Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK Demam chikungunya adalah penyakit yang disebabkan oleh virus chikungunya (CHIKV) yang dapat menginfeksi manusia melalui gigitan nyamuk. CHIKV ditularkan melalui nyamuk Aedes aegypti dan Aedes albopictus. CHIKV juga merupakan penyakit arbovirus yang penting karena morbiditas yang tinggi. Kejadian Luar Biasa (KLB) infeksi CHIKV pertama kali dilaporkan pada tahun 1973 di Kalimantan Timur dan DKI Jakarta. Dengan besarnya frekuensi KLB dan tingginya prevalensi infeksi CHIKV di Indonesia maka diperlukan studi genotipe CHIKV. Faktor virus seperti variasi genotipe diyakini berperan dalam menentukan derajat keparahan penyakit. Pada penelitian ini menggunakan sampel yang tersimpan di Badan Litbangkes Jakarta sebagai Pusat Rujukan pemeriksaan infeksi CHIKV. Variasi genetik CHIKV dari 19 sampel dari 8 Propinsi di Indonesia tahun 2012?2014 dikerjakan dengan melakukan amplifikasi dan sekuensing gen E1 dan Capsid. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa semua sampel pada penelitian adalah genotipe Asian. Homologi nukleotida dan asam amino gen E1 ditemukan berkisar 97,8%-100% dan 95,6%-100% untuk asam aminonya. Analisis epitop sel B dan sel T pada gen capsid memperlihatkan tidak adanya perbedaan antara CH12_069 dengan genotipe CHIKV di dunia. Epitop sel B di gen E1 ada beberapa perbedaan antara CH12_069 dengan genotipe Asian yaitu K196R dan L203I, sedangkan epitop sel T pada gen E1 tidak ditemukan perubahan asam amino.

---

ABSTRACT Chikungunya fever is a disease caused by the chikungunya virus (CHIKV) that can infect humans through mosquito bites. CHIKV is transmitted by Aedes aegypti and Aedes albopictus mosquitos. CHIKV is also an important arbovirus disease because of the high morbidity. The outbreaks of CHIKV infection was first reported in 1973 in East Kalimantan and Jakarta. With the magnitude of the frequency of outbreaks and the high prevalence of CHIKV infection in Indonesia, CHIKV genotype study is needed. Viral factor such as genotype variation is suggested play a role in determining the degree of severity of the disease. In this study, we used the stored samples in National Institute of Health Research and Development Jakarta as a Reference Laboratory Center of CHIKV infection. Genetic variation CHIKV of 19 samples from 8 provinces in Indonesia in 2012? 2014 done by performing amplification and sequencing of genes E1 and capsids. Phylogenetic analysis showed that all samples in this study were Asian genotype. E1 gene nucleotide homology was found ranging from 97.8%-100% and 95.6%- 100% for the amino acid. Analysis of B cell epitops and T cells epitop in the capsid gene showed no differences between CH12_069 with CHIKV genotype in the world. B cells epitops in E1 gene were showed no specific distinction between CH12_069 among CHIKV strains all over the world. B cell epitops in E1 gene there were some differences between CH12_069 with the Asian genotype such as K196R and L203I, whereas T cell epitops in E1 gene not found amino acid changes.

