Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Tujuan utama dari studi ini adalah untuk mengembangkan sebuah bentuk Thermal cycler yang efektif dan ramah pengguna untuk melaksanakan polymerase chain reaction (PCR) untuk DNA. Karya tulis ini meneliti kemampuan untuk memanufaktur Thermal cycler dengan metode konvensional dan komponen yang umum tersedia untuk mencapai hasil kinerja yang efektif dengan biaya produk yang rendah dibandingkan model yang tersedia secara komersial. Umumnya, thermal cycler menggunakan blok pemanas perak yang berfungsi sebagai wadah pemanas untuk mencapai perbuahan temperatur yang cepat dan keseragaman suhu, tapi Lab-on-a-chip (LoC) dari Polydimethylsiloxane (PDMS) digunakan dibandingkan perak untuk mencapai sifat biocompatibility dengan beragam sampel. Komputer mini Raspberry-Pi digunakan sebagai pengendali untuk mencapai kinerja kendali yang diperlukan sembari menyediakan ruang untuk pengembangan lebih lanjut. Karakterisasi dari proses pemanasan dan PCR dilakukan untuk memagami fenomena perpindahan panas dan kecepatan siklus suhu dalam lingkungan PDMS. Karya tulis ini juga menyertakan analisa dari kecepatan siklus berkaitan dengan parameter kendali dari Thermal cycler yang sudah diproduksi. Pada akhirnya, karakterisasi dan hasil analisa akan menunjukkan kemampuan performa yang telah dicapai thermal cycler.

---

ABSTRACT
The ultimate goal of this study is to develop an effective and user-friendly form of Thermal cycler to perform DNA Polymerase Chain Reaction (PCR). This paper research the ability to manufacture a Thermal cycler using conventional methods and readily available components to achieve an effective performance result with low production cost compared with commercially available counterparts. Commonly, Thermal cycler use silver heating block to act as a heating vessel for samples to achieve fast temperatur changes and uniformity in temperatur, but Polydimethysiloxane (PDMS) lab-on-a-chip (LoC) is utilized in contrast to silver as heating vessel in this study to achieve biocompatibility with various samples. Raspberry-Pi pocket computer was utilized as a controller to achieve the necessary control with room for future capabilities addition and improvement. Characterization of the heating and PCR processes was done to understand the heat transfer phenomenon and thermal cycling speed in PDMS environment. This paper also includes analysis of the cycle speed in correspond to the control parameters of the manufactured Thermal cycler. Ultimately, the characterization and analysis results will show the achieved performance capabilities of the Thermal cycler.

Abstrak :
Sebuah prototipe untuk Mesin PCR yang portabel, terjangkau, dan mudah digunakan telah dikembangkan oleh Universitas Indonesia untuk melakukan DNA Polymerase Chain Reaction (PCR). Studi ini membantu dalam pengembangan perangkat semacam itu agar menjadi Mesin PCR yang efektif dan reliable. Reliability perangkat semacam itu harus diukur dan dipahami untuk memastikan peforma yang optimal dan masa pakai yang tepat. Tujuan dari makalah ini adalah untuk secara khusus melihat sistem Thermal Cycler mesin, sistem di mana kemungkinan kegagalannya paling tinggi. Memahami karakteristik Thermal Cycler dapat membantu menghadirkan perangkat yang lebih baik secara keseluruhan, karena sistem ini menjadi garis keturunan dari keseluruhan proses PCR. Reliability sistem akan ditentukan melalui uji performa dan endurance di mana Thermal Cycler akan terus dipantau dan dianalisis untuk memberikan gambaran mengenai cara kerja perangkat ini, sehingga dapat di upgrade, didesain ulang, atau disiapkan langsung untuk penggunaan komersial. ......A prototype for a portable, affordable, and user-friendly PCR Machine has been developed by the University of Indonesia to perform DNA Polymerase Chain Reaction (PCR). This study helps in the development of such a device for it to become an effective and reliable PCR Machine. It is imperative that the reliability of such a device is measured and understood to ensure an optimal performance and lifetime. The goal of this paper is to specifically look at the Thermal Cycler system of the machine, the system in which the probability of failure is the highest. Understanding the characteristics of the Thermal Cycler may help bring a better overall device, as this system becomes the bloodline of the whole Polymerase Chain Reaction process. The reliability of the system will be determined through performance and endurance tests where the Thermal Cycler be constantly monitored and analyzed to paint a picture of working of this device, so that it may be upgraded, redesigned, or presented as is for commercial use.

