Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sampel forensik harimau sumatra yang umum diperdagangkan secara ilegal di Indonesia dan dunia, di antaranya yaitu kulit, rambut, tulang, gigi, dan tengkorak. Identifikasi molekuler sampel forensik dengan memanfaatkan penanda genetik spesifik dari sampel dapat menggunakan metode Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS). Teknik FINS memiliki lima tahapan, yakni ekstraksi isolat DNA, amplifikasi menggunakan primer, penentuan urutan basa nukleotida, analisis hasil sekuensing, dan analisis filogenetik. Bahan uji yang digunakan berjumlah 15 sampel forensik harimau sumatra yang diperoleh dari BKSDA Aceh, Taman Nasional Batang Gadis (TNBG), Taman Nasional Bukit Barisan Selatan (TNBBS), dan kasus kejahatan di Garut. Tahapan penelitian yang dilakukan, yaitu desain primer menggunakan Geneious Prime, ekstraksi sampel menggunakan Wizard® Genomic DNA Purification Kit, uji kuantifikasi DNA, Polymerase Chain Reaction, analisis sekuensing, dan analisis filogenetik. Primer “CR_PTS” berhasil didesain dan memenuhi syarat primer yang baik. Kemurnian dari sampel hasil ekstraksi berkisar antara 1,1–2,3. Sampel yang berhasil tervisualisasi pada gel elektroforesis, yaitu kulit, tulang rusuk, dan tulang kaki dari Aceh, serta kulit dari TNBBS. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan adanya pengelompokan klade antarsampel. Hasil analisis haplotipe tidak menunjukkan perbedaan wilayah asal pada Hap_1 yang terbentuk. Penelitian identifikasi sampel forensik menggunakan primer PTS_CR lebih lanjut perlu dilakukan untuk menguji tingkat spesifitas primer.

---

Forensic samples of Sumatran tigers that are commonly traded illegally in Indonesia and the world, include skin, hair, bones, teeth and skulls. Molecular identification of forensic samples by utilizing specific genetic markers from samples can use the Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) method. The FINS technique has five stages, namely extraction of DNA isolates, amplification using primers, determination of the nucleotide base sequence, analysis of the results of the sequencing, and phylogenetic analysis. The test materials used was 15 Sumatran tiger forensic samples obtained from BKSDA Aceh, Taman Nasional Batang Gadis (TNBG), Taman Nasional Bukit Barisan Selatan (TNBBS), and crime cases in Garut. The stages of the research were carried out, namely primer design using Geneious Prime, sample extraction using Wizard® Genomic DNA Purification Kit, DNA quantification test, PCR, sequencing analysis, and phylogenetic analysis. The primer "CR_PTS" was successfully designed and met the requirements of a good primer. The purity of the extracted samples ranged from 1.1–2.3. Samples that were successfully visualized on gel electrophoresis were skin, ribs, and leg bones from Aceh, and also skin from TNBSS. The results of the phylogenetic tree analysis showed that there was a clade grouping between samples. The results of the haplotype analysis did not show differences in the region of origin on the formed Hap_1. Further research on the identification of forensic samples using PTS_CR primers needs to be carried out to test the specificity of the primers."

"Harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) adalah subspesies harimau dengan status konservasi kritis (Crtically Endangered) yang diakibatkan oleh perdagangan ilegal. Identifikasi molekular dengan menggunakan teknik Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) dibutuhkan. Penggunaan teknik FINS memanfaatkan daerah tertentu pada DNA mitokondria (mtDNA) sebagai markah, seperti Cytochrome b. Penelitian bertujuan untuk merancang primer spesifik harimau sumatra menggunakan gen Cyt b dan membandingkannya dengan penggunaan primer universal harimau (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R dalam mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Studi ini perlu dilakukan untuk membantu proses identifikasi terkait informasi asal usul populasi sampel barang sitaan, sebagai langkah untuk mendukung upaya konservasi dan penegakan hukum atas kejahatan terhadap harimau sumatra melalui aplikasi forensik molekuler. Sebanyak 15 sampel dari asal lokasi yang berbeda diamplifikasi dan dianalisis dengan menggunakan primer yang dirancang dalam studi ini (Pts_Cytb) dan Tig. Hasil analisis menunjukkan bahwa primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk identifikasi harimau sumatra. Berdasarkan hasil rekonstruksi pohon filogenetik dan analisis haplotipe, primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Sebanyak empat haplotipe ditemukan tersebar pada wilayah asal sampel. Jumlah sampel yang terbatas menyebabkan persebaran haplotipe harimau sumatra secara keseluruhan belum dapat digambarkan.

