdengan SARS-CoV-2 terbentuk spontan dengan nilai ΔGbinding sebesar -7,7306kcal/mol. Hasil ini tidak jauh berbeda pada kompleks umifenovir dengan SARSCoVyang memiliki ΔGbinding sebesar -7,7935 kcal/mol. Hasil tersebutmemprediksi adanya kompetisi SARS-CoV-2 dengan SARS-CoV untukberinteraksi dengan umifenovir.

---

COVID-19 or Coronavirus disease is an infectious disease that can be easilytransmitted through droplets of saliva or sneezes of an infected person, so thatthe COVID-19 outbreak was declared a pandemic by WHO on March 11, 2020.The virus spread can be prevented with large-scale diagnostic tests and so far ithas not been reported the development of electrochemical methods as a sensorfor COVID-19. Umifenovir (Arbidol) is a type of antiviral agent that can interactwith the spike glycoprotein of SARS-CoV-2, thus it has the potential to be usedas a COVID-19 detector. In this study, the electrochemical behavior ofumifenovir on a screen-printed carbon electrode (SPCE) is studied.Measurement results using the cyclic voltammetry technique in a potential rangeof -0.6 V to +0.6 V with a scan rate of 50 mV/s in 50 mM PBS pH 7.4 indicatethat umifenovir is an electroactive molecule with oxidation and reduction peaksat +0.2 V and -0.19 V. Peak current decrease, both in the oxidation and reductionpeak current, occurred when the spike glycoprotein was added in the umivenovirsolution. Current reduction reached the optimum state using umifenovir 170 μM,pH 7.4, and contact time for 10 minutes. Computational studies were alsoconducted to determine the molecular interactions between umifenovir and thespike glycoprotein of SARS-CoV-2. Sensor selectivity was predicted by dockingsimulations of umifenovir molecules with SARS-CoV and influenza viruses.The docking results showed that the umifenovir complex with SARS-CoV-2formed spontaneously with a ΔGbinding value of -7.7306 kcal/mol. These resultswere not much different with the umifenovir complex with SARS-CoV whichhad ΔGbinding of -7.7935 kcal/mol. These results predict SARS-CoV-2competition with SARS-CoV to interact with umifenovir"

"COVID-19 atau Corona Virus Disease 2019 adalah penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 masuk melalui saluran pernapasan dan menginfeksi paru-paru. Pada penelitian ini metode sensor elektrokimia menggunakan S-protein sebagai biomarker untuk mendeteksi SARS-CoV-2 dikembangkan dengan menggunakan dua jenis senyawa pengenal yang berbeda, yaitu umifenovir dan N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir dan Neu5Ac merupakan senyawa elektroakif yang mampu berikatan dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Studi elektrokimia dengan metode voltametri siklik menunjukkan puncak arus oksidasi umifenovir pada elektroda screen-printed boron-doped diamond (SPE-BDD) pada potensial +0,29 V. Penambahan spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2 pada larutan umifenovir menyebabkan penurunan puncak arus oksidasi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan puncak arus oksidasi ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S2 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dan limit deteksi (LOD) 18,98 ng/mL dan limit kuantifikasi (LOQ) 63,27 ng/mL dapat dicapai. Sementara itu, keberadaan senyawa Neu5Ac tidak menunjukkan respon pada elektroda SPE-BDD. Namun, pada elektroda screen-printed gold (SPGE) Neu5Ac dapat diidentifikasi dengan meningkatnya puncak arus reduksi Au pada potensial +0,23 V. Penambahan spike glikoprotein S1 SARS-CoV-2 pada larutan Neu5Ac menyebabkan penurunan puncak arus reduksi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dengan nilai LOD dan LOQ masing-masing 21,80 ng/mL dan 72,69 ng/mL. Kedua jenis sensor memiliki keberulangan yang baik dengan % RSD kurang dari 5% pada 10 kali pengukuran. Sensor ini juga memiliki selektivitas yang baik dan tidak dipengaruhi keberadaan hemaglutinin H1N1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL yang ditambahkan pada pengukuran spike glikoprotein SARS-CoV-2.

