Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) adalah subspesies harimau dengan status konservasi kritis (Crtically Endangered) yang diakibatkan oleh perdagangan ilegal. Identifikasi molekular dengan menggunakan teknik Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) dibutuhkan. Penggunaan teknik FINS memanfaatkan daerah tertentu pada DNA mitokondria (mtDNA) sebagai markah, seperti Cytochrome b. Penelitian bertujuan untuk merancang primer spesifik harimau sumatra menggunakan gen Cyt b dan membandingkannya dengan penggunaan primer universal harimau (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R dalam mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Studi ini perlu dilakukan untuk membantu proses identifikasi terkait informasi asal usul populasi sampel barang sitaan, sebagai langkah untuk mendukung upaya konservasi dan penegakan hukum atas kejahatan terhadap harimau sumatra melalui aplikasi forensik molekuler. Sebanyak 15 sampel dari asal lokasi yang berbeda diamplifikasi dan dianalisis dengan menggunakan primer yang dirancang dalam studi ini (Pts_Cytb) dan Tig. Hasil analisis menunjukkan bahwa primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk identifikasi harimau sumatra. Berdasarkan hasil rekonstruksi pohon filogenetik dan analisis haplotipe, primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Sebanyak empat haplotipe ditemukan tersebar pada wilayah asal sampel. Jumlah sampel yang terbatas menyebabkan persebaran haplotipe harimau sumatra secara keseluruhan belum dapat digambarkan. ......Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) is a subspecies of tiger with critical conservation status (Crtically Endangered) resulting from illegal trade. Molecular identification using Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) techniques is required. The use of the FINS technique utilizes certain regions of mitochondrial DNA (mtDNA) as markers, such as Cytochrome b. The aim of this study was to design a specific primer for sumatran tigers using the Cyt b gene and to compare it with the use of a universal primer for tiger (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R in detecting haplotype variations for sumatran tigers. This study needs to be carried out to assist the identification process regarding information on the origin of the population of confiscated samples, as a step to support conservation and law enforcement efforts for crimes against sumatran tigers through the application of molecular forensics. A total of 15 samples from different locations were amplified and analyzed using the primer designed in this study (Pts_Cytb) and Tig. The results of the analysis show that the Pts_Cytb primer can be used to identify the sumatran tiger. Based on the results of phylogenetic tree reconstruction and haplotype analysis, the Pts_Cytb primer can be used to detect sumatran tiger haplotype variations. A total of four haplotypes were found scattered in the area of origin of the samples. The limited number of samples meant that the overall distribution of Sumatran tiger haplotypes could not be described.

Abstrak :
Ruang Lingkup dan Cara Penelitian : Analisis susunan polimorfisme pada situs enzim restriksi dalam gugus gen globin-B (haplotipe-B) dapat digunakan untuk mempelajari kejadian suatu mutasi pada gen globin-B dan menelusuri asal usul alel mutan tersebut. Mutasi IVS 1-nt5 (G-C) merupakan mutasi pada gen globin-0 yang mendasari penyakit thalassemia-B. Mutasi ini umum ditemukan di Indonesia dan daerah lain di dunia. Untuk mengetahui berapa kali mutasi ini muncul selama proses evolusi manusia dan dari mana asal alel mutan yang ada di Indonesia ini, maka pada penelitian dilakukan analisis haplotipe-B pada alel gen globin-B yang membawa mutasi IVS 1-nt5 (fiIvs!-m5). Penentuan haplotipe-0 dilakukan dengan teknik PCRRFLP pada 8 situs enzim restriksi yang polimorfik dalam kluster gen globin-B. Hasil dan kesimpulan : Dari hasil analisis haplotipe-f3, diduga bahwa mutasi 1VS I -nt5 muncul sebanyak 2 kali (multiple independently origins), yaitu dengan latar belakang haplotipe 1 (+ + + + /framework 1) dan haplotipe 2 (+ - - - - + -- +/framework 3). Berdasarkan perbandingan frekuensi haplotipe-P yang ada di populasi, alel mutan dengan latar belakang haplotipe 1 kemungkinan besar muncul di populasi Indonesia bagian Barat (local mutation), sedangkan alel mutan dengan latar belakang haplotipe 2 kemungkinan besar berasal dari populasi India.

Abstrak :
Ikan mujair (Oreochromis mossambicus) merupakan salah satu jenis ikan air tawar dari famili Cichlidae dan genus Oreochromis yang memiliki bentuk adaptasi serta tingkat toleransi yang tinggi terhadap kondisi habitatnya, misalnya pada tingkat salinitas yang tinggi. Danau Laut Mati Oemasapoka di Perairan Pulau Rote merupakan salah satu danau air asin yang menjadi habitat ikan mujair. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan spesies ikan mujair yang diperoleh dari Danau Laut Mati Oemasapoka dengan ikan mujair dari danau air tawar, Danau Ledulu yang berada pada perairan yang sama dengan melakukan identifikasi molekuler menggunakan metode DNA barcoding dengan gen CO1. Tahapan DNA barcoding terdiri atas ekstraksi DNA, amplifikasi gen CO1 melalui reaksi PCR, dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan gen CO1 mampu mengidentifikasi bahwa ikan mujair yang hidup di danau air asin, Danau Laut Mati Oemasapoka merupakan jenis spesies yang sama dengan ikan mujair yang hidup di danau air tawar, Danau Ledulu dengan persentase kemiripan sebesar 99,53—100%. Rekonstruksi pohon filogenetik yang dibentuk dengan metode Maximum Likelihood, model evolusi Kimura 2-Parameter, dan uji bootstrap 1000x menunjukkan bahwa ikan mujair dari Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu berada dalam satu klade yang sama dengan jarak genetik sebesar 0,000—0,004. Analisis keragaman haplotipe dari ikan mujair yang diperoleh dari Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu terdapat satu haplotipe dengan nilai keragaman sebesar 0,0824. Rendahnya nilai keragaman haplotipe tersebut dapat disebabkan karena ikan mujair Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu memiliki tingkat migrasi yang rendah. ......Tilapia fish (Oreochromis mossambicus) is one type of freshwater fish from the family Cichlidae and genus Oreochromis which has a form of adaptation and a high level of tolerance to habitat conditions, for example at high salinity levels. Dead Sea Lake Oemasapoka, Rote Island is one of the saltwater lakes that is a habitat for tilapia fish. This study was conducted to determine the relationship between tilapia species obtained from Dead Sea Lake Oemasapoka and tilapia fish from freshwater lake, Lake Ledulu which are in the same waters by conducting molecular identification using DNA barcoding method with CO1 gene. The DNA barcoding stages consist of DNA extraction, CO1 gene amplification through PCR reactions, and sequencing. The results of this study indicate that the CO1 gene is able to identify that tilapia fish that live in saltwater lakes, Dead Sea Lake Oemasapoka are the same species as tilapia fish that live in freshwater lakes, Lake Ledulu with a similar percentage of 99,53-100%. Reconstruction of the phylogenetic tree using the Maximum Likelihood method Kimura 2-Parameter evolution model, and 1000x bootstrap test showed that tilapia fish from Dead Sea Lake Oemasapoka and Lake Ledulu were in the same clade with a genetic distance of 0.000-0.004. Analysis of haplotype diversity of tilapia fish obtained from Dead Sea Lake Oemasapoka and Lake Ledulu there is one haplotype with a diversity value of 0.0824. The low value of this haplotype diversity can be caused by a low migration rate.

Abstrak :
Hiu biru merupakan hewan yang berstatus hampir terancam (near threatened) menurut IUCN. Hiu biru sering dijadikan tangkapan sampingan dan diperdagangkan secara global. Hampir seluruh tubuhnya dapat dijual, salah satunya daging dalam bentuk utuh atau olahan. Konsumsi daging hiu biru dalam jangka panjang dapat berbahaya bagi kesehatan. Produk olahan filet ikan tanpa label terdeteksi mengandung spesies hiu biru. Identifikasi produk olahan filet tersebut dilakukan dengan metode molekular dengan penanda inti ataupun mitokondria. Identifikasi dengan metode molekular dapat digunakan juga untuk kegiatan konservasi seperti deteksi populasi suatu organisme. Penelitian ini bertujuan untuk deteksi asal-usul keberadaan populasi hiu menggunakan penanda sitokrom b dan daerah kontrol dari daging filet yang diproduksi toko ritel. 112 sampel diambil secara acak dari toko ritel Jabodetabek kemudian metode yang dilakukan yaitu proses PCR dengan penanda daerah kontrol (CR) dan sitokrom b (Cyt b), hasil amplifikasi akan divisualisasikan ke dalam jaring haplotipe dan mencocokannya dengan data haplotipe dari GenBank. Berhasil teramplifikasi 26 sampel dengan kedua penanda dan 3 di antaranya merupakan sampel yang mislabeling. Jaring haplotipe berhasil terbentuk dengan 8 haplotipe pada penanda Cyt b dengan 7 situs nukleotida polimorfisme dan 14 haplotipe pada penanda CR dengan 12 situs nukleotida polimorfisme. Dua sampel memiliki sekuen yang mirip dengan sekuen referensi yang berasal dari Samudra Hindia, 10 berasal dari Samudra Pasifik, dan 14 sampel mirip dengan sekuen yang berasal dari Samudra Atlantik. ......The blue shark is an animal that is near threatened according to the IUCN. Blue sharks are often used as bycatch and traded globally. Almost all of his body can be sold, one of which is meat in whole or processed form. Long-term consumption of blue shark meat can be harmful to health. Unlabeled processed fish fillets were detected to contain blue shark species. The identification of the processed filet products was carried out by molecular methods with nucleus or mitochondrial markers. Identification by molecular methods can also be used for conservation activities such as detection of the population of an organism. This study aims to detect the origin of the shark population using cytochrome b markers and control areas of fillet meat produced by retail stores. 112 samples were taken randomly from Jabodetabek retail stores, then the method used was the PCR process with control area markers (CR) and cytochrome b (Cyt b), the amplification results were visualized into a haplotype net and matched with haplotype data from GenBank. 26 samples were successfully amplified with both markers and 3 of them were mislabeling samples. The haplotype net was successfully formed with 8 haplotypes on the Cyt b marker with 7 polymorphism nucleotide sites and 14 haplotypes on the CR marker with 12 polymorphic nucleotide sites. Two of the samples had sequences similar to the reference sequence originating from the Indian Ocean, 10 from the Pacific Ocean, and 14 samples similar to the sequence originating from the Atlantic Ocean.