Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Tuberkulosis (TBC) merupakan salah satu penyakit menular dengan tingkat kematian terbanyak di dunia setelah COVID-19, dengan 10 juta kasus infeksi TBC pada 2020-2021. Penyakit TBC disebabkan oleh bakteri yang disebut Mycobacterium tuberculosis. Salah satu komponen utama dari Mycobacterium tuberculosis adalah protein RpoB. Protein RpoB memiliki gen RpoB yang berfungsi untuk mengkodekan subunit β dari RNA polymserae untuk mensintesis protein bagi sel bakteri. Inhibisi protein RpoB dapat menjadi pengobatan alternatif TBC. Dalam penelitian ini modifikasi senyawa sefalosporin menggunakan fragmen dengan pendekatan QSAR digunakan untuk menemukan senyawa inhibitor RpoB secara in silico. Proses simulasi penambatan molekul ini didukung oleh perangkat lunak MOE 2014.09, sedangkan penapisan sifat obat dan pembuatan fragmen menggunakan OsirisDataWarrior. Studi ADMET untuk ligan terpilih dilakukan menggunakan aplikasi OsirisDataWarrior, pkCSM, and SwissADME. Penelitian ini menghasilkan kandidat inhibitor protein RpoB dalam bentuk ligan modifikasi molecular sequence (mseq) 2,5,10, dan 20, yang memiliki lebih banyak interaksi dengan protein dibandingkan rifampicin dan isoniazid. Ligan modifikasi terbaik dengan mseq 2,5,10, dan 20 dengan energi ikatan -11.6487 kkal/mol, -11.3706 kkal/mol, -10.7246 kkal/mol, -10.4663 kkal/mol, secara berurutan. Hal ini menunjukkan perkembangan signifikan dalam energi ikat, dan interaksi dengan protein dibandingkan rifampicin dan isoniazid dengan energi ikat -11.2261 kkal/mol, dan -5.8633 kkal/mol.

---

Tuberculosis (TBC) is one of the deadliest infectious diseases globally, ranked only second after COVID-19, with 10 million cases of TBC infection globally in 2020-2021. TBC disease is caused by a bacteria called Mycobacterium tuberculosis. One of the main components of Mycobacterium tuberculosis is the rpoB protein, which contains the rpoB gene that encodes the β subunit of RNA polymerase to synthesize protein for bacterial cells. Inhibition of rpoB protein could be an alternative treatment to TBC. In this research, modification of cephalosporin compound with fragment using QSAR approach was used in finding rpoB inhibitor compound in silico. The docking simulation process was carried out using MOE 2014.09, while fragment creation and screening for drug properties of the ligands were carried out using DataWarrior OSIRIS Software. The ADMET study for selected ligands was performed using DataWarrior OSIRIS, pkCSM, and SwissADME. This research has created a rpoB protein inhibitor through cephalosporin ligand modification in the form of molecular sequence (mseq) 2, 5, 10, and 20 compounds with a higher number of interactions with rpoB protein compared to Rifampicin and Isoniazid. The best-modified ligand with mseq 2, 5, 10, and 20 were obtained with binding energy -11.6487 kcal/mol, -11.3706 kcal/mol, -10.7246 kcal/mol, -10.4663 kcal/mol, respectively. This indicates a significant improvement in energy binding and a higher number of interactions compared to rifampicin and isoniazid with energy binding of -11.2261 kcal/mol, and -5.8633 kcal/mol."

"Latar belakang: Antibiotik gentamisin (GEN), klindamisin (CLI) dan minosiklin (MIN) digunakan dalam penanganan infeksi Staphylococcus aureus kebal metisilin (methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA). Teknologi next-generation sequencing (NGS) merupakan metode mutakhir yang digunakan untuk pemetaan pola kekebalan kuman untuk pengendalian infeksi di suatu fasilitas pelayanan kesehatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil genom isolat MRSA klinis melalui pemeriksaan NGS. Metode: Proses sequencing DNA menggunakan Illumina® MiSeq dilakukan pada 92 isolat MRSA klinis yang diperoleh dari pasien yang dirawat di Hiroshima University Hospital, Hiroshima, Jepang sehingga didapatkan masing-masing susunan genom de novo. Susunan genom de novo tersebut kemudian dianalisis in silico menggunakan ResFinder sehingga didapatkan profil genom kekebalan antibiotik kuman. Data ini kemudian dianalisis bersama data fenotip kadar hambat minimum (KHM) GEN, CLI, dan MIN.Hasil: Penelitian ini menunjukkan MRSA aac(6')aph(2")+,spc+, ermA+,tetM+ merupakan isolat terbanyak (42/92) dan memiliki KHM GEN >16 mg/L (40/42), CLI >4 mg/L (26/42) dan MIN >8 mg/L MIN (30/42). Deteksi gen aac(6')aph(2") berhubungan dengan KHM GEN (p<0,001), deteksi gen ermA berhubungan dengan KHM CLI (p<0,001) dan deteksi gen tetM berhubungan dengan KHM MIN (p<0,001). Deteksi bersamaan aac(6')aph(2")-spc-ermA-tetM berkorelasi dengan KHM GEN (φc= 0,398, p <0,001), CLI (φc= 0,448, p <0,001) dan MIN (φc= 0,515, p <0,001). Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan korelasi fenotip KHM dan genotip kekebalan antibiotik GEN, CLI dan MIN pada MRSA. Teknologi NGS berpotensi sebagai uji cepat deteksi kekebalan antibiotik pada kasus infeksi MRSA yang merupakan bagian dari upaya pengendalian infeksi.

---

Background: Gentamicin (GEN), clindamycin (CLI) and minocycline (MIN) are amongst the widely used antibiotic treatments in methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) infection. The emerging next-generation sequencing (NGS) technology provides antibiotic resistance pattern mapping to be inferred as a consideration in healthcare infection control policy. The subjective of this study is to reveal genomic resistome using NGS and to correlate the resistome with the phenotype of antibiotic resistance represented as minimum inhibitory concentration (MIC) between clinically isolated MRSA specimens.Methods: Illumina® MiSeq was used to sequence and to de novo assembly the genomic DNA of 92 MRSA specimens obtained from the patients treated in Hiroshima University Hospital, Hiroshima, Japan. Resistome was determined by feeding the de novo genome assembly to ResFinder annotation tool prior to correlation analysis with MIC data. These procedures were performed during GEN, CLI and MIN susceptibility observation.Results: The aac(6')aph(2")+,spc+, ermA+,tetM+ MRSA strains were revealed to be predominant (42/92) of which were possessing GEN MIC >16 mg/L (40/42), CLI MIC >4 mg/L (26/42) and MIN MIC >8 mg/L MIN (30/42). This study also revealed the correlation of aac(6')aph(2") and GEN MIC (p<0.001), ermA and CLI MIC (p<0.001), and tetM and MIN MIC (p<0.001). Simultaneous detection of aac(6')aph(2")-spc-ermA-tetM was correlated with GEN MIC (φc= 0.398, p <0.001), CLI MIC (φc=0.448, p <0.001), and MIN MIC (φc= 0.515, p <0.001).Conclusions: This study showed correlation between the MIC and resistome of GEN, CLI and MIN in MRSA. The emerging NGS technology provides promising method in rapid detection of antibiotic resistance in MRSA thus feasible for infection control near in the future."