Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat Actinobacteria termofilik potensial dari tanah di sekitar geiser Cisolok yang dapat mendegradasi xylan dan mengetahui hubungan kekerabatannya dengan taksa terdekat dari Actinobacteria penghasil xylanase. Tujuh belas isolat Actinobacteria termofilik diisolasi dari tanah di sekitar geiser Cisolok, Jawa Barat. Penapisan kemampuan 17 isolat Actinobacteria dan type strain Actinomadura keratinilytica NBRC 105837T mendegradasi xylan dilakukan menggunakan medium Minimal (Mm) padat dengan penambahan substrat xylan 0,5, inkubasi selama 7 hari. Pewarnaan dengan Congo red 0,2 (b/v) menunjukkan terbentuknya zona bening di sekitar koloni isolat Actinobacteria yang dapat mendegradasi xylan 0,5 pada suhu 45 C (15 isolat), 50 C (14 isolat), 55 C (4 isolat), dan 60 C (3 isolat). Type strain NBRC 105837T dapat mendegradasi xylan 0,5 pada suhu 45 C hingga 60 C. Tiga isolat (SL1- 2-R-2, SL1-2-R-3, dan SL1-2-R-4) yang mendegradasi xylan 0,5 hingga suhu 60 C dipilih sebagai isolat potensial. Tiga isolat potensial dan type strain NBRC 105837 dapat mendegradasi substrat Remazol Brilliant Blue R-xylan (RBB-xylan) 0,1 pada medium Mm padat setelah 3 hari inkubasi pada suhu 45 hingga 60 C. Tiga isolat potensial telah diidentifikasi pada penelitian sebelumnya sebagai Actinomadura keratinilytica berdasarkan karakter genotip dan fenotip. Crude enzyme dari tiga isolat potensial dan type strain NBRC 105837 dapat mendegradasi xylan 0,5 dan RBB-xylan 0,1 pada medium Mm padat setelah 24 jam inkubasi pada suhu 45 hingga 60 C. Berdasarkan analisis filogenetik sequence gen 16S rRNA menggunakan metode neighbor-joining, minimum evolution, dan maximum likelihood, 3 isolat potensial membentuk clade yang monofiletik dengan dua spesies Actinomadura termofilik yang dapat mendegradasi xylan (A. keratinilytica dan A. miaoliensis). Tiga isolat potensial membentuk clade yang monofiletik dengan empat spesies Actinomadura termofilik (A. keratinilytica, A. miaoliensis, A. rubrobrunea, dan A. viridilutea). Tiga isolat potensial menghasilkan miselium substrat yang bercabang dan tidak berfragmen, serta miselium aerial yang menghasilkan spora pada medium modified Bennetts padat setelah 14 hari inkubasi pada suhu 45 C. Penelitian ini memberikan informasi tambahan mengenai kemampuan typestrain A. keratinilytica NBRC 105837 mendegradasi xylan.

---

The aims of this study were to obtain the potential xylan-degrading thermophilic Actinobacteria isolates from soil of Cisolok geysers and to understand their relationship with the closely related taxa of xylanase-producing Actinobacteria. Seventeen thermophilic Actinobacteria isolates were isolated from soil collected around Cisolok geysers, West Java. Xylan-degrading ability of 17 Actinobacteria isolates and type strain Actinomadura keratinilytica NBRC 105837T were screened by using Minimal (Mm) agar medium with the addition of 0.5 xylan substrate, incubated for 7 days. Clear zone was formed around the colony of Actinobacteria isolates which showed xylan-degrading ability at 45 C (15 isolates), 50 C (14 isolates), 55 C (4 isolates), and 60 C (3 isolates) after staining by 0.2 (w/v) Congo red. Type strain NBRC 105837T was able to degrade 0,5 xylan at 45 to 60 C. Three isolates (SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, dan SL1-2-R-4) that showed xylan-degrading ability at 45 to 60 C were choosen as potential isolates. Three potential isolates and type strain NBRC 105837T were able to degrade 0,1 Remazol Brilliant Blue R-xylan (RBB-xylan) substrate on Mm agar after 3 days incubation at 45 to 60 C. In the previous study, these potential isolates were identified as Actinomadura keratinilytica based on genotypic and phenotypic characters. Crude enzyme of 3 potential isolates and type strain NBRC 105837T were able to degrade both 0.5 xylan and 0.1 RBB-xylan on Mm agar after 24 hours at 45 to 60 C. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene using neighbor-joining, minimum evolution, and maximum likelihood methods showed the 3 potential isolates formed monophyletic clade with two thermophilic xylan-degrading Actinobacteria species (A. keratinilytica and A. miaoliensis). Three potential isolates formed monophyletic clade with four thermophilic Actinobacteria species (A. keratinilytica, A. miaoliensis, A. rubrobrunea, and A. viridilutea). These isolates produced non-fragmented branched substrate mycelia and spores produced from aerial mycelia after 14 days incubation at 45 C. This study reports a new information regarding the xylan-degrading ability of A. keratinilytica NBRC 105837.

