Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 3 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Saepul Manap
"Phylogenetic tree merupakan suatu diagram berbentuk tree yang merepresentasikan hubungan evolusi atau kekerabatan antar spesies yang hidup di bumi. Phylogenetic tree dibentuk berdasarkan struktur genetik spesies yang dinyatakan dalam sekuens DNA atau protein. Penulisan tugas akhir ini bertujuan untuk membangun sebuah aplikasi berbasis web yang digunakan untuk membangun phylogenetic tree dari sebuah matriks jarak (distance matrix) berdasarkan sekuens DNA. Metode pembentukan tree yang dipakai dalam aplikasi ini adalah metode berdasarkan jarak (distance methods) dan algoritma yang dipakai adalah neighbor-joining (NJ). Algoritma ini memerlukan input berupa matriks jarak dan menghasilkan output berupa tree. Tree yang dihasilkan dapat dipakai untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies yang terlibat atau spesies yang dibandingkan. Aplikasi ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman php yang bersifat open source, sehingga dapat diakses secara online.
Kata kunci : phylogenetic tree, matriks jarak, neighbor-joining, sekuens DNA.
viii + 70 hlm.; lamp.
Bibliografi: 12 (2002-2008)"
Depok: Universitas Indonesia, 2008
S27761
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
"Virus chikungunya (CHIKV) telah diketahui menginfeksi manusia dan
menyebabkan penyakit di Indonesia sejak tahun 1982. Karakterisasi genetik
yang berkelanjutan sangat diperlukan untuk membantu pengembangan
upaya penanggulangan infeksi CHIKV di Indonesia. Penelitian dilakukan
terhadap 14 isolat CHIKV hasil isolasi Viral Disease Program, US NAMRU-2,
dalam tahun 2000--2005 dari Yogyakarta, Jember, Manado, Bandung, dan
Jakarta dengan tujuan mengkarakterisasi genetik dan menggolongkan
genotipe berdasarkan sekuens sebagian gen envelope-1 (E1) sepanjang
260 nt dan gen envelope-2 (E2) sepanjang 220 nt. Sekuens kedua gen
diperoleh melalui amplifikasi menggunakan empat primer (JMCL5, JMCR5,
JMCL6, dan JMCR7) dan metode direct sequencing menggunakan
automated DNA sequencer. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik dengan
metode neighbor-joining pada kedua wilayah gen menunjukkan seluruh isolat
Indonesia berada dalam clade genotipe Asia. Seluruh isolat Indonesia
terkelompok dalam cluster yang monofiletik, mengindikasikan adanya
karakter spesifik. Tingkat kesamaan sekuens di antara isolat-isolat Indonesia
bernilai lebih besar pada wilayah gen E1 (98,8--100%) daripada wilayah
gen E2 (97,7--100%). Hasil alignment dengan strain vaksin, strain Nagpur,
strain S27, dan strain 37997 menunjukkan terjadinya delapan substitusi
nukleotida pada masing-masing wilayah gen E1 dan gen E2 isolat-isolat
Indonesia dengan tiga di antaranya mengakibatkan perubahan asam amino
iv
(E1-F81L, E2-T92M, dan E2-T116I). Karakter-karakter molekular yang unik
tersebut menunjukkan adanya potensi evolusi mikro CHIKV di Indonesia."
Universitas Indonesia, 2007
S31443
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Titan Reagan Sjofjan
"DNA Mitokondria (mtDNA) terdiri dari 16.569 pasang basa (pb), hanya
6x10 ®% dari seluruh genom manusia, tetapi kontribusi mtDNA dalam
pengetahuan terhadap evolusi, sejarah^jopulasLmanusia^daayariasi genetik.
antar Individu maupun variasi genetik dalam suatu populasi jauh lebih besar
dibanding jumlahnya dalam genom manusia. Hal ini disebabkan karena
mtDNA mempunyal beberapa karakteristik khas, seperti kuantitas yang
banyak, bersifat haploid (tidak mengalami rekombinasi), dan tingginya laju
mutasi dibandingkan DNA inti. Studi terhadap populasi, §erta variasi genetik
individu dalam populasi biasanya difokuskan pada daerah kontrol mtDNA
(D-Loop Region), daerah yang tidak menyandi gen, karena tingginya laju
mutasi pada daerah tersebut dibanding daerah lain pada mtDNA, yaitu 5-10
kali lebih tinggi dari daerah lain di mtDNA. Telah berhasil di sekuensing
daerah sepanjang 519 pb pada Hipervariabel 1 D-Loop Mitokondria
(nt 16101-16569 dan nt 1-50 berdasarkan penomoran sekuens referens
Cambridge) pada populasi Kodi dan Sumba Timur dengan 30 individu untuk
tiap populasi. Analisis terhadap 60 sampel yang dibandingkan dengan
sekuens referens Cambridge menunjukan bahwa terdapat 55 haplotipe
dengan 66 single nucleotide polymorphisms (SNPs). Ditemukan 56 SNPs
yang sudah dipublikasikan dan 10 SNPs baru dan belum pernah
dipublikasikan. Analisis lanjut terhadap polimorfisme sekuens HVR-1 D-Loop
mtDNA dan pohon filogenetik menunjukan haplotipe yang diperoleh dapat
diidentifikasi ke dalam haplogrup utama di Asia; BM (16% Kodi dan 23% Sumba Timur), M (30% Kodi dan 53,3% Sumba Timur), F (26% Kodi dan
10% Sumba Timur), dan motif Pollnesia (16,7% Kodi dan 6.7% Sumba
Timur) dan 5 haplotipe yang tidak dapat diidentifikasi. Berdasarkan pola
percabangan pohon filogenetik dengan metode Neighbor-Joining; sekaens
dapat diktasifikasi menjadi tujuh kelompok. Keunikan dari tiap kelompok
menerangkan parbadaan garis silsilah nanak moyangnya. SNP yang taramati
dimiliki olah kadua populasi dan tidak ada kacandarungan mangalompok dari
salah satu populasi. Dari pangaiompokan ini tarlihat bahwa kadua populasi
yang dianalisa tarnyata barcampur dalam tiap kalompok dalam pohon
f '
filogenetik, ha! ini menunjukan bahwa populasi Kodi dan Sumba Timur
mempunyai katarkaitan sacara ganatik yang ralatif dakat."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2004
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library