Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Candida sp. merupakan jamur komensal penyebab infeksi invasif kandidiasis. Candida albicans memiliki sifat dominan sehingga Candida lain sulit untuk dideteksi dan dapat mengarah pada kesalahan terapi. Candida non-albicans seperti Candida krusei juga memiliki resistensi terhadap obat antijamur. Metode deteksi menggunakan qPCR dapat mempersingkat waktu untuk diagnosis dan memiliki spesifisitas deteksi yang baik untuk deteksi kandidiasis invasif. Namun penggunaan metode ini memerlukan primer spesifik. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas novel primer Ca2 yang mendeteksi Candida albicans dan Cc3 yang mendeteksi Candida krusei serta membedakan keduanya dari spesies Candida dan jamur lainnya. Pengujian spesifisitas dilakukan menggunakan metode qPCR berbasis intercalating dye SYBR Green dengan suhu annealing 60℃ untuk primer Ca2 dan 58℃ untuk primer Cc3, masing-masing sebanyak 40 siklus. Pengujian dilakukan terhadap sebelas spesies jamur Candida termasuk C. albicans dan C. krusei; satu spesies teleomorf jamur Candida, Clavispora lusitaniae; dan dua spesies jamur dari genus lain, yaitu Malassezia dan Aspergillus. Hasil uji primer Ca2 menunjukkan nilai Ct 25,23 dan Tm 83,58 untuk Candida albicans, sedangkan primer Cc3 menunjukkan nilai Ct 35,00 dan Tm 88,24 untuk Candida krusei serta Ct 23,41 dan Tm 88,80 untuk Clavispora lusitaniae. Primer Ca2 spesifik mendeteksi C. albicans. Sementara itu primer Cc3 tidak spesifik mendeteksi Candida krusei, namun dapat mendeteksi Clavispora lusitaniae. Walaupun demikian, primer Cc3 masih dapat digunakan untuk penggunaan klinis karena rendahnya infeksi Clavispora lusitaniae di Indonesia. ......Candida sp. are commensal yeasts that can result in invasive infection such as Candidiasis. Candida albicans-dominant characteristic caused medication error due to difficulty of other Candida detection. Candida non-albicans such as Candida krusei has high resistance against antifungi drugs. Detection method using qPCR offers shorter amount of time for diagnosis and has high specificity for detecting invasive candidiasis. However, this method requires specific primers. In this study, we evaluate specificity of novel primer Ca2 for detecting Candida albicans and Cc3 for detecting Candida krusei and differentiate both species from other Candida and yeast species. The specificity test was done in qPCR with intercalating dye SYBR Green applying 40 cycles and annealing temperature at 60 ℃ for Ca2 and 58℃ for Cc3. Samples are eleven Candida species including C. albicans and C. krusei; one species of Candida in a teleomorph form, Clavispora lusitaniae; and two species of another genus, Malassezia and Aspergillus. Primer Ca2 identified Candida albicans with Ct value 25,23 and Tm 83,58. Primer Cc3 identified Candida krusei with Ct value 35,00 and Tm 88,24 as well as Clavispora lusitaniae with Ct value 23,41 and Tm 88,80. Primer Ca2 specific for detecting C. albicans and primer Cc3 not specific for detecting Candida krusei, but also able to detecting Clavispora lusitaniae.However, the primer still acceptable for clinical use due to low prevalence of Clavispora lusitaniae infection in Indonesia.