Abstrak :
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memperoleh isolat 'Actinobacteria' termofilik dari tanah di sekitar geiser Cisolok, Jawa Barat yang memiliki aktivitas selulolitik pada suhu tinggi serta mengetahui posisi filogenetik isolat terpilih terhadap spesies-spesies terdekatnya berdasarkan gen 16S rRNA. Penapisan kemampuan degradasi selulosa 17 isolat dilakukan secara kualitatif pada 'Minimal medium' (Mm) padat yang ditambahkan substrat yaitu 'carboxymethyl cellulose' (CMC) 1% (b/v) atau  'microcrystalline cellulose' (MCC) 1% (b/v) kemudian diinkubasi selama 7 hari. Pengamatan dilakukan dengan pewarnaan 'Congo red' 0,2% (b/v) dan zona bening pada sekitar koloni mengindikasikan degradasi substrat. Hasil penapisan menunjukkan bahwa 15 isolat mendegradasi CMC 1% dan 12 isolat mendegradasi MCC 1% pada suhu 45 ^oC, 14 isolat mendegradasi CMC 1% dan MCC 1% pada suhu 50 ^oC, 4 isolat mendegradasi CMC 1% dan MCC 1% pada suhu 55 ^oC, dan 3 isolat mendegradasi CMC 1% dan MCC 1% pada suhu 60 ^oC. Tiga isolat (SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, dan SL1-2-R-4) yang mendegradasi CMC 1% dan MCC 1% hingga 60 ^oC merupakan isolat terpilih. Identifikasi dan karakterisasi telah dilakukan pada penelitian sebelumnya dan melaporkan tiga isolat terpilih memiliki kekerabatan terdekat dengan 'Actinomadura keratinilytica' WCC-2665^T(=NBRC 105837^T). Hasil pengujian menunjukkan 'type strain' NBRC 105837^T mendegradasi CMC 1% dan MCC 1% pada medium Mm padat dengan suhu 45, 50, 55, dan 60 ^oC setelah inkubasi 7 hari. 'Crude enzyme' dari tiga isolat potensial dan 'type strain' NBRC 105837^T menunjukkan aktivitas selulolitik pada medium Mm padat yang ditambahkan CMC 1% atau MCC 1% pada suhu 45, 50, 55, dan 60 ^oC. Analisis filogenetik tiga isolat terpilih berdasarkan gen 16S rRNA menggunakan metode 'Neighbor-Joining' (NJ), 'Minimum Evolution' (ME), dan 'Maximum Likelihood' (ML) menunjukkan bahwa tiga isolat terpilih berada pada satu 'clade' monofiletik dengan 'Actinomadura' 'keratinilytica' WCC-2665^T. Analisis filogenetik juga menunjukkan dua kelompok yang terpisah berdasarkan kemampuan menghasilkan selulase pada anggota famili 'Thermomonosporaceae'. ...... The aims of this study were to obtained thermophilic 'Actinobacteria' isolates from soil around Cisolok geyser, West Java with the ability to degrade cellulose at high temperatures and to analyze the phylogenetic position based on 16S rRNA gene of the selected isolates compared to closely related species. Cellulose degradation screening was performed on Minimal (Mm) medium with the addition of 1% (w/v) carboxymethyl cellulose (CMC) or 1% (w/v) microcrystalline cellulose (MCC) as substrate then incubated for 7 days. Cellulose degradations were observed by staining the plates with  0,2% (w/v) Congo red and clear zone formation around the bacterial colony would indicate the cellulose degradation. The results showed that 15 isolates were able to degrade 1% CMC and 12 isolates were able to degrade 1% MCC at 45 ^oC, 14 isolates were able to degrade 1% CMC and 1% MCC at 50 ^oC, 4 isolates were able to degrade 1% CMC and 1% MCC at 55 ^oC, and 3 isolates were able to degrade 1% CMC and 1% MCC at 60 ^oC. Three isolates (SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, and SL1-2-R-4) were selected due to their CMC and MCC degrading ability at 60 ^oC. Molecular identification based on 16S rRNA gene and characterization in previous study showed that the three selected isolates are closely related to 'Actinomadura keratinilytica' WCC-2665^T(=NBRC 105837^T). The assay showed that type strain NBRC 105837^T was able to degrade 1% CMC and 1% MCC at 45, 50, 55, and 60 ^oC after 7 days of incubation. Cellulolytic activity show that the crude enzymes of the three selected isolates and type strain were able to degrade 1% CMC and 1% MCC at 45, 50, 55, and 60 ^oC. Phylogenetic analysis using Neighbour-Joining (NJ), Minimum Evolution (ME), and Maximum Likelihood (ML) methods showed that the  three selected isolates  were  clustered  together in monophyletic clade with 'Actinomadura keratinilytica' WCC-2265^T with 100% bootstrap value. Phylogenetic analysis also showed that cellulase  producers  and  non-cellulase  producers  in 'Thermomonosporaceae' were grouped into different clades.

