Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Menurut hasil beberapa kali SKRT (Survey Kesehatan dan Rumah Tangga) semenjak tahun 1980, 1986, 1992, 1995, penyakit diare tetap merupakan penyebab utama kematian bayi dan balita. Begitu juga dengan Survey Kesehatan Nasional (Surkesnas) tahun 2001 masih menyimpulkan diare sebagai penyebab kematian bayi dan balita ke dua tertinggi (9,4% dari kematian bayi dan 13,2% dari kematian balita). Rotavirus Grup A yang sangat banyak menyebabkan diare pada anakanak dideteksi dari sampel diare yang sudah dikumpulkan dari beberapa kota di Indonesia (Januari – April 2007) oleh pihak US-NAMRU2 bekerja sama dengan Litbang Depkes RI. Metode yang digunakan adalah Reverse Transcription – Nested Multiplex PCR dengan primer spesifik yang sudah teruji sangat sensitif dalam mendeteksi rotavirus. Dari 421 sampel yang diperiksa, didapatkan 257 (61,05%) positif rotavirus, terdistribusi hampir merata di lima kota yang diperiksa. 47 (30,05%) diantara sampel positif merupakan tipe G1P[8]. Namun tipe ini tidak terdistribusi merata di kelima kota tersebut. Diantara sampel positif rotavirus, 119 (46,30%) tidak dapat ditentukan tipe gennya (nontipe). Nontipe P sebanyak 68 (26,46%) dan nontipe G sebanyak 51 (19,84%). Diharapkan penelitian mengenai rotavirus di Indonesia terus dilanjutkan dengan menggunakan pengembangan metode yang lebih baik sehingga dapat menyelidiki lebih lanjut rotavirus nontipe yang sudah banyak ditemukan.

Abstrak :
ABSTRAK
Sifilis merupakan penyakit multistadium yang ditularkan terutama melalui hubungan seksual. Saat ini penggunaan uji polymerase chain reaction (PCR) untuk Treponema pallidum telah banyak digunakan dan diharapkan mampu mengurangi masalah dalam uji diagnostik sifilis. Hasil uji PCR Treponema pallidum dipengaruhi oleh jenis spesimen, metode PCR dan gen target. Penelitian ini ditujukan untuk menilai penggunaan darah dan serum untuk uji multiplex nested PCR dengan gen target 23S rRNA Treponema pallidum. Studi potong lintang dilakukan dari bulan April 2015 - April 2016. Pengambilan sampel secara konsekutif dari pasien dengan gambaran klinis sifilis sekunder yang datang ke poliklinik Infeksi Menular Seksual (IMS) di Jakarta. Uji PCR dilakukan terhadap 122 spesimen klinis (61 darah dan 61 serum). Uji serologi rapid plasma reagin (RPR) dan Treponema pallidum Haemagglutination Assay (TPHA) dilakukan pada semua serum. Hasil positif uji PCR darah sebesar 22,95% dan serum sebesar 6,56%, sedangkan hasil positif uji serologi sebesar 68,85%. Pada hasil uji serologi positif, proporsi hasil positif uji multiplex nested PCR Treponema pallidum darah sebesar 30,95% dibandingkan serum 9,52%. Uji PCR terhadap darah mampu mendeteksi 3,25 kali lebih tinggi daripada serum. Penggunaan darah memberikan nilai kepositivan yang lebih tinggi dibandingkan serum pada uji multiplex nested PCR Treponema pallidum menggunakan gen target 23S rRNA

---

ABSTRACT
Syphilis is a multistage disease transmitted primarily through sexual intercourse. Nowadays, polymerase chain reaction (PCR) test for Treponema pallidum has been widely used and expected to overcome problems in diagnostic test for syphilis. The PCR Treponema pallidum are influenced by type of specimens, PCR methods and gene targets. This study is aim to assess the use of blood and serum using multiplex nested PCR Treponema pallidum targeting 23S rRNA. Cross-sectional study was conducted from April 2015 - April 2016. Sampling was carried out consecutively from patients with clinical features of secondary syphilis who came to sexual transmitted infection (STI) clinics in Jakarta. PCR test performed on 122 clinical specimen ( 61 blood and 61 serum). All serum were tested with RPR and TPHA assay. The positive results of PCR test on blood was 22,95% and serum was 6,56%, while the positive results of serology was 68,85%. On positive serological test results, the proportion of positive results of multiplex nested PCR Treponema pallidum on blood was 30,95% compared to serum 9,52%. PCR test on blood is able to detect 3,25 times higher than serum. The use of blood give a higher positivity compared to serum in multiplex nested PCR Treponema pallidum using 23S rRNA gene target.

Abstrak :
Latar Belakang: Community Acquired Pneumonia (CAP) merupakan salah satu penyebab utama morbiditas dan mortalitas di dunia. Bakteri atipikal (Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumaniae, Legionella pneumophila) sebagai penyebab penting CAP. Sejauh ini belum ada pemeriksaan mikrobiologi yang rutin dilakukan sehingga perlu pengembangan uji, salah satunya metode molekuler multiplex real time PCR. . Tujuan: Melakukan optimasi uji multiplex real time PCR untuk mendeteksi secara simultan dan cepat C.pneumoniae, L.pneumophila dan M.pneumoniae pada sputum pasien CAP. Metode: Penelitian ini merupakan uji eksperimental laboratorium yang terdiri atas 3 tahap. Tahap 1 meliputi optimasi suhu penempelan, primer, probe, volume elusi akhir dan cetakan DNA. Tahap 2 untuk menentukan batas ambang deteksi DNA dan reaksi silang. Tahap 3 adalah penerapan uji multiplex real time PCR pada spesimen sputum pasien CAP. Hasil: Uji multiplex real time PCR telah berhasil dioptimasi dengan ambang batas minimal deteksi DNA untuk Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila dan Mycoplasma pneumaniae adalah 1855, 3185 dan 130 kopi DNA. Uji ini tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme yang berpotensi menimbulkan reaksi positif palsu. Sebanyak 134 sputum telah diuji dan ditemukan positif M.pneumoniae sebanyak 1 spesimen (0,74 %). Kesimpulan: Uji multiplex real time PCR dapat mendeteksi C.pneumoniae, M.pneumoniae, dan L.pneumophila secara simultan pada sputum pasien CAP.

---

Background: Community Acquired Pneumonia (CAP) is one of the leading causes of morbidity and mortality in the world. Atypical bacteria (Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumaniae) are the important causes of CAP. In daily clinical practice, detection of atypical bacteria are sometimes neglected due to the limited standard test available. The real time multiplex PCR methode can be used as an alternative test for the detection of atypical bacteria. Objective: Optimization of the multiplex real time PCR test to simultaneously detect C.pneumoniae, L.pneumophila and M.pneumoniae in CAP patients. Methods: This study is experimental laboratory test that conducted in three phases. The first is optimization of annealing temperature, primers dan probe concentration, final elution of DNA extraction and volume of PCR templete. The second is determination of minimal detection of DNA and cross reaction of optimized real time PCR multiplex. The third is application of real time PCR multiplex in sputum clinical specimen patient with CAP. Results: The multiplex real time PCR test was successfully optimized for annealing temperature, concentration of primer both forward and reverse, probes concentration and inhibitor. Limit detection of the DNA Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila and Mycoplasma pneumaniae were 1855 copies, 3185 copies and 130 copies DNA. This test also showed no cross reaction to microorganisms that have potential to cause false positives. A total of 134 sputum clinical specimens have been tested with this method and only one sample (0,74%) was positive M.pneumoniae. Conclusion: The multiplex real time PCR assay can detect C. pneumoniae, M. pneumoniae, and L. pneumophila simultanously in sputum of patients with Community Acquired Pneumonia (CAP)