---

Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) is a subspecies of tiger with critical conservation status (Crtically Endangered) resulting from illegal trade. Molecular identification using Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) techniques is required. The use of the FINS technique utilizes certain regions of mitochondrial DNA (mtDNA) as markers, such as Cytochrome b. The aim of this study was to design a specific primer for sumatran tigers using the Cyt b gene and to compare it with the use of a universal primer for tiger (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R in detecting haplotype variations for sumatran tigers. This study needs to be carried out to assist the identification process regarding information on the origin of the population of confiscated samples, as a step to support conservation and law enforcement efforts for crimes against sumatran tigers through the application of molecular forensics. A total of 15 samples from different locations were amplified and analyzed using the primer designed in this study (Pts_Cytb) and Tig. The results of the analysis show that the Pts_Cytb primer can be used to identify the sumatran tiger. Based on the results of phylogenetic tree reconstruction and haplotype analysis, the Pts_Cytb primer can be used to detect sumatran tiger haplotype variations. A total of four haplotypes were found scattered in the area of origin of the samples. The limited number of samples meant that the overall distribution of Sumatran tiger haplotypes could not be described."

"Identifikasi jenis kelamin secara cepat, sensitif dan noninvasif penting dilakukan untuk mengetahui rasio jenis kelamin harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae) sebagai upaya konservasi dari spesies yang terancam punah tersebut. Identifikasi jensi kelamin harimau sumatra pada penelitian ini dilakukan pada empat jenis sampel dengan total 55 sampel noninvasif dengan menargetkan marka gen amelogenin (AMEL) menggunakan primer AMEL-F/R dan gen sex-determining region Y (SRY) menggunakan primer (SRY-PTF/R). Penelitian bertujuan untuk menguji dan mengaplikasikan high resolution melting (HRM) realtime PCR untuk identifikasi jenis kelamin harimau sumatra, serta membandingkan metode tersebut dengan metode PCR konvensional dan elektroforesis. Berdasarkan hasil penelitian, 42 sampel dapat teridentifkasi melalui metode high resolution melting (HRM) realtime PCR dengan total tingkat keberhasilan identifikasi sebesar 76%. Tidak ada perbedaan yang signifikan dari hasil identifikasi kedua metode pada sampel feses (P = 0,09), tulang dan kuku basah forensik (P = 0,6), rambut dan kulit BKSDA Aceh dan rambut BKSDA Bengkulu (P = 0,4), serta kulit dan rambut museum (P = 0,05), namun dengan persentase keberhasilan high resolution melting (HRM) realtime PCR yang lebih tinggi dari PCR konvensional, menjadikan metode high resolution melting (HRM) realtime PCR metode yang lebih efektif dan efisien untuk mengidentifikasi jenis kelamin harimau sumatra dari sampel noninvasif.

---

Rapid, sensitive and noninvasive sex identification is important to determine the sex ratio of the Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae) as a conservation effort of this endangered species. The current study was carried out on 4 types of samples with a total of 55 noninvasive samples targeting the amelogenin (AMEL) gene marker using AMEL-F/R primers and sex-determining region Y (SRY) gene using (SRY-PTF/R) primers. The aim of this study is to test and apply high resolution melting (HRM) realtime PCR for sex identification of Sumatran tigers, as well as to compare the method with conventional PCR and electrophoresis methods. Based on the study result, 42 samples could be identified through high resolution melting (HRM) realtime PCR method with a total identification success rate 76%. There is no significant difference from the results of the identification by both methods on faecal samples (P = 0,09), forensic bones and wet nails (P = 0,6) and Aceh BKSDA skin and hair and Bengkulu BKSDA hair (P = 0,4), as well as museum skin and hair (P = 0,05), but a higher success percentage of high resolution melting (HRM) realtime PCR than conventional PCR, making the HRM realtime PCR a more effective and efficient method to identify Sumatran tiger sex from noninvasive samples."

