Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
The book provides detailed insight into the many factors affecting feed efficiency, ranging from diet processing to herd health, from nutrition to physiology and from day-to-day barn management to the adoption of advanced technologies. The authors explain such practical aspects as the challenge of interpreting feed efficiency information obtained on farm or the role of liquid feeding. The authors also delve into more scientific topics such as amino acid or energy metabolism or animal physiology.

Abstrak :

Pada Oktober 2019, Sumatera Utara kembali terpapar penyakit kolera babi (hog cholera atau classical swine fever) dan demam babi Afrika. Wabah penyakit ini telah menyebabkan kematian pada ternak babi hingga 29.223 ekor di 17 kabupaten/kota di Sumatera Utara. Sementara pada Februari 2020, Dinas Pertanian dan Ketahanan Pangan Provinsi Bali melaporkan sebanyak 1700 ekor babi milik warga mati disebabkan oleh penyakit ASF di 9 kabupaten/ kota. Penelitian ini dilakukan untuk merancang vaksin berbasis epitop secara in siliko untuk mencegah infeksi virus ASF dan CSF pada babi. Vaksin dibuat berbasis epitop dari protein virus karena sangat imunogenik dalam menginduksi produksi antibodi, dan juga merupakan target utama untuk netralisasi antibodi selama infeksi CSFV dan ASFV. Sekuens protein diunduh dari NCBI dan dianalisis secara komputasi. Prediksi afinitas ikatan dilakukan dengan menggunakan IEDB Tepitool dan prediksi epitop untuk CTL dilakukan dengan menggunakan IEDB NetCTLpan. Struktur protein target dapat diunduh dari Protein Database (PDB) maupun secara homology modelling dan struktur ligan peptida nonamer dirancang dengan menggunakan ChemBioDraw Ultra 14.0 untuk kemudian dipreparasi melalui proses optimasi geometri dan minimasi energi. Ikatan antara molekul SLA dan peptida epitope kemudian dianalisis dengan cara molecular docking pada situs asam amino tertentu dengan menggunakan software MOE 2014.09, untuk menghitung energi ikatan dan memverifikasi daerah interaksi epitop dengan reseptor protein.

---

On October 2019, Hog Cholera and African Swine Fever outbreak has struck North Sumatera. As many 29.223 pigs has been killed in 17 districts/ cities in North Sumatera. Meanwhile since February 2020, Bali Agriculture and Food Security Agency reported that over 1700 pigs were killed by ASF in 9 districts/ cities. This study aimed to design epitope-based peptide vaccine in order to prevent further infection of ASFV and CSFV. An epitope-based vaccine is potent in establishing a strong antibody due to its strong immunogenicity, and it is also the main target for inducing neutralizing antibodies during CSFV and ASFV infection. Sequences of ASFV and CSFV protein were collected from NCBI and analyzed through computational method. Peptides binding affinities were predicted using IEDB Tepitool and NetCTLpan was used to predict rhe CTL epitopes. The 3D structures of the protein were obtained either downloading from the Protein Database and homology modelling, and the nonamer peptide structures were drew by using ChemBioDraw Ultra 14.0 and then prepared through geometry optimization and energy minimization. The epitopes were further tested for binding against the SLA molecules using molecular docking technique at any amino acid residues to calculate its binding energy and verify the binding cleft epitope interactions.

Abstrak :
Avian flu dan swine flu merupakan penyakit pernapasan menular yang disebabkan oleh virus influenza yang menyerang hidung, tenggorokan, bronkus, dan terkadang paru-paru. Infeksi yang disebabkan mulai dari penyakit ringan, berat, dan bahkan kematian. Peristiwa genetic reassortment dapat membentuk suatu virus baru yang merupakan gabungan kemampuan dari virus avian flu dan swine flu yang disebut mutant-type flu. Pengobatan dengan obat antiviral digunakan untuk proses penyembuhan ketiga penyakit tersebut. Untuk mengetahui model penyebaran penyakit tersebut, digunakan model epidemi SIR beserta analisa titik keseimbangan, kestabilan, dan basic reproduction number R0 dengan metode pendekatan Next Generation Matrix NGM. Pendekatan pada model menggunakan model deterministik dengan sistem persamaan diferensial berdimensi tujuh. Kajian analitik dan numerik digunakan untuk interpretasi pada hasil yang diberikan oleh model. Dari hasil kajian tersebut, diperoleh 3 nilai basic reproduction number yang menjadi faktor penentu bertahannya penyakit avian flu dan swine flu di lingkungan. ......Avian flu and swine flu are respiratory infectious diseases caused by influenza viruses that attack the nose, throat, bronchus, and sometimes the lungs. Infections caused from mild, severe, and even death. The genetic reassortment can produce a new virus that is a combination of avian flu and swine flu viruses called mutant type flu. Treatment with antiviral drugs is used for the healing process of these diseases. To find out the model of the spread disease, SIR epidemic model used with the analysis of the equilibrium point, stability, and basic reproduction number R0 with the Next Generatin Matrix NGM approach. The model approach uses a deterministic model with a seven dimensional differential equation system. Analytic and numerical studies are used for the interpretation of the results provided by the model. From the result of the study, we get 3 values of basic reproduction number which becomes the determinant factor for the survival of avian flu and swine flu diseases in the environtment.

Abstrak :
Flu burung dan flu babi adalah salah satu jenis penyakit yang disebabkan virus influenza tipe A. Kombinasi flu burung dan flu babi yang melibatkan proses Genetic Reassortment menciptakan virus baru yang disebut mutant-type flu. Flu burung pertama kali diidentifikasi di Indonesia pada tahun 2005 sebanyak 20 kasus dengan 13 kematian. Sementara itu, flu babi diidentifikasi di Indonesia pada tahun 2009 dengan 75 kasus. Kombinasi mortalitas yang tinggi dari flu burung dan morbiditas yang tinggi dari flu babi dapat membahayakan kesehatan manusia lebih tinggi dari sebelumnya. Penanggulan- gan kombinasi flu burung dan flu babi yang dilakukan oleh banyak pihak terkait saat ini adalah dengan memberikan obat antiviral. Pada skripsi ini, dijelaskan proses kombinasi antara flu burung dan flu babi dengan model matematika termasuk obat antiviral sebagai intervensi. Model dibangun sebagai model deterministik yang kemudian dikembangkan sebagai masalah kontrol yang optimal dengan intervensi obat antiviral sebagai variabel kontrol. Tujuan dari masalah kontrol yang optimal adalah untuk mengurangi populasi yang terinfeksi dengan biaya minimal. Pontryagin Minimum Principal digunakan untuk mendapatkan karakteristik dari masalah kontrol optimal. Hasil simulasi numerik menunjukkan bahwa obat antiviral yang tergantung waktu dapat mengurangi jumlah manusia yang terinfeksi dan mengurangi biaya jauh lebih baik daripada obat antiviral yang konstan sepanjang waktu. Simulasi numerik juga menunjukkan jika proporsi manusia yang menggunakan obat antiviral minimal 50% dari total populasi manusia yang terinfeksi maka penyakit dapat hilang dari populasi. Lebih jauh, hasil skripsi ini mengindikasikan bahwa pemberian intervensi obat antiviral perlu diimplementasikan sebelum terjadinya wabah untuk menghemat fungsi biaya yang akan dikeluarkan.

---

Avian flu and swine flu are both type A of influenza viruses. The combination of avian flu and swine flu which involves the Genetic Reassortment process created a new virus called mutant-type flu. Avian flu was first identified in Indonesia in 2005 and created 20 cases with 13 fatalities. Meanwhile, swine flu was identified in Indonesia in 2009 with 75 cases. The combination of Avian flus high mortality and swine flus high morbidity could endanger human health higher than before. The prevention of coinfection with avian flu and swine flu which is done by many related parties nowadays is by giving antiviral drugs. In this paper, we introduce the process of coinfection and mutation between avian flu and swine flu with mathematical model including antiviral drugs as the intervention. The model constructed as a deterministic model which is then developed as an optimal control problem. The aim of the optimal control problem is to decrease  the infected population with minimal cost. Pontryagin Minimum Principal used to gain the characteristics of the optimal control problem. The result of numerical simulations showed that a time dependent antiviral drugs could decrease the number of infected human and reduce the cost much better rather than a constant antiviral drugs at all times. Numerical simulations also show that if the proportion of human use antiviral drugs at least 50% of the total human population infected, the disease can be lost from population. Furthermore, the results of this paper indicate that the distribution of antiviral drug intervention needs to be implemented before the outbreak to save the function of costs from being incurred.