Abstrak :
Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh informasi mengenai pengaruh variasi medium pertumbuhan terhadap pembentukan miselium aerial dan aktivitas antimikroba delapan isolat rare Actinobacteria termofilik dari tanah di sekitar geiser Cisolok, Jawa Barat. Pengujian pertumbuhan, pembentukan miselium aerial, dan aktivitas antimikroba dilakukan dengan menumbuhkan isolat pada medium ISP 1 agar, ISP 1 gellan gum, ISP 2 agar, ISP 2 gellan gum, ISP 3 agar, ISP 3 gellan gum, Bennett’s agar, Bennett’s gellan gum, Minimal (Mm) 3 agar, Mm 3 gellan gum, 2% agar, dan 2% gellan gum. Isolat kemudian diinkubasi pada suhu 45 °C selama 7 dan 14 hari. Konfirmasi suhu pertumbuhan menunjukkan 2 isolat dapat tumbuh hingga suhu 45 °C dan 6 isolat dapat tumbuh hingga 50 °C. Hasil pengujian variasi medium pertumbuhan menunjukkan semua isolat rare Actinobacteria dapat menghasilkan miselium substrat pada semua medium. Hasil pengamatan setelah inkubasi selama 7 hari pada suhu inkubasi 45 °C menunjukkan isolat-isolat tersebut dapat menghasilkan miselium aerial pada medium ISP 1 agar (2 isolat), Mm 3 agar (3 isolat), 2% agar (5 isolat), dan 2% gellan gum (5 isolat). Hasil pengamatan setelah inkubasi selama 14 hari menunjukkan isolat-isolat tersebut dapat menghasilkan miselium aerial pada medium ISP 1 gellan gum (2 isolat), ISP 2 agar (1 isolat), ISP 2 gellan gum (3 isolat), ISP 3 agar dan gellan gum (2 isolat), Mm 3 agar 3 isolat, dan Mm 3 gellan gum (3 isolat). Hasil pengujian aktivitas antibakteri menunjukkan isolat SL3-2-R-11 yang ditumbuhkan pada medium ISP 3 gellan gum dan SL3-1-R-7 yang ditumbuhkan pada Bennett’s agar selama 7 hari dapat menghambat pertumbuhan Staphylococcus aureus. Hasil pengujian aktivitas antikhamir menunjukkan isolat SL3-2- R-11 yang ditumbuhkan pada medium ISP 3 gellan gum dan SL3-1-R-7 pada medium Bennett’s agar selama 14 hari dapat menghambat pertumbuhan Candida albicans. Hasil pengujian aktivitas antifungi menunjukkan tidak ada isolat yang dapat menghambat pertumbuhan Aspergillus flavus.

