Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Influenza A (H1N1) adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus Influenza type A subtipe H1N1. Influenza ini telah menjadi masalah kesehatan utama di negara tropis dan subtropis. Virus ini selalu mengalami mutasi dan menjadi resisten terhadap obat-obat yang digunakan. Pada penelitian ini dilakukan penapisan senyawa bioaktif dari famili jahe-jahean (Zingiberaceae) yang dapat berperan sebagai inhibitor neuraminidase virus Influenza melalui pendekatan docking. Hasil evaluasi mengindikasikan bahwa senyawa 1,2-di-O- β-D-glucopyranosyl-4-allylbenzene (BGA) memiliki afinitas dan kemampuan untuk menghambat neuraminidase. Untuk mengetahui interaksi dan kontak residu digunakan senyawa standard zanamivir dan isoliquertigenin. Kontak residu senyawa BGA terhadap neuraminidase terdapat 14 kontak residu dan 8 kontak residu dengan sisi katalitik enzim. Hasil docking menunjukkan bahwa BGA memiliki energi binding dan affinitas yang lebih baik dibandingkan dengan senyawa bioaktif lainnya dan juga dengan standard. ......Influenza A (H1N1) is a disease caused by infection of Influenza A virus subtype H1N1. It has become a major health problem in tropical and subtropical countries. This virus constantly mutates and consequently drug-resistant strains emerge. In this research, we have conducted docking study to screen bioactive compounds from Zingiberaceae family, which has a role as neuraminidase inhibitor of Influenza A virus. The docking result identified that 1,2-di-O- β-D-glucopyranosyl-4-allylbenzene (BGA) compound has affinity and ability to inhibit neuraminidase. To understand the interaction and contact residues of complex, we used Zanamivir (ZNM) and Isoliquertigenin (ILG) as standards. There are indications of fourteen contact residues of BGA compound to neuraminidase and eight contact residues of enzyme that formed hydrogen bonds with catalytic site. The docking result showed that BGA has better binding energy and affinity than other bioactive compounds and the standards used.

Abstrak :
Pada tahun 2009, flu babi kembali menyerang berbagai negara di dunia. Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) menetapkan wabah virus influenza A H1N1 sebagai pandemi global pada 11 Juni 2009. Setidaknya ada sekitar 18.449 orang di seluruh dunia yang meninggal akibat serangan virus ini. Kemudian pada tanggal 10 Agustus 2010 Badan Kesehatan Dunia (WHO) secara resmi mengumumkan pandemi flu babi di dunia telah berakhir dan berganti menjadi fase post pandemic Fase post pandemic ini fase paling tepat untuk menemukan antiviral yang dapat mengatasi infeksi virus ini. Salah satu antiviral yang telah ada yaitu amantadine dan rimantadine dilaporkan telah mengalami resistansi. Oleh karena itu perlu ditemukan antiviral baru untuk menggantikan amantadine dan rimantadine sebagai inhibitor protein M2 channel virus influenza A H1N1. Belakangan dilaporkan bahwa senyawa (1R,2R,3R,5S)-(-)-isopinocampheylamine memiliki kemampuan untuk menginhibisi protein M2 channel virus influenza A H1N1. Pada penelitian ini akan dilakukan modifikasi (1R,2R,3R,5S)-(-)-isopinocampheylamine secara in silico untuk mendapatkan inhibitor yang lebih baik. Terhadap protein M2 channel, dilakukan docking dengan tiga inhibitor standar dan 52 inhibitor modifikasi, serta dilakukan drug scan terhadap modifikasi inhibitor. Hasil docking didapatkan 3 inhibitor modifikasi terbaik yang mempunyai afinitas ikatan dan potensi inhibisi yang lebih baik dibanding ligan standar. Berdasarkan analisa drug scan, inhibitor modifikasi mempunyai sifat farmakologi yang baik, ditunjukkan oleh nilai drug likeness, drug score, bioavailabilitas oral, dan toksisitas. ......In 2009, swine flu attacked various countries in the world. World Organization (WHO) set a pandemic of influenza A H1N1 virus as a global pandemic on June 11, 2009. At least there are approximately 18,449 people worldwide who die from this virus attack. Then on August 10, 2010 World Health Organization (WHO) officially announced the swine flu pandemic in the world has ended and changed into post-pandemic phase. Post-pandemic phase is the most appropriate phase to find antiviral that can overcome the infection with this virus. One of the existing antivirals amantadine and rimantadine are reported to have experienced resistance. Therefore it is necessary to find new antiviral to replace amantadine and rimantadine as the M2 channel protein inhibitor of influenza A H1N1 virus. Later it was reported that compound (1R, 2R, 3R, 5S )-(-)- isopinocampheylamine have the ability to inhibit channel M2 protein of influenza A H1N1 virus. This research will be modified (1R, 2R, 3R, 5S )-(-)-isopinocampheylamine in silico to obtain better inhibitors. Against the M2 protein channel, performed three inhibitor docking with standard and 52 inhibitors modifications, and also done a drug scan for modifications inhibitor. Docking results obtained three best binding affinity of modifications inhibitor and its potency of inhibition is much better than standard ligands. Based on drug analysis scan, the inhibitor of modification has a good pharmacological properties, indicated by the value of drug-likeness, drug score, oral bioavailability, and toxicity.

