Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Indonesia adalah salah satu negara yang masih mengalami masalah dengan infeksi virus dengue (DENV). Hingga kini, belum ditemukan antiviral spesifik untuk DENV. Ada beberapa potensi antiviral, salah satunya adalah intervensi pada sekuens untranslated region (UTR) menggunakan small-interfering RNA (siRNA). Penelitian mengenai UTR ini masih relatif terbatas. Pada penelitian ini, dilakukan analisis filogenetik dan homologi pada sekuens UTR DENV-2 dengan data dari Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia dan GenBank. Analisis filogenetik dengan Genetyx 5.1 menunjukkan bahwa ada perbedaan persebaran genotipe berbasis envelope dan UTR. Selain itu, terdapat beberapa area yang sangat highly conserved pada 5’UTR maupun 3’UTR yang berpotensi menjadi target intervensi.

---

Infection of dengue is a major problem in Indonesia as there are no specific antiviral has been successfully developed. There are several promising candidates such as intervention of the untranslated region (UTR) sequence through small-interfering RNA (siRNA). The research for this field is still limited. In this research, the DENV-2’s UTR sequence data from Microbiology Department, Faculty of Medicine Universitas Indonesia and GenBank are analyzed using Genetyx 5.1 It is found through phylogenetic analysis that there are differences in genotype dissemination based on envelope and UTR. Moreover, there are several highly conserved ar"

"Latar Belakang: Patogenitas Corynebacterium pada infeksi difteri, sangat terkait dengan toksin yang dihasilkannya. Indonesia merupakan negara ke dua di dunia yang memiliki kasus difteri terbanyak dengan 1.665 kasus dan 29 kasus kematian di tahun 2018. Toksin difteri dapat dihasilkan oleh 3 spesies penyebab, yaitu C. diphtheriae, C. ulcerans, dan C. pseudotuberculosis yang sulit dibedakan secara mikroskopik dan kultur, sehingga diperlukan deteksi molekuler untuk membedakanya. Karakterisasi C. diphtheriae sebagai spesies penyebab utama, diperlukan untuk mengetahui hubungan kekerabatanya dengan spesies negara lain untuk mencari kemungkinan sumber infeksi. Metode: Sebanyak 108 sampel klinis digunakan dalam penenlitian ini. Teknik kultur dilakukan untuk mendeteksi 3 Corynebacterium patogenik, sedangkan realtime PCR hanya dirancang untuk mendeteksi C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis. Pengujian inhibitor, sensitifitas, dan spesifisitas dilakukan pada tahap optimasi. Karakterisasi C. diphtheriae dilakukan dengan metode sekuensing menggunakan gen rpoB parsial pada kultur sampel klinis. Hasil: Limit deteksi real-time PCR untuk C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis secara berurutan sebanyak 4,49 dan 1,06 DNA copy number. Uji spesifisitas terhadap 18 mikrorganisme menunjukkan tidak terdapat reaksi silang. Pengujian terhadap 108 sampel klinis memberikan hasil yang sama dengan kultur, tidak ditemukan C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis. Pada kultur sampel klinis ditemukan C. diphtheriae sebanyak 10 sampel (9,26%), yang dapat dikelompokkan menjadi 4 clade yaitu clade I, III, IV dan V dengan similaritas 99,2 % sampai 99,7%. Kesimpulan: Kasus suspek difteri dalam studi ini tidak berkaitan dengan infeksi C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis, dan hanya positif C. diphtheriae . Hasil karakterisasi gen rpoB pada C. diphtheriae, memperlihatkan hubungan kekerabatan dengan beberapa negara.

---

Background: Pathogenicity of Corynebacterium in diphtheria infection is closely related to toxin production. Indonesia is the second highest country in the world that has the most diphtheria cases with 1,665 cases and 29 deaths in 2018. Diphtheria toxin can be produced by 3 species, such as C. diphtheriae, C. ulcerans and C. pseudotuberculosis which are difficult to distinguish microscopically and culture, therefor molecular detection is needed to differentiate them. Characterization of C. diphtheriae as the main causative species, is needed to determine its relationship with other countries to find possible source of infection.

Method: A total of 108 clinical samples were used in this study. Culture techniques were performed to detect 3 pathogenic Corynebacterium and real-time PCR was only designed to detect C. ulcerans and C. pseudotuberculosis. Inhibitor, sensitivity and specificity testing were carried out at the optimization stage. Characterization of C. diphtheriae from culture of clinical samples, was carried out by sequencing method using partial rpoB genes.

Result: The real-time PCR detection limits for C. ulcerans and C. pseudotuberculosis were 4.49 and 1.06 DNA copy number, respectively. Specificity test for 18 microorganism showed no cross reaction. Tested on 108 clinical samples gave the same results as culture, there were not found C. ulcerans and C. pseudotuberculosis. In clinical culture samples found 10 (9.26%) C. diphtheriae, which can be grouped into 4 clades namely clades I, III, IV and V with similarities of 99.2% to 99.7%.

Conclusion: Suspected diphtheria cases in this study were not related to C. ulcerans and C. pseudotuberculosis infections, and were only positive for C. diphtheriae. The results of the rpoB gene characterization test on C. diphtheriae showed a close relationship with several countries.

"

"Biofuling is the undesirable accumulation of microorganisms, plants, algae and animals on submerged structures espicially ship hulls...."

"ABSTRAKHelicobacter pylori diperkirakan menginfeksi lebih dari setengah populasi orang dewasa. Deteksi dini H.pylori sangat diperlukan untuk mencegah berkembangnya infeksi menjadi keganasan lambung. Bentuk coccoid dari H. pylori sulit dideteksi dengan kultur dan histopatologi, namun dapat terdeteksi dengan metode molekuler seperti real-time PCR. Salah satu gen yang dapat digunakan sebagai gen target real-time PCR yaitu 16S rRNA, yang diketahui spesifik dan juga digunakan untuk menganalisis kekerabatan antar strain. Analisis ini bermanfaat untuk melihat penyebaran infeksi H.pylori di dunia. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental laboratorium. Metode pengambilan sampel yang digunakan yaitu, metode consecutive sampling. Biopsi diambil dari 2 antrum dan 2 korpus pada 42 penderita dispepsia untuk pemeriksaan real-time PCR dan histopatologi. Optimasi kondisi real-time PCR meliputi uji volume cetakan DNA, sensitifitas dan spesifisitas teknik, kemudian dilanjutkan aplikasi pada sampel klinis dari biopsi lambung. Delapan dari 11 sampel yang positif dilakukan sekuensing dan analisis filogenetik. Hasil optimasi diperoleh suhu annealing 64?C, konsentrasi primer 0,8 ?M dan konsentrasi probe 0,6 ?M. Ambang batas deteksi real-time PCR untuk mendeteksi jumlah DNA minimal H.pylori yaitu 46 bakteri. Spesifisitas uji reaksi silang real-time PCR ini tidak menunjukkan adanya reaksi silang dengan mikroorganisme lain. Proporsi positif hasil pemeriksaan real-time PCR sebesar 26,2 , sedangkan histopatologi sebesar 11,9 . Pemeriksaan real-time PCR mampu meningkatkan diagnosis sebesar 14,3 dibandingkan pemeriksaan histopatologi. Hasil sekuensing dan analisis filogenetik menunjukkan bahwa strain H.pylori dari sampel memiliki kekerabatan dengan strain Taiwan, India, dan Australia. Kata kunci : H.pylori, histopatologi, real-time PCR, analisis filogenetik