Abstrak :
Diagnostik medis merupakan tahapan awal dalam mengidentifikasi kondisi dan penyakit seseorang. Salah satu metode diagnostik yang banyak dipakai sekarang ini adalah Polymerase Chain Reaction (PCR). Penggunaan material perangkat thermal cycler dalam reaksi PCR mempengaruhi waktu yang dibutuhkan dalam prosesnya. Dengan kemajuan teknologi mikrofluida, chip thermal cycler dengan sistem mikrofluida banyak dikembangkan untuk meningkatkan kecepatan reaksi PCR. Studi ini mensimulasikan beberapa material dan geometri yang digunakan sebagai thermal cycler reaksi PCR Studi pada penelitian ini akan menggunakan aplikasi COMSOL Multiphysics 5.3 untuk dua desain PCR, thermal cycle tipe blok (TCP desain 1) dan thermal cycle tipe mikrofluida (TCP desain 2). Hasil yang didapatkan adalah waktu jenuh untuk TCP desain 1 menggunakan material aluminium selama 29 detik untuk pemanasan dan 26 detik untuk pendinginan, tembaga selama 37 detik untuk pemanasan dan 35 detik untuk pendinginan, nikel selama 51 detik untuk pemanasan dan 53 detik untuk pendinginan, perak selama 26 detik untuk pemanasan dan pendinginan, serta PDMS selama 1480 detik untuk pemanasan dan pendinginan. Pada TCP desain 1, saat menggunakan aluminium, didapatkan waktu jenuh untuk memanaskan reagen selama 32 detik dan 35 detik untuk mendinginkan. Pada PCR TCP desain 2 (a) yang langsung menggunakan PDMS, didapatkan waktu untuk jenuh memanaskan reagen adalah 3,2 detik dan 4,3 detik untuk mendinginkan, sedangkan pada TCP desain 2 (b) didapatkan waktu untuk memanaskan reagen selama 4,3 detik dan 4,6 detik untuk mendinginkan.

---

Medical diagnosis is the initial stage in solving a person's condition and disease. One method that is widely used now is the Polymerase Chain Reaction (PCR). The use of thermal cycler device material in the PCR reaction affects the time required in the process. With the advancement of microfluidic technology, thermal cycler chips with microfluidic systems have been developed to increase the speed of PCR reactions. This study discusses several materials and geometries used as PCR thermal cycler reactions. COMSOL Multiphysics 5.3 application used to simulate two PCR designs, block-type thermal cycles (TCP design 1), and microfluidic type thermal cycles (TCP design 2). The results obtained are the saturation time for TCP design 1 using aluminum material for 29 seconds for heating and 26 seconds for safety, copper for 37 seconds for heating and 35 seconds for cooling, nickel for 51 seconds for heating and 53 seconds for heating, silver for 26 seconds for heating and cooling, and PDMS for 1480 seconds for heating and cooling. In TCP design 1, when aluminum was used, saturation time is obtained to heat the reagent for 32 seconds and 35 seconds to cool. In TCP PCR design 2 (a) which directly uses PDMS, obtained time to saturate the reagent heating is 3.2 seconds and 4.3 seconds to cool, whereas in TCP design 2 (b) it takes time to heat the reagent for 4.3 seconds and 4.6 seconds to cool down.