Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"DPP4 merupakan target yang potensial untuk dieksplorasi guna menurunkan laju kenaikan diabetes dan mengurangi angka kematian dini terkait diabetes serta memperbaiki akses terhadap obat diabetes. DPP4 memiliki kemiripan situs aktif dengan isozim DPP lainnya sehingga penilaian selektivitas penting untuk profil keselamatan yang optimal. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan senyawa hit yang dapat menginhibisi aktivitas DPP4 secara selektif. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah skrining virtual dengan pendekatan farmakofor 3D terhadap basis data tanaman obat Indonesia untuk mendapatkan senyawa hit kandidat inhibitor DPP4 menggunakan LigandScout4.2, serta penambatan molekuler menggunakan Autodock4.0 dan simulasi dinamika molekuler menggunakan Amber12 untuk menilai gambaran pola interaksi dan dinamika ikatan senyawa hit dengan DPP4. Model terbaik memiliki lima fitur farmakofor yakni dua donor ikatan hidrogen, satu akseptor ikatan hidrogen, satu interaksi hidrofobik dan satu area terionisasi positif, dengan nilai AUC100% (area under curve) dan EF1% (enrichment factor) masing-masing sebesar 0,82 dan 33,8. Dua belas senyawa hit diperoleh dari hasil skrining virtual yakni l-noradrenalin, oktopamin, miraxanthin-ii, miraxanthin-i, miraxanthin-v, mimosin, Nb-demetilekitamin, l-histidin, alliin, isoalliin, subafillin dan l-teanin. Tiga senyawa terbaik diperoleh berdasarkan hasil penambatan molekuler dan simulasi dinamika molekuler yakni alliin, nb-demetilekitamin dan subafillin yang diprediksi memiliki afinitas ikatan dan kestabilan ikatan yang cukup baik serta lebih selektif terhadap DPP4 dimana ketiganya berinteraksi dengan situs S1’ (Tyr547).

---

DPP4 is a potential target to be explored to reduce the rate of increase in diabetes and reduce early mortality related to diabetes and improve access to diabetes drugs. DPP4 has the similarity of active sites with other DPP isozymes so that selectivity assessment is important for optimal safety profiles. This study aims to get hit compounds that can inhibit DPP4 activity selectively. The method used in this study is virtual screening with a 3D pharmacophore approach to the Indonesian medicinal plants database to obtain DPP4 inhibitor candidate hit compounds using LigandScout4.2, also molecular docking using Autodock4.0 and molecular dynamics simulations using Amber12 to assess interaction patterns and dynamics bond of hit compounds with DPP4. The best pharmacophore model has five pharmacophore features, namely two hydrogen bond donors, one hydrogen bond acceptors, one hydrophobic interaction and one positive ionisable area, with area under curve (AUC)100% and enrichment factor (EF)1% values of 0.82 and 33.8, respectively. The twelve of hit compounds obtained from the results of virtual screening are l-noradrenaline, octopamine, miraxanthin-ii, miraxanthin-i, miraxanthin-v, mimosine, Nb-demethylechitamine, l-histidine, alliin, isoalliin, subaphylline, and l-theanine. The three of best compounds were obtained based on the results of molecular docking and molecular dynamics simulations, namely alliin, nb-demethylechitamine and subaphylline which were predicted to have good binding affinity and stability and be more selective towards DPP4 where all three interacted with S1 sites (Tyr547)."

"ABSTRAKDeman dengue merupakan penyakit viral pada manusia yang disebabkan oleh infeksi virus dengue DENV . Infeksi ini pada beberapa orang juga dapat berkembang ke fase demam yang lebih akut yakni pada fase dengue hemorrhagic fever DHF dan dengue shock syndrome. DHF dan DSS dilaporkan menyebabkan 2,5 kematian dari 500.000 kasus klinis yang telah diketahi. Pengembangan antiviral untuk infeksi DENV seringkali mengalami kendala. Hal ini disebabkan karena DENV memiliki lebih dari satu jenis serotipe. Pengembangan sebuah antiviral yang dapat menangani infeksi dari semua jenis serotipe DENV sangatlah diperlukan. Antiviral ini dapat dikembangkan melalui inhibisi protein inang yang terlibat dalam siklus hidup DENV. Salah satu protein inang yang dapat dijadikan target adalah enzim ?-glucosidase I. Enzim ini memiliki peran penting dalam proeses pematangan envelope glikoprotein dari DENV. Pengembangan antiviral berbasis penautan fragmen secara in silico dapat menghasilkan kandidat obat terbarukan dengan afinitas pengikatan yang baik. Pada penelitan ini, senyawa kastenospermina telah ditautkan dengan fragmen potensial terbaik hasil simulasi penambatan pangkalan data fragmen. Hasil simulasi penambatan perpustakaan fragmen menunjukkan bahwa fragmen dengan nomor ID ZINC00549950 adalah kandidat terbaik untuk ditautkan dengan kastenospermina. Simulasi penautan kastenospermina dan fragmen ZINC00549950 dilakukan dengan MOE 2014.09. Penautan ini menghasilkan 127 ligan yang kemudian akan ditautkan kembali pada sisi aktif ?-glucosidase I. Hasil simulasi penambatan ini menunjukkan bahwa ligan dengan kode LRS 28 adalah ligan terbaik dari semua ligan termodifikasi dengan nilai ?Gbinding sebesar -53,8 Kkal/mol. Prediksi karakteristik drug-likeness dan toksisitas juga menunjukkan bahwa LRS 28 adalah kandidat antiviral yang baik sebagai inhibitor ?-glucosidase I. Hasil dinamika molecular juga menunjukkan bahwa komplek glu I dan LRS 28 cukup stabil pada temperature 310 K dan 312 K ditinjau dari nilai RMSD dan interaksi asam amino yang dibentuk pada akhir simulasi.

---

ABSTRACTDengue fever is a viral disease in humans caused by dengue virus DENV infection. This infection in some people can also develop into a more acute phase of fever that known as dengue hemorrhagic fever DHF and dengue shock syndrome DSS . DHF and DSS are reported to causing 2.5 of deaths from the 500,000 clinical cases that have been reported. The development of antivirals for DENV infection is often constrained. This is occured because DENV has more than one type of serotype. The development of an antiviral that can cure the infection of all DENV serotypes is necessary. This antiviral can be developed through inhibition of host proteins involved in the DENV life cycle. One of the target host proteins is glucosidase I Glu I . This enzyme plays an important role in the proliferation of envelope glycoprotein of DENV. The development of antiviral based on fragment linking could generates novel drug candidates with good binding affinity. In this study, the castenospermine compound were linked with the best potential fragment from docking simulation of the fragment library. The docking simulation result of fragment library showed that fragment with ID number ZINC00549950 was the best candidate to link with castenospermine. The linking simulation between castenospermine and fragment ZINC00549950 was performed with MOE 2014.09. This linking generated 127 ligands which are then re docked to the active side of glucosidase I. The result of this re docking simulation showed that the LRS 28 ligand is the best ligand of all modified ligands with a value of Gbinding 53,8 Kcal mol. The drug likeness and toxicity properties prediction also showed that LRS 28 is a good antiviral candidate for glucosidase I inhibitor. The dynamic simulation indicated the LRS 28 and Glu I complex is stable enough based on RMSD value and protein receptor LRS 28 interaction that formed at the end of simulation. "