Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Phylogenetic tree merupakan suatu diagram berbentuk tree yang merepresentasikan hubungan evolusi atau kekerabatan antar spesies yang hidup di bumi. Phylogenetic tree dibentuk berdasarkan struktur genetik spesies yang dinyatakan dalam sekuens DNA atau protein. Penulisan tugas akhir ini bertujuan untuk membangun sebuah aplikasi berbasis web yang digunakan untuk membangun phylogenetic tree dari sebuah matriks jarak (distance matrix) berdasarkan sekuens DNA. Metode pembentukan tree yang dipakai dalam aplikasi ini adalah metode berdasarkan jarak (distance methods) dan algoritma yang dipakai adalah neighbor-joining (NJ). Algoritma ini memerlukan input berupa matriks jarak dan menghasilkan output berupa tree. Tree yang dihasilkan dapat dipakai untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies yang terlibat atau spesies yang dibandingkan. Aplikasi ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman php yang bersifat open source, sehingga dapat diakses secara online.Kata kunci : phylogenetic tree, matriks jarak, neighbor-joining, sekuens DNA.viii + 70 hlm.; lamp.Bibliografi: 12 (2002-2008)"

"Currently, we reported results of a nested polymerase chain reaction (PCR) assay specific 5` untranslated region (UTR)region of hepatitis C virus (HCV) genome that showed three different patterns of deoxyribonucleic acid (DNA)fragments (single expected specific DNA band, single DNA band higher in size than an expected band, and multipleDNA bands). Three isolates (Isolate A, B, and C), representing all the three DNA bands, were analyzed by usingphylogenetic trees. The results showed that the Isolate A, B, and C were classified into HCV genotypes 2, 1, and 3,respectively. The Isolate A and B were very closely related to viral isolates from Madagascar and Brazil, respectivelyand were not closely related to other Indonesia isolates. In contrast with the Isolate A and B, the Isolate C was veryclosely related to another Indonesia isolate. Among all there isolates, the Isolate C was very closely related to anIndonesia isolate detected from a cirrhosis patient, indicating that the Isolate C might be more virulence than the IsolateB and C. However, a complete genome-based comprehensive genetic characterization for all the three isolates needs tobe conducted in future research to confirm all findings in this study.Analisis Filogenetik Berbasis Region5` yang Tidak Ditranslasikan Sebagian (Partly 5` UTR) terhadap Tiga IsolatVirus Hepatitis C di Jakarta, Indonesia: Kajian Pendahuluan. Makalah ini adalah laporan hasil pengujian genomHCV dengan metode nested PCR 5` UTR spesifik yang menunjukkan adanya tiga pola fragmen DNA yang berbeda(untai DNA spesifik yang diekspektasi tunggal, untai DNA tunggal yang berukuran lebih tinggi daripada untai yangdiekspektasi, dan untai DNA majemuk). Tiga isolat (Isolat A, B, dan C) yang mewakili tiga berkas DNA itu dianalisisdengan pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Isolat A, B, dan C tergolong genotipe HCV 2, 1, dan 3secara berturut-turut. Isolat A dan B masing-masing berhubungan erat dengan isolat virus dari Madagaskar dan Brazil,meskipun keduanya tidak berhubungan erat dengan isolat dari Indonesia. Berbeda dengan isolat A dan B, Isolat Cberhubungan erat dengan isolat dari Indonesia. Di antara ketiga isolat, Isolat C memiliki hubungan paling erat denganisolat Indonesia yang ditemukan pada seorang pasien kirosis. Hal ini menunjukkan adanya kemungkinan bahwa Isolat Clebih berbahaya daripada Isolat B dan C. Bagaimanapun, karakterisasi genetis komprehensif berbasis genom yanglengkap terhadap ketiga isolat perlu dilaksanakan pada kajian-kajian berikutnya untuk mendukung hasil penelitian ini."

"Currently, we reported results of a nested polymerase chain reaction (PCR) assay specific 5` untranslated region (UTR) region of hepatitis C virus (HCV) genome that showed three different patterns of deoxyribonucleic acid (DNA) fragments (single expected specific DNA band, single DNA band higher in size than an expected band, and multiple DNA bands). Three isolates (Isolate A, B, and C), representing all the three DNA bands, were analyzed by using phylogenetic trees. The results showed that the Isolate A, B, and C were classified into HCV genotypes 2, 1, and 3, respectively. The Isolate A and B were very closely related to viral isolates from Madagascar and Brazil, respectively and were not closely related to other Indonesia isolates. In contrast with the Isolate A and B, the Isolate C was very closely related to another Indonesia isolate. Among all there isolates, the Isolate C was very closely related to an Indonesia isolate detected from a cirrhosis patient, indicating that the Isolate C might be more virulence than the Isolate B and C. However, a complete genome-based comprehensive genetic characterization for all the three isolates needs to be conducted in future research to confirm all findings in this study."

"Tulisan ini hanya menyampaikan perkembangan ilmu sistematik.Pandangan linnaeus menyerupai pandangan Aristotle dalam hal mengelompokkan organisme mengikuti Scala Nature yatu berdasarkan kemiripan....."

"Kura-kura leher ular rote (Chelodina mccordi) merupakan spesies endemik dari Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur, yang dinyatakan punah di alam. Pengembangbiakan C. mccordi secara ex-situ dapat menjadi upaya penyelamatan untuk mempertahankan keberlangsungan populasi spesies tersebut melalui program reintroduksi. Salah satu faktor yang memengaruhi kesintasan populasi hasil reintroduksi adalah tingkat keragaman genetik. Oleh karena itu, penelitian ini mengkaji variasi genetik dan hubungan kekerabatan antarindividu terutama bagi individu yang ditujukan untuk program reintroduksi. Penelitian ini menggunakan markah mtDNA spesifik spesies dengan gen target ND2, ND5, dan Cyt b terhadap 30 individu C. mccordi yang berasal dari dua penangkaran. Hasil analisis variasi genetik menunjukkan keragaman haplotipe (hd) dan nukleotida (π) yang tergolong tinggi, yaitu sebesar hd=0,738±0,069 dan π=0,00497±0,00107. Jaringan haplotipe yang direkontruksi memvisualisasikan temuan 9 haplotipe dengan tiga diantaranya (Hap_2, Hap_3, dan Hap_4) dapat ditemukan pada kedua populasi penangkaran. Rekonstruksi pohon filogenetik yang dilakukan dengan metode Neighbor Joining dan Maximum Likelihood menghasilkan topologi yang sama, yaitu keseluruhan sampel penelitian merupakan populasi dari subspesies C. mccordi mccordi.

---

The Rote snake-necked turtle (Chelodina mccordi) is an endemic species to Rote Island, East Nusa Tenggara, which has been declared extinct in the wild. Ex-situ breeding was set up in an aim to reintroduce the species to its natural habitat. One of the factors that influences the survival of reintroduced populations is the level of genetic diversity. Therefore, this study carried out a molecular approach using mtDNA species-specific markers with the target genes ND2, ND5, and Cyt b to assess genetic variation and kinship relationships among 30 individuals of C. mccordi from 2 captive populations. The genetic variation on haplotype (hd) and nucleotide (π) diversity are relatively high, namely hd=0.738±0.069 and π=0.00497±0.00107. The reconstructed haplotype network visualized the discovery of 9 haplotypes, with three of them (Hap_2, Hap_3, and Hap_4) found in both captive populations. Phylogenetic tree reconstruction carried out using the Neighbor Joining and Maximum Likelihood methods produces the same topology, therefore confirming the subspecies C. mccordi mccordi for all individuals used in this study."