"Pemalsuan kandungan daging merupakan sebuah masalah yang besar, terlebih di negara dengan mayoritas penduduknya beragama Islam seperti Indonesia. Sejauh ini, proses uji deteksi kehalalan berpedoman pada rekomendasi ISO yang memanfaatkan qPCR dengan gen target ACTB pada babi, namun komparasi antara reliabilitas gen ACTB dan reliabilitas gen lainnya belum banyak diuji. Gen alternatif yang dinilai berpotensi untuk dijadikan gen target pada primer untuk uji deteksi halal adalah gen yang terdapat pada DNA mitokondria (mtDNA), yaitu COI, Cytb, dan 12S rRNA. Spesifisitas ketiga primer tersebut sudah teruji secara in silico sebesar 100%. Namun, spesifisitas in silico tidak selalu menunjukkan hasil yang sama secara in vitro, sehingga spesifisitas ketiga primer perlu diuji secara in vitro dan dibandingkan dengan primer ACTB terhadap DNA daging babi hutan dan babi domestik. Metode yang digunakan dalam penelitian ini terdiri atas isolasi DNA dari daging babi domestik, babi hutan, sapi, kambing, ayam, ikan tuna, dan ikan mas, kuantifikasi DNA, optimasi suhu annealing primer, dan uji spesifisitas melalui qPCR. Konsentrasi DNA yang diisolasi berkisar dari 21,0 ng/μL hingga 155,5 ng/μL, sedangkan kemurnian DNA berkisar dari 1,393 hingga 1,929. Suhu annealing optimal yang dipilih adalah 57oC untuk ketiga primer. Berdasarkan hasil qPCR, spesifisitas primer gen COI, Cytb, dan 12S rRNA masing-masing sebesar 50%, 25%, dan 50%, dan berada di bawah spesifisitas ACTB sebesar 100%, kemungkinan diakibatkan oleh proses desain yang kurang optimal. Oleh karena itu, disimpulkan bahwa spesifisitas primer COI, Cytb, dan 12S rRNA masih tergolong rendah dan perlu dilakukan upaya desain ulang primer untuk meningkatkan spesifisitasnya.
Meat content adulteration is a prominent problem in a predominantly Muslim country such as Indonesia. To this date, the majority of halal detection activities have followed the recommendation given by ISO, utilizing qPCR and the target gene of ACTB in pigs, but its’ reliability is yet to be compared with other genes intensively. Mitochondrial DNA (mtDNA) genes, such as COI, Cytb, and 12S rRNA are considered worthy alternatives of becoming primer target genes in halal detection, with satisfactory in silico specificity of 100%. Alas, in silico specificity does not always correspond to in vitro results. Therefore, the three primers’ specificities towards wild boar and domesticated pig DNA need to be evaluated in vitro and compared with the ACTB primer. The methods used in this research include DNA isolation from pork and wild boar meat, beef, goat meat, chicken meat, tuna, and carp meat, DNA quantification, primer annealing temperature optimization, and specificity evaluation through qPCR. Isolated DNA concentrations range from 21,0 ng/μL to 155,5 ng/μL, while DNA purity ranges from 1,393 to 1,929. The optimal annealing temperature chosen for the three primers is 57oC. Based on the qPCR results, the specificities for primers COI, Cytb, and 12S rRNA are 50%, 25%, and 50%, and are below ACTB primers’ specificity which stands at 100%, most likely due to suboptimal primer design. Hence, it is concluded that the specificities of COI, Cytb, and 12S rRNA primers are still considered low, and redesigning is necessary for improval."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2025