"Sebagai harimau terakhir yang ada di Indonesia dan dengan banyaknya ancaman kepunahan yang dihadapi subspesies ini, upaya konservasi harimau sumatra memerlukan perhatian khusus. Salah satu strategi konservasi bagi spesies terancam punah adalah program penangkaran ex situ dan kebun binatang memiliki peran dan tanggungjawab penting dalam implementasinya. Kebijakan manajemen genetik harimau sumatra di penangkaran tersebut perlu ditinjau dengan metode molekuler agar efektivitasnya dapat dipantau dengan lebih baik. Penelitian ini dilaksanakan dengan tujuan untuk mengamati kekerabatan harimau sumatra di Taman Safari Indonesia melalui pendekatan genetik, menggunakan empat belas lokus markah molekuler mikrosatelit dari sembilan individu anggota populasi harimau sumatra di Taman Safari Indonesia. Hasil yang diamati menunjukkan bahwa kekerabatan rata-rata antarindividu di dalam populasi ini lebih rendah dari biasa (r = -0,13), dan heterozigositasnya lebih tinggi dari ekspektasi sehingga koefisien inbreeding-nya bernilai negatif pula (Fis = -0.245). Hal ini menunjukkan bahwa tidak teramati adanya inbreeding, sehingga kesehatan genetik populasi ini dianggap baik. Namun, potensi dari terjadinya outbreeding depression belum dapat diamati karena metode yang digunakan ini ditujukan untuk mengamati terjadinya inbreeding yang umum dianggap sebagai ancaman utama dari populasi satwa di penangkaran. Pengamatan ini menunjukkan bahwa diperlukan adanya pendekatan manajemen genetik yang lebih komprehensif untuk menjaga keragaman dan kesehatan genetik harimau sumatra di Taman Safari Indonesia.

---

As the last surviving tiger in Indonesia, considering the many threats to extinction this subspecies is facing, conservation efforts for sumatran tigers require great care. One effective conservation strategy for endangered species involves a captive breeding program and zoos have important roles and responsibilities in its implementation. Such a genetic management policy for a captive breeding facility requires an assessment through molecular means so that its efficacy can be monitored. This study is done with the aim to observe the relatedness of sumatran tigers in Taman Safari Indonesia using fourteen microsatellite loci markers from nine individuals among the Taman Safari Indonesia sumatran tiger population. The results show that the mean pairwise relatedness among the individuals in this population is lower than usual (r = -0,13), and the heterozygosity is also higher than expected which leads to a negative inbreeding coefficient value (Fis = -0,245). This reveals that no inbreeding has been observed, which likely indicates the genetic health of this population is not at risk. However, the risk of outbreeding depression could not be ruled out, because the method used is intended to observe the presence of inbreeding, which is the more commonly investigated threat to a population’s genetic health in captivity. These findings suggest that there needs to be a more comprehensive approach to the population’s genetic management to preserve the genetic diversity and health of sumatran tigers in Taman Safari Indonesia."

"Perburuan harimau sumatra masih marak terjadi dan mengancam keberadaan subspesies harimau terakhir yang tersisa di Indonesia. Tingginya permintaan bagian tubuh harimau hasil perburuan mendorong praktik pemalsuan yang berpotensi mempersulit identifikasi secara morfologis sebagai langkah awal penegakan hukum. Identifikasi secara akurat juga merupakan hal penting, mengingat hukum nasional hanya melindungi spesies asli Indonesia. Identifikasi berbasis DNA dapat menjadi alternatif untuk mengatasi kesulitan tersebut. Namun, ukuran sampel forensik yang tersedia, serta waktu dan cara penyimpanannya dapat menyulitkan proses ekstraksi DNA dan berpotensi membatasi aplikasi tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode yang cepat dan efektif untuk mengekstrak DNA dari sampel forensik terpreservasi. Sampel yang digunakan terdiri dari rambut harimau yang diawetkan dengan arsen dan potongan kulit yang diperoleh dari Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, rambut harimau yang diperoleh dari Balai Konservasi Sumber Daya Alam (BSKDA) Bengkulu, serta potongan kulit harimau hasil sitaan BKSDA Aceh. Tiga metode ekstraksi DNA, metode ion exchange, salting out, dan metode berbasis protease dikaji dalam penelitian ini. Hasil yang diperoleh menunjukkan ekstraksi berbasis protease memiliki keunggulan dalam menghasilkan DNA yang berdaya guna dalam proses identifikasi spesies dari sampel terpreservasi. Studi lebih lanjut masih diperlukan agar dapat memulihkan DNA yang cukup digunakan dalam proses identifikasi seks.