Abstrak :
Berbagai upaya meningkatkan kapasitas adsorpsi hidrogen pada Carbon Nanotubes CNT banyak dilakukan diantaranya melalui: optimasi struktur, pengaturan unsur doping serta modifikasi pada CNT sehingga diperoleh CNT dengan karakteristik baru, atau material dengan struktur baru. Jenis material nanostruktur yang sekarang banyak menarik perhatian adalah Boron Carbide, Boron Nitride dan Carbon Nitride. Pada penelitian ini model struktur yang dibahas adalah Single-walled Triazine Nanotube SWTNT, SWTNT dengan substitusi Boron, Boron Substituted-Single Walled Triazine Nanotube SWBTNT serta SWTNT substitusi boron dengan doping lithium: Lithium Doped on Boron Substituted Single-walled Triazine Nanotube SWBTLi2NT yang secara struktur maupun aplikasi untuk penyimpanan hidrogen belum banyak dibahas. Pada tahap awal penelitian dilakukan kajian semi empirik untuk mendapatkan diamater optimum untuk menyimpan hidrogen. Diperoleh diameter optimum pada diameter kurang dari 5? atau pada diameter antara 11 ndash; 14 ?. Berdasarkan hasil tersebut selanjutnya dilakukan simulasi adsorpsi hidrogen Single-walled Carbon Nanotube SWCNT dan berbagai material nanostruktur dengan chiralitas 18, 0. Analisa termodinamik yang paling penting dilakukan adalah perhitungan nilai luas permukaan spesifik spesific surface area/SSA. Dari hasil perhitungan berbagai model material diperoleh nilai SSA berturut-turut 2600, 2730 dan 2828 dan 2458 m2/g. Dengan demikian maka dapat diduga modifikasi struktur dengan substitusi/doping logam pada material berbasis karbon akan meningkatkan kapasitas adsorpsi hidrogen. Modifikasi tersebut juga mengidentifikasikan adanya peningkatan energi adsorpsi hidrogen secara signifikan yang besarnya berturut-turut 1,2; 1,97; 2,25 dan 9,7 kkal/mol. Simulasi dinamika mulekular MD memberikan hasil kapasitas adsorpsi pada temperatur ruang berturut-turut sebesar 1,59; 2,17; 2,31 dan 6,31 wt , di tekanan 120 atm. Pada temperatur 233 K kapasitas adsorpsi meningkat menjadi 2,26; 2,96; 3,23 dan 6,82 wt serta 6,1; 6,84; 7,73 dan 8,52 wt pada temperatur 77 K. Untuk memverifikasi hasil simulasi dilakukan perbandingan dengan regresi model adsorpsi isotermal, perbandingan dengan hasil eksperimen, perbandingan dengan perhitungan Density Functional Theory DFT , simulasi Grand Canonical Monte Carlo GCMC serta hasil simulasi MD dari hasil yang telah terpublikasi. Perbandingan dengan perhitungan semi empirik maupun eksperimen, secara umum hasil simulasi lebih tinggi sekitar 10 ndash; 20 . Dengan hasil DFT dan GCMC, hasil MD lebih rendah 10 ndash; 20 dan dengan hasil MD peneliti lain perbedaannya berkisar 5-10. Hasil MD juga menunjukkan adanya kesesuaian dengan model adsorpsi isotermal Langmuir, model isotermal Sips maupun model isotermal Toth dengan nilai koefisien determinasi di atas 0,99 pada temperatur 298 K, di atas 0,95 pada temperatur 233 K dan di atas 0,85 pada temperatur 77 K. Analisa monolayer coverage menunjukkan bahwa tanpa doping lithium daerah yang sanggup dicover tidak melebihi 30 , 40 dan 55 masing-masing pada temperatur 298, 233 dan 77 K. Dengan doping lithium coveragenya naik hingga 300. Dicapai coverage hampir 100 pada temperatur 298, 233 dan 77 K berturut-turut pada tekanan 100, 30 dan 5 atm. Berbagai ukuran termodinamik menunjukkan bahwa tanpa modifikasi sulit bagi SWCNT memenuhi kriteria untuk aplikasi penyimpanan hidrogen. Langkah modifikasi yang dilakukan melalui substitusi dan doping logam merupakan peta jalan yang mengarah untuk didapatkannya material baru yang dapat memenuhi target Departemen Energi Amerika Serikat US DoE . Dengan demikian SWBTLi2NT dapat diusulkan sebagai material jenis baru yang memenuhi berbagai persyaratan untuk aplikasi hydrogen storage. ......Various eff orts have been conducted intensively to increase the hydrogen adsorption capacity of Carbon Nanotubes CNT , such as structure optimization, doping element arrangement and structure modification to obtain new characteristics of CNTs, or newly acquired materials. New types of materials that now attract a lot of attention are Boron Carbide, Boron Nitride and Carbon Nitride. The structural models discussed in this study are Single walled Triazine Nanotube SWTNT, Boron Substituted Single walled Triazine Nanotube SWBTNT and Single walled Triazine Nanotube with substitution of boron and lithium doping SWBTLi2NT which structurally and in application for hydrogen storage has not been much discussed. Based on semi empirical study, it is obtained that the optimum diameter to store hydrogen is diameter less than 5 or diameter between 11 14. From this results, a Single walled Carbon Nanotube SWCNT simulation was performed on chirality 18.0 . The choice of chirality is to assure three dimensional symmetrical properties, when the material type is replaced by a more complex type of material. Based on the results, further simulations were made on various material variations with 18, 0 chirality The first thermodynamic analysis performed was calculation of SSA value and in various models the material obtained the value of SSA respectively of 2600, 2730 and 2828 and 2458 m2 g. Thus it can be predicted that structural modification by substitution and doping on carbon based materials will increase the hydrogen adsorption capacity. The modification also identified a significant increase in hydrogen adsorption energy of 1.2, 1.97, 2.25 and 9.7 kcal mole. The molecular dynamics simulation gives the result of adsorption capacity at room temperature is respectively of 1.59, 2.17, 2.31 and 6.31 wt . At temperature of the adsorption capacity increased to 2.26, 2.96, 3.23 and 6.82 wt while 6.1, 6.84, 7.73 and 8.52 wt at a temperature of 77 K. To verify the simulation results, a comparison with the regression of the isothermal adosrpsi model, the comparison with the experimental results, the comparison with Density Functional Theory DFT calculations, Grand Canonical Monte Carlo GCMC simulations and MD simulation results from published reports were hold. In general comparison with semi empirical and experimental calculations, the simulation result is higher about 10 20 . With DFT and GCMC results, MD results were lower about 10 20 and with the other MD results about 5 10 . The MD results also indicate compatibility with the Langmuir isothermal model of adsorption, Sips Langmuir isothermal model and Toth Langmuir isothermal model with a coefficient of determination above 0.99 at a temperature of 298 K, above 0.95 at a temperature of 233 K and above 0.85 at a temperature of 77 K. The monolayer coverage analysis showed that without lithium doping the covered area did not exceed 30 , 40 and 55 respectively at temperatures of 298, 233 and 77 K. With lithium coverage doping rise up to 300 and achieved coverage of nearly 100 at 298, 233 and 77 K temperatures at 100, 30 and 5 atm pressure, respectively. The various thermodynamic properties showed that without modification it is to difficult for SWCNT to meet the criteria for hydrogen storage applications. The modification step made through substitution and metal doping is a roadmap that leads to the discovery of new materials that can meet the US Department of Energy US DoE targets. Thus SWBTLi2NT can be proposed as a new type of material that meets various requirements for hydrogen storage applications.