---

This study aims to obtain information about the effect of growth medium variations on the formation of aerial mycelium and antimicrobial activity of eight thermophilic rare Actinobacteria isolates from the soil around Cisolok geyser, West Java. The ability to grow at various media, aerial mycelium formation, and antimicrobial activity were carried out by growing isolates on medium ISP 1 agar, ISP 1 gellan gum, ISP 2 agar, ISP 2 gellan gum, ISP 3 agar, ISP 3 gellan gum, Bennett’s agar, Bennett’s gellan gum, Minimum (Mm) 3 agar, Mm 3 gellan gum, 2% agar, and 2% gellan gum. The isolates were then incubated at 45 oC for 7 and 14 days. Growth test at various temperatures showed that two isolates could grow at a temperature of 45 oC and six isolates could grow up to 50 oC. The results of the growth medium variation test showed that all rare Actinobacteria isolates could produce substrate mycelium in all mediums. Observations after incubation for 7 days at 45 °C showed that these isolates could produce aerial mycelium on ISP 1 agar medium (2 isolates), Mm 3 agar (3 isolates), 2% agar (5 isolates), and 2% gellan gum (5 isolates). Observations after incubation for 14 days showed that these isolates could produce aerial mycelium on the medium ISP 1 gellan gum (2 isolates), ISP 2 agar (1 isolate), ISP 2 gellan gum (3 isolates), ISP 3 agar and gellan gum (2 isolates), Mm 3 agar 3 isolates, and Mm 3 gellan gum (3 isolates). The results of antibacterial activity test showed that isolates SL3-2-R-11 grown on ISP 3 gellan gum and SL3-1-R-7 grown on Bennett’s agar for 7 days could inhibit the growth of Staphylococcus aureus. The antifungal activity test of isolates SL3-2-R-11 grown on ISP 3 gellan gum medium and SL3-1-R-7 on Bennett’s agar for 14 days showed inhibition towards Candida albicans. Meanwhile, all isolates did not show antifungal activity against Aspergillus flavus

Abstrak :
Produksi industri pakaian di Indonesia mengalami pertumbuhan signifikan sebesar 15,29 persen. Hal ini dapat meningkatkan risiko kerusakan lingkungan akibat limbah pewarna tekstil. Pewarna tekstil bersenyawa Azo yang digunakan industri-industri tekstil adalah limbah yang sulit terurai dan pada kadar tertentu bersifat karsinogenik (Chung K. T., 2016). Diperlukan suatu cara untuk mengolah limbah perwarna tekstil. Salah satu caranya adalah memanfaatkan mikroorganisme yang menghasilkan enzim ligninolitik. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan fraksi enzim mangan peroksidase dari kultur jamur termofilik dengan purifikasi menggunakan ammonium sulfat dan kromatografi penukar anion untuk proses dekolorisasi limbah pewarna tekstil. Isolat jamur dari penelitian sebelumnya diremajakan kembali di media Potato Dextrose Agar + filtrat daun nanas. Kultivasi kultur dilakukan di campuran media Potato Dextrose Broth, serbuk daun nanas, dan trace element. Fraksi enzim MnP didapatkan dari fraksinasi dengan ammonium sulfat pada saturasi 65% dan didialisis dengan alat MW cut-off 8000-14000 Da dan enzim MnP murni dari purifikasi dengan kromatografi penukar anion menggunakan DEAE Cellulose. Hasil menunjukkan bahwa, uji aktivitas enzim dan aktivitas speksifik Enzim MnP dari purifikasi dengan ammonium sulfat sebesar 1,008 U/mL dan 48,956 U/mg ; purifikasi dengan DEAE Cellulose sebesar 1,061 U/mL dan 51,497 U/mg. Dekolorisasi limbah pewarna tekstil dilakukan di suhu 50°C, selama 144 jam, pH 5,5, dan konsentrasi enzim-substrat sebesar 1:1. ......The production of the clothing industry in Indonesia experienced significant growth of 15.29 percent (Ministry of Industry, 2019). This can increase the risk of environmental damage due to textile dye waste. Azo compound textile dyes used by textile industries are waste that is difficult to decompose and to some extent carcinogenic (Chung K. T., 2016). A method is needed to process textile dye waste. One way is to utilize microorganisms that produce ligninolytic enzymes. The purpose of this study is  to obtain the fraction of Manganese peroxidase Enzyme from thermophilic mushroom culture by purification using ammonium sulphate and anion exchange chromatography for the decolorization process of textile dye waste. Fungal isolates from previous studies (Anas, 2022) were rejuvenated in Potato Dextrose Agar + pineapple leaf filtrate media. Culture cultivation was carried out in a mixture of Potato Dextrose Broth media, pineapple leaf powder, and trace elements.The MnP enzyme  fraction was obtained from fractionation with ammonium sulfate at 65% saturation and dialysis with MW cut-off 8000-14000 Da and pure MnP enzyme from purification by anion exchange chromatography using DEAE Cellulose. The results showed that the test of enzyme activity and spective activity of MnP Enzyme from purification with ammonium sulfate  of 1.008 U/mL and 48.956 U/mg; purification  DEAE Cellulose of 1.061 U/mL and 51.497 U/mg. Decolorization of textile dye waste was carried out at 50°C, for 144 hours, pH 5.5, and enzyme-substrate concentration of 1:1.

Abstrak :
Sistem CRISPR yang semula merupakan mekanisme pertahanan bakteri dapat digunakan sebagai alat rekayasa genetika yang spesifik dan relatif modular, salah satunya adalah CRISPR-dCas9 yang memanfaatkan protein Cas9 dari Streptococcus pyogenes dengan mutasi D10A dan H840A untuk secara spesifik menempel pada sekuens DNA tertentu sehingga menginterferensi ekspresi gen tersebut. Untuk meningkatkan jangkauan aplikasi, diteliti suatu protein dCas9 yang tahan suhu tinggi atau termostabil dari bakteri termofilik Geobacillus kaustophilus, dengan rentang suhu operasi hingga 70 °C, serta ditambatkan protein YebF untuk meningkatkan sekresi ekstraseluler dCas9. Penelitian secara in silico dilakukan dengan Molecular Docking untuk melihat interaksi antara YebF-dCas9 dengan beberapa variasi panjang spacer, repeat, dan tracr sgRNA. Melalui analisis afinitas pengikatan, didapatkan konfigurasi sgRNA optimal adalah dengan panjang spacer 10 nukleotida, repeat 36 nukleotida, dan tracr 63 nukleotida. Uji in vitro dilakukan dengan menganalisis kemampuan YebF-dCas9 menempel pada sekuens gen β-lactamase yang memberikan resistensi ampisilin pada bakteri. Gen penyusun YebF-dCas9 Geobacillus termophilus ditransformasikan ke dalam bakteri E. coli BL21 melalui plasmid rekombinan pET-15b termodifikasi. Hasil protein YebF-dCas9 didapatkan setelah bakteri dikultur dan purifikasi menggunakan Fast Protein Liquid Chromatography. Uji Lowry dilakukan untuk menentukan konsentrasi YebF-dCas9 dalam larutan, sedangkan uji SDS PAGE dilakukan untuk validasi hasil YebF-dCas9 yang diproduksi. Setelah ditransformasikan ke dalam bakteri, struktur YebF-dCas9-gRNA mampu menginhibisi resistensi ampisilin bakteri, menyebabkan menurunnya koloni bakteri yang hidup hingga 98,5%. Digunakan berbagai variasi medium untuk menganalisis pengaruh berbagai ion logam terhadap aktivitas, dengan variasi medium SOC, medium Buffer Taq Polymerase, dan medium air panas Cisolong. Medium transformasi optimal untuk aktivitas YebF-dCas9 adalah medium SOC dengan kadar ion magnesium 486,1 mg/L, kalium 97,74 mg/L, dan natrium 229,89 mg/L. ......CRISPR system that originated from bacterial defense mechanism can be used as a specific and modular genetic engineering tool, one of which is the CRISPR-dCas9 that utilizes Cas9 protein from Streptococcus pyogenes with D10A and H840A mutation which specifically adheres to certain DNA sequence to interfere the gene expression. To broaden the application scope, a thermostable dCas9 in temperature as high as 70 °C from thermophilic bacteria Geobacillus kaustophilus is isolated, appended with YebF to improve extracellular secretion, and tested. The in silico experiment is done using Molecular Docking to analyze the interaction between YebF-dCas9 and sgRNA with varying spacer, repeat, and tracr length. Using binding affinity analysis, it is found that the optimal configuration for sgRNA to interact with YebF-dCas9 is with 10 nucleotides spacer, 36 nucleotides repeat, and 63 nucleotides tracr. For the in vitro experiment, the ability of YebF-dCas9 is tested, especially the ability to bind with the β-lactamase gene sequence that allows bacteria to have ampicillin resistance. The YebF-dCas9 gene from Geobacillus kaustophilus is transformed into E. coli BL21 bacteria using modified recombinant plasmid pET-15b. Concentrated YebF-dCas9 enzyme is produced after bacterial replication in a liquid culture and protein purification using Fast Protein Liquid Chromatography. Lowry test is performed to determine the YebF0dCas9 concentration, while the SDS PAGE test is performed to validate the produced YebF-dCas9. After transformation to the bacteria, the YebF-dCas9-gRNA structure has the ability to inhibit the ampicillin resistance in bacteria, exhibited by the decrease ini living bacteria colony by up to 98,5%. Various medium are used to study the effect of various metal ions on the activity of YebF-dCas9, using three medium variations of SOC medium, Taq Polymerase Buffer medium, and Cisolong medium. The optimal transformation medium for YebF-dCas9 activity is the SOC medium with magnesium ion concentration of 486.1 mg/L, potassium ion concentration of 97.74 mg/L, and sodium ion concentration of 229.89 mg/L.