Abstrak :
Keberhasilan deteksi tuberkulosis (TB) relatif rendah pada negara berkembang dengan beban TB tinggi akibat kurangnya akurasi diagnosis. Penegakan diagnosis yang dilakukan dengan uji BTA dan TCM sebagai metode deteksi TB baku emas memiliki kelemahan dalam hal penggunaan spesimen sputum yang kemungkinan tidak tersedia pada pasien pediatrik, serta tidak representatif terhadap infeksi Mtb di luar jaringan paru. Urin dapat menjadi kandidat spesimen alternatif dikarenakan bersifat non-invasif. Deteksi antigen Mtb dalam urin menggunakan kit diagnostik Fujifilm SILVAMP TB LAM berhasil dilakukan pada populasi TB-HIV, namun deteksi gen Mtb secara langsung dalam urin belum banyak diteliti. Metode molekuler PCR telah digunakan dalam studi diagnostik karena memiliki nilai sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi, sehingga dapat memberikan hasil diagnosis yang akurat. Tujuan penelitian adalah melalukan uji deteksi TB pada sampel urin populasi yang telah dinyatakan TB secara bakteriologis (kelompok Definite TB) dan populasi yang didiagnosa TB secara klinis namun tidak menunjukkan hasil laboratorium TB (kelompok Clinically TB) melalui metode multiplex PCR dengan gen target ESAT6, IS6110, dan MPT64 dan mengevaluasi potensi sampel urin sebagai spesimen alternatif diagnosis TB. Nilai positivity rate yang diperoleh adalah 71,43% (10/14) pada kelompok Definite TB dan 60,71% (17/28) pada kelompok Clinically TB. Metode multiplex PCR dengan spesimen urin dapat menjadi petunjuk pada kasus TB non-paru dan populasi yang tidak dapat mengeluarkan sputum berkualitas. ......Tuberculosis (TB) screening and diagnostic accuracy is relatively low in developing countries, which has contributed to the high TB burden in such regions. The diagnostic gold standard is the acid-fast bacillus (AFB) smear and GeneXpert test. A major disadvantage for both tests is the utilisation of sputum specimens, which may not be available in paediatric cases and is not representative of extrapulmonary Mtb infection. Urine may be used as an adjunct specimen because of its non-invasive nature of collection. Previous studies have focused on detecting Mtb antigens in urine using the Fujifilm SILVAMP TB LAM diagnostic kit in TB-HIV populations, however direct Mtb DNA detection has not been intensively evaluated. In recent years, PCR techniques have been widely used due to high sensitivity and specificity values which provides rapid and accurate diagnoses. Therefore, the primary objective of this is to conduct a TB detection test in urine samples of two population groups previously tested with AFB smear and GeneXpert test; (1) definite bacteriological cases (Definite TB group), and (2) clinically diagnosed cases (Clinically TB group), using multiplex PCR with target genes ESAT6, IS6110, and MPT64. Specifically, the study aims to evaluate urine as an alternative specimen and supporting tool in TB diagnostics. Observed positivity rate of urine samples was 71.43% (10/14) in the Definite TB group and 60.71% (17/28) in the Clinically TB group. Multiplex PCR using urine specimens indicates effectiveness in rapid detection of extra-pulmonary TB and sputum-scarce cases.

Abstrak :
Staphylococcus aureus merupakan bakteri Gram positif berbentuk kokus yang tersusun seperti anggur dan dapat menyebabkan penyakit. Penggunaan antibiotik methicillin yang berlebihan menyebabkan bakteri menjadi resistan atau dikenal dengan Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Resistensi pada MRSA ditandai dengan keberadaan gen mecA dan femA. Salah satu penyebaran MRSA dapat melalui hewan ternak. Penyebaran patogen zoonosis MRSA diduga terjadi melalui ayam atau cross contamination dari talenan. Tujuan penelitian adalah mendeteksi gen mecA dan femA pada Staphylococcus aureus dari talenan dan ampela ayam mentah di penjual ayam pasar tradisional. Penelitian dilakukan dengan pengambilan 6 sampel talenan dan ampela ayam mentah di 3 pasar tradisional Kota Depok dengan metode swab dan menggunakan medium Mannitol Salt Agar (MSA). Isolat-isolat yang mengubah warna medium menjadi kuning akan dilakukan pendeteksian gen penanda MRSA, yaitu 16S rRNA (STPY), mecA, dan femA dengan metode multiplex PCR. Hasil penelitian mendapatkan 19 isolat MRSA dan 2 isolat Methicillin resistant Staphylococcus (MRS) dengan menggunakan primer 16S rRNA universal, yaitu Staphylococcus cohnii dan Staphylococcus gallinarum. Keberadaan gen resistan dari isolat yang diperoleh menunjukkan bahwa talenan dan ampela ayam mentah dapat berpotensi menjadi sumber transmisi MRSA. ......Staphylococcus aureus merupakan bakteri Gram positif berbentuk kokus yang tersusun seperti anggur dan dapat menyebabkan penyakit. Penggunaan antibiotik methicillin yang berlebihan menyebabkan bakteri menjadi resistan atau dikenal dengan Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Resistensi pada MRSA ditandai dengan keberadaan gen mecA dan femA. Salah satu penyebaran MRSA dapat melalui hewan ternak. Penyebaran patogen zoonosis MRSA diduga terjadi melalui ayam atau cross contamination dari talenan. Tujuan penelitian adalah mendeteksi gen mecA dan femA pada Staphylococcus aureus dari talenan dan ampela ayam mentah di penjual ayam pasar tradisional. Penelitian dilakukan dengan pengambilan 6 sampel talenan dan ampela ayam mentah di 3 pasar tradisional Kota Depok dengan metode swab dan menggunakan medium Mannitol Salt Agar (MSA). Isolat-isolat yang mengubah warna medium menjadi kuning akan dilakukan pendeteksian gen penanda MRSA, yaitu 16S rRNA (STPY), mecA, dan femA dengan metode multiplex PCR. Hasil penelitian mendapatkan 19 isolat MRSA dan 2 isolat Methicillin resistant Staphylococcus (MRS) dengan menggunakan primer 16S rRNA universal, yaitu Staphylococcus cohnii dan Staphylococcus gallinarum. Keberadaan gen resistan dari isolat yang diperoleh menunjukkan bahwa talenan dan ampela ayam mentah dapat berpotensi menjadi sumber transmisi MRSA.

