Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Kanker paru-paru merupakan jenis kanker yang paling banyak diderita dan paling mematikan di dunia. Tipe kanker paru-paru paling banyak diderita merupakan kanker paru-paru non-sel-kecil (NSCLC). Senyawa flavonoid digunakan sebagai inhibitor protein reseptor faktor pertumbuhan epidermal (EGFR) dalam penelitian ini karena memiliki kemampuan bioaktivitas dan bioavailabilitas yang berpotensi sebagai obat antikanker. Penelitian ini menggunakan pendekatan in silico untuk menemukan senyawa flavonoid yang dapat menghambat protein reseptor EGFR secara efektif untuk dijadikan kandidat obat melalui desain obat berbasis fragmen. Beberapa metode komputasi yang digunakan adalah metode Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF), penentuan titik farmakofor, simulasi penambatan molekul, serta uji farmakologi dan toksisitas. Setelah dilakukan screening secara virtual melalui penambatan dengan protein EGFR (PDB. 1M17) menggunakan data flavonoid berasal dari basis data pubchem yang berjumlah 25.189 didapat dua fragmen terbaik yang memiliki tiga ikatan hidrogen untuk dilakukan fragment growing dan dari penambatan molekul senyawa hasil fragment growing yang berjumlah 25.600 diperoleh sepuluh senyawa terbaik, dengan parameter ΔGbinding lebih kecil dibanding standar erlotinib yaitu -8,8536 dan nilai RMSD lebih kecil dari 2,0 Å. Ligan tersebut diuji farmakologi dan prediksi toksisitas diperoleh dua senyawa sebagai kandidat inhibitor EGFR yaitu compound 980 dan compound 760 yang memiliki inhibisi CYP yang lebih sedikit dibanding standar dan tidak bersifat toksik untuk organ hati. Berdasarkan hasil tersebut maka compound 980 dan compound 760 dapat menjadi inhibitor EGFR yang potensial. ......Lung cancer is the most suffered and deadly type of cancer in the world. The most common type of lung cancer is non-small cell lung cancer (NSCLC). Flavonoid compounds are used as epidermal growth factor receptor (EGFR) protein inhibitors in this study because they have the potential for bioactivity and bioavailability as anticancer drugs. This study uses an in silico approach to find flavonoid compounds that can effectively inhibit EGFR receptor proteins to be drug candidates through fragment-based drug design. Some computational methods used are the Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF) method, pharmacophore point determination, molecular tethering simulation, and pharmacology and toxicity tests. After a virtual screening with EGFR protein (PDB. 1M17) used flavonoid data from the pubchem database with totat number 25,189 is obtained the two best fragments that have three hydrogen bonds to do fragment growing and from molecular docking simulation of compound molecules from fragment growing totaling 25,600 is obtained the ten best compounds, with the parameter ΔGbinding smaller than the erlotinib standard which is -8.8536 and an RMSD value smaller than 2.0 Å. The ligand was tested pharmacologically and the the toxicity was predicted is obtained two compounds as EGFR inhibitor candidates namely compound 980 and compound 760, which had less CYP inhibition than standard and were not toxic to liver. Based on these results, compound 980 and compound 760 can be potential EGFR inhibitors.

Abstrak :
ABSTRAK
Dengue merupakan salah satu penyakit serius pada manusia yang disebabkan oleh infeksi virus dengue (DENV). Namun, pengembangan senyawa antiviral DENV sering menghadapi masalah dikarenakan belum ada obat yang efektif menangani semua jenis serotipe DENV. Penghambatan melalui host enzim virus yang terlibat dalam siklus hidup DENV dapat menjadi pendekatan potensial dalam penemuan obat dengue dan juga menghindari resisten antiviral. Host retikulum endoplasma (RE) alpha-gukosidase II adalah salah satu target enzim dalam host RE DENV yang berperan penting dalam pelipatan glikoprotein DENV. Dalam penelitian ini digunakan sekitar 67.609 senyawa bahan alam yang telah diketahui aktivitas biologisnya dari pangkalan data InterBioScreen (IBS) sebagai kandidat inhibitor host RE alpha-gukosidase II. Proses penapisan untuk mendapatkan inhibitor terbaik dilakukan melalui tiga tahap simulasi penambatan molekul yaitu virtual screening, rigid docking, dan flexible docking. Titik farmakofor untuk proses penapisan diperoleh dari analisis Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF) menggunakan delapan protein alpha-glukosidase II dengan ligan yang berbeda-beda. Berdasarkan proses penapisan tersebut, sebanyak 32 ligan memiliki nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) dan Gbinding yang diinginkan, dan lima ligan memiliki interaksi molekul paling baik untuk menghambat host RE alpha-glukosidase II sebagai target enzim. Sifat farmakologi kelima ligan dianalisis melalui uji ADME-Tox menggunakan perangkat lunak Toxtree, SwissADME, admetSAR, dan pkCSM. Ligan terbaik yaitu STOCK1N-86400 memiliki sifat farmakologi terbaik, interaksi hidrogen terbanyak dengan asam amino penting Asp564, Asp640, dan Met565 pada situs aktif host RE alpha-glukosidase II, dan Gbinding paling rendah dibandingkan standar. Hasil simulasi dinamika molekul juga menunjukkan ligan tersebut stabil pada suhu 310K.