Abstrak :
Metode biodelignifikasi dengan WRF (White Rot Fungi) saat ini menjadi pilihan yang menjanjikan dalam pengolahan limbah lignoselulosa menjadi bahan baku dalam industri obat maupun kertas. Karena pretreatment pada limbah lignoselulosa yang dilakukan melalui proses kimiawi dinilai tidak ramah terhadap lingkungan, maka diperlukan pretreatment biologis dengan organisme atau enzim yang lebih strabil pada lingkungan industri yang bervariasi. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan jamur termofilik dengan aktivitas ligninolitik dan mampu menghasilkan enzim ligninolitik (MnP) pada kondisi tersebut. Jamur diisolasi dari kayu yang telah lapuk yang didapatkan dari Sumber Air Panas Guci, Kabupaten Tegal. Jamur ditumbuhkan pada media PDB dan Kirk dengan serbuk daun nanas sebagai substrat, lalu aktivitas enzim MnP dilakukan secara spektrofotometri UV/Vis dengan Mn2+ sebagai substrat pada panjang gelombang 270 nm. Larutan fraksi enzim MnP didapatkan dari fraksinasi enzim, dengan teknik filtrasi, presipitasi ammonium sulfat pada tingkat saturasi 80% dan dialisis dengan MW cut-off 8000-14000 Da. Kemudian Jamur diuji pada beberapa kondisi suhu inkubasi dan beberapa pH berbeda kemudian diukur aktivitas MnP dengan metode yang sama. Hasil didapatkan suhu optimum untuk inkubasi adalah 50°C dan pH optimum aktivitas MnP pada pH 6,0-7,0. Penentuan kinetika enzim dilakukan dengan plot Lineweaver-Burk persamaan Michaelis-Menten. Didapatkan hasil kinetika enzim dengan Km 0,473 mM dan Vmax 5,257 mM/min. ......The biodelignification method with WRF (White Rot Fungi) is currently a promising option in the treatment of lignocellulosic waste into raw materials in the drug and paper industries. Because the pretreatment of lignocellulosic waste through a chemical process is considered dangerous to the environment, accordingly biological pretreatment with more stable organisms or enzymes in various industrial environments is required. This study aims to obtain thermophilic fungi with ligninolytic activity and capable of producing ligninolytic enzymes (MnP) under these conditions. The fungus was isolated from rotting wood obtained from Guci Hot Springs, Tegal Regency. The fungus were grown on PDB and Kirk media with pineapple leaf powder as a substrate, then the MnP enzyme activity was carried out by UV/Vis spectrophotometry with Mn2+ as a substrate at a wavelength of 270 nm. MnP enzyme fraction solution was obtained from enzyme fractionation, with filtration technique, ammonium sulfate precipitation at 80% saturation level and dialysis with MW cut-off of 8000-14000 Da. Then the fungus was tested at several incubation temperature conditions and several different pH values and then measured the MnP activity with the same method. The results obtained that the optimum temperature for incubation was 50°C and the optimum pH for MnP activity was at pH 6.0-7.0. Determination of enzyme kinetics was carried out using the Lineweaver-Burk plot of the Michaelis-Menten equation. The results of the enzyme kinetics were 0.473 mM and Vmax 5.257 mM/min.