---

Poaching and illegal wildlife trade present serious threats to the Sumatran tiger, the only remaining tiger subspecies in Indonesia. High demand for tiger body parts leads to many imitation merchandises sold in the markets, and this might complicate morphological identification of any confiscation cases. Accurate identification is also important in a legal due process, given the national protection law only regulates Indonesia’s native species. Identification using molecular approaches may overcome the problem. However, most illegally traded tiger body parts have been preserved for a long time, reducing the quantity and quality of DNA that could be recovered. This study aims to develop a fast and effective method to extract DNA from preserved forensic samples. We used museum samples of arsenic-treated hairs and a tiger skin piece obtained from the Indonesian Institute of Sciences, tiger hairs obtained from Conservation of Natural Resources Office (BKSDA) Bengkulu, and a confiscated tiger skin sample from BKSDA Aceh. DNA was extracted using ion exchange, salting out, and protease-based methods. The results showed that the protease-based extraction outperformed the rest of the methods to yield applicable DNA isolates for species identification from preserved samples. Further works still needed to recover enough DNA yields for sex identification."

"Harimau sumatra merupakan salah satu spesies endemik Indonesia yang keberadaannya terancam punah (critically endangered) menurut IUCN sehingga diperlukan upaya konservasi. Konservasi harimau sumatra dilakukan Taman Margasatwa Ragunan (TMR) beserta IUCN melalui program GSMP (Global Species Management Plan) yang dilakukan secara collaborative breeding. Collaborative breeding dilakukan dengan memasangkan betina asal TMR dengan jantan hasil pertukaran dengan Medan Zoo untuk mencegah inbreeding. Pemasangan harimau harus melalui proses introduksi dan interaksi keduanya perlu diamati. Oleh karena itu, penelitian dilakukan terhadap pasangan harimau sumatra untuk menganalisis perilaku sosial yang terjadi antara harimau sumatra jantan dan betina yang mungkin mengarah ke perilaku reproduksi. Metode scan sampling dan ad libitum digunakan dalam penelitian selama tiga jam perhari dengan total pengulangan sebanyak 23 kali dari Januari hingga Maret 2024. Pengambilan data dilakukan dengan mengamati perilaku sosial dan reproduksi harimau sumatra jantan dan betina di kandang dalam Zona Harimau 1 Taman Margasatwa Ragunan. Hasil dari penelitian ini didominasi oleh perilaku sosial berupa perilaku saling mendekati (♀ 26,29%; ♂ 21,58%). Perilaku chuffing, head rubbing dan sniffing lebih sering dilakukan kedua harimau sumatra dibandingkan dengan perilaku growl dan aggression. Jantan dan betina juga melakukan perilaku reproduksi, yaitu flehmen, sedangkan mating call dan sniffing genitalia hanya dilakukan oleh jantan. Penelitian ini menunjukkan adanya perilaku sosial harimau sumatra yang mengarah pada perilaku reproduksi, yaitu perilaku chuffing, head rubbing, body rubbing, flehmen dan sniffing genitalia.

---

The sumatran tiger is one of Indonesia's endemic species that is critically endangered according to the IUCN so that conservation efforts are needed. Sumatran tiger conservation is carried out by Ragunan Zoo (TMR) and IUCN through the GSMP (Global Species Management Plan) by doing collaborative breeding. Collaborative breeding is done by pairing female from TMR with male from Medan Zoo to prevent inbreeding. The pairing of tigers must go through an introduction process and their interactions need to be observed. Therefore, research was conducted on pairs of sumatran tigers to analyze the social behaviors that occurs between male and female sumatran tigers that may lead to reproductive behavior. Scan sampling and ad libitum methods were used in the study for three hours per day with a total of 23 repetitions from January to March 2024. Data were collected by observing the social and reproductive behavior of male and female sumatran tigers in sleeping cages, Tiger Zone 1 of Ragunan Zoo. The results of this study were dominated by social behavior in the form of approaching behavior (♀ 26,29%; ♂ 21,58%). Chuffing, head rubbing and sniffing behaviors were more often performed by both sumatran tigers compared to growl and aggression behaviors. Male and female sumatran tigers also perform reproductive behaviors, such as flehmen, while mating calls and genitalia sniffing are only done by male. This study shows the existence of social behavior of sumatran tigers that lead to reproductive behavior, such as chuffing, head rubbing, body rubbing, flehmen and sniffing genitalia."