Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Demam Berdarah Dengue (DBD) adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue (DENV). Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) telah menyatakan bahwa penyakit ini telah menjadi salah satu masalah kesehatan di dunia, terutama di daerah sub-tropis dan tropis. Namun sampai saat ini obat yang spesifik untuk mengobati penderita DBD yang terinfeksi DENV belum ditemukan. Selain itu, diperkirakan wilayah penyebaran infeksi DENV semakin meluas akibat fenomena global, perubahan iklim dan urbanisasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mencari kandidat obat dari senyawa peptida siklik yang dapat berperan sebagai ligan untuk menghambatenzim α-glucosidase I (Glu I) pada host yang diharapkan dapat mengatasi infeksi dari 5 serotipe DENV. Kandidat obat dari senyawa peptida siklik diperoleh melalui metode simulasi molekuler docking menggunakan software MOE 2014.09, diperoleh 10 senyawa peptida siklik memiliki interaksi yang lebih baik dibandingkan dengan senyawa standar, dengan nilai ΔGBinding diatas -13.0000 Kcal/mol. Senyawa siklo (Cys-Thr-Abu-Gly-Gly-Ala-Arg-Pro-Asp-Phe) merupakan senyawa yang memiliki interaksi paling baik dengan α-Glu I dibandingkan standar dan 9 senyawa peptida siklik lainnya. Selain itu, senyawa tersebut memiliki sifat ADME-Tox yang paling potensial sebagai kandidat obat, diantaranya tidak bersifat toksik, Human Intestila Absorbtion (HIA) positif dan tidak bersifat toksik pada ginjal saat proses eliminasi senyawa obat. Diharapakan hasil yang telah diperoleh dapat dilakukan validasi lebih lanjut dengan menggunakan metode In vitro dan In vivo.

---

Dengue Fever (DF) is a disease caused by dengue virus infection (DENV). The World Health Organization (WHO) has stated that the disease has become one of the world's health problems, especially in the sub-tropical and tropical regions. However, until now the specific drug to treat DF patients infected with DENV has not been found. In addition, it is estimated that the spreading area of DENV infection is expanding due to global phenomena, climate change and urbanization. Therefore, this study aims to find drug candidates from cyclic peptide compounds that can act as ligands to inhibit the α-glucosidase I (Glu I) enzyme in the host and are expected to overcome the infection of 5 DENV serotypes. The drug candidates from cyclic peptide compounds were found through molecular docking simulation method using software MOE 2014.09, which obtained 10 cyclic peptide compounds have better interaction than the standard compound, with ΔGBinding value above -13.0000 Kcal/mol. Cyclo (Cys-Thr-Abu-Gly-Gly-Ala-Arg-Pro-Asp-Phe) compound has the best interaction with α-Glu I compared to standard and 9 cyclic peptide compounds. In addition, these compounds have the most potential ADME-Tox properties as drug candidates, including non-toxic, positive Human Intestile Absorption (HIA) and not toxic to the kidneys during the process of eliminating drug compounds. It is hop"

"Perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral sudah mulai mengalami proses resistensi terhadap virus tersebut. Oleh karena itu diperlukan untuk mencari pengobatan baru di dalam mengatasi infeksi virus tersebut. RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), yang terdiri atas polymerase A, B1, dan B2, mempunyai peranan terhadap proses replikasi dan transkripsi pada virus. Interaksi yang terjadi antara polymerase A dan B1 merupakan daerah target obat potensial baru yang sedang mulai dikembangkan. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena disebabkan oleh aktifitas dan selektifitas peptida yang cukup baik. Penentuan sequence asam amino peptida berdasarkan pada sifat permukaan dari interaksi antara polymerase A dan B1. Residu asam amino pada ligan peptida dirancang berdasarkan pada hasil analisis secara in vivo terhadap residu asam amino polymerase PB1 yang memiliki peranan terhadap interaksi ikatan pada PA. Residu asam amino tersebut merupakan penyusun dari 48 asam amino polymerase B1 pada posisi N-terminal. Sebanyak 12 asam amino awal pada polymerase B1 memberikan kontribusi terhadap interaksi pengikatan terhadap polymerase A. Residu asam amino tersebut digunakan sebagai penyusun ligan peptida. Pembentukkan siklisasi disulfida pada peptida bertujuan untuk meningkatakan kestabilan dari peptida tersebut. Hasil perancangan ligan peptida siklis didapatkan sebanyak 1728 ligan kandidat obat. Simulasi molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan software MOE 2008.10. Analisis simulasi docking dilakukan terhadap energi bebas ikatan, ikatan hidrogen, kontak residu, dan analisis drug scan berdasarkan aturan Lipinski. Simulasi molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi kompleks enzim di dalam keadaan terhidrasi. Selain itu melihat pengaruh konformasi kompleks enzim terhadap kehadiran molekul pelarut. Stabilitas konformasi enzim dapat dilihat dari hasil perhitungan perubahan nilai RMSD terhadap waktu simulasi. Berdasarkan pada hasil molecular docking dan dynamics, hanya terdapat dua ligan peptida siklis yang dapat berinteraksi dengan polymerase A dan B1 (PAC-PB1N). Ligan tersebut adalah ligan CKTTC dan CKKTC.

---

The influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. The viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in influenza A virus consisting of three subunits, PA, PB1, and PB2, has crucial roles in viral replication and transcription. The highly conserved PB1 binding site on PA can be considered as a potential target for the development of new anti-influenza drugs. Peptides are preferable for designing inhibitors because of its high activity and specificity.

