Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Phylogenetic tree merupakan suatu diagram berbentuk tree yang merepresentasikan hubungan evolusi atau kekerabatan antar spesies yang hidup di bumi. Phylogenetic tree dibentuk berdasarkan struktur genetik spesies yang dinyatakan dalam sekuens DNA atau protein. Penulisan tugas akhir ini bertujuan untuk membangun sebuah aplikasi berbasis web yang digunakan untuk membangun phylogenetic tree dari sebuah matriks jarak (distance matrix) berdasarkan sekuens DNA. Metode pembentukan tree yang dipakai dalam aplikasi ini adalah metode berdasarkan jarak (distance methods) dan algoritma yang dipakai adalah neighbor-joining (NJ). Algoritma ini memerlukan input berupa matriks jarak dan menghasilkan output berupa tree. Tree yang dihasilkan dapat dipakai untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies yang terlibat atau spesies yang dibandingkan. Aplikasi ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman php yang bersifat open source, sehingga dapat diakses secara online. Kata kunci : phylogenetic tree, matriks jarak, neighbor-joining, sekuens DNA. viii + 70 hlm.; lamp. Bibliografi: 12 (2002-2008)

Abstrak :
Virus chikungunya (CHIKV) telah diketahui menginfeksi manusia dan menyebabkan penyakit di Indonesia sejak tahun 1982. Karakterisasi genetik yang berkelanjutan sangat diperlukan untuk membantu pengembangan upaya penanggulangan infeksi CHIKV di Indonesia. Penelitian dilakukan terhadap 14 isolat CHIKV hasil isolasi Viral Disease Program, US NAMRU-2, dalam tahun 2000--2005 dari Yogyakarta, Jember, Manado, Bandung, dan Jakarta dengan tujuan mengkarakterisasi genetik dan menggolongkan genotipe berdasarkan sekuens sebagian gen envelope-1 (E1) sepanjang 260 nt dan gen envelope-2 (E2) sepanjang 220 nt. Sekuens kedua gen diperoleh melalui amplifikasi menggunakan empat primer (JMCL5, JMCR5, JMCL6, dan JMCR7) dan metode direct sequencing menggunakan automated DNA sequencer. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik dengan metode neighbor-joining pada kedua wilayah gen menunjukkan seluruh isolat Indonesia berada dalam clade genotipe Asia. Seluruh isolat Indonesia terkelompok dalam cluster yang monofiletik, mengindikasikan adanya karakter spesifik. Tingkat kesamaan sekuens di antara isolat-isolat Indonesia bernilai lebih besar pada wilayah gen E1 (98,8--100%) daripada wilayah gen E2 (97,7--100%). Hasil alignment dengan strain vaksin, strain Nagpur, strain S27, dan strain 37997 menunjukkan terjadinya delapan substitusi nukleotida pada masing-masing wilayah gen E1 dan gen E2 isolat-isolat Indonesia dengan tiga di antaranya mengakibatkan perubahan asam amino iv (E1-F81L, E2-T92M, dan E2-T116I). Karakter-karakter molekular yang unik tersebut menunjukkan adanya potensi evolusi mikro CHIKV di Indonesia.

Abstrak :
DNA Mitokondria (mtDNA) terdiri dari 16.569 pasang basa (pb), hanya 6x10 ®% dari seluruh genom manusia, tetapi kontribusi mtDNA dalam pengetahuan terhadap evolusi, sejarah^jopulasLmanusia^daayariasi genetik. antar Individu maupun variasi genetik dalam suatu populasi jauh lebih besar dibanding jumlahnya dalam genom manusia. Hal ini disebabkan karena mtDNA mempunyal beberapa karakteristik khas, seperti kuantitas yang banyak, bersifat haploid (tidak mengalami rekombinasi), dan tingginya laju mutasi dibandingkan DNA inti. Studi terhadap populasi, §erta variasi genetik individu dalam populasi biasanya difokuskan pada daerah kontrol mtDNA (D-Loop Region), daerah yang tidak menyandi gen, karena tingginya laju mutasi pada daerah tersebut dibanding daerah lain pada mtDNA, yaitu 5-10 kali lebih tinggi dari daerah lain di mtDNA. Telah berhasil di sekuensing daerah sepanjang 519 pb pada Hipervariabel 1 D-Loop Mitokondria (nt 16101-16569 dan nt 1-50 berdasarkan penomoran sekuens referens Cambridge) pada populasi Kodi dan Sumba Timur dengan 30 individu untuk tiap populasi. Analisis terhadap 60 sampel yang dibandingkan dengan sekuens referens Cambridge menunjukan bahwa terdapat 55 haplotipe dengan 66 single nucleotide polymorphisms (SNPs). Ditemukan 56 SNPs yang sudah dipublikasikan dan 10 SNPs baru dan belum pernah dipublikasikan. Analisis lanjut terhadap polimorfisme sekuens HVR-1 D-Loop mtDNA dan pohon filogenetik menunjukan haplotipe yang diperoleh dapat diidentifikasi ke dalam haplogrup utama di Asia; BM (16% Kodi dan 23% Sumba Timur), M (30% Kodi dan 53,3% Sumba Timur), F (26% Kodi dan 10% Sumba Timur), dan motif Pollnesia (16,7% Kodi dan 6.7% Sumba Timur) dan 5 haplotipe yang tidak dapat diidentifikasi. Berdasarkan pola percabangan pohon filogenetik dengan metode Neighbor-Joining; sekaens dapat diktasifikasi menjadi tujuh kelompok. Keunikan dari tiap kelompok menerangkan parbadaan garis silsilah nanak moyangnya. SNP yang taramati dimiliki olah kadua populasi dan tidak ada kacandarungan mangalompok dari salah satu populasi. Dari pangaiompokan ini tarlihat bahwa kadua populasi yang dianalisa tarnyata barcampur dalam tiap kalompok dalam pohon f ' filogenetik, ha! ini menunjukan bahwa populasi Kodi dan Sumba Timur mempunyai katarkaitan sacara ganatik yang ralatif dakat.