Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Infeksi sistem saraf pusat SSP merupakan masalah yang sangat serius dalam bidang neurologi di seluruh dunia. Infeksi SSP biasanya diduga atas dasar presentasi klinis pasien, namun diagnosis berdasarkan gejala dan tanda klinis memiliki kelemahan, sehingga deteksi dan penatalaksanaan yang tidak tepat menyebabkan infeksi SSP berkembang cepat dengan morbiditas dan mortalitas yang tinggi. Pada penelitian ini, dari bahan cairan serebrospinal CSS akan dilakukan deteksi dan identifikasi bakteri dan virus guna mengetahui penyebab infeksi SSP. Penelitian ini menggunakan sisa sampel CSS dari pasien yang diperiksakan di laboratorium Departemen Patologi Klinik RSUPN CM dengan diagnosis berhubungan dengan infeksi/inflamasi. Spesimen CSS diperiksakan pewarnaan Gram langsung, biakan pada media agar, dan pendekatan molekular menggunakan primer gen 16S rRNA, lytA dan sebelas panel spesifik virus. Koloni yang tumbuh pada agar darah dilanjutkan dengan pemeriksaan pewarnaan Gram dan uji biokimia, serta MALDI-TOF-MS. Untuk bakteri, hasil kemudian dibandingkan, sedangkan untuk virus dilakukan analisis genomik.Dari 147 spesimen CSS, proporsi bakteri Streptococcus pneumoniae sebagai penyebab infeksi SSP dengan metode Gram langsung, biakan, dan qPCR adalah 0,7 dan dengan metode qPCR terget gen lytA saja adalah 2 , sedangkan proporsi virus dengan metode PCR adalah 4,1 . Berdasarkan identifikasi morfologi dan biokimia dari biakan yang tumbuh, berhasil didapatkan 1 isolat Streptococcus pneumoniae, 5 isolat Staphylococcus epidermidis, 1 isolat Staphylococcus saprophyticus, dan 1 isolat Streptococcus dysgalactiae. Berdasarkan hasil uji biokimia dan MALDI-TOF-MS, terdapat 1 isolat memiliki kesamaan jenis bakteri sampai tingkat spesies dan 8 isolat memiliki kesamaan pada tingkat genus. Streptococcus pneumoniae yang ditemukan adalah serotipe 6B, dan bersifat resistan terhadap oxacillin dan trimetoprim-sulfametoxazole. Untuk virus, terdeteksi 1 spesimen positif virus Influenza A dan 5 Herpes virus dari pemeriksaan terhadap 147 spesimen CSS. Analisis sekuens yang diperoleh menunjukkan bahwa virus Influenza tersebut adalah virus Influenza A subtipe H1N1, dan 5 Herpes virus adalah Human betaherpesvirus 5 strain HANSCTR2.Peran diagnostik 16S rRNA dalam deteksi infeksi bakteri pada CSS tidak dapat dinilai, namun penggunaan gen lytA untuk mendeteksi infeksi Streptococcus pneumoniae adalah lebih sensitif dibandingkan dengan biakan. Identifikasi bakteri menggunakan metode biakan-uji biokimia dan biakan-MALDI-TOF-MS memiliki tingkat kesesuaian yang baik sampai pada tingkat genus. Penggunaan primer spesifik virus mampu mendeteksi virus dari bahan CSS. Gambaran analisis CSS pada infeksi bakteri memiliki kesamaan dengan non-infeksi.

---

Central nervous system CNS infection is a very serious problem worldwide. The disesase is usually suspected based on patient 39;s clinical presentation, however this diagnosis has weaknesses, whereas an inaccuracy detection and management can cause high morbidity and mortality risk. This study aimed to detect and identify bacteria and virus from cerebrospinal fluid CSF, in order to determine the causes of CNS infection. This study investigated the remained CSF samples from patients examined at the laboratory of Clinical Pathology Department, Cipto Mangunkusumo hospital. The diagnosis or clinical information was related to infection or inflammation. The CSF specimens were examined by direct Gram staining, inoculated on blood agar media, and extracted for amplification using 16S rRNA, lytA and eleven viral specific primers. Colonies that grew on blood agar were stained and tested by biochemical tests, as well as MALDI-TOF-MS. For bacteria, all results were compared, and for the virus, the genomic sequence was analyzed. From 147 cerebrospinal fluid specimens, the proportion of Streptococcus pneumoniae as the etiology of CNS infection by using 3 methods direct Gram, culture, and qPCR lytA gene target was 0,7, while using qPCR lytA the proportion was 2. The proportion of virus by using PCR method was 4.1. Bacterial species isolated during culture on blood agar were Streptococcus pneumoniae 1 isolate, Staphylococcus epidermidis 5 isolates, Staphylococcus saprophyticus 1 isolate , and Streptococcus dysgalactiae 1 isolate. Based on biochemical and MALDI-TOF-MS test results, 1 isolate had the same type of bacteria to the species level and 8 isolates had similarity at the genus level. The serotypes of Streptococcus pneumoniae isolated from CSF were serotype 6B, and non-susceptible to oxacillin and trimethoprim-sulfamethoxazole. For the virus, 1 positive specimen of Influenza virus and 5 Herpes virus were detected. The sequence analysis of Influenza virus showed that the virus was Influenza A virus, subtype H1N1, and for 5 Herpes virus were Human betaherpesvirus 5 strain HANSCTR2. The use of 16S rRNA in the detection of bacterial infections in CSF could not be assessed, but the use of lytA gene in detecting Streptococcus pneumoniae showed higher senstivity compare to culture. Bacterial identification using biochemical methods and MALDI-TOF-MS had a reliable identification up to the genus level. The use of virus-specific primers was capable of detecting viruses from CSF materials. The CSF analysis on bacterial infections had similarities with non-infections.

Abstrak :
Telah dilakukan penelitian mengenai optimasi ekstraksi total DNA (metagenom) dan deteksi gen penyandi lipase dari sampel tanah dengan metode PCR. Sampel tanah yang digunakan berupa tanah gembur dan tanah lingkungan sampah organik di kawasan PUSPIPTEK, Serpong. Ekstraksi metagenom menggunakan metode direct extraction dan indirect extraction. Deteksi gen lipase menggunakan metode PCR dengan primer bsublip dari gen lipase Bacillus subtilis dan primer geobaclip dari gen lipase Geobacillus sp. Hasil ekstraksi DNA secara indirect dan optimasi PCR dengan primer EU forward dan U reverse berhasil mendapatkan gen 16S rDNA sehingga membuktikan adanya organisme prokariotik pada kedua sampel tanah tersebut dan tidak adanya inhibitor yang menghambat proses PCR. Hasil amplifikasi dengan menggunakan primer yang didesain dari multiple alignment tidak mendapatkan gen penyandi lipase. Desain primer yang lebih optimal sangat diperlukan untuk penelitian selanjutnya.

Abstrak :
Badak sumatera (Dicerorhinus sumatrensis) merupakan salah satu mamalia yang terancam kritis menurut IUCN. Upaya pelestarian spesies langka tersebut dapat dilakukan dengan kegiatan pemantauan populasi. Akan tetapi, perilaku yang elusif dan soliter menyebabkan pemantauan konvensional menjadi kurang efektif. Metode pemantauan menggunakan environmental DNA dari sampel sedimen kubangan memungkinkan untuk digunakan sebagai metode noninvasif. Penelitian bertujuan untuk merancang primer yang spesifik bagi cytochrome b (cytb) badak sumatera, menganalisis eDNA dari sedimen kubangan badak menggunakan teknik qPCR, serta menganalisis pengaruh waktu dan faktor lingkungan (suhu, pH, sinar UV, dan turbiditas) terhadap konsentrasi DNA pada kubangan aktif dan nonaktif. Pengujian primer spesifik dilakukan dengan mengamplifikasi eDNA dari 44 sampel sedimen pada kubangan aktif dan nonaktif di Taman Nasional Way Kambas (TNWK). Hasil penelitian menunjukkan primer eDS mampu mengamplifikasi 150 pb cytb secara spesifik. Hasil qPCR juga mampu mendeteksi 54,54% sampel eDNA dari kubangan aktif dan nonaktif. Faktor waktu dan lingkungan juga tidak berhubungan atau berpengaruh secara signifikan terhadap variasi konsentrasi DNA badak sumatera. Akan tetapi, sedimen kubangan dapat digunakan sebagai sampel noninvasif dalam pemantauan populasi badak di alam meskipun perlu dilakukan optimasi lebih lanjut. ......Sumatran rhinoceros (Dicerorhinus sumatrensis) is a critically endangered mammal according to IUCN. Efforts to preserve this endangered species could be conducted by monitoring the population. However, its elusive and solitary behaviour makes conventional monitoring less effective. The monitoring effort using environmental DNA from sedimentary wallow samples should be considered as noninvasive method. Aims of this study were to design specific primers for sumatran rhino’s cytochrome b (cytb), analyze eDNA from sumatran rhino’s sedimentary wallows using qPCR technique, and analyze time and environmental factors’ (temperature, pH, UV light, and turbidity) effect on DNA concentrations in both active and inactive wallows. The specificity of primers was applied by amplifying eDNA from 44 sediment samples in active and inactive wallows in WKNP. The results showed that eDS primers were able to specifically amplify 150 bp of cytb. The qPCR results were also able to detect 54.54% of eDNA samples from active and inactive wallows. External factors (time and environmental factors) were also not related or had significant effects on DNA concentrations. However, wallow sediment can be used as a noninvasive sample in monitoring rhino populations in the wild, although further optimization is needed.