Abstrak :
Baru-baru ini penyebaran virus influenza A subtipe H1N1 telah menjadi wabah pandemik dari virus influenza strain baru yang diidentifikasi pada bulan April 2009, yang sering kita sebut penyakit flu babi (swine flu). Protein M2 channel virus influenza A subtipe H1N1 merupakan target dari obat anti influenza amantadine dan rimantadine. Akan tetapi, kedua obat tersebut kehilangan 90% bioaktivitasnya karena mutasi virus yang terjadi selama dua puluh tahun belakangan ini. Terjadinya resistansi virus influenza A terhadap amantadine perlu dilakukan pengembangan obat antivirus adamantane-based drugs yang lebih efektif. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk protein M2 channel sehingga dapat menghambat replikasi virus influenza A. Pada penelitian ini dipelajari dan dievaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Analisis interaksi ligan menunjukkan bahwa ligan AM-L6-R6 merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap protein dibandingkan ligan T-R6-L6, T-L6-R12 dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan AM-L6-R6 memiliki kontak residu dengan Arg45 dan berikatan hidrogen dengan Asp44. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan AM-L6-R6 dapat berikatan hidrogen dengan Asp44. Perubahan konformasi yang terjadi pada enzim memperlihatkan dinamisasi protein dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor. ......Recently, the outbreak of H1N1 influenza A virus is a pandemic of a new strain of influenza virus identified in April 2009, commonly referred to as 'swineflu'. M2 proton channel of H1N1 Influenza A virus is the target protein anti-flu drugs amantadine and rimantadine. However, the two once powerful adamantane-based drugs lost their 90% bioactivity because of mutations of virus in recent twenty years. The resistance of influenza A virus to amantadine need to develop more effective adamantane-based drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover ligand which become potential inhibitors for the M2 channel protein of influenza virus in order to inhibit the replication of influenza virus. In this research was studied and evaluated the interaction of ligands towards the protein in the hydrated state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Analysis of ligand interaction yields that AM-L6-R6 ligand has best affinity towards the protein than the T-R6-L6, T-L6-R12 and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, AM-L6-R6 ligand has a residue contact with the Arg45 and formed hydrogen bond with Asp44. Then at the end of simulation temperature of 312 K, AM-L6-R6 ligands also could form a hydrogen bond with Asp44. Conformational changes of protein which occur during simulation showed the dynamicization of an protein in the presence of solvent and inhibitor.

