Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Kanker mulut rahim merupakan kanker yang menempati urutan kedua di dunia dan pertama di negara berkembang, termasuk di Indonesia. Insidensi kanker ini diketahui memiliki keterkaitan yang erat dengan infeksi Human Papillomavirus (HPV). Tipe HPV sendiri berdasarkan kemampuannya dalam menginduksi kanker mulut rahim digolongkan menjadi low-risk dan high-risk HPV. Di Indonesia, tipe HPV yang bersifat high-risk adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim di Indonesia, perlu dirancang vaksin chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang bersifat polyvalent dengan cara mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada backbone protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T-cell dilakukan melalui server MULTIPRED, sedangkan untuk epitope B-cell dilakukan melalui server Conformational Epitope Prediction (CEP). Dari prediksi epitope T-cell dan B-cell, didapatkan empat rancangan sekuen vaksin yang dari pengujian similaritas sekuen terhadap protein L1 HPV-16 native melalui BLAST, keempatnya menghasilkan 96% identity. Keempat sekuen vaksin kemudian diprediksi struktur tersiernya melalui homology modelling dengan menggunakan viewer molekuler DeepView/Swiss-Pdb Viewer 3.7 dan server Swiss-Model. Struktur hasil homology modelling kemudian dievaluasi melalui Ramachandran Plot. Hasil evaluasi menunjukkan kualitas keempat struktur vaksin baik, sehingga kemudian keempat struktur vaksin diuji similaritas struktur tersiernya dengan protein L1 HPV native pada database Protein Data Bank (PDB) melalui VAST. Hasil VAST menunjukkan bahwa keempat vaksin memiliki nilai RMSD yang sama yakni 0,1 ?; sehingga dapat dikatakan keempat vaksin secara struktural sama dengan protein L1 HPV-16 native.

Abstrak :
ABSTRAK
Penyakit dengue yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan masyarakat yang dihadapi oleh dunia, terutama negara-negara tropis dan subtropis. Virus dengue (DENV) memiliki empat serotype (DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4) dan DENV-3 merupakan virus dengue yang besar penyebarannya di Indonesia. Untuk mengurangi terjadinya insidensi penyakit dengue, diperlukan suatu tindakan pencegahan dengan cara pengembangan vaksin. Pengembangan vaksin yang dilakukan ialah secara in silico, dengan merancang vaksin dengue virus yang bersifat tetravalent menggunakan protein envelope (E) DENV-3 sebagai backbone. Prediksi epitope T cell ditentukan melalui server MULTIPRED dengan metode algoritma HMM dan prediksi epitope B cell dilakukan melalui Conformational Epitope Prediction server (CEP). Epitope T cell dari virus dengue serotype 1, 2, dan 4 disubstitusi ke dalam backbone DENV-3 sehingga didapatkan enam rancangan sekuens peptide vaccine dengue (vaksin HMM1-6). Rancangan sekuens tersebut dicari kesamaan strukturnya melalui program BLAST dan menghasilkan 93% identity. Hasil struktur tiga dimensi protein dari homology modelling dengan server SwissModel, baik First Approach Mode maupun Optimise Mode, kualitasnya sudah baik karena plot residu non glisin yang ada pada disallowed region jumlahnya lebih kecil dari 15% jumlah seluruh residu protein. Vaksin HMM4 (2-4-1) dan vaksin HMM6 (4-2-1) merupakan struktur vaksin yang memiliki similaritas struktur paling besar dengan nilai score-nya 64.5, hasil pembandingan struktur dengan program VAST. Sehingga dapat dikatakan vaksin HMM4 dan vaksin HMM6 adalah rancangan vaksin paling baik, didasarkan similaritasnya dengan struktur protein E DENV-3 native.

Abstrak :
Kanker merupakan suatu penyakit pada tingkat sel yang ditandai dengan kelainan mekanisme kontrol seluler. Metabolisme sel-sel kanker sangat bergantung pada jalur glikolitik dalam memproduksi adenosin trifosfat (ATP), bahkan saat adanya oksigen yang berlimpah (efek Warburg). Heksokinase (HK) merupakan enzim utama yang berperan pada peningkatan glikolisis, terutama pada kondisi kanker yang umumnya ditandai oleh tingginya penyerapan dan metabolisme glukosa. Oleh karena itu, inhibitor HK menarik untuk diteliti sebagai salah satu strategi pengobatan kanker, khususnya inhibitor HK 2. Heksokinase memiliki tiga macam isoform lain (HK 1, 3, dan 4) yang mempunyai kemiripan pada sekuens asam aminonya. Pada penelitian ini, dilakukan penyejajaran sekuens dan pemodelan homologi. Penambatan molekuler makromolekul HK 2 manusia dan model HK 1, 3, dan 4 dilakukan terhadap masing-masing situs aktif HK manusia menggunakan AutoDock Vina melalui program PyRx. Persentase kemiripan keseluruhan sekuens antara HK 2 dan model HK 1, 3, dan 4 berturut-turut adalah 73,75%, 56,59%, dan 56,82%. Parameter optimasi yang digunakan untuk penambatan molekuler yaitu grid box ukuran 22,5 x 22,5 x 22,5 Å dan exhaustiveness sebesar 8. Berdasarkan hasil analisis selektivitas, didapatkan nilai indeks selektivitas senyawa inhibitor heksokinase dalam rentang 0,31-0,84 pada HK 1, 0,51-1,25 pada HK 3, dan 0,22-1,66 pada HK4, yang menunjukkan bahwa semua ligan tersebut relatif tidak selektif terhadap makromolekul HK 2 manusia maupun model isoform HK 1-3.

---

Cancer is a cellular level disease characterized by abnormalities in cellular control mechanisms. The metabolism of cancer cells is highly dependent on the glycolytic pathway in producing adenosine triphosphate (ATP), even in the presence of abundant oxygen (Warburg effect). Hexokinase (HK) is the main enzyme that plays a role in increasing glycolysis, especially in cancer that is generally characterized by high absorption and metabolism of glucose. Thus, HK inhibitors are interesting to study as one of the cancer treatment strategies, especially HK 2 inhibitors. Hexokinase has three other types of isoforms (HK 1, 3, and 4) which have similarities in their amino acid sequences. In this research, sequence alignment and homology modelling are carried out. Molecular docking of human HK 2 macromolecules (template) and HK 1, 3, and 4 models was performed on each of the human HK active sites using AutoDock Vina in PyRx program. The percentage similarity of overall sequence between HK 2 and HK 1, 3, and 4 models are 73.75%, 56.59%, and 56.82%, respectively. Optimization parameters used for the molecular docking are grid box with a size of 22.5 x 22.5 x 22.5 Å and exhaustiveness of 8. Based on the results of the selectivity analysis, the selectivity index value of hexokinase inhibitor compounds is in the range of 0.31-0.84 to HK1, 0.51-1.25 to HK3, and 0.22-1.66 to HK4, which shows that all ligands are relatively not selective to both human HK 2 macromolecule or HK 1-3 isoform models.