---

ABSTRACTHelicobacter pylori infection is estimated infect almost half of the adult population in the world. Early detection of H.pylori is needed to prevent the development of infections into gastric malignancies. The coccoid form of H. pylori is difficult to detect using culture and histopathology but it can be detected by molecular methods such as real time PCR. One of the genes that can be used as a real time PCR target gene is 16S rRNA, which is known to be specific and also used to analyze closely related strain. This analysis were useful to showed the spread of H.pylori infection in the world.This study is an experimental laboratory. The sampling method used is the consecutive sampling method. Biopsy was taken from 2 antrum and 2 corpus in 42 patients with dyspepsia for real time PCR and histopathology examination. Optimization real time PCR conditions include DNA template volume testing, sensitivity and specificity of the technique, followed by application of clinical samples from gastric biopsy. Eight of the 11 positive samples were sequenced and analyzed for phylogenetics pattern. The optimization result obtained annealing temperature 64 C, primer concentration was 0,8 M and probe concentration was 0,6 M. Limit detection of the DNA was 46 bacteria. The specificity of the PCR 39 s real time indicate that there was no cross reaction with other microorganisms. The positive proportion of PCR real time examination was 26.2 , while histopathology was 11.9 . A real time PCR examination was able to improve the diagnosis by 14,3 compared to histopathology examination. Sequencing and phylogenetic analysis results showed that our strain were closely related to Taiwan, India and Australia strains. Keywords H.pylori, histopathology, real time PCR, phylogenetic analysis"

"Molecular biological techniques support the identification of microalgae of Vietnam.Prprocentrum,Alexandrium and Pseudo-nitzschia are main harmful and toxic microalgal genera found in Vietnam coastal waters...."

"Phylogenetic tree merupakan suatu diagram berbentuk tree yang merepresentasikan hubungan evolusi atau kekerabatan antar spesies yang hidup di bumi. Phylogenetic tree dibentuk berdasarkan struktur genetik spesies yang dinyatakan dalam sekuens DNA atau protein. Penulisan tugas akhir ini bertujuan untuk membangun sebuah aplikasi berbasis web yang digunakan untuk membangun phylogenetic tree dari sebuah matriks jarak (distance matrix) berdasarkan sekuens DNA. Metode pembentukan tree yang dipakai dalam aplikasi ini adalah metode berdasarkan jarak (distance methods) dan algoritma yang dipakai adalah neighbor-joining (NJ). Algoritma ini memerlukan input berupa matriks jarak dan menghasilkan output berupa tree. Tree yang dihasilkan dapat dipakai untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies yang terlibat atau spesies yang dibandingkan. Aplikasi ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman php yang bersifat open source, sehingga dapat diakses secara online.Kata kunci : phylogenetic tree, matriks jarak, neighbor-joining, sekuens DNA.viii + 70 hlm.; lamp.Bibliografi: 12 (2002-2008)"

"Pada penelitian sebelumnya, diperoleh 18 strain Candida spp. dari Apis cerana dan bunga-bunga yang dikunjunginya di Ciburial, Jawa Barat. Hasil identifikasi berdasarkan data sequence daerah ITS rDNA menggunakan primer reverse ITS4, menunjukkan bahwa 18 strain tersebut memiliki homologi rendah (85--98%) terhadap spesies terdekatnya Candida spp. Dengan demikian belum diperoleh identitas yang akurat dari 18 strain Candida spp. tersebut. Penelitian bertujuan untuk memperoleh identitas yang akurat dari 18 strain tersebut melalui identifikasi molekuler, analisis filogenetik, dan pengamatan karakter fenotipik (morfologi, fisiologi, dan biokimia). Identifikasi dilakukan melalui sequencing pada daerah ITS rDNA dan D1/D2 LSU rDNA. Analisis filogenetik dilakukan berdasarkan data sequence daerah ITS rDNA dan D1/D2 LSU rDNA, menggunakan metode neighbor-joining. Berdasarkan hasil identifikasi molekuler, analisis filogenetik, dan pengamatan karakter fenotipik, 10 strain diidentifikasi ke dalam 5 spesies, yaitu C. parapsilosis (Candida sp. CR033, CR034, dan CR038), C. orthopsilosis (Candida sp. CR015 dan CR151), C. metapsilosis (Candida sp. CR047 dan CR053), Debaryomyces hansenii (Candida sp. CR065), dan Wickerhamomyces anomalus (Candida sp. CR070 dan CR105). Sebanyak 8 strain (Candida sp. CR004, CR007, CR013, CR014, CR018, CR023, CR027, dan CR035) belum dapat ditentukan nama penunjuk (epithet) spesiesnya. Berdasarkan sequence ITS rDNA 8 strain tersebut memiliki homologi yang rendah (97%) terhadap kerabat terdekatnya C. hawaiiana. Pohon filogenetik berdasarkan sequence ITS rDNA menunjukkan 8 strain tersebut berada pada clade yang terpisah dengan C. hawaiiana dengan dukungan nilai bootstrap yang sangat tinggi, 99%. Delapan strain Candida tersebut termasuk dalam satu spesies yang memiliki perbedaan sequence ≤1% antara satu strain Candida dengan strain Candida lainnya atau disebut conspecific. Karakter fisiologi dan biokimia menunjukkan 8 strain tersebut memiliki perbedaan dengan C. hawaiiana CBS 9146T pada kemampuannya mengasimilasi sumber karbon α- methyl -D-glucoside, dan ketidakmampuannya mengasimilasi ribosa. Hasil identifikasi penelitian menunjukkan bahwa 8 strain Candida tersebut merupakan spesies yang berbeda dengan C. hawaiiana.