---

ABSTRACT
Dengue is one of the crucial diseases in human caused by dengue virus (DENV) infection. However, the development of DENV antiviral is often facing a problem because no effective drug to treat infection caused by all DENV serotypes. The inhibition of enzyme host of virus involved in DENV life cycle can be a potential approach in dengue drug discovery, and also avoiding antiviral resistance. Host endoplasmic reticulum (ER) alpha-glucosidase II is one of the enzymes target in host DENV ER that plays an important role in the DENV glycoprotein folding. In this research, about 67.609 natural products that have been known for their biological activities were acquired from InterBioScreen (IBS) database as candidate host alpha-glucosidase II inhibitor. The screening process was done by three protocol of molecular docking simulation: virtual screening, rigid docking, and flexible docking. Pharmacophore features in screening were obtained from Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF) analysis using eight -glucosidase II proteins with different ligands. Based on that screening process, about 32 ligands have a desirable value of Root Mean Square Deviation (RMSD) and Gbinding, and five ligands have a good molecular interaction to inhibit host ER alpha-glucosidase II as enzyme target. Pharmacological properties of the five ligands were analyzed through ADME-Tox test using Toxtree, SwissADME, admetSAR, and pkCSM software. The best ligand, STOCK1N-86400 has the best pharmacological properties, the highest number of hydrogen interaction with critical amino acids Asp564, Asp640, and Met565 in host ER alpha-glucosidase II active site, and the lower Gbinding from standard. The result of molecular dynamic simulation also showed that ligand is stable at a temperature of 310 K.

Abstrak :
ABSTRAK
Deman dengue merupakan penyakit viral pada manusia yang disebabkan oleh infeksi virus dengue DENV . Infeksi ini pada beberapa orang juga dapat berkembang ke fase demam yang lebih akut yakni pada fase dengue hemorrhagic fever DHF dan dengue shock syndrome. DHF dan DSS dilaporkan menyebabkan 2,5 kematian dari 500.000 kasus klinis yang telah diketahi. Pengembangan antiviral untuk infeksi DENV seringkali mengalami kendala. Hal ini disebabkan karena DENV memiliki lebih dari satu jenis serotipe. Pengembangan sebuah antiviral yang dapat menangani infeksi dari semua jenis serotipe DENV sangatlah diperlukan. Antiviral ini dapat dikembangkan melalui inhibisi protein inang yang terlibat dalam siklus hidup DENV. Salah satu protein inang yang dapat dijadikan target adalah enzim ?-glucosidase I. Enzim ini memiliki peran penting dalam proeses pematangan envelope glikoprotein dari DENV. Pengembangan antiviral berbasis penautan fragmen secara in silico dapat menghasilkan kandidat obat terbarukan dengan afinitas pengikatan yang baik. Pada penelitan ini, senyawa kastenospermina telah ditautkan dengan fragmen potensial terbaik hasil simulasi penambatan pangkalan data fragmen. Hasil simulasi penambatan perpustakaan fragmen menunjukkan bahwa fragmen dengan nomor ID ZINC00549950 adalah kandidat terbaik untuk ditautkan dengan kastenospermina. Simulasi penautan kastenospermina dan fragmen ZINC00549950 dilakukan dengan MOE 2014.09. Penautan ini menghasilkan 127 ligan yang kemudian akan ditautkan kembali pada sisi aktif ?-glucosidase I. Hasil simulasi penambatan ini menunjukkan bahwa ligan dengan kode LRS 28 adalah ligan terbaik dari semua ligan termodifikasi dengan nilai ?Gbinding sebesar -53,8 Kkal/mol. Prediksi karakteristik drug-likeness dan toksisitas juga menunjukkan bahwa LRS 28 adalah kandidat antiviral yang baik sebagai inhibitor ?-glucosidase I. Hasil dinamika molecular juga menunjukkan bahwa komplek glu I dan LRS 28 cukup stabil pada temperature 310 K dan 312 K ditinjau dari nilai RMSD dan interaksi asam amino yang dibentuk pada akhir simulasi.

---

ABSTRACT
Dengue fever is a viral disease in humans caused by dengue virus DENV infection. This infection in some people can also develop into a more acute phase of fever that known as dengue hemorrhagic fever DHF and dengue shock syndrome DSS . DHF and DSS are reported to causing 2.5 of deaths from the 500,000 clinical cases that have been reported. The development of antivirals for DENV infection is often constrained. This is occured because DENV has more than one type of serotype. The development of an antiviral that can cure the infection of all DENV serotypes is necessary. This antiviral can be developed through inhibition of host proteins involved in the DENV life cycle. One of the target host proteins is glucosidase I Glu I . This enzyme plays an important role in the proliferation of envelope glycoprotein of DENV. The development of antiviral based on fragment linking could generates novel drug candidates with good binding affinity. In this study, the castenospermine compound were linked with the best potential fragment from docking simulation of the fragment library. The docking simulation result of fragment library showed that fragment with ID number ZINC00549950 was the best candidate to link with castenospermine. The linking simulation between castenospermine and fragment ZINC00549950 was performed with MOE 2014.09. This linking generated 127 ligands which are then re docked to the active side of glucosidase I. The result of this re docking simulation showed that the LRS 28 ligand is the best ligand of all modified ligands with a value of Gbinding 53,8 Kcal mol. The drug likeness and toxicity properties prediction also showed that LRS 28 is a good antiviral candidate for glucosidase I inhibitor. The dynamic simulation indicated the LRS 28 and Glu I complex is stable enough based on RMSD value and protein receptor LRS 28 interaction that formed at the end of simulation.