Abstrak :
Tujuan penelitian adalah mengetahui aktivitas amilolitik 17 isolat Actinobacteria termofilik pada suhu tinggi, dan memperoleh informasi spesies, dan posisi filogenetik isolat potensial berdasarkan data sekuens gen 16S rRNA, analisis filogenetik, karakterisasi morfologi, fisiologi, dan biokimia. Kemampuan tumbuh 17 isolat Actinobacteria termofilik pada berbagai variasi suhu diuji menggunakan medium ISP 1 agar, dan diinkubasi pada suhu 45, 50, 55, 60 °C selama 7 hari. Berdasarkan hasil penelitian, 17 isolat memiliki pertumbuhan yang bervariasi pada suhu 45-60 °C. Tujuh belas isolat tumbuh pada suhu inkubasi 45 °C, 16 isolat pada suhu 50 °C, enam isolat pada suhu 55 °C, dan lima isolat pada suhu 60 °C terdiri atas SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, SL1-2-R-4, SL2-2-R-15, dan SL3-1-R-16. Aktivitas amilolitik 17 isolat Actinobacteria termofilik pada berbagai variasi suhu diuji dengan metode starch agar plate, menggunakan medium Minimal (Mm) agar dengan penambahan pati (soluble starch) sebagai substrat sebanyak 1% (b/v), dan diinkubasi pada suhu 45, 50, 55, dan 60 °C selama 7 hari. Aktivitas amilolitik yang positif ditandai dengan terbentuknya zona bening di sekitar koloni bakteri setelah diteteskan larutan Lugol's iodine sebanyak 1,5 ml. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar isolat yang diperoleh dari tanah di dekat geiser Cisolok memiliki aktivitas amilolitik yang bervariasi pada suhu 45-60 °C. Lima belas isolat memiliki aktivitas amilolitik pada suhu 45 °C, 13 isolat pada suhu 50 °C, empat isolat pada suhu 55 °C, dan hanya tiga isolat pada suhu 60 °C. Namun demikian, dua isolat (SL2-2-R-15 dan SL3-1-R-16) tidak memiliki aktivitas amilolitik pada suhu 45, 50, dan 55 °C setelah diinkubasi selama 7 hari. Tiga isolat potensial yang memiliki aktivitas amilolitik pada suhu 60 °C (SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, dan SL1-2-R-4), berdasarkan data sekuens gen 16S rRNA, analisis filogenetik, dan karakterisasi fenotipik tiga isolat potensial tersebut diidentifikasi sebagai Actinomadura keratinilytica. ......The aims of this study were to screen for amylolytic activity of the 17 themorphilic Actinobacteria at high temperature, and to obtain species information and phylogenetic position based on 16S rRNA gene sequence, phylogenetic analysis, morphological, physiological, and biochemical characterizations. The ability to grow at various temperature was carried out on ISP 1 agar medium, incubated at 45, 50, 55, 60 °C for 7 days. The results showed that the 17 isolates Actinobacteria have varying growth at a temperature of 45-60 °C. Seventeen, 16, and six isolates grew at 45, 50, and 55 °C, respectively, and only five isolates grew at 60 °C, designated SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, SL1-2-R-4, SL2-2-R-15, and SL3-1-R-16. Amylolytic activity of the 17 themorphilic Actinobacteria at various temperature was carried out using the starch agar plate method on Minimal (Mm) agar medium with the addition of 1% (w/v) soluble starch as substrate, and incubated at 45, 50, 55, and 60 °C for up to 7 days. Amylolytic activity was detected by flooding the plates with 1.5 ml of Lugol's iodine solution. Clear zones around the colonies indicated positive results for amylolytic activity. The results showed that most of the isolates obtained from the soil near the Cisolok geyser have varying amylolytic activity at a temperature of 45-60 °C. In this study, 15, 13, four, and three out of 17 isolates were positive for amylolytic activity at 45, 50, 55, and 60 °C, respectively. Meanwhile, two isolates, designated SL2-2-R-15 and SL3-1-R-16, showed negative results for amylolytic activity at 45, 50, and 55 °C, even after 7 days of incubation. Three potential isolates which have amylolytic activity at 60 °C (designated SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, and SL1-2-R-4), based on 16S rRNA gene sequence, phylogenetic analysis, and phenotypic characterizations were identified as Actinomadura keratinilytica.

Abstrak :
Telah dilakukan penelitian isolasi dan seleksi bakteri termofilik penghasil xilanase dari sumber air panas di desa Batukuya, Kabupaten Serang, Propinsi Banten. Penelitian dilakukan di Laboratorium Teknologi Bioindustri (LTB), BPP Teknologi, Serpong. Penelitian bertujuan memperoleh isolat bakteri termofilik yang manghasilkan xilanase termostabil dan mengetahui konsentrasi substrat dan pH optimum produksi xilanase dari isolat bakteri tersebut. Isolasi diawali dengan regenerasi sampel yang telah disimpan selama 18 bulan pada suhu -85° C menggunakan medium cair LB+xilosa. Isolasi, purifikasi dan penghitungan indeks aktivitas xilanase dilakukan pada medium padat LB+xilan (oat spelt). Isolat yang diperoleh dihitung indeks aktivitas xilanolitiknya (IAX) dengan cara mengukur diameter koloni dan diameter zona bening. Produksi xilanase dilakukan selama 24 jam; suhu 55° C; 150 rpm menggunakan medium cair LB + xilan dengan variasi konsentrasi substrat 0,2%; 0,35%; 0,5%; 0,65% dan 0,8% (g/ml) dan variasi pH 5, 6, 7, 8 dan 9. Enzim kasar yang diperoleh dihitung aktivitas, kadar protein dan aktivitas spesifiknya. Hasil yang diperoleh hanya satu isolat, yaitu isolat Bky/9/4a yang memiliki rerata IAX sebesar 3,09. Isolat Bky/9/4a mencapai aktivitas xilanase dan aktivitas spesifik optimum pada masa inkubasi 16 jam, sedangkan kadar protein relatif tetap selama masa inkubasi. Produksi xilanase dengan variasi konsentrasi substrat mencapai aktivitas optimum pada konsentrasi 0,5% (8,85 U/ml), sedangkan produksi xilanase dengan variasi pH mencapai aktivitas tertinggi pada pH 6 (16,64 U/ml). Hasil analisis statistik ANOVA pada α=0,05 menunjukkan bahwa variasi konsentrasi substrat dan pH yang diuji tidak berpengaruh terhadap aktivitas xilanase dan kadar protein.

Abstrak :
DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli.

Abstrak :
DNA Polimerase merupakan enzim sintesis DNA yang dimanfaatkan dalam metode amplifikasi DNA Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk deteksi penyakit. Proses PCR dilakukan pada suhu tinggi dan memungkinkan terjadinya denaturasi enzim, sehingga diperlukan DNA polimerase yang termostabil dari bakteri termofilik. Penggunaan PCR yang meningkat mengakibatkan akibat masa pandemi mengakibatkan harga enzim tinggi. Sampai saat ini Indonesia masih menggunakan DNA polimerase dari impor sehingga menyebabkan tingginya biaya operasi. Di sisi lain, Indonesia memiliki potensi besar dalam pemanfaatan bakteri termofilik alami sehingga memungkinkan dilakukannya produksi DNA polimerase dari bakteri termofilik lokal seperti Geobacillus thermoleovorans strain SGAir0734 (GBK Pol) yang diisolasi dari sumber air panas Batu Kuwung, Banten. Sebelumnya, GBK Pol telah berhasil diproduksi pada skala laboratorium dalam flask 1000 ml. Pada penelitian ini, GBK Pol sekuens utuh diproduksi pada dalam flask yang diisi 50 ml, 100 ml, dan 250 ml serta pada skala bench menggunakan fermentor dengan volume kerja 3000 ml. GBK Pol berhasil dipurifikasi menggunakan metode immobilized metal affinity chromatography (IMAC), kemudian diuji menggunakan SDS-PAGE dan menghasilkan protein GBK Pol pada ±50 kDa. Kondisi optimum kultur pada fermentor mencakup: induksi IPTG pada jam ke-2 setelah kultur dan inkubasi setelah induksi selama 3 jam. ......DNA polymerase is a DNA synthesis enzyme that is utilized in DNA polymerase chain reaction (PCR) amplification method for disease detection. PCR process is carried out at high temperatures which allows denaturation of the enzyme, therefore, a thermostable DNA polymerase from thermophilic bacteria is required. The increased usage of PCR after the pandemic resulting in high enzyme prices. Until now, Indonesia still uses DNA polymerase from imports, causing high operating costs. On the other hand, Indonesia has great potential in utilizing naturally occurring thermophilic bacteria to produce DNA polymerase from local source such as the Geobacillus thermoleovorans strain SGAir0734 (GBK Pol) isolated from Batu Kuwung hot springs, Banten. Previously, GBK Pol had been successfully produced on a laboratory scale in 1000 ml flasks. In this study, a full sequence GBK Pol was produced with working volume of 50 ml, 100 ml and 250 ml in flasks and 3000 ml in a fermenter. GBK Pol was successfully purified using the immobilized metal affinity chromatography (IMAC) method, and tested using SDS-PAGE, resulting in GBK Pol protein at ±50 kDa. The optimum conditions for culture on the fermentor were as follows: induction of IPTG after 2 hours and 3 hours incubation after induction.