Abstrak :
Candida albicans merupakan salah satu patogen umum penyebab kandidiasis invasif yang memiliki tingkat mortalitas yang cukup tinggi sehingga diperlukan metode deteksi yang cepat, sensitif, dan spesifik untuk mendapatkan diagnosis dan pengobatan yang tepat. qPCR berbasis intercalating dye dapat menjadi salah satu metode yang digunakan untuk pendeteksian Candida albicans karena waktu pemrosesannya yang cepat dan dapat menggunakan volume sampel yang sedikit. Tetapi, penggunaan intercalating dye memiliki kelemahan yaitu dapat berikatan pada semua DNA untai ganda, sehingga diperlukan primer yang spesifik. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi Candida albicans menggunakan qPCR berbasis intercalating dye dengan melakukan perancangan primer spesifik untuk Candida albicans, pengujian spesifisitas primer terhadap spesies fungi lain, dan pengujian sensitivitas metode qPCR menggunakan sampel darah utuh. Hasil perancangan primer spesifik merupakan primer Ca2 yang memiliki panjang 22 dan 19 oligonukleotida untuk deteksi qPCR. Primer yang dirancang menargetkan gen ITS yang merupakan housekeeping gene untuk fungi. Hasil uji spesifisitas primer terhadap tiga spesies Candida lain dan satu spesies Malassezia menunjukkan melting curve yang memiliki puncak tunggal pada sampel yang terdapat DNA Candida albicans dan DNA campuran, yang menandakan primer secara spesifik mendeteksi Candida albicans. Hasil uji sensitivitas pada darah utuh menunjukkan hasil bahwa metode qPCR berbasis intercalating dye menggunakan primer Ca2 dapat mendeteksi DNA Candida albicans dalam sampel darah utuh hingga batas 100 sel/mL. ......Candida albicans is a common pathogen that can cause invasive candidiasis which has a fairly high mortality rate so a fast, sensitive, and specific detection method is needed to get the right diagnosis and treatment. Intercalating dye-based qPCR can be one of the methods used for the detection of Candida albicans because of its fast-processing time and use of a small volume sample. However, the use of intercalating dye has a disadvantage, as it can bind to all double-stranded DNA, so a specific primer is needed. This study aims to develop a Candida albicans detection method using intercalating dye-based qPCR by designing a specific primer for Candida albicans, testing the primer specificity for other fungal species, and testing the sensitivity of the qPCR method using whole blood samples. The results of the design of specific primers are Ca2 primers which have lengths of 22 and 19 oligonucleotides for qPCR detection. The primers are designed to target the ITS gene which is a housekeeping gene for fungi. The results of the primer specificity test for three other Candida species and one Malassezia species showed a melting curve that had a single peak in the sample containing Candida albicans DNA and mixed DNA, which indicated that the primer specifically detected Candida albicans. The results of the sensitivity test showed that the intercalating dye-based qPCR method using Ca2 primers could detect Candida albicans DNA in whole blood samples up to a limit of 100 cells/mL.

Abstrak :
Candida krusei merupakan organisme komensal pada manusia sehat, namun pada pasien dengan gangguan sistem kekebalan tubuh dapat menjadi patogen oportunistik. Candida krusei memiliki prevalensi yang rendah, namun tingkat mortalitas yang cukup tinggi sehingga diperlukan metode deteksi yang cepat dengan sensitivitas serta spesifisitas yang tinggi. Quantitative PCR berbasis intercalating dye merupakan teknik amplifikasi DNA yang mendeteksi secara real-time, namun dapat berikatan secara non-spesifik pada DNA untai ganda yang rentan terhadap kesalahan sehingga diperlukan primer yang baik dan spesifik. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi Candida krusei menggunakan qPCR berbasis intecalating dye dengan merancang primer secara in silico dengan target gen ITS yang memiliki karakteristik baik dan spesifik terhadap Candida krusei serta dilakukan uji spesifisitas primer pada beberapa spesies jamur dan uji sensitivitas pada sampel biologis (whole blood) manusia. Hasil perancangan primer yang diperoleh adalah primer Cc3 yang memiliki panjang masing-masing adalah 20 dan 18 oligonukleotida dengan karakterisasi yang baik. Hasil uji spesifisitas dengan qPCR berbasis intercalating dye pada tiga Candida sp. dan satu spesies Malassezia menunjukkan hasil yang spesifik dimana hanya dapat mendeteksi Candida krusei. Hasil uji sensitivitas pada sampel biologis (whole blood) menunjukkan bahwa qPCR berbasis intercalating dye menggunakan primer Cc3 mampu mendeteksi hingga batas 1000 sel/mL. ......Candida krusei is a commensal organism in healthy humans, but in patients with immunocompromised it can become an opportunistic pathogen. Candida krusei has a low prevalence with a fairly mortality rate. Intercalating dye-based quantitative PCR is a DNA amplification technique that allows real-time detection, however it can binds to any double-stranded DNA unspecifically which is error-prone, primer with a good characteristics and specific is needed. This study aims to develop a Candida krusei detection method using intercalating dye-based quantitative PCR was carried out by primers designing in silico with the target gene for ITS which has good characteristics for Candida krusei, and specificity tests in several fungal species and sensitivity tests in human biological sample (whole blood). The primer design results obtained are primer Cc3 which has lengths of 20 and 18 oligonucleotides with good characterization. The results of the specificity tests with intercalating dye-based qPCR in three Candida sp. and one Malassezia sp. showed specific results which were only able to detect Candida krusei. The results of the sensitivity tests in whole blood sample showed that intercalating dye-based qPCR using a primer that had been designed was able to detect up to 1000 cells/mL.