Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
[ABSTRAK
Hierarchical clustering merupakan metode yang efektif dalam membentuk pohon filogenetik dengan mengetahui matriks jarak antar barisan DNA. Salah satu cara untuk membuat matriks jarak yaitu dengan cara menggunakan metode -mer. Kelebihan dari metode -mer yaitu lebih efisien dalam segi waktu. Langkahlangkah dalam membuat matriks jarak dengan metode -mer dimulai dengan membentuk -mer sparse matrix dari masing barisan DNA. Selanjutnya, membentuk -mer singular value vector. Pada tahap akhir yaitu menghitung jarak antar vektor. Pada tesis ini akan dilakukan analisis terhadap barisan DNA MERSCoV dengan mengimplementasi Hierarchical clustering menggunakan -mers sparse matrix sehingga dapat diketahui leluhur dari masing-masing barisan DNA MERS-CoV.

---

ABSTRACT
Hierarchical clustering is an effective method in creating phylogenetic by knowing the distance matrix between DNA sequence. One of methods to make the distance matrix use -mer method. -mer is more efficient than others. The steps to make distance matrix using -mer method starts from creating -mer sparse matrix. Then, creating -mer singular value vector. The last steps is counting distance each vectors. This thesis will analyze the sequence of DNA MERS-CoV by implementing Hierarchical clustering using k-mers sparse matrix so that will be known the ancestor of each sequence of DNA MERS-CoV., Hierarchical clustering is an effective method in creating phylogenetic by knowing the distance matrix between DNA sequence. One of methods to make the distance matrix use -mer method. -mer is more efficient than others. The steps to make distance matrix using -mer method starts from creating -mer sparse matrix. Then, creating -mer singular value vector. The last steps is counting distance each vectors. This thesis will analyze the sequence of DNA MERS-CoV by implementing Hierarchical clustering using k-mers sparse matrix so that will be known the ancestor of each sequence of DNA MERS-CoV.]

Abstrak :
Middle east respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) telah menjadi wabah saat ini, infeksi MERS-CoV menyebabkan gangguan pada sistem pernapasan, pencernaan, bahkan menyebabkan kematian dengan rata-rata kematian yang disebabkan infeksi MERS-CoV mencapai 50%. Sampai saat ini belum ditemukannya vaksin atau obat yang efektif untuk mengurangi infeksi MERS-CoV. papain-like protease (PLpro) bertanggung jawab untuk melepaskan potein nonstruktual yang berperan penting dalam proses pematangan virus. Dengan menginhibisi papain-like protease (PLpro) dengan suatu ligan, akan menghambat proses pelepasan protein nonstruktural, sehingga mengurangi infeksi yang diakibatkan oleh virus MERS-CoV. Melalui studi bioinformatika dengan metode molecular docking dan melalui analisis drug scan, didapatkan inhibitor berbasiskan senyawa peptida siklis komersial yang dapat berikatan dengan PLpro dan mengurangi proses infeksi yaitu Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine). Melalui analisis molecular dynamics, inhibitor ini stabil dalam tubuh baik dalam keadaan normal (310 K) dan keadaan demam (312 K), sehingga senyawa Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) berpotensi untuk dikembangkan menjadi obat terbarukan MERS-CoV.

---

Middle east respiratory syndrome (MERS-CoV) has become the current outbreak, MERS-CoV infection results in illness in respiratory system, digestive, and even lad to death with an average mortality caused by MERS-CoV infection reaches 50%. Until now no effective vaccine or drug to ward off MERS-CoV infection. Papain-like protease (PLpro), is responsible for cleavage of nonstructural potein that is important for viral maturation. Inhibition the papain-like protease (PLpro) with a ligand will block the cleavage process of nonstructural protein, thus reduce the infection of MERS-CoV. Through of bionformatics study with molecular docking, molecular dynamics and drug scan analysis, Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) was obtained as a inhibitor of commercial cyclic peptide, it can inhibit the papain-like protease (PLpro) and reduce infection process. With molecular dynamics analysis, this inhibitor was stable at normal body temperature (310 K) and fever temperature (312 K), with the result that Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) has a potential as novel candidate drug.