Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Salah satu metode deteksi dini kanker mulut rahim melalui deteksikeberadaan atau infeksi HPVadalah metode Hybrid Capture. Dalampenelitian ini akan dicari primer sebagai pengganti probe dalam rangkamemodifikasi metode Hybrid Capture. Metode yang digunakan adalahmetode bioinformatik. Sekuens genom HPV dari database dibagi menjaditiga kelompok beidasarkan kecenderungannya menyebabkan kanker, dandata dibuat dalam tiga bentuk yaitu genom total, gen E?, dan gen E7.Multiple alignment dilakukan untuk menoari kesamaan antar sekuenstersebut, dan memperoleh conserved area yang akan digunakan sebagaitemplate. Untuk mendapatkan daerah yang spesifik, maka seleksi lebih lanjutterhadap conserved region menggunakan Basic Local Alignment SearchTool (BLAST). Diperoleh empat segmen dengan basil terbaik, yaitu segmen3 dan 27 dari basil alignment genom total High-Risk. segmen 1 dari basilalignment daerah gen E7 High-Risk, dan segmen 4 dari basil alignmentdaerah gen E7 High-Risk + Low Risk. "

"Kanker mulut rahim merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksiHuman papillomavirus, sampai saat ini cara deteksi yang dilakukan melaluipendekatan genomic yaitu deteksi berdasarkan keberadaan genom HPV,misaikan metode Hybrid Capture dan PGR yang berhasil menolong banyaknyawa wanita. Tujuan jangka panjang penelitian ini adalah mencari suatuprotein yang dapat mendeteksi keberadaan HPV sebagai alat deteksi dini.Kanker mulut rahim disebabkan oleh onkoprotein E6 (|an E7 HPV yangmengadakan ikatan dengan tumor suppresor gene sehingga menjadi tidakberfungsi dan akan membuat pembelahan sel menjadi tidak terkontrol.Metode yang digunakan adalah bioinformatik dengan menggunakan datasekuens asam amino onkoprotein HPV dan Juga tumor suppressor gene p53dan pRb yang bisa didapat dari database. Conserved region yangdigunakan adalah tumor suppressor gene p53 dan pRb dari hasil penelitanyang ada kemudian dengan PS! BLAST dicari protein lain yang memilikif jfTjil!3n|35- Pfrj pp^^Tdiambil p^jp^rapg yang similar dan untukmelihat sebarapa besar similiaritasnya dilakukan mplltiple alignment denganClustalW 1.82. Hasil yang didapatkan akan dikembangkan lebih lanjut yangakan digunakan untuk mendeteteksi keberadaan HPV sebagai penyebabutama kanker mulut rahim"

"Kanker mulut rahim adalah Ranker yang paling banyak terjadi diantarasemua jenis kanker yang ada dan merupakan penyebab angka kematlanterbesar di dunia termasuk di Indonesia. Penyebab utama kanker mulut rahimadalah Human Paviloma Vims (HPV), virus yang termasuk dalam kelompokpapova virus. Tindakan yang umum dilakukan pada pencegahan danpengobatan kanker mulut rahim dilakukan dengan mengamati perkembangansel kanker mulut rahim dengan metode pap smear. Perkembangan terakhir/■adalah pengembangan Hybrid Capture, kit pendeteksi kanker mulut rahimdengan memonitoring virus HPV penyebab kanker tersebut yang mendeteksimateri genetik HPV penyebab kanker mulut rahim. Terobosan ini menjadisangat menjanjikan seiring perkembangan bioteknologi dan bioinformatikyang sangat pesat pada tahun-tahun terakhir. Pada penelitian ini dilakukanstudi bioinformatik pada genom HPV dan desain primer yang selektif hanyaterhadap tipe HPV penyebab kanker mulut rahim untuk selanjutnyadigunakan sebagai pengganti probe pada modifikasi Hybrid Capture. Metodeyang digunakan adalah dengan melakukan serangkaian multiple alignmentterhadap genom HPV untuk mencari conserve region spesifik. Conserveregion ini akan digunakan sebagai template perancangan primer. Multiplealignment dilakukan terhadap genom HPV yang terlebih dulu dikelompokkanmenurut tempat hidup virus dan keterkaitan virus dengan kanker mulut rahim.Conserve region hasil multiple alignment dari masing-masing-kelompok kemudian dipisahkan dari sikuens genom totalnya dan selanjutnya dilakukanmultiple alignment terhadap conserve region yang didapat pada masingmasingkelompok HPVuntuk mendapatkan conserve region spesifik.Keseluruhan proses multiple alignment yang dilakukan menghasilkan 6conserve region yang spesifik hanya dimiliki oleh kelompok virus penyebabkanker mulut rahim {genital high-risk cancer dan genital low-risk cancer)dengan ukuran sikuens yang beragam. Kemudian enam conserve regiontersebut digunakan sebagai template perancangan primer spesifik terhadaptipe virus penyebab kanker mulut rahim. Terhadap kandidat primer hasilrancangan menggunakan enam conserve region yang dihasilkan, dilakukanuji selektivitas dengan menggunakan BLAST pada database sehinggadidapatkan satu conserve region terbaik dengan ukuran 117pb yangmenghasilkan 3 primer yang memiliki selektivitas tertinggi diantara kandidatprimer yang didapat."

"Epidemi dengue menyerang berbagai negara di dunia, khususnya negara-negara tropis dan subtropis. Infeksi dengue disebabkan oleh dengue virus (DV) yang memiliki serotype (DV1, DV2, DV3, dan DV4). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan desain sekuens vaksin dengue yang bersifat tetravalen melalui studi bioinformatika. Protein envelope (E) pada keempat serotype DV digunakan untuk merancang sekuens vaksin. Multiple alignment digunakan untuk melihat similaritas 102 intra-serotype DV. Perwakilan dari tiap serotype DV diambil berdasarkan hasil multiple alignment, tingkat insedensi, dan letak geografis penemuan DV. Epitope ditentukan melalui server MULTIPRED dengan dua metode algoritma. Tiga epitope dari masing-masing metode algoritma, disubsitusi ke dalam backbone DV2 sehingga didapatkan dua rancangan sekuens vaksin dengue (vaksin A dan vaksin H). Rancangan sekuens tersebut dicari kesamaan strukturnya melalui server BLAST. Hasil analisis BLAST menghasilkan 91% identitas, 895 bits score, 0.0 E-value untuk vaksin A dan 92% identitas, 890 bit score, 0.0 E-value untuk vaksin H. Berdasarkan hasil analisis BLAST, kedua rancanan vaksin dengue tersebut memiliki struktur dan folding akhir yang serupa dengan backbone DV2."