Abstrak :
Resistensi oseltamivir sebagai inhibitor neuraminidase virus influenza A subtype H1N1 telah dilaporkan oleh Cheng, et al pada tahun 2009. Sebagai salah satu upaya mengatasi pemasalahan ini, beberapa penelitian yang menggunakan metode simulasi molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptide siklis yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial neuraminidase H1N1 sehingga dapat menghambat replikasi virus tersebut. Pada penelitian ini dipelajari dan dievaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi dengan menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada temperatur yang berbeda. Simulasi dilakukan terhadap tiga inhibitor peptida siklis disulfida yaitu DNY, LRL, NNY dan oseltamivir, zanamivir sebagai ligan standar. Hasil penelitian menunjukkan pergerakan dinamis yang dimiliki oleh kelima kompleks enzim-ligan dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan DNY memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Arg 293, ligan LRL dengan Arg 118, Arg 293, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 425 dan Arg 293. Pada temperatur 312 K, ligan DNY tidak memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim. Ligan LRL memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Glu 425, Tyr 402, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 278 dan Arg 293. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor. Konformasi yang berubah akibat perilaku dinamis kompleks enzim-ligan juga dapat terlihat dalam plot kurva RMSD. ......Resistence of oseltamivir as an inhibitor of neuraminidase influenza A virus subtype H1N1 has been reported by Cheng, et al in 2009. To solve this problem, several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for neuraminidase H1N1 to inhibit the replication of this virus. This research was studied and evaluated the interaction of ligands toward enzyme in the hydrated state using molecular dynamics simulation at two different temperatures. Simulations performed on three disulfide cyclic peptide inhibitors namely DNY, LRL, NNT along with oseltamivir, zanamivir as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of five proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues. In the end of simulation, two of three disulfide cyclic peptide inhibitors have good interaction with catalytic site of the enzyme. At the end of simulation temperature of 300 K, DNY formed hydrogen bond with catalytic site Asp 151, Arg 293, LRL with Arg 118, Arg 293, NNY with Asp 151, Glu 425 and Arg 293. Then at the end of simulation temperature of 312 K, DNY could not form hydrogen bond with catalytic site of enzyme. LRL formed hydrogen bond with Asp 151, Glu 425, Tyr 402, NNY with Asp 151, Glu 278, and Arg 293. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor. The changing of enzymes conformation as the result of dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor also could be seen in RMSD curve.

Abstrak :
ABSTRAK
Antibodi poliklonal matriks 1 Virus Influenza A H1N1 dapat dimanfaatkan untuk pendeteksian antigen matriks 1 dalam pengembangan sistem diagnostik maupun pengembangan vaksin virus influenza A. Antibodi poliklonal antara lain dapat diperoleh dengan imunisasi kelinci menggunakan antigen rekombinan M1. Protein rekombinan M1 yang digunakan sebagai antigen diekspresikan pada EscherichiacoliBL21 dan dipurifikasi menggunakan resin Ni¬NTA, kemudian digunakan dalam imunisasi 1 ekor kelinci betina, Oryctalogouscuniculus,galur NewZealandWhite. Respon antibodi spesifik M1 diuji dengan ELISA dan westernblot. Hasil uji ELISA yang dinilai pada panjang gelombang 450 nm, menunjukkan titer antibodi yang tinggi pada serum paska imunisasi terhadap antigen M1 rekombinan (0,544) dibandingkan dengan serum pra imunisasi (0,102).Hasil uji westernblotmenunjukkan adanya reaktivitas serum kelinci paska imunisasi dengan pita protein berukuran ~27 kDa, yang diartikan sebagai adanya respon antibodi spesifik terhadap antigen M1, sedangkan serum kelinci pra imunisasi tidak memperlihatkan reaksi dengan pita protein berukuran 27 kDa tersebut. Terlihat pula adanya reaksi non spesifik yang relatif lemah terhadap pita protein lainnya, baik pada serum paska imunisasi maupun pra imunisasi yang menunjukkan adanya residu protein EscherichiacoliBL21 pada sediaan antigen M1 hasil purifikasi. Antibodi poliklonal yang diperoleh dapat digunakan untuk mendeteksi antigen M1 baik untuk pengembangan uji diagnostik maupun vaksin influenza A H1N1.

---

ABSTRACT
Polyclonal antibody against influenza A H1N1 matrix 1 protein can be utilized for detection of matrix 1 antigen in the development of Influenza A diagnostic system and vaccine. Polyclonal antibody can be obtained by rabbit immunization using M1 recombinant antigen. M1 recombinant proteins that will be used as antigen was expressed in EscherichiacoliBL21 and purified using Ni-NTA resin. This recombinant antigen was used for immunization of female rabbit, Oryctalogouscuniculus,NewZealandWhitestrain. M1-specific antibody responses were tested by ELISA and westernblot. ELISA test results at a wavelength of 450 nm, showed a high antibody titer in the post-immunization serum against the recombinant antigen M1 (0,544) compared with the preimmunization serum (0,102). Westernblottest results showed reactivity of post-immunized serum against a band of ~ 27 kDa protein, which indicate the presence of specific antibody response against M1 antigen, whereas preimmunization rabbit serum showed no reaction with the 27 kDa protein band. The existence of non-specific reactions that are relatively weak against other protein bands was also observed , both in the post-immunization and pre-immunization sera, indicating the presence of residual E.coliprotein in the purified M1 antigen preparation. The Polyclonal antibody obtained in this study can be used to detect M1 antigen, for development of H1N1 Influenza A diagnostic test and vaccine.