Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Indonesia memiliki kekayaan alam laut yang sangat beragam, yang dapat berpotensi untuk mengandung senyawa bioaktif yang masih kurang dieksplorasi lebih dalam. Dalam penelitian ini, peneliti ingin mengeksplorasi senyawa metabolit sekunder yang berasal dari invertebrata laut yang berada di perairan Indonesia dalam kegunaannya untuk mengatasi masalah pandemi yang terjadi di dunia selama 3 tahun terakhir. Sebanyak 137 senyawa yang diperoleh dari berbagai spesies invertebrata laut seperti karang lunak, tunikata, dan spons ditapiskan dengan menggunakan penapisan virtual terhadap ACE2 dan Spike Protein Virus varian omicron. Selanjutnya setelah didapatkan 20 senyawa yang memiliki potensi dari proses penapisan, dilakukan proses studi penambatan molekuler dan prediksi ADMET untuk menemukan senyawa terbaik dari senyawa yang telah terpilih. Setelah didapatkan senyawa paling baik, dilakukan studi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ligan-reseptor pada senyawa yang terbaik. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa ada 2 senyawa yaitu Acanthomanzamine E dan Cortistatin L, yang menunjukkan hasil yang cukup menjanjikan sebagai bloker terhadap ACE2 dan juga SARS-CoV-2 Omicron SPV. Acanthomanzamine E memiliki energi ikatan sebesar -12,87 kcal mol dan -8,61 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV, sementara Cortistatin L memiliki energi ikatan sebesar -9,96 kcal/mol dan -7,56 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV. Simulasi MD sebesar 50ns menunjukkan kestabilan kedua senyawa pada reseptornya masing-masing, dan juga dibandingkan terhadap senyawa pembanding yaitu XX5 untuk pembanding terhadap ACE2 dan Ceftriaxone digunakan sebagai senyawa pembanding terhadap Spike Protein Virus SARS-CoV-2 varian omicron. ......Indonesia has diversified marine creatures, which could potentially have bioactive substances still underexplored. In this research, we tried to explore these secondary metabolites from Indonesian marine invertebrates to find the lead compound in overcoming the pandemic problem that happened in the world for the last 3 years. A total of 137 compounds from different types of invertebrates, such as soft corals, tunicates, and sea sponges screened against ACE2 and Spike Protein Virus of the Omicron variant. From the virtual screening. we obtained top 20 compounds that have potential to bind with the receptors. Furthermore, molecular docking and ADMET prediction studied in the top 20 compounds to filter compound down to the best 2 compounds. We also did preliminary molecular dynamics studies to see the stability of ligand-receptor occur between the best compound and the receptor. We found that two compounds, Acanthomanzamine E and Cortistatin L, show prominent results as ACE2 and SARS-CoV-2 blockers, especially from molecular docking, which have -12,87 kcal/mol and -9,96 kcal/mol towards ACE2 and -8,61 kcal/mol and -7,56 kcal/mol towards SPV Omicron respectively. We see promising results from the 50 ns MD simulation of these compounds and their comparison which is XX5 for ACE2 receptor and Ceftriaxone in Spike Protein Virus SARS-CoV-2 omicron variant.

Abstrak :
Resistensi antibiotik merupakan tantangan besar yang dialami oleh sektor kesehatan. Pengembangan berbagai antibiotik baru seperti lantibiotik merupakan salah satu cara untuk mengatasi tantangan ini. Pada penelitian in vitro sebelumnya, Streptococcus macedonicus MBF10-2 diprediksi memiliki Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) berupa lantibiotik dengan mekanisme aksi pembentukan pori. Bacteriocin Like Inhibitory Substance yang dihasilkan belum diketahui secara spesifik jenisnya sehingga pada penelitian kali ini dilakukan identifikasi jenis lantibiotik dan mekanisme aksinya pada tingkat molekuler secara in silico. Identifikasi dilakukan dengan cara menyejajarkan sekuens dengan berbagai pustaka lantibiotik. Setelah teridentifikasi, dilakukan sekuensing dari hasil ekstraksi DNA lantibiotik yang telah diamplifikasi untuk mendeteksi keberadaan mutasi pada sekuens. Penelitian mengenai mekanisme aksi tingkat molekuler dari lantibiotik ini dilakukan dengan pembuatan model struktur tiga dimensi menggunakan metode template-based dan de novo. Hasil model kemudian dievaluasi dan ditambatkan dengan lipid II yang merupakan molekul prekursor pada sintesis dinding sel bakteri untuk melihat potensi interaksinya. Hasil identifikasi menunjukkan bahwa lantibiotik yang dihasilkan oleh Streptococcus macedonicus MBF10-2 adalah salivaricin 9. Terdapat 4 model salivaricin 9 dengan hasil evaluasi terbaik diantara model lainnya yang digunakan dalam penambatan molekuler, yaitu Sal9.3, Sal9.5, Sal9.6, dan Sal9.7. Hasil penambatan menunjukkan bahwa model salivaricin 9 memiliki potensi interaksi dengan lipid II, terutama pada cincin A dan C nya. Hasil penambatan ini kemudian dibandingkan dengan hasil penambatan lipid II dengan nisin sebagai referensi. Untuk mengonfirmasi potensi yang dihasilkan oleh salivaricin 9 terhadap lipid II, maka diperlukan uji in vitro lebih lanjut. ......Antibiotic resistance is a major challenge faced by health sector. Development of various new antibiotics such as lantibiotics is one method to overcome the issue. In recent in vitro studies, Streptococcus macedonicus MBF10-2 was predicted to have unknown Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) as lantibiotics with pore-forming mechanism of action. Therefore, this study aims to identify lantibiotic produced by Streptococcus macedonicus MBF10-2 and its molecular level of mechanism of action by in silico method. Identification was done by aligning the sequences with various lantibiotic sequences. Once identified, sequencing of the amplified DNA extraction was carried out to detect the presence of mutations before continuing the study. Research on the molecular mechanism of action begins with template-based and de novo protein structure modelling. Models then evaluated and docked with lipid II which is a precursor molecule in bacterial cell wall synthesis to see its potential interactions. Salivaricin 9 was identified as lantibiotic produced by Streptococcus macedonicus MBF10-2. There are 4 models of salivaricin 9 with the best evaluation results among the others used in molecular docking, namely Sal9.3, Sal9.5, Sal9.6, and Sal9 .7. Docking results showed salivaricin 9 models has the potential for interaction with lipid II, especially in ring A and C. Results of these docking then compared with another lantibiotic target such as nisin. To confirm the potency of salivaricin 9 against lipid II, further in vitro tests are needed.

Abstrak :
Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol. ......COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol.