Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pandemi COVID-19 adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus corona atau yang lebih dikenal sebagai SARS-CoV-2. Menurut data Kemenkes RI pada 17 Januari 2022, jumlah kasus meninggal di Indonesia hingga 144.174 dan jumlah yang diketahui sudah terinfeksi 8.775 per hari. Fenomena ini dikarenakan mutasi SARS-CoV-2 secara terus menerus hingga menyulitkan pembuatan vaksin yang efektif. Proses pembuatan dan penelitian untuk menemukan vaksin yang efektif masih terus dilakukan hingga saat ini. Karena hal tersebut penelitian dan penemuan vaksin yang efektif untuk menanggapi adanya potensi mutasi dari virus SARS-CoV-2 yang lebih berbahaya di masa depan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat vaksin virus SARS-CoV-2 berdasarkan urutan epitop dengan menganalisis spike protein virus SARS-CoV-2 dan Major Histocompatibility Complex I dan II (MHC I dan II ) sebagai alel-alel yang terkait ke satu set peptida yang untuk menjadi target respon imun tubuh melalui pendekatan imunoinformatika. Analisis pada studi ini dilakukan di berbagai perangkat lunak. Sequence S-protein SARS-CoV-2 diunduh melalui GISAID lalu diprediksi antigenisitasnya melalui VaxiJen v2.0 kemudian setelah itu dilakukan molecular docking. Hasil penelitan ini didapatkan 14 urutan epitop yang dapat digunakan sebagai kandidat vaksin SARS-CoV-2 yaitu ATAATTTTA, TTAACTTTA, TTAAGTTGA, TTAAGTTTA; TTAATTTTA, TTATGTTCA, TGGTTATGCACAC, TCTTTAAGTTTAGAA, TCGATAATTTTAAGT, TAGTTAACTTTAATC, CTTTTAAGTTGACAT, ACTTTAATTTTAGCC. Dengan nilai afinitas ikatan vaksin eptip yang telah didesain sebesar -7,8 dan -6,3

---

The COVID-19 pandemic is a disease caused by infection with the corona virus or better known as SARS-CoV-2. According to data from the Ministry of Health of the Republic of Indonesia on January 17, 2022, the number of cases died in Indonesia was up to 144,174 and the number known to have been infected was 8,775 per day. This phenomenon is due to the continuous mutation of SARS-CoV-2 which makes it difficult to make an effective vaccine. The process of making and research to find an effective vaccine is still being carried out until now. Because of this research and the discovery of an effective vaccine to respond to the potential mutation of the SARS-CoV-2 virus that is more dangerous in the future. This study aims to obtain a SARS-CoV-2 virus vaccine candidate based on epitope sequence by analyzing the SARS-CoV-2 viral spike protein and Major Histocompatibility Complex I and II (MHC I and II) as alleles associated with a set of peptides. to become the target of the body's immune response through an immunoinformatics approach. The analysis in this study was carried out in various software. The SARS-CoV-2 S-protein sequence was downloaded via GISAID and then its antigenicity was predicted through VaxiJen v2.0 and then molecular docking was performed. The results of this study obtained 14 epitope sequences that can be used as candidates for the SARS-CoV-2 vaccine, namely ATAATTTTA, TTAACTTTA, TTAAGTTGA, TTAAGTTTA; TTAATTTTA, TTATGTTCA, TGGTTATGCACAC, TCTTTAAGTTTAGAA, TCGATAATTTTAAGT, TAGTTAACTTTAATC, CTTTTAAGTTGACAT, ACTTTAATTTTAGCC. With the value of binding affinity for the designed epitope vaccine of -7.8 and -6.3."

"Pandemi yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah memicu situasi darurat kesehatan di seluruh dunia. Varian Omicron yang menyebar dengan cepat semakin mendesak pencarian terapi yang tepat untuk menghindari infeksi yang lebih berat. TMPRSS2 manusia dan protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron diidentifikasi sebagai protein target melalui penapisan secara komputasi. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual berbasis struktural; analisis prediksi absorption, distribution, metabolism, excretion, dan toxicity (ADMET); dan simulasi dinamika molekuler. Ligan uji yang digunakan adalah senyawa metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia. Camostat dan nafamostat (ko-kristal) digunakan sebagai ligan pembanding terhadap penghambatan TMPRSS2 sedangkan mefloquine ligan pembanding terhadap Protein Spike. Berdasarkan hasil penambatan molekul, acanthomanzamine C (-9,75 kkal/mol) dan cortistatin G (-9,39 kkal/mol) memiliki aktivitas yang lebih baik terhadap penghambatan TMPRSS2 dibandingkan dengan camostat (-8,25 kkal/mol) dan nafamostat (-6,52 kkal/mol). Sebagai inhibitor protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron, acanthomanzamine C (-9,19 kkal/mol) dan cortistatin J (-8,89 kkal/mol) juga menunjukkan penghambatan yang lebih baik dibandingkan dengan mefloquine (-6,34 kkal/mol). Ligan uji tersebut juga telah memenuhi seluruh kriteria ADMET yang ditetapkan. Dari hasil analisis simulasi dinamika molekuler menunjukkan pengikatan yang stabil senyawa ligan uji terhadap protein target setelah simulasi berjalan 60 nanodetik dan memiliki energi ikatan bebas MMGBSA dan MMPBSA yang lebih baik dibandingkan ligan pembanding diantaranya TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kkal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kkal/mol), protein spike–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kkal/mol), dan protein spike–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kkal/mol). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa acanthomanzamine C, cortistatin G, dan cortistatin J merupakan senyawa hits sebagai kandidat terapi untuk infeksi SARS-CoV-2.

---

The pandemic caused by SARS-CoV-2 has triggered a global health emergency. The rapid spread of the Omicron variant has further intensified the urgency to search for appropriate therapies to prevent severe infections. The human TMPRSS2 and spike protein of the SARS-CoV-2 Omicron variant were identified as the target proteins through computational screening. The methods used are structure-based virtual screening; absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET) analysis; and molecular dynamics simulation. Bioactive marine invertebrates from Indonesia were employed as test ligands. Camostat and nafamostat (co-crystal) were utilized as reference ligands against TMPRSS2, whereas mefloquine was used as a reference ligand against spike protein. Following a molecular docking, acanthomanzamine C (-9,75 kcal/mol) and cortistatin G (-9,39 kcal/mol) had better activity against TMPRSS2 inhibition compared to camostat (-8,25 kcal/mol) and nafamostat (-6,52 kcal/mol). As inhibitors of spike protein of SARS-CoV-2 Omicron variant, acanthomanzamine C (-9,19 kcal/mol) and cortistatin J (-8,89 kcal/mol) also showed better inhibition compared to mefloquine (-6,34 kcal/mol). The test ligands have also met all the established ADMET criteria. The results of the molecular dynamics analysis showed stable binding of the test ligands to the target proteins after the initial 60 nanoseconds and had free binding energies of MMGBSA/MMPBSA that were better than the comparison ligands, including TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kcal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kcal/mol), spike protein–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kcal/mol), and spike protein–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kcal/mol).  These results indicate that acanthomanzamine C, cortistatin G, and cortistatin J are hits compounds as candidate therapies for SARS-CoV-2 infection."