Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kusta merupakan penyakit infeksi kronik yang disebabkan oleh Mycobacterium leprae. Penyakit ini masih menjadi masalah kesehatan di dunia. Munculnya bakteri M.leprae yang resisten terhadap antibiotik semakin menyulitkan terapi. Diperlukan pemeriksaan untuk mendeteksi bakteri resisten agar penatalaksanaan penyakit kusta menjadi lebih baik. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan uji genotipik untuk mengetahui resistensi M.leprae terhadap dapson, rifampisin, dan ofloksasin. Real time PCR dilakukan sebagai persyaratan analisis uji genotipik. Primer nested PCR dan sekuensing dirancang dengan Primer Designer software. Kondisi reaksi PCR yang dioptimasi yaitu suhu penempelan primer, volume cetakan DNA, dan jumlah siklus amplifikasi. Hasil optimasi kemudian diterapkan pada spesimen kerokan jaringan kulit. Uji genotipik yang dikembangkan di penelitian ini dapat diterapkan pada spesimen kerokan jaringan kulit dengan nilai Ct real time PCR kurang dari 30. Suhu penempelan primer, volume cetakan DNA, dan jumlah siklus amplifikasi yang optimal yaitu 56 C PCR I dan II , 15 l cetakan DNA dalam volume reaksi 50 l PCR I dan 2 l cetakan DNA dalam volume reaksi 40 l PCR II , dan jumlah siklus amplifikasi PCR 40 PCR I dan 35 PCR II . Uji yang dioptimasi dapat menunjukkan genotipik 17 M.leprae dengan hasil 100 sensitif terhadap dapson dan rifampisin dan 5,9 resisten ofloksasin. PCR-direct sequencing pada penelitian ini dapat digunakan untuk mendeteksi resisten obat kusta dapson, rifampisin, dan ofloksasin.

---

Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae and considered as health problem. Treatment of leprosy tends to complicated because of emergences of resistant M. leprae strains. Therefore, it is essential to have a test that can detect drug resistance M.leprae for better management of this disease. The aim of this study is to obtain a genotyping assay for detection of M.leprae resistant to dapsone, rifampicin, and ofloxacin. Real time PCR was performed for specimen requirement for genotyping analysis. Primers for nested PCR and DNA sequencing were designed by Primer Designer software and reaction condition of PCR was optimized including annealing temperature of primers, volume of DNA template, and number of thermal cycle.

The optimized nested PCR and DNA sequencing were applied for skin scrapings specimen. Genotyping assay developed in this study was applicable for skin scrap samples with real time PCR result of Ct less than 30. The optimal annealing temperature of primers, volume of DNA template, and number of thermal cycle were 56 C PCR I and II , 15 l DNA template in 50 l reaction PCR I and 2 l DNA template of 40 l reaction PCR II , and 40 PCR I and 35 PCR II thermal cycles, respectively. The optimized assay could genotype 17 M.leprae strains with 100 sensitive for dapsone and rifampicin and 5,9 resistant for ofloxacin. PCR direct sequencing in this study can be used to detect leprosy drug resistance dapsone, rifampicin, dan ofloxacin."

"ABSTRACTUntuk mengantisipasi kemungkinan penggunaan obat anti-integrase sebagai pengobatan infeksi HIV-1 di Indonesia, pengembangan uji resistensi genotipik untuk anti-integrase sangat penting dilakukan untuk mengidentifikasi profil genetik resistensi obat untuk galur HIV-1 di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengamplifikasi daerah sasaran dalam gen integrase yang mengandung mutasi genetik yang diketahui dapat menimbulkan resistensi terhadap obat anti-integrase dari HIV-1 subtipe CRF01_AE dan B di Indonesia. Sebelas sampel plasma dari individu terinfeksi dengan HIV-1 diperoleh dari arsip di PRVKP FKUI-RSCM. Salah satu sampel plasma mengandung HIV-1 subtipe B sedangkan sampel plasma lainnya mengandung subtype CRF01_AE. Daerah sasaran untuk semua sampel telah diamplifikasi melalui RT-PCR, dengan suhu anil 55 C menggunakan pasangan primer AE_POL 4086F dan AE_POL 5232R yang telah dirancang oleh VCPRC FKUI -RSCM. Berdasarkan hasil penelitian ini, 18,2 2/11 dari sampel berhasil diamplifikasi melalui RT-PCR satu langkah. Pasangan primer tersebut efektif untuk mengamplifikasi wilayah sasaran dalam urutan gen integrase untuk subtipe B 100 ; 1/1 tetapi memiliki efektivitas yang rendah 10 , 1/10 untuk subtipe CRF01_AE. Primer pasangan dapat digunakan untuk mengamplifikasi wilayah sasaran di HIV-1 subtipe CRF01_AE dan B di Indonesia. Namun, optimasi kondisi PCR dan jumlah sampel yang lebih banyak diperlukan untuk menentukan efektivitasnya dengan akurat.

---

ABSTRACTIn order to anticipate the potential use of anti integrase drugs in Indonesia for treatment of HIV 1 infection, the development of a drug resistance genotyping assay for anti integrase is crucial in identifying the genetic drug resistance profile of Indonesian HIV 1 strains. This experiment was aimed to amplify a target region in the integrase gene of Indonesian HIV 1 subtypes CRF01 AE and B that contain genetic mutations known to confer resistance to anti integrase drug. Eleven archived plasma samples from individuals living with HIV 1 were obtained from VCPRC FKUI RSCM laboratory. One of the plasma sample contain HIV 1 subtype B while the remaining plasma samples contain subtype CRF01 AE. The target region for all samples were amplified through RT PCR, with an annealing temperature of 55 C using the primer pair AE POL 4086F and AE POL 5232R that were designed by VCPRC FKUI RSCM. Based on the results of this experiment, 18.2 2 11 of the samples were successfully amplified through one step RT PCR. The primer pair was effective in the amplifying the target region in integrase gene sequence for subtype B 100 1 1 but it has a low efficacy 10 , 1 10 for subtype CRF01 AE. In conclusion, the primer pair can be used to amplify the target region in Indonesian HIV 1 strains subtypes CRF01 AE and B. However, optimization of PCR condition and the use of more samples are required to determine its efficacy accurately."