---

In the previous study, 18 strains of Candida spp. were obtained from Apis cerana and their visiting flowers in Ciburial, West Java. Based on sequence data of ITS rDNA using ITS4 reverse primer, these strains showed low homology (85--98%) to their closest relatives Candida spp. Therefore, the identity of these 18 strains were not established yet.

The purpose of this study was to establish the identities of the 18 strains of Candida spp. by conducting molecular identification, phylogenetic analysis, and phenotypic characterization (morphological, physiological, and biochemical characters). Identification and phylogenetic analysis was carried out by sequencing the ITS rDNA and D1/D2 of LSU rDNA. Phylogenetic tree was constructed using neighbor-joining method.

Based on molecular identification, phylogenetic analysis, and phenotypic characterization, 10 strains were identified into 5 species. Those 10 strains were identified as C. parapsilosis (Candida sp. CR033, CR034, and CR038), C. orthopsilosis (Candida sp. CR015 and CR151), C. metapsilosis (Candida sp. CR047 and CR053), Debaryomyces hansenii (Candida sp. CR065), and Wickerhamomyces anomalus (Candida sp. CR070 and CR105). The identities of eight strains (Candida sp. CR004, CR007, CR013, CR014, CR018, CR023, CR027, and CR035) were not established yet. Based on sequence data of ITS rDNA they have low degree of homology (97%) to their closest related species, C. hawaiiana.

Phylogenetic tree based on sequence data of ITS rDNA showed they were separated from C. hawaiiana by 99% bootstrap value. Multiple alignment of their sequences of ITS and D1/D2 showed that they have ≤1% differences, which indicate that these strains are conspecific (same species). Their morphological, physiological and biochemical characteristics showed that these strains differed from C. hawaiiana CBS 9146T by their ability to assimilate α-methyl-D-glucoside and their inability to assimilate ribose as carbon sources. Our data suggest that these strains were distinct species from C. hawaiiana."

"Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) memiliki koleksi strain-strain Rhizopus oryzae Went dan Prinsen Geerligs yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter fenotipik (morfologi dan fisiologi). Tujuan penelitian adalah melakukan re-identifikasi lima strain R. oryzae (UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, dan UICC 135) berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers ribosomal DNA dan analisis filogenetik untuk memperoleh identitas spesies yang akurat. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA dilakukan menggunakan primer forward ITS 5 dan primer reverse ITS 4. Data sequence dikirim ke database DNA GenBank untuk pencarian homologi dengan program BLAST. Sequence alignment dilakukan menggunakan program Clustal X. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan menggunakan metode Neighbor Joining, model dua parameter Kimura, dan nilai bootstrap 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi dan pengujian kemampuan tumbuh pada variasi suhu dilakukan untuk mendukung hasil re-identifikasi dan melengkapi deskripsi strain masing-masing. Hasil amplifikasi daerah ITS rDNA menunjukkan bahwa kelima strain R. oryzae UICC memiliki panjang fragmen dengan ukuran 600--700 pb. Hasil pencarian homologi BLAST menunjukkan bahwa kelima strain memiliki homologi 99,8% terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa kelima strain berada dalam satu grup yang monofiletik dengan strain tipe R. oryzae CBS 112.07T dan strain-strain R. oryzae dari database DNA GenBank, dengan dukungan nilai bootstrap yang tinggi (84%). Re-identifikasi lima strain R. oryzae UICC secara molekuler menghasilkan identitas spesies yang sama, yaitu sebagai R. oryzae, dan didukung oleh karakter morfologi dan fisiologi.

---

Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) has collection of Rhizopus oryzae Went and Prinsen Geerligs strains, which were isolated from tempeh. These strains were identified based on phenotypic characters (morphology and physiology). The aim of this study was to re-identify five strains of R. oryzae (UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and UICC 135), based on internal transcribed spacers (ITS) region of ribosomal DNA sequence data to obtain accurate identification at species level.

Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set, forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank DNA database for homology search using BLAST. Sequence alignment was carried out using Clustal X. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method, Kimura's two parameter model and bootstrap values of 1000 iterations. Characterization of the five strains based on morphology and growth ability at temperature variations were carried out to support the description of each strain.

Amplification result showed that the strains have fragment length of ITS region of rDNA about 600--700 bp. Results of BLAST homology search of the strains showed a very high similarity (99.8%) to the type strain R. oryzae CBS 112.07T. Phylogenetic tree showed that the five strains were clustered together in a monophyletic group with the type strain R. oryzae CBS 112.07T and other R. oryzae strains from GenBank DNA database, and supported by high bootstrap value (84%). Re-identification of five strains of R. oryzae UICC based on molecular method showed that they were identified as R. oryzae, similar to previous identification, and supported by morphological and physiological characterization."

"Currently, we reported results of a nested polymerase chain reaction (PCR) assay specific 5` untranslated region (UTR)region of hepatitis C virus (HCV) genome that showed three different patterns of deoxyribonucleic acid (DNA)fragments (single expected specific DNA band, single DNA band higher in size than an expected band, and multipleDNA bands). Three isolates (Isolate A, B, and C), representing all the three DNA bands, were analyzed by usingphylogenetic trees. The results showed that the Isolate A, B, and C were classified into HCV genotypes 2, 1, and 3,respectively. The Isolate A and B were very closely related to viral isolates from Madagascar and Brazil, respectivelyand were not closely related to other Indonesia isolates. In contrast with the Isolate A and B, the Isolate C was veryclosely related to another Indonesia isolate. Among all there isolates, the Isolate C was very closely related to anIndonesia isolate detected from a cirrhosis patient, indicating that the Isolate C might be more virulence than the IsolateB and C. However, a complete genome-based comprehensive genetic characterization for all the three isolates needs tobe conducted in future research to confirm all findings in this study.Analisis Filogenetik Berbasis Region5` yang Tidak Ditranslasikan Sebagian (Partly 5` UTR) terhadap Tiga IsolatVirus Hepatitis C di Jakarta, Indonesia: Kajian Pendahuluan. Makalah ini adalah laporan hasil pengujian genomHCV dengan metode nested PCR 5` UTR spesifik yang menunjukkan adanya tiga pola fragmen DNA yang berbeda(untai DNA spesifik yang diekspektasi tunggal, untai DNA tunggal yang berukuran lebih tinggi daripada untai yangdiekspektasi, dan untai DNA majemuk). Tiga isolat (Isolat A, B, dan C) yang mewakili tiga berkas DNA itu dianalisisdengan pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Isolat A, B, dan C tergolong genotipe HCV 2, 1, dan 3secara berturut-turut. Isolat A dan B masing-masing berhubungan erat dengan isolat virus dari Madagaskar dan Brazil,meskipun keduanya tidak berhubungan erat dengan isolat dari Indonesia. Berbeda dengan isolat A dan B, Isolat Cberhubungan erat dengan isolat dari Indonesia. Di antara ketiga isolat, Isolat C memiliki hubungan paling erat denganisolat Indonesia yang ditemukan pada seorang pasien kirosis. Hal ini menunjukkan adanya kemungkinan bahwa Isolat Clebih berbahaya daripada Isolat B dan C. Bagaimanapun, karakterisasi genetis komprehensif berbasis genom yanglengkap terhadap ketiga isolat perlu dilaksanakan pada kajian-kajian berikutnya untuk mendukung hasil penelitian ini."