In this work, the peptide ligands were designed based on the same characteristic with molecular surface of the crystal structure PAC and PB1N. Molecular surface of the crystal structure PAC-PB1N had the hydrophobic pockets. The N-terminal 48 amino acids of PB1, termed domain α, contain the residues required for binding PA. The first 12 amino acids of PB1 were found to constitute the core of the interaction interface. We made combination from the first 12 amino acids of PB1 to become peptide. We cyclized our peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. 1728 cyclopentapeptide inhibitors have already designed in this study.

We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation. The docking method was performed to carry out enzyme-inhibitor binding interactions, free energy binding, estimated Ki values and five Lipinski rules. The molecular dynamics simulation was performed to know solvation effect into complex enzyme-ligand, and also to understand the interactions within the inhibitor and the enzyme's binding sites. RMSD was calculated to know the stabilty of complex enzyme. Conformational changes of enzymes which occur during molecular dynamics simulation showed the dynamicization of an enzyme in the presence of solvent and inhibitor. Based on the docking and dynamics simulation result, only two cyclopentapeptide, namely CKTTC and CKKTC, could be proposed as a potential inhibitor to the interaction polymerase A and B1 (PAC-PB1N) in A/2009(H1N1) virus."

"Middle east respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) telah menjadi wabah saat ini, infeksi MERS-CoV menyebabkan gangguan pada sistem pernapasan, pencernaan, bahkan menyebabkan kematian dengan rata-rata kematian yang disebabkan infeksi MERS-CoV mencapai 50%. Sampai saat ini belum ditemukannya vaksin atau obat yang efektif untuk mengurangi infeksi MERS-CoV. papain-like protease (PLpro) bertanggung jawab untuk melepaskan potein nonstruktual yang berperan penting dalam proses pematangan virus. Dengan menginhibisi papain-like protease (PLpro) dengan suatu ligan, akan menghambat proses pelepasan protein nonstruktural, sehingga mengurangi infeksi yang diakibatkan oleh virus MERS-CoV. Melalui studi bioinformatika dengan metode molecular docking dan melalui analisis drug scan, didapatkan inhibitor berbasiskan senyawa peptida siklis komersial yang dapat berikatan dengan PLpro dan mengurangi proses infeksi yaitu Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine). Melalui analisis molecular dynamics, inhibitor ini stabil dalam tubuh baik dalam keadaan normal (310 K) dan keadaan demam (312 K), sehingga senyawa Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) berpotensi untuk dikembangkan menjadi obat terbarukan MERS-CoV.

---

Middle east respiratory syndrome (MERS-CoV) has become the current outbreak, MERS-CoV infection results in illness in respiratory system, digestive, and even lad to death with an average mortality caused by MERS-CoV infection reaches 50%. Until now no effective vaccine or drug to ward off MERS-CoV infection. Papain-like protease (PLpro), is responsible for cleavage of nonstructural potein that is important for viral maturation. Inhibition the papain-like protease (PLpro) with a ligand will block the cleavage process of nonstructural protein, thus reduce the infection of MERS-CoV.

Through of bionformatics study with molecular docking, molecular dynamics and drug scan analysis, Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) was obtained as a inhibitor of commercial cyclic peptide, it can inhibit the papain-like protease (PLpro) and reduce infection process. With molecular dynamics analysis, this inhibitor was stable at normal body temperature (310 K) and fever temperature (312 K), with the result that Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) has a potential as novel candidate drug."

"[ABSTRAKVirus Dengue (DENV) menyebabkan infeksi penyakit yang mengancam sekitar 40% populasi dunia. Hingga saat ini belum tersedia obat antiviral yang dapat digunakan sebagai upaya pengobatan penyakit yang disebabkan infeksi DENV. Dengan melakukan virtual screening terhadap 308 peptida siklis komersial, dicari kandidat obat yang mampu menginhibisi sebuah situs pengikatan β-OG yang terdapat pada protein envelope DENV. Melalui metode simulasi penambatan dan dinamika molekul serta analisis terhadap sifat farmakologi dan toksisitas dari senyawa-senyawa peptida yang ditapis, diketahui ligan Cyclo(-D-Trp-Tyr) memiliki afinitas yang baik dengan situs pengikatan β-OG binding pocket serta diprediksi memiliki sifat sebagai obat yang relatif baik. Ligan tersebut juga membentuk kompleks yang stabil dengan protein envelope pada temperatur 310 K dan 312 K. Ligan Cyclo(-D-Trp-Tyr) memiliki potensi sebagai inhibitor β-OG binding pocket untuk selanjutnya dikembangkan menjadi obat antiviral terhadap infeksi DENV.

---

ABSTRACT

, Dengue Virus (DENV) has caused infectious disease which put roughly 40% of world population at risk. Antiviral drug against DENV infection remains unavailable up until now. By screening to 308 commercial cyclic peptides virtually, this research aims to find drug candidate which can inhibit β-OG binding site. Through molecular docking and molecular dynamics simulation, along with pharmacology and toxicity analyzing, it is discovered that Cyclo(-D-Trp-Tyr) ligand has good affinity with β-OG binding pocket and is predicted to has relatively acceptable drug properties. Ligand forms stabile complexity with nvelope protein in 310 K and 312 K. Cyclo(-D-Trp-Tyr) ligand is revealed to be potential inhibitor of β-OG binding pocket. Thus, it is feasible for furher development as antiviral drug against DENV infection.]"