Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 6 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Umaporn Khimmakthong
Detection of three pathogenic vibrio species using multiplex polymerase chain reaction (multiplex-PCR) / Umaporn Khimmakthong, Supaporn Noochu
"ABSTRACT
Vibrio cholera, Vibrio parahaemolyticus and Vibrio vulnificus are opportunistic pathogens causing disease in weak shrimp and possible food poisoning in shrimp consumers. In this study, three pairs of primers were designed to amplify the target DNA fragments of three Vibrio spp. and together with one pair for internal amplification control. The PCR condition was optimized to detect three Vibrio spp. in one reaction tube. The specificity and sensitivity of the reaction were evaluated. The results showed that this technique can detect V. cholera, V. parahaemolyticus and V. vulnificus in the same reaction tube with high specificity. Sensitivity is moderate, 0.5 ng-10 pg. In the future, this technique can be used to detect these bacteria in shrimp. It is potentially useful for shrimp farmers and shrimp consumers."
Pathum Thani: Thammasat University, 2017
607 STA 22:4 (2017)
Artikel Jurnal  Universitas Indonesia Library
cover
Nicolas Layanto
Deteksi gen blaz, meca, dan mecc pada isolat yang berasal dari pasien dengan kolonisasi methicillin resistant staphylococcus aureus menggunakan metode molekuler = Detection of gene blaz, meca, and mecc in isolates from patient with methicillin resistant stapylococcus aureus colonization using molecular method
"Methisilin Resistant Staphylococcus aureus MRSA adalah bakteri S.aureus yang resisten terhadap penisilin dan antibiotik golongan beta-laktam lainnya. Bakteri ini sering menyebabkan berbagai infeksi termasuk infeksi yang serius dengan mortalitas yang tinggi. Infeksi MRSA tidak hanya terbatas pada lingkungan rumah sakit saja, melainkan sudah menyebar ke komunitas. Metode pemeriksaan yang cepat untuk mendeteksi MRSA pada pasien diperlukan agar klinisi dapat segera menangani dengan baik. Metode biakan membutuhkan waktu hingga lebih dari 1 hari, sedangkan pemeriksaan PCR dapat memberikan hasil yang lebih cepat. Pemeriksaan PCR bertujuan untuk mencari gen mecA yang telah diketahui sebelumnya, berperan dalam mekanisme resistensi MRSA. Namun sekarang telah diketahui adanya MRSA dengan gen mecA negatif karena adanya peran gen lain yang juga dapat berperan yaitu mecC dan blaZ. Sehingga diperlukan pemeriksaan PCR yang dapat mendeteksi ketiga gen tersebut.
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan uji skrining dan konfirmasi untuk deteksi MRSA. Optimasi multipleks PCR diawali dengan optimasi unipleks masing-masing gen mecA, mecC, dan blaZ. Uji coba telah dilakukan terhadap 30 isolat MRSA dan 30 isolat MSSA. Dari 30 isolat MRSA yang diuji diperoleh hasil hanya didapatkan perbedaan pada 3 isolat MRSA sedangkan pada isolat MSSA, unipleks dan multipleks PCR memperlihatkan hasil yang sama. Perbedaan yang tampak kemungkinan diakibatkan oleh bias PCR. Berdasarkan uji diagnostik diperoleh sensitivitas tertinggi tampak pada unipleks PCR mecA sensitivitas 95,83 sehingga dapat digunakan sebagai skrining, sedangkan spesifisitas tertinggi tampak pada multipleks PCR spesifisitas 100 sehingga dapat digunakan sebagai konfirmasi. Diperlukan uji lanjutan untuk konfirmasi peran blaZ pada MRSA.
Methicillin Resistant Staphylococcus aureus MRSA is S.aureus that resistant to penicillin and other beta lactam antibiotics. This bacteria often cause serious infection with high mortality. Methicillin Resistant Staphylococcus aureus infection is not only found in hospital, but it also spreads into community. Rapid detection of MRSA is needed to help clinicians in giving accurate treatment. The result obtained by culture method takes more than one day, while PCR result can be read in the same day. The common purpose of PCR assay is to detect mecA gene that known to be responsible for the occurance of resistant in MRSA isolates. Nowadays, there are some MRSA with negative mecA. In that case, mecC and blaZ may play an important role in resistant mechanism in MRSA. Therefore, new PCR method that can detect all of the three genes is needed.
The purpose of this study is to develop method for screening and confirming MRSA. First, we conduct uniplex PCR for each gene mecA, mecC, and blaZ, followed by multiplex PCR. Furthermore, assay was performed to detect those genes from 30 MRSA and 30 MSSA isolates. All MSSA gave the same result of uniplex and multiplex PCR. From 30 MRSA isolates, three isolates showed discrepancies between uniplex and multiplex PCR result. It may be due to PCR bias. Uniplex PCR mecA can be used as a screening test since its high sensititivity sensitivity 95,83 , whereas multiplex PCR mecA, mecC, and blaZ may be used as a confirmation test due to its high specificity 100 . Another test is needed to confirm the detection of blaZ gene in MRSA isolates."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2018
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Eka Octaviani Budiningtyas
Uji diagnostik metode Real-Time Multiplex Polymerase Chain Reaction Strip terhadap Real-Time Polymerase Chain Reaction Tunggal untuk deteksi Multi-Patogen pada uveitis : analisis Humor Akuos = Diagnostic study of Real-Time Multiplex Polymerase Chain Reaction Strip assay in comparison with Single Real-Time Polymerase Chain Reaction for Multi-Pathogen detection in uveitis : Aqueous Humor analysis
"Latar Belakang: Uveitis infeksi di Indonesia berkisar antara 30-60% dari total kasus uveitis. Identifikasi patogen etiologi infeksi sangat penting agar dapat diberikan terapi antimikroba yang sesuai dengan segera sehingga komplikasi kebutaan dapat diminimalisir. Dewasa ini, perkembangan teknologi biologi molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk deteksi uveitis infeksi sedang berkembang pesat.
Tujuan: Melakukan uji validasi diagnostik pada metode PCR Multiplex dibandingkan dengan metode PCR Tunggal.
Metodologi: Uji diagnostik untuk menentukan sensitivitas dan spesifisitas dari alat Real-Time PCR Multiplex terhadap PCR Tunggal dari spesimen cairan intraokular humor akuos yang diambil dari parasentesis bilik mata depan. Dilakukan pemeriksaan PCR terhadap patogen Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), Toxoplasma gondii (T.gondii), Herpes Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Cytomegalovirus, dan Treponema pallidum.
Hasil: Dilakukan analisis uji diagnostik pada 46 subjek penelitian. Didapatkan hasil sensitivitas sebesar 57.14% dan spesifisitas sebesar 100%. Positivity rate terbanyak didapatkan untuk patogen VZV (n=4), dan tidak didapatkan hasil positif terhadap deteksi patogen M.tuberculosis. Patogen T.pallidum berhasil dideteksi sebanyak 4.34% (n=2) oleh PCR Multiplex.
Kesimpulan: Metode PCR Multiplex pada penelitian ini memiliki sensitivitas yang rendah dengan spesifisitas yang tinggi. Hasil positif pada PCR Multiplex dapat bermanfaat untuk mendiagnosis pasien dengan uveitis infeksi.
Background: In Indonesia, infectious uveitis represents 30-60% of the country’s total uveitis cases. The identification of etiological pathogens is imperative to immediately select and administer the appropriate antimicrobial therapy in infectious uveitis, thereby complications of blindness can be minimized. Currently, the development of molecular biology technology using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method for detection of infectious uveitis pathogens is growing rapidly.
Objective: To compare the diagnostic validation test results of the Multiplex PCR method and Single PCR method.
Method: Diagnostic test to determine the sensitivity and specificity of the Multiplex Real-Time PCR device against the Single PCR of aqueous humor intraocular fluid specimens taken from anterior chamber paracentesis. PCR examinations were carried out to identify the pathogens of Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), Toxoplasma gondii (T.gondii), Herpes Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Cytomegalovirus, dan Treponema pallidum.
Result: A diagnostic test analysis was performed on 46 study subjects. The results obtained 57.14% sensitivity and 100% specificity. Highest positivity rate was obtained for VZV pathogens, while positive results were not obtained for M.tuberculosis. There were 4.34% of subjects (n = 2) of T. pallidum were detected by PCR Multiplex. 
Conclusion: The PCR Multiplex method in this study has low sensitivity with high specificity. A positive result on Multiplex PCR can be useful for diagnosing patients with infectious uveitis."
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia , 2020
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Samosir, Yoshida Aussiana
Analisis deteksi molekuler tuberkulosis dari sampel urin menggunakan multiplex PCR dengan gen deteksi ESAT6, IS6110, dan MPT64 = Molecular detection of tuberculosis from urine specimens using multiplex PCR with detection genes ESAT6, IS6110, and MPT64
"Keberhasilan deteksi tuberkulosis (TB) relatif rendah pada negara berkembang dengan beban TB tinggi akibat kurangnya akurasi diagnosis. Penegakan diagnosis yang dilakukan dengan uji BTA dan TCM sebagai metode deteksi TB baku emas memiliki kelemahan dalam hal penggunaan spesimen sputum yang kemungkinan tidak tersedia pada pasien pediatrik, serta tidak representatif terhadap infeksi Mtb di luar jaringan paru. Urin dapat menjadi kandidat spesimen alternatif dikarenakan bersifat non-invasif. Deteksi antigen Mtb dalam urin menggunakan kit diagnostik Fujifilm SILVAMP TB LAM berhasil dilakukan pada populasi TB-HIV, namun deteksi gen Mtb secara langsung dalam urin belum banyak diteliti. Metode molekuler PCR telah digunakan dalam studi diagnostik karena memiliki nilai sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi, sehingga dapat memberikan hasil diagnosis yang akurat. Tujuan penelitian adalah melalukan uji deteksi TB pada sampel urin populasi yang telah dinyatakan TB secara bakteriologis (kelompok Definite TB) dan populasi yang didiagnosa TB secara klinis namun tidak menunjukkan hasil laboratorium TB (kelompok Clinically TB) melalui metode multiplex PCR dengan gen target ESAT6, IS6110, dan MPT64 dan mengevaluasi potensi sampel urin sebagai spesimen alternatif diagnosis TB. Nilai positivity rate yang diperoleh adalah 71,43% (10/14) pada kelompok Definite TB dan 60,71% (17/28) pada kelompok Clinically TB. Metode multiplex PCR dengan spesimen urin dapat menjadi petunjuk pada kasus TB non-paru dan populasi yang tidak dapat mengeluarkan sputum berkualitas.
Tuberculosis (TB) screening and diagnostic accuracy is relatively low in developing countries, which has contributed to the high TB burden in such regions. The diagnostic gold standard is the acid-fast bacillus (AFB) smear and GeneXpert test. A major disadvantage for both tests is the utilisation of sputum specimens, which may not be available in paediatric cases and is not representative of extrapulmonary Mtb infection. Urine may be used as an adjunct specimen because of its non-invasive nature of collection. Previous studies have focused on detecting Mtb antigens in urine using the Fujifilm SILVAMP TB LAM diagnostic kit in TB-HIV populations, however direct Mtb DNA detection has not been intensively evaluated. In recent years, PCR techniques have been widely used due to high sensitivity and specificity values which provides rapid and accurate diagnoses. Therefore, the primary objective of this is to conduct a TB detection test in urine samples of two population groups previously tested with AFB smear and GeneXpert test; (1) definite bacteriological cases (Definite TB group), and (2) clinically diagnosed cases (Clinically TB group), using multiplex PCR with target genes ESAT6, IS6110, and MPT64. Specifically, the study aims to evaluate urine as an alternative specimen and supporting tool in TB diagnostics. Observed positivity rate of urine samples was 71.43% (10/14) in the Definite TB group and 60.71% (17/28) in the Clinically TB group. Multiplex PCR using urine specimens indicates effectiveness in rapid detection of extra-pulmonary TB and sputum-scarce cases."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Tiara Hana Azzahra
Deteksi Gen mecA dan femA pada Staphylococcus aureus dari Talenan dan Ampela Ayam Mentah di Penjual Ayam Pasar Tradisional Kota Depok = Detection of mecA and femA genes in Staphylococcus aureus from Cutting Board and Raw Chicken Gizzard at Depok Traditional Market Chicken Sellers
"Staphylococcus aureus merupakan bakteri Gram positif berbentuk kokus yang tersusun seperti anggur dan dapat menyebabkan penyakit. Penggunaan antibiotik methicillin yang berlebihan menyebabkan bakteri menjadi resistan atau dikenal dengan Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Resistensi pada MRSA ditandai dengan keberadaan gen mecA dan femA. Salah satu penyebaran MRSA dapat melalui hewan ternak. Penyebaran patogen zoonosis MRSA diduga terjadi melalui ayam atau cross contamination dari talenan. Tujuan penelitian adalah mendeteksi gen mecA dan femA pada Staphylococcus aureus dari talenan dan ampela ayam mentah di penjual ayam pasar tradisional. Penelitian dilakukan dengan pengambilan 6 sampel talenan dan ampela ayam mentah di 3 pasar tradisional Kota Depok dengan metode swab dan menggunakan medium Mannitol Salt Agar (MSA). Isolat-isolat yang mengubah warna medium menjadi kuning akan dilakukan pendeteksian gen penanda MRSA, yaitu 16S rRNA (STPY), mecA, dan femA dengan metode multiplex PCR. Hasil penelitian mendapatkan 19 isolat MRSA dan 2 isolat Methicillin resistant Staphylococcus (MRS) dengan menggunakan primer 16S rRNA universal, yaitu Staphylococcus cohnii dan Staphylococcus gallinarum. Keberadaan gen resistan dari isolat yang diperoleh menunjukkan bahwa talenan dan ampela ayam mentah dapat berpotensi menjadi sumber transmisi MRSA.
Staphylococcus aureus merupakan bakteri Gram positif berbentuk kokus yang tersusun seperti anggur dan dapat menyebabkan penyakit. Penggunaan antibiotik methicillin yang berlebihan menyebabkan bakteri menjadi resistan atau dikenal dengan Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Resistensi pada MRSA ditandai dengan keberadaan gen mecA dan femA. Salah satu penyebaran MRSA dapat melalui hewan ternak. Penyebaran patogen zoonosis MRSA diduga terjadi melalui ayam atau cross contamination dari talenan. Tujuan penelitian adalah mendeteksi gen mecA dan femA pada Staphylococcus aureus dari talenan dan ampela ayam mentah di penjual ayam pasar tradisional. Penelitian dilakukan dengan pengambilan 6 sampel talenan dan ampela ayam mentah di 3 pasar tradisional Kota Depok dengan metode swab dan menggunakan medium Mannitol Salt Agar (MSA). Isolat-isolat yang mengubah warna medium menjadi kuning akan dilakukan pendeteksian gen penanda MRSA, yaitu 16S rRNA (STPY), mecA, dan femA dengan metode multiplex PCR. Hasil penelitian mendapatkan 19 isolat MRSA dan 2 isolat Methicillin resistant Staphylococcus (MRS) dengan menggunakan primer 16S rRNA universal, yaitu Staphylococcus cohnii dan Staphylococcus gallinarum. Keberadaan gen resistan dari isolat yang diperoleh menunjukkan bahwa talenan dan ampela ayam mentah dapat berpotensi menjadi sumber transmisi MRSA."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Balqis Arche Nofinska
Identifikasi seks, usia, sebaran spasial, dan pengaruh lingkungan terhadap probabilitas kehadiran elephas maximus sumatranus di Taman nasional Bukit Barisan Selatan = Determinaton of sex age spatial distribution and environmental contribution to presence probability of elephas maximus sumatranus in Bukit Barisan Selatan National Park
"Degradasi habitat, fragmentasi habitat, perburuan liar dan konflik gajah dengan manusia telah menyebabkan terjadinya penurunan populasi gajah sumatra Elephas maximus sumatranus dan menempatkannya menjadi salah satu satwa dengan status konservasi kritis critically endangered. Informasi-informasi dasar seperti seks, usia, sebaran spasial, serta pengaruh faktor-faktor lingkungan terhadap keberadaan gajah sumatra diperlukan untuk mencegah gajah sumatra dari kepunahan melalui manajemen konservasi yang baik. Identifikasi seks gajah sumatra dilakukan pada sampel feses dari Taman Nasional Bukit Barisan Selatan TNBBS dengan teknik molekular menggunakan metode multiplex Polymerase Chain Reaction untuk mengamplifikasi gen PLP1 pada kromosom X serta SRY1 dan AMELY2 pada kromososm Y. Identifikasi usia dilakukan dengan mengukur rata-rata keliling bolus feses.
Hasil dari identifikasi seks-usia pada sampel feses gajah sumatra di TNBBS menunjukkan bahwa sampel yang ditemukan didominasi oleh betina muda dan betina dewasa masing-masing 22, jantan muda 20, jantan dewasa 9, betina anak 4, serta jantan anak 3. Preferensi habitat gajah sumatra jantan dan betina sama yaitu lahan pertanian kering. Uji pengaruh variabel lingkungan terhadap probabilitas kehadiran gajah sumatra jantan dan betina dilakukan dengan menggunakan Maximum Entropy MaxEnt dan hasilnya menunjukkan bahwa variabel yang memberikan pengaruh terbesar adalah elevasi, tutupan lahan, dan jarak desa. Upaya untuk melindungi gajah sumatra dari kepunahan dapat dilakukan dengan pemilihan prioritas restorasi lahan, penegakan hukum, perencanaan penggunaan lahan, peningkatan patroli, serta penelitian terkait populasi gajah sumatra dan habitatnya seperti yang dilakukan dalam penelitian ini.
Habitat degradation, habitat fragmentation, poaching and human elephant conflict HEC have resulted in a decline of sumatran elephant Elephas maximus sumatranus population and placed it into one of critically endangered animals. Basic information such as sex, age, spatial distribution, and the influence of environmental factors on the existence of sumatran elephant are needed to prevent sumatran elephants from extinction through good conservation management. The identification of Sumatran elephant sex was performed on faecal samples from Bukit Barisan Selatan National Park BBSNP by molecular technique using multiplex Polymerase Chain Reaction method to amplify PLP1 gene on X chromosome and SRY1 and AMELY2 on Y chromososm. Age identification was done by measuring the mean of boli circumference.
The results of the age sex identification of the sumatran elephant faeces sample in BBNSP showed that the samples were dominated by adult female and sub adult female 22 respectively, 20 sub adult males, 9 adult males, 4 juvenile females, and 3 juvenile males. Preference of males and females sumatran elephant habitat is dry farmland. The test of environmental variables influence on the probability of males and females sumatran elephants presence was performed using Maximum Entropy MaxEnt. The results showed that elevation, land cover, and village distance were variables that gave biggest influence to the presence probability. Efforts to protect Sumatran elephants from extinction can be undertaken with the selection of land restoration priorities, law enforcement, land use planning, patrol improvements, and research on sumatran elephant populations and their habitats as practiced in this study. "
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library