Abstrak :
Degradasi habitat, fragmentasi habitat, perburuan liar dan konflik gajah dengan manusia telah menyebabkan terjadinya penurunan populasi gajah sumatra Elephas maximus sumatranus dan menempatkannya menjadi salah satu satwa dengan status konservasi kritis critically endangered. Informasi-informasi dasar seperti seks, usia, sebaran spasial, serta pengaruh faktor-faktor lingkungan terhadap keberadaan gajah sumatra diperlukan untuk mencegah gajah sumatra dari kepunahan melalui manajemen konservasi yang baik. Identifikasi seks gajah sumatra dilakukan pada sampel feses dari Taman Nasional Bukit Barisan Selatan TNBBS dengan teknik molekular menggunakan metode multiplex Polymerase Chain Reaction untuk mengamplifikasi gen PLP1 pada kromosom X serta SRY1 dan AMELY2 pada kromososm Y. Identifikasi usia dilakukan dengan mengukur rata-rata keliling bolus feses. Hasil dari identifikasi seks-usia pada sampel feses gajah sumatra di TNBBS menunjukkan bahwa sampel yang ditemukan didominasi oleh betina muda dan betina dewasa masing-masing 22, jantan muda 20, jantan dewasa 9, betina anak 4, serta jantan anak 3. Preferensi habitat gajah sumatra jantan dan betina sama yaitu lahan pertanian kering. Uji pengaruh variabel lingkungan terhadap probabilitas kehadiran gajah sumatra jantan dan betina dilakukan dengan menggunakan Maximum Entropy MaxEnt dan hasilnya menunjukkan bahwa variabel yang memberikan pengaruh terbesar adalah elevasi, tutupan lahan, dan jarak desa. Upaya untuk melindungi gajah sumatra dari kepunahan dapat dilakukan dengan pemilihan prioritas restorasi lahan, penegakan hukum, perencanaan penggunaan lahan, peningkatan patroli, serta penelitian terkait populasi gajah sumatra dan habitatnya seperti yang dilakukan dalam penelitian ini. ...... Habitat degradation, habitat fragmentation, poaching and human elephant conflict HEC have resulted in a decline of sumatran elephant Elephas maximus sumatranus population and placed it into one of critically endangered animals. Basic information such as sex, age, spatial distribution, and the influence of environmental factors on the existence of sumatran elephant are needed to prevent sumatran elephants from extinction through good conservation management. The identification of Sumatran elephant sex was performed on faecal samples from Bukit Barisan Selatan National Park BBSNP by molecular technique using multiplex Polymerase Chain Reaction method to amplify PLP1 gene on X chromosome and SRY1 and AMELY2 on Y chromososm. Age identification was done by measuring the mean of boli circumference. The results of the age sex identification of the sumatran elephant faeces sample in BBNSP showed that the samples were dominated by adult female and sub adult female 22 respectively, 20 sub adult males, 9 adult males, 4 juvenile females, and 3 juvenile males. Preference of males and females sumatran elephant habitat is dry farmland. The test of environmental variables influence on the probability of males and females sumatran elephants presence was performed using Maximum Entropy MaxEnt. The results showed that elevation, land cover, and village distance were variables that gave biggest influence to the presence probability. Efforts to protect Sumatran elephants from extinction can be undertaken with the selection of land restoration priorities, law enforcement, land use planning, patrol improvements, and research on sumatran elephant populations and their habitats as practiced in this study.