Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 3 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Stefani
Abstrak :
Infeksi virus dengue (DENV) masih menjadi salah satu penyakit yang sering terjadi di dunia dan tak jarang menimbulkan kematian. Diagnosis dini yang akurat diperlukan untuk memberikan pengobatan yang tepat. Karena Indonesia merupakan negara kepulauan, metode deteksi menggunakan PCR menjadi kurang efektif sehingga alat berbasis lateral flow assay (LFA) yang menggunakan antibodi monoklonal sebagai biosensor-nya dapat menjadi solusi. Pengembangan nanobodi yang berasal dari hewan Camelidae dapat mengatasi kelemahan antibodi monoklonal karena kelarutannya yang tinggi, stabilitas yang lebih baik, dan dapat dimanipulasi secara genetik. Dengan menggunakan nanobodi yang telah diproduksi sebelumnya oleh Asih et al. (2022) dalam E. coli yang dapat mendeteksi infeksi DENV, maka selanjutnya dilakukan evaluasi menggunakan metode surface plasmon resonance (SPR) untuk mendapatkan parameter kinetika pada interaksi antara nanobodi dengan protein NS1 sebagai biomarker infeksi DENV. Penelitian diawali dengan perbanyakan kultur E. coli, ekspresi nanobodi dengan induksi IPTG, pemurnian nanobodi, konfirmasi hasil perolehan nanobodi dengan SDS-PAGE dan Western Blot, lalu diakhiri dengan uji SPR. Secara umum, respon sinyal SPR menunjukkan bahwa nanobodi klon DD5 dan DD7 mampu berinteraksi dan berikatan dengan antigen NS1 DENV-2. Nilai KD yang diperoleh saat ligan DD5 berinteraksi dengan variasi konsentrasi NS1 DENV-2 adalah 1,08 x 10-7 M. Sementara itu, nilai KD yang diperoleh saat ligan NS1 berinteraksi dengan variasi konsentrasi DD5 dan DD7 secara berturut-turut adalah sebesar 9,62 x 10-8 M dan 9,29 x 10-8 M. ......Dengue virus infection (DENV) is still one of the most common diseases in the world and sometimes causes death. Accurate early diagnosis is necessary to provide the right treatment. Because Indonesia is an archipelagic country, the detection method using PCR is less effective so a lateral flow assay (LFA) based tool that utilizes antibodies as its biosensor can be a solution. Developing nanobodies derived from Camelidae may overcome the drawbacks of monoclonal antibodies because they have higher solubility, better stability, and can be manipulated genetically. By using nanobodies previously produced by Asih et al. (2022) in E. coli which can detect DENV infection, the next step is to evaluate by using the surface plasmon resonance (SPR) method to obtain kinetic parameters on the interaction between nanobodies and NS1 protein as biomarkers of DENV infection. The study started with the preparation of E. coli culture, then continued with the expression of nanobodies by IPTG induction, purification of nanobodies, confirmation of nanobody acquisition by SDS-PAGE and Western Blot, then ended with the SPR test. Overall, both DD5 and DD7 appeared to be able to interact and bind to the NS1 DENV-2 antigen, according to the SPR signal response. The KD value obtained when the DD5 ligand interacted with various concentrations of NS1 DENV-2 was 1,08 x 10-7. Meanwhile, the KD values obtained when the NS1 ligand interacted with various concentrations of DD5 and DD7 were 9,62 x 10-8 and 9,29 x 10-8 respectively.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2023
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Arkan Askarillah Hidayat
Abstrak :
Deteksi cepat yang umum digunakan untuk penyakit demam berdarah (DBD) atau Dengue Fever (DF) adalah dengan memanfaatkan monoklonal antibodi (mAb) antiprotein non-struktural 1 (anti-NS1). Akan tetapi, terdapat kelemahan dari penggunaan mAb, seperti biaya dan waktu produksi yang tinggi serta lama. Single domain-antibody (sdAb) atau nanobodi yang dapat mendeteksi protein non-struktural 1 (nanobodi anti- NS1) dari DENV sedang dalam tahap pengembangan sebagai solusi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan buffer dengan pH paling optimal yang mampu meningkatkan stabilitas termal dari nanobodi anti-NS1 klon DD5 dan DD7 menggunakan metode TSA. Nanobodi anti-NS1 klon DD5 dan DD7 yang menjadi sampel diproduksi pada Escherichia coli (E. coli) BL21 (DE3) dan dipurifikasi dengan metode Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC). Nanobodi anti-NS1 berhasil diproduksi dan dipurifikasi sebanyak 294 μg/mL untuk klon DD5 dan 377 μg/mL untuk klon DD7. Dari sepuluh buffer yang diuji, hanya beberapa buffer yang menghasilkan data konsisten, yakni sodium fosfat pH 7, pH 7,4, dan pH 9; HEPES pH 7 dan pH 8; serta Tris- HCl pH 7. Buffer lain menunjukkan data yang tidak konsisten. Hal tersebut, disebabkan oleh keadaan uji yang tidak optimal, seperti rasio protein dan dye yang kurang baik, pelipatan protein yang tidak sempurna atau terbukanya lipatan protein pada awal uji, dan berikatannya dye dengan plastik dari plate. Kedua klon nanobodi anti-NS1 paling stabil berada dalam buffer sodium fosfat dengan pH 7,4 yang saat ini digunakan sebagai buffer penyimpanan saat ini. Rata-rata titik leleh (Tm) pada buffer tersebut merupakan yang paling tinggi untuk klon DD5 (47,9±3,7oC) maupun klon DD7 (50,8±4,3oC). Nanobodi anti-NS1 pada kedua klon menunjukkan destabilisasi dalam buffer lain yang ditandai turunnya rata-rata Tm pada kedua klon. Kesimpulan yang didapatkan dari penelitian ini adalah metode Thermal Shift Assay (TSA) dapat digunakan untuk mendapatkan buffer dengan pH optimal yang meningkatkan stabilitas termal dari nanobodi anti-NS1. ......Rapid detection commonly used for Dengue Fever (DF) is by utilizing monoclonal antibodies (mAb) against non-structural protein 1 (anti-NS1). However, there are weaknesses by using mAb, such as high production costs and long production time. Single domain-antibody (sdAb) or nanobody, which can detect non-structural protein 1 (anti- NS1 nanobody) from DENV, is currently under development as a solution to these problems. This study aims to obtain the most optimal pH buffer capable of enhancing the thermal stability of DD5 and DD7 anti-NS1 nanobodies using the Thermal Shift Assay (TSA) method. The DD5 and DD7 anti-NS1 nanobodies, which are the samples, were produced in Escherichia coli (E. coli) BL21 (DE3) and purified using the Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) method. The anti-NS1 nanobodies were successfully produced and purified, yielding 294 μg/mL for DD5 clone and 377 μg/mL for DD7 clone. Out of the ten tested buffers, only a few produced consistent data, namely, sodium phosphate pH 7, pH 7.4, and pH 9; HEPES pH 7 and pH 8; and Tris-HCl pH 7. Other buffers showed inconsistent data due to suboptimal test conditions, such as poor protein-to-dye ratio, imperfect protein folding, protein unfolding at the beginning of the test, and dye binding to the plastic of the plate. Both stable anti-NS1 nanobody clones were found in sodium phosphate buffer with pH 7.4, currently used as the storage buffer. The average melting point (Tm) in this buffer was the highest for both DD5 (47.9±3.7°C) and DD7 (50.8±4.3°C) clones. The anti-NS1 nanobodies in both clones showed destabilization in other buffers, indicated by a decrease in the average Tm for both clones. The conclusion drawn from this research is that the Thermal Shift Assay (TSA) method can be used to obtain the optimal pH buffer that enhances the thermal stability of anti- NS1 nanobodies.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rafiif Wasis Ibaadurrahmaan
Abstrak :
Dengue virus (DENV) merupakan virus dalam kelas Flaviviridae yang menyebabkan demam berdarah dengue. Tingkat infeksi DENV global diperkirakan mencapai 390 juta jiwa per tahun, menjadikannya salah satu dari 10 ancaman kesehatan dunia. Dengue ditularkan oleh nyamuk Aedes di pusat kota tropis dan subtropis, termasuk Indonesia. Nanobodi yang mengenali antigen NS1 DENV menjadi potensi alat uji diagnostik dengue karena sifatnya yang lebih stabil dan lebih mudah dimanipulasi serta diproduksi daripada antibodi konvensional. Pada penelitian ini, nanobodi anti-NS1 varian DD7 diekspresikan pada E. coli BL21(DE3). Untuk menentukan kondisi induksi yang optimal, metode permukaan respon berdasarkan desain eksperimen Box-Behnken digunakan. Sebanyak 15 eksperimen dilakukan untuk menyelidiki pengaruh suhu induksi, konsentrasi IPTG, dan durasi induksi terhadap berat kering biomassa dan konsentrasi nanobodi. Kondisi optimal ekspresi nanobodi anti-NS1 dicapai pada suhu induksi 32,156 °C, konsentrasi IPTG 0,535 mM, dan durasi induksi 3,556 jam dengan prediksi berat kering biomassa sebesar 233,253 mg dan konsentrasi nanobodi sebesar 0,437 mg/mL. Hasil optimasi pada penelitian ini dapat menjadi pertimbangan dalam penentuan parameter operasi pada produksi nanobodi anti-NS1 DD7 skala besar. ......Dengue virus (DENV) is a virus in the class Flaviviridae that causes dengue fever. The global DENV infection rate is estimated at 390 million people per year, making it one of the top 10 global health threats. Dengue is transmitted by the Aedes mosquito in tropical and subtropical urban centers, including Indonesia. Nanobodies that recognize the NS1 DENV antigen become a potential dengue diagnostic tool because they are more stable and easier to manipulate and produce than conventional antibodies. In this study, anti-NS1 nanobody variant DD7 was expressed on E. coli BL21(DE3). To determine the optimal induction condition, response surface methodology based on Box-Behnken experimental design was employed. A total of 15 experiments were carried out to investigate the effect of induction temperature, IPTG concentration, and induction duration on dry biomass weight and nanobody concentration. The optimal conditions for the expression of anti-NS1 nanobodies were achieved at an induction temperature of 32,156 °C, IPTG concentration of 0.535 mM, and induction duration of 3,556 hours with a predicted dry biomass weight of 233,253 mg and nanobody concentration of 0.437 mg/mL. The optimization results in this study can be considered in selecting the operating parameters for large-scale production of anti-NS1 DD7 nanobodies.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library