---

COVID-19 or Corona Virus Disease 2019 is a disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 enters through the respiratory tract and infects the lungs. In this study an electrochemical sensor method using S-protein as a biomarker to detect SARS-CoV-2 was developed using two different types of identifier compounds, namely umifenovir and N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir and Neu5Ac are electroactive compounds that are able to bind to the spike glycoprotein of SARS-CoV-2. An electrochemical study using the cyclic voltammetry method showed the peak of the oxidation current of umifenovir at a screen-printed electrode boron-doped diamond (SPE-BDD) at a potential of +0.29 V. The addition of spike glycoprotein S2 SARS-CoV-2 to the umifenovir solution caused a decrease in the peak of the oxidation current with an optimum contact time of 10 minutes. This decrease in the peak of the oxidation current was linear with increasing concentrations of the spike glycoprotein S2 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL and a detection limit (LOD) of 18.98 ng/mL and a quantification limit (LOQ) of 63.27 ng/mL could be achieved. Meanwhile, the presence of the Neu5Ac compound did not show a response to the SPE-BDD electrode. However, on the screen-printed gold electrode (SPGE) Neu5Ac can be identified by increasing the peak reduction current of Au at a potential of +0.23 V. The addition of spike glycoprotein S1 SARS-CoV-2 to Neu5Ac solution causes a decrease in the peak of the reduction current with an optimum contact time of 10 minute. This decrease was linear with increasing concentrations of spike glycoprotein S1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL with LOD and LOQ values of 21.80 ng/mL and 72.69 ng/mL, respectively. Both types of sensors have good repeatability with % RSD less than 5% for 10 measurements. This sensor also has good selectivity and is not affected by the presence of hemagglutinin H1N1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL added to the measurement of the spike glycoprotein of SARS-CoV-2."

"SARS-CoV-2 merupakan virus RNA envelop dengan rantai untai tunggal positif yang menyebabkan COVID-19. Sejak awal teridentifikasi, SARS-CoV-2 menyebar secara luas dan cepat di seluruh dunia, sehingga WHO pada 11 Maret 2020 menyatakan COVID-19 sebagai suatu pandemi. SARS-CoV-2 mampu menginfeksi sel inang melalui proses pengikatan spike glikoprotein terhadap ACE2. Hingga saat ini, metode deteksi RT-PCR menjadi metode terbaik dalam deteksi COVID-19, namun penggunaannya dibatasi oleh reagen dan instrumentasi yang mahal. Oleh karena itu metode alternatif deteksi COVID-19 dapat menjadi solusi, salah satunya adalah sensor elektrokimia. Umifenovir (arbidol) merupakan senyawa elektroaktif yang dapat berinteraksi dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Simulasi penambatan molekul menggunakan Molecular Operating Environment (MOE) memprediksi interaksi umifenovir-spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2 terjadi secara optimum pada pH 7.4 dan temperatur 300K dengan △G binding -7.8414 kcal mol-1. Interaksi dimediasi oleh residu asam amino asam glutamat (Glu780) pada chain A. Uji interferensi menunjukkan kompleks umifenovir-HA H1N1 memberikan nilai △G binding -7.5822 kcal mol-1, namun tidak cukup kompetitif untuk mengganggu kompleks umifenovir-spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2. Hasil studi komputasi kemudian menjadi acuan dalam pengukuran elektrokimia. Pada penelitian ini, perilaku elektrokimia umifenovir dipelajari menggunakan elektroda carbon foam (CF) yang dipreparasi secara hidrotermal-karbonisasi dan dikarakterisasi menggunakan instrumentasi XRD, FTIR, Raman, dan SEM-EDS. Elektroda carbon foam memiliki struktur berpori 3D dengan luas permukaan besar yang menyediakan situs reaksi reduksi-oksidasi bagi umifenovir. Melalui teknik cyclic voltammetry (CV) dan amperometri, ditemukan bahwa keberadaan spike glikoprotein S2 SARS-COV-2 menyebabkan penurunan respon arus umifenovir dengan waktu kontak optimum yaitu 5 menit. Pada konsentrasi yang sama, HA H1N1 dan spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2 menyebabkan munculnya efek gabungan yang menurunkan respon arus umifenovir secara signifikan. Hasil tersebut mengindikasikan sensor elektrokimia umifenovir bersifat kurang selektif terhadap senyawa interferensi.

---

SARS-CoV-2 is a positive single-stranded RNA envelope virus that causes COVID-19. Since its initial identification, SARS-CoV-2 has spread widely and rapidly throughout the world, so the WHO on March 11, 2020 declared COVID-19 as a pandemic. SARS-CoV-2 is able to infect host cells through the binding process of spike glycoprotein to ACE2. Until now, the RT-PCR detection method has been the best method for detecting COVID-19, but its use is limited by expensive reagents and instrumentation. Therefore, an alternative method of detecting COVID-19 can be a solution, one of which is an electrochemical sensor. Umifenovir (arbidol) is an electroactive compound that can interact with the SARS-CoV-2 spike glycoprotein. Molecular docking simulation using Molecular Operating Environment (MOE) predicts the umifenovir-spike glycoprotein S2 SARS-CoV-2 interaction will occur optimally at pH 7.4 and temperature 300K with △G binding -7.8414 kcal mol-1. The interaction is mediated by the amino acid residue of glutamic acid (Glu780) in chain A. The interference test showed the umifenovir-HA H1N1 complex gave △G binding value of -7.5822 kcal mol-1, but was not competitive enough to interfere with the umifenovir-spike glycoprotein S2 complex of SARS-CoV. -2. The results of computational studies then become a reference in electrochemical measurements. In this study, the electrochemical behavior of umifenovir was studied using carbon foam (CF) electrodes prepared by hydrothermal carbonization and characterized using XRD, FTIR, Raman, and SEM-EDS instrumentation. The carbon foam electrode has a 3D porous structure with a large surface area that provides an oxidation-reduction reaction site for umifenovir. Through cyclic voltammetry (CV) and amperometry techniques, it was found that the presence of the SARS-COV-2 spike glycoprotein S2 caused a decrease in the current response of umifenovir with an optimum contact time of 5 minutes. At the same concentration, HA H1N1 and spike glycoprotein S2 SARS-CoV-2 caused a combined effect that significantly decreased the current response of umifenovir. These results indicate that the umifenovir electrochemical sensor is less selective for interfering compounds."

"SARS-CoV-2 merupakan virus RNA penyebab COVID-19 yang telah menjadi pandemi dunia selama dua tahun terakhir. Hingga saat ini, metode deteksi RT-PCR menjadi metode terbaik dalam deteksi COVID-19. Namun mahalnya biaya reagen dan instrumentasi menyebabkan diperlukannya metode lain yang lebih murah dan praktis. Sementara itu Umifenovir (arbidol) merupakan senyawa elektroaktif yang dapat berinteraksi dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Pada penelitian ini interaksi umifenovir dan glikoprotein S2 dipelajari dengan studi elektrokimia di permukaan elektroda boron-doped diamond (BDD). Sebelum dilakukan studi elektrokimia, dilakukan studi penambatan molekul dengan Homology Modelling dan Molecular Docking menggunakan umifenovir. Studi interaksi umivenofir terhadap glikoprotein S2 SARS CoV-2 menghasilkan affinity binding sebesar -6,1 kcal/mol. Sedangkan studi elektrokimia umifenovir menggunakan elektroda BDD pada rentang potensial dari (-0,8 V) hingga (+0,8 V) dan scan rate 50 mV/s menunjukkan korelasi linear pada rentang konsentrasi 10- 100 μM. Selanjutnya deteksi spike glikoprotein S2 SARS CoV-2 menggunakan kondisi optimum dengan 100 μM umifenovir dan 0,0025 μg/mL spike glikoprotein melalui perbandingan 20:1 menunjukkan nilai limit deteksi (LoD) dan limit kuantifikasi (LoQ) berturut-turut sebesar 0,001497 μg/mL dan 0,004991 μg/mL. Hasil studi menunjukkan bahwa ode deteksi yang dikembangkan dengan elektroda BDD dapat digunakan untuk sampel klinis SARS-CoV-2.

---

SARS-CoV-2 is RNA virus causing Covid-19 which has become the global pandemic in the last two years. To date, RT-PCR is the best method for Covid-19 detection. However, the costly chemical reagents and instruments for this method suggesting another cheaper and practical method is necessary. Meanwhile, umifenovir (arbidol) is an electroactive compound which can interact with the SARS-CoV-2 glicoprotein spike. In this research, umifenovir interaction with glicoprotein S2 is investigated through the electrochemical study on the electrode surface of boron-doped diamond (BDD). Prior to the electrochemical study, computational study using Homology Modelling dan Molecular Docking was performed for umifenovir. Affinity binding of -6.1 kcal/mol was obtained from the umivenofir against glicoprotein S2 SARS CoV-2. On the other hand, the electrochemical study on umifenovir using BDD electrode in the potential range of -0.8 V to +0.8 Vand scan rate of 50 mV/s shows a linear correltaion in the concentration range of 10-100 μM. Moreover, the detection of S2 SARS CoV-2 glicoprotein spike using the optimum condition of 100 μM umifenovir and 0.0025 μg/mL glicoprotein spike with 20:1 ratio shows the limit of detection (LoD) and limit of quantification (LoQ) are 0.001497 μg/mL and 0.004991 μg/mL, respectively. The results of this study reveal that the detection method developed with BDD electorde can be applied for the real samples of SARS-CoV-2."