Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Indonesia merupakan negara dengan tingkat resistensi antibiotik yang tinggi. Tingkat resistensi yang tinggi ini terutama didapatkan pada bakteri batang Gramnegatif famili Enterobacteriaceae. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui proporsi dan karakteristik Enterobacteriaceae patogen penghasil AmpC di Unit Perawatan Intensif RS Cipto Mangunkusumo Jakarta. Spesimen berasal dari pasien dewasa yang didiagnosis mengalami infeksi organ atau sistem tertentu. Spesimen berupa darah, sekret saluran pernafasan bawah, urin, swab dasar luka, aspirat abses, dan jaringan luka operasi. Identifikasi dilakukan menggunakan VITEK® 2. Pola kepekaan ditentukan dengan VITEK® 2 dan metode difusi cakram sesuai kriteria CLSI tahun 2014. Deteksi AmpC dan ESBL dilakukan menggunakan metode double disc synergy test. Famili gen pengkode AmpC ditentukan dengan metode PCR multipleks. Enterobacteriaceae patogen yang berhasil dikumpulkan berjumlah 45 isolat, terdiri dari Klebsiella pneumoniae (n=32), Escherichia coli (n=6), Enterobacter cloacae (n=5), dan Enterobacter aerogenes (n=2). Proporsi Enterobacteriaceae penghasil AmpC adalah 9 isolat di antara 45 isolat, terdiri dari 4 isolat penghasil AmpC dan 5 isolat penghasil AmpC dan ESBL. Gen pengkode AmpC ditemukan pada 7 isolat, yang terbanyak adalah DHA (n=4) diikuti EBC (n=2) dan CIT (n=1). Secara in vitro, Enterobacteriaceae penghasil AmpC menunjukkan kepekaan yang baik terhadap gentamisin, tobramisin, amikasin, sefepim, meropenem, siprofloksasin, levofloksasin, tetrasiklin, dan kotrimoksasol sementara penghasil AmpC dan ESBL hanya terhadap amikasin.

---

Antibiotic resistance has become a problem in Indonesia, in which the high resistance has been found mainly in Gram-negative bacilli Enterobacteriaceae. This study aimed to find out the proportion and characteristics of pathogenic AmpC-producing Enterobacteriaceae in the ICU of Cipto Mangunkusumo Hospital Jakarta. Spesimens collected were blood, lower respiratory tract secretions, urine, wound swab, abscess aspirate, and soft tissue taken from adult patients with infection. Identification were conducted using VITEK® 2. Susceptibility tests were conducted using VITEK® 2 and diffusion technique according to CLSI 2014 guidelines. Double disc synergy test method were employed to detect AmpC activity. The presence of ampC genes were detected using multiplex PCR. Forty five isolates were collected. Klebsiella pneumoniae was predominant, followed by Escherichia coli, Enterobacter cloacae, and Enterobacter aerogenes. AmpC activity was detectable in nine isolates. Five of the 9 isolates produced both AmpC and ESBL. In vitro, AmpC-producing Enterobacteriaceae showed good susceptibility to gentamicin, tobramycin, amikacin, cefepime, meropenem, ciprofloxacin, levofloxacin, tetracycline, and cotrimoxazole. While the AmpC and ESBL-producing only to amikacin. ampC genes were detected in seven isolates and the most prevalent gene family was DHA (n=4) followed by EBC (n=2) and CIT (n=1)."

"Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPeC) merupakan bakteri dengan presentase sekitar 17% - 37% dari total bakteri yang diisolasi dari pasien dengan Bloodstream Infection (BSI) secara global. Kemampuan bakteri ini dalam mengembangkan resistensi terhadap antibiotik menyebabkan masalah serius. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keterkaitan antara profil fenotipik dan genotipik pada isolat Escherichia coli (E. coli) penyebab BSI. Isolasi bakteri E. coli penyebab BSI dan isolasi DNA dilakukan pada 11 isolat tersimpan asal LMK FKUI dan 2 isolat asal BB Binomika, Jakarta. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan Vitek 2 compact untuk analisis profil fenotipik dan juga menggunakan metode Whole Genome Sequencing (WGS) untuk mengkarakterisasi seacra genotipik bakteri E. coli. Berdasarkan data fenotipik yang diperoleh menggunakan VITEK-2, resistensi tertinggi isolat dalam penelitian ini secara berturut-turut terdapat pada antibiotik ampisilin (53,8%), siprofloksasin (46,2%), dan seftriakson (38,5%). Identifikasi gen resistensi untuk ampisilin, seftriakson, dan siprofloksasin juga telah berhasil diidentifikasi melaui teknik WGS. Beberapa gen yang dikaitkan dengan resistensi terhadap ampisilin adalah blaTEM 1-B dan variannya seperti blaTEM-116, blaTEM-141, dan blaTEM-206. Gen blaTEM-1B merupakan gen yang mendominasi pada mekanisme resistensi betalaktam (30,76%), diikuti oleh gen blaCTX-M-55 (15,35%). Sedangkan mekanisme resistensi pada fluorokuinolon banyak dimediasi oleh adanya mutasi pada target antibiotik, seperti mutasi pada gyrA, parC, dan AcrAB-TolC. Isolat selanjutnya dikelompokkan menggunakan skema Achtman dalam 12 ST yang berbeda yaitu ST73, 117, 10, 410, 83, 169, 95, 1844, 101, 457, 744 dan ST 127. Terdapat kesesuaian antara resistensi fenotipik dan resistensi genotipik terhadap antibiotik betalaktam pada isolat E. coli yang diteliti, dimana gen resistensi terdeteksi pada seluruh isolat yang resisten betalaktam secara fenotipik.

---

Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) accounts for approximately 17% - 37% of the total bacteria isolated from patients with bloodstream infections (BSI) globally. The ability of these bacteria to develop resistance to antibiotics poses serious problems. This study aims to analyze the relationship between phenotypic and genotypic profiles in Escherichia coli (E. coli) isolates causing BSI. Isolation of E. coli causing BSI and DNA isolation were carried out on 11 stored isolates from LMK FKUI and 2 isolates from BB Binomika, Jakarta. This study was conducted using the Vitek 2 compact system for phenotypic profile analysis and the Whole Genome Sequencing (WGS) method to characterize the genotypic profiles of E. coli. Based on the phenotypic data obtained using VITEK-2, the highest resistance among isolates in this study was observed for ampicillin (53.8%), ciprofloxacin (46.2%), and ceftriaxone (38.5%). Resistance genes for ampicillin, ceftriaxone, and ciprofloxacin were successfully identified through the WGS technique. Some of the genes associated with resistance to ampicillin include blaTEM-1B and its variants such as blaTEM-116, blaTEM-141, and blaTEM-206. The blaTEM-1B gene is predominant in the betalactam resistance mechanism (30.76%), followed by the blaCTX-M-55 gene (15.35%). Resistance to fluoroquinolones is primarily mediated by mutations in antibiotic targets, such as mutations in gyrA, parC, and AcrAB-TolC. Isolates were further grouped using the Achtman scheme into 12 different STs, including ST73, 117, 10, 410, 83, 169, 95, 1844, 101, 457, 744, and ST127. There was concordance between phenotypic resistance and genotypic resistance to betalactam antibiotics in the E. coli isolates studied, where resistance genes were detected in all isolates that were phenotypically betalactam-resistant."

"ABSTRAKInhibitor fusi berpotensi untuk digunakan di masa depan sebagai bagian dari program kontrol HIV di Indonesia. Maka, kemampuan untuk menguji resistensi terhadap obat tersebut perlu dikembangkan. Uji resistensi genotipik dimulai dengan amplifikasi gen yang menjadi target obat, fusi gp41. Pasangan primer untuk amplifikasi dibuat berdasarkan sikuens dua subtipe HIV yang paling sering ditemui di Indonesia, yaitu AE dan B. Beberapa sampel plasma dari subyek yang mewakili kedua subtipe diekstraksi untuk mendapatkan RNA HIV. Dengan proses PCR, pasangan primer digunakan untuk menghasilkan produk amplifikasi. Identitas produk dipastikan dengan mengukur panjang basa produk menggunakan elektroforesis. Sebelas sampel plasma digunakan dalam penelitian ini. PCR satu langkah dapat mengamplifikasi gp41 dari 54.5 sampel, dan produk yang tidak spesifik dihasilkan dari 1.1 sampel. Amplifikasi 36.4 sampel tidak menghasilkan produk amplifikasi, yang dapat disebabkan oleh ketidaksesuaian sikuens primer. Dengan memvariasikan suhu anil, hasil menunjukkan bahwa suhu yang optimal adalah 57.2 C. Kesimpulannya, PCR satu langkah menggunakan pasangan primer yang telah didesain mampu mengamplifikasi gen gp41 HIV-1 dari subtipe AE dan B. Namun, penelitian lebih lanjut untuk menemukan kondisi yang dapat meningkatkan sensitivitas dan spesifisitas amplifikasi perlu dilakukan.

---

ABSTRACTFusion inhibitor has the potential to be used in the future for HIV control program in Indonesia, hence the capacity to test resistance towards this drug needs to be built. Resistance detection by genotypic assay begins with amplification of gene targeted by the drug, fusion gp41. Based on the sequence of two most common HIV subtypes in Indonesia, AE and B, a primer pair is designed. Some subjects plasma samples representing both subtypes are extracted to obtain HIV RNA. With PCR process, the primer pair is used to produce amplification product which identity is checked by length using electrophoresis. Eleven plasma samples were used in this research. One step PCR using the primer pair was able to amplify gp41 gene from 54.5 of the samples, and unspecific amplification product is seen in 1.1 of samples. Amplification of 36.4 of the samples failed to produce any product, which can be caused by inappropriate primer sequence. By varying the annealing temperature, it is found that the optimal annealing temperature to produce single expected band is 57.2 C. In conclusion, with one step PCR method the primer pair designed was able to amplify HIV 1 gp41 gene from subtype AE and B. However, further research to find condition that can increase the sensitivity and specificity of the amplification process should be done."