Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Hemagglutinin 1 (HA1) adalah glikoprotein permukaan virus influenza yang banyak dikembangkan sebagai vaksin subunit rekombinan. Hal tersebut dikarenakan HA1 mampu menginduksi antibodi penetralisasi. Sejauh ini, vaksin influenza yang diproduksi di embrio telur ayam tidak efektif, khususnya dalam mengatasi masalah pandemik. Protein rekombinan yang diekspresikan di E. coli juga tidak efektif, sedangkan sel mamalia dan insekta membutuhkan keahlian khusus dan biaya yang mahal. Pada penelitian ini, dilakukan ekspresi protein HA1 pada ragi P. pastoris yang sudah diketahui memiliki banyak keuntungan dalam ekspresi protein rekombinan. Fragmen HA1 diperoleh dari galur Indonesia DKI271/2011 yang diamplifikasi dengan teknik PCR. Fragmen gen HA1 kemudian diinsersikan dalam vektor pPICZα-A dan ditransformasikan ke dalam P. pastoris. Protein HA1 diekspresikan dengan menginduksi sel ragi tersebut dengan metanol. Hasil menunjukkan bahwa P. pastoris yang berhasil ditransformasi dengan plasmid rekombinan mengandung sisipan gen HA1 dengan arah orientasi dan kerangka baca yang benar. Mutasi juga tidak ditemukan pada sekuens asam amino yang menjadi epitope pengenalan oleh sel T dan B. Konfirmasi ekspresi pada kultur P. pastoris melalui western bloth menunjukkan bahwa pita protein sesuai dengan besar HA1. Protein tersebut selanjutnya dapat digunakan dalam pengembangan vaksin influenza subunit rekombinan. ......Hemagglutinin 1 (HA1) of influenza virus is a surface glycoprotein that has been developed as a recombinant subunit vaccine. It is because HA1 subunit was able to induce neutralizing antibodies. So far, influenza vaccines that are produced in chicken eggs embryos is not effective especially in addressing pandemic influenza. Recombinant proteins expressed in E. coli was also not effective, while mammalian and insect cells requires special skills and high cost. In this study, HA1 expressed in the yeast P. pastoris were already known to have many advantages in the expression of recombinant proteins. HA1 gen fragment was obtained from Indonesian strain DKI271/2011 throughout PCR technique. This fragment then inserted in the vector pPICZα-A and transformed to P. pastoris. HA1 recombinant proteins was expressed by induced yeast with methanol. The results indicate P. pastoris which is successfully transformed by recombinant plasmid containing the HA1 gene insertion with good orientation and correct reading frame. It is also found no mutations in the amino acids sequence into cell epitope recognition by T and B. Confirmation HA1 recombinant protein in P. pastoris culture throughout western bloth showed protein bands as expected. HA1 recombinant proteins that have been successfully expressed in P. pastoris can be used in the development of subunit influenza vaccines.

Abstrak :
Avian influenza (H5N1) merupakan suatu penyakit yang disebabkan olen virus influenza tipe A yang dapat menyebabkan kematian cukup tinggi. Kasus virus influenza A yang mematikan bagi manusia antara lain H1 N1 tahun 1918, H2N2 tahun 1957-1958, H3N2 pada tahun 1987-1988, dan kasus terbaru adalah H1 N1 tahun 2009. Hal ini menjelaskan banwa mutasi yang terjadi dapat mempengaruhi tingkat patogenisitas dari virus influenza. Analisis mutasi secara in silico dapat dilakukan dengan menggunakan metode multiple allignment disertai pembuatan phylogenetic tree. Mutasi yang diamati untuk Hemagglutinin (HA) dilakukan pada daerah deavage site, sedangkan untuk Non Struktural (NS) 1 dan Matrik(M) 1 dilakukan pada seluruh daerah pada sekuen. Pola untuk H5N1 Indonesia dan Hongkong pada cleavage site HA adalah R-X-K/R-R, sedangkan sekuen subtipe H1 N1, H1 N2, dan H3N2 tidak memiliki pola ini. Pola ini menyebabkan HA H5N1 mudan terpotong oleh furin sesuai hasil prediksi pro-P (furin). Mutasi spesifik pada sekuen NS1 untuk kontrol (A/Indonesia/5/2005 (H5N 1), A/Indonesia/CDC1 032/2007 (H5N 1), A/Hong Kong/1 56/97 (H5N 1), A/Brevig Mission/1/18 (H 1N 1), A/Mexico/InDRE4487/2009 (H 1N 1) ) ternaclap subtipe H1 N1, H1 N2, dan H3N2 terdapat di posisi 53. Pada M1 tidak ditemukan posisi mutasi spesifik untuk kontrol yang identik untuk ketiga subtipe tersebut Sekuen NS1 dan M1 kontrol maupun subtipe H1 N1, H1 N2, dan H3N2 memiliki nilai IC5O dibawan 5OnM sehingga masih dapat dikenali dengan baik oleh sistem imun host. Mutasi spesifik tidak terjadi pada daerah pengenalan epitope. Hasil mutasi spesifik yang terjadi ini baik untuk NS1 dan M1 tidak mempengaruhi perubahan struktur sekunder maupun struktur tersier protein secara signifikan dari kontrol dengan sekuen H1N1, H1N2, dan H3N2. Hal ini terlihat dari nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) setelah dilakukan superimpose terhadap struktur protein 3D nasil prediksi

Abstrak :
Pada tahun 2007, terjadi waban avian influenza di Indonesia yang menyebabkan tingkat kematian nampir 85%. Melinat tingginya tingkat kematian yang terjadi di Indonesia dibandingkan dengan negara Iainnya yang mengalami waban avian influenza, WHO kemudian mengumumkan banwa virus HPAI H5N1 Indonesia memiliki tingkat patogenisitas tertinggi. Hal ini menjelaskan banwa mutasi yang terjadi baik berupa antigenic drift maupun antigenic shift dapat mempengaruhi tingkat patogenisitas dari virus influenza. Studi dilakukan terhadap hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), dan matrix2 (M2) karena ketiga protein ini mempunyai peranan penting pada proses infeksi virus avian influenza. Analisis mutasi secara in silico dilakukan dengan menggunakan metode multiple allignment disertai pembuatan phylogenetic tree. Mutasi yang diamati untuk hemagglutinin dilakukan pada daerah cleavage site dan active site, sedangkan untuk neuraminidase dan matrix2 dilakukan pada active site. Perubanan sifat asam amino dari hidrofilik menjadi hidrofobik memberikan pengaruh terhadap tingkat patnogenisitas. Hasil analisis mutasi dilanjutkan dengan prediksi pemotongan olen pro-P (furin) khusus untuk HA, prediksi struktur 3D, molecular docking dan molecular dynamic. Berdasarkan hasil analisis mutasi pada daerah cleavage site HA, didapatkan pola untuk H5N1 Indonesia dan Hongkong adalan R-X-KlR-R, nasil prediksi pro-P Furin menunjukkan banwa memang benar pola ini menyebabkan HA H5N1 mudah terpotong olen furin. Hasil analisis struktur 3D menggunakan molecular docking dan molecular dynamic juga menunjukkan HA dan NA yang berasal dari virus H5N1 Indonesia berikatan dengan Iebin baik dengan reseptor sialic acid pada manusia, sedangkan untuk protein M2 virus H5N1 menunjukkan adanya resistensi ternadap obat jenis amantadine dan rimantadine. Berdasarkan hasil analisis yang dilakukan, adanya mutasi pada HA, NA, dan M2 memiliki keterkaitan dengan tingkat patogenisitas dari virus avian influenza H5N1 di Indonesia.