Abstrak :
Latar belakang: Infeksi tuberkulosis (TB) adalah masalah kesehatan yang sudah lama menjadi beban dunia, terutama di Indonesia. Metode diagnosis dengan GeneXpert MTB/RIF merupakan metode diagnosis dengan banyak kelebihan, termasuk lebih efektif dan efisien dibandingkan metode kultur Lowenstein-Jensen sebagai gold standard. WHO menyarankan penggunaan TCM GeneXpert dan foto toraks sebagai upaya triase pasien suspek TB. Penelitian menunjukan bahwa penggabungan kedua metode ini memiliki positive predictive value yang besar. Meskipun demikian, penelitian tentang TCM TB dan kaitannya dengan hasil pemeriksaan foto toraks masih sangat terbatas. Metode: Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif analitik berdesain potong lintang dengan jumlah sampel minimal 68 subjek. Data pada penelitian ini merupakan data sekunder dari penelitian dengan judul “A prospective longitudinal study of chronic pulmonary aspergillosis in pulmonary tuberculosis in Indonesia (APICAL)” yang telah dilaksanakan sebelumnya dan kemudian diseleksi berdasarkan kriteria inklusi dan eksklusi. Hasil: Dari 69 subjek yang diikutsertakan dalam penelitian, sebanyak 42 (60,78%) subjek memiliki hasil TCM negatif. Temuan foto toraks yang terbanyak ditemukan adalah infiltrat (86,96%), diikuti kavitas (56,25%), fibrosis parakaviter (37,68%), penebalan pleura (34,78%), nodul (14,49%), dan bronkiektasis (10,14%). Antara temuan foto toraks dan hasil TCM, ditemukan hubungan yang bermakna antara hasil TCM dengan kavitas, fibrosis parakaviter, penebalan pleura, dan nodul. Kesimpulan: Terdapat hubungan yang bermakna antara hasil TCM dengan beberapa temuan foto toraks pada pasien TB, yakni kavitas, fibrosis parakaviter, penebalan pleura, dan nodul. ......Background: Tuberculosis (TB) infection is a health problem that has long been a burden on the world, especially in Indonesia. The GeneXpert MTB/RIF diagnostic method is a diagnostic method with many advantages, including being more effective and efficient than the Lowenstein-Jensen culture method as the gold standard. WHO recommends the use of GeneXpert molecular test and chest X-ray as an effort to triage patients with suspected TB. Research shows that the combination of these two methods has a large positive predictive value. However, research on GeneXpert molecular rapid test and its relation to chest X-ray results is still very limited. Methods: This research is a cross-sectional analytical descriptive study with a minimum sample size of 68 subjects. The data in this study are secondary data from a study entitled " A prospective longitudinal study of chronic pulmonary aspergillosis in pulmonary tuberculosis in Indonesia (APICAL)" and then selected based on inclusion and exclusion criteria. Results: Of the 69 subjects included in the study, 42 (60.78%) subjects had negative molecular rapid test results. The most common chest X-ray findings were infiltrates (86.96%), followed by cavities (56.25%), paracavitary fibrosis (37.68%), pleural thickening (34.78%), nodules (14.49%), and bronchiectasis (10.14%). Between chest X-ray findings and molecular rapid test results, a significant relationship was found between molecular rapid test results with cavities, paracavitary fibrosis, pleural thickening, and nodules. Conclusion: There is a significant relationship between molecular rapid test results and several chest X-ray findings in TB patients, namely cavities, paracavitary fibrosis, pleural thickening, and nodules.

Abstrak :
Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol. ......COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol.