Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Sebanyak sepuluh jenis Smilacaceae ditemukan di Jawa termasuk didalamnya satu jenis baru dan tiga tipifikasi telah dibuat. Batasan setiap jenis termasuk status konservasi dan kunci identifikasi jenis telah diformulasikan. Jawa Barat merupakan pusat persebaran Smilacaceae di Jawa dan Smilax macrocarpa merupakan jenis yang paling banyak dimanfaatkan. Pohon filogenetik dari data morfologi yang dianalisis dengan MP menunjukkan bahwa Smilacaceae bersifat monofiletik. Tingkat keberhasilan amplifikasi dan sekuensing dengan menggunakan penanda molekuler rbcL sebanyak 93.75% diikuti matK (87.5%) dan ITS (81.25%). Semua pohon filogenetik menunjukkan Smilacaceae bersifat monofiletik dan Heterosmilax mengelompok dengan Smilax. Sehingga disarankan Heterosmilax menjadi seksi dari Smilax. Pohon filogenetik berdasarkan data ITS yang dianalisis dengan MP menghasilkan topologi pohon terbaik.  Smilax kotzschii, S. nageliana dan S. zeylanica mengelompok bersama-sama. Smilax micrantha mengelompok bersama dengan jenis Heterosmilax. Jenis baru, Smilax seminamagnifica mengelompok bersama S. macrocarpa. Smilax modesta mengelompok bersama S. odoratissima. Smilax blumei mengelompok bersama S. leucophylla. Topologi pohon ini mirip dengan topologi pohon yang dihasilkan data morfologi dan mendukung konsep dasar kunci identifikasi yang telah dibuat.

---

ABSTARCT
A total of ten species of Smilacaceae are known housed in Java with one newly described species and three typifications have been designated. The circumscriptions for each species were delineated including its conservation status and key to the species was formulated. West Java is the centre distribution of Smilacaceae in Java and Smilax macrocarpa is the most widely used species. A strict consensus tree revealed from morphological characters using MP analysis showed that Smilacaceae is a monophyletic. The rbcL region successly amplified and sequenced 93.75% from the samples followed by matK (87.5%) and ITS (81.25%). The all trees showed that Smilacaceae is a monophyletic and Heterosmilax embedded in Smilax. It was suggested that Heterosmilax was placed as a section under Smilax. Phylogenetic tree based on ITS region using MP is the most resolved tree than the others. Smilax kotzschii, S. nageliana and S. zeylanica clustered together. The prickle-less species, Smilax micrantha clustered together with Heterosmilax species. The newly described species, Smilax seminamagnifica clustered with S. macrocarpa. Smilax modesta clustered with S. odoratissima. Smilax blumei clustered with S. leucophylla. It is more or less similar with phylogenetic tree produced by morphology data and supported the basic concept of identification key.  

Abstrak :
Dari semua spesies Candida yang ada, Candida krusei memiliki resistansi alami terhadap flukonazol, terapi lini pertama pada infeksi jamur. Salah satu faktor resistansi yang ada adalah adanya protein Abc1p yang dikode oleh gen ABC1. Penelitian eksperimental observasional ini menganalisis 16 whole-genome sequence (WGS) dari C. krusei dan membandingkannya terhadap gen ABC1 pada C. krusei lain dan homolognya pada Candid lain yang didapat dari database NCBI dan UniProtKB. Hasil analisis menunjukkan karakteristik dari gen Abc1p yang ditemukan memiliki common ancestor dengan gen serupa pada Candida lain. Hasil analisis juga memprediksi lokasi-lokasi pada sekuens yang diduga memiliki efek perubahan fungsi yang besar jika terjadi mutasi pada titik tersebut. Pemodelan 3D menemukan protein Pdr5 dari S. cerevisiae sebagai protein dengan struktur yang paling mirip dengan Abc1p. ......Of all the Candida species, Candida krusei has a natural resistance to fluconazole, the first line therapy for fungal infections. One of the factors that contributes to C. krusei’s resistance is the Abc1p protein that is coded by the ABC1 gene. This experimental observational study analyzed 16 whole-genome sequences (WGS) of C. krusei and compared them with the ABC1 genes of other C. krusei and its homologues in other Candida species gathered from the NCBI and UniProtKB databases. Results showed the characteristics of the Abc1p gene. A common ancestor among the ABC1p protein and other similar proteins in other Candida species was found. A prediction was also made on the effects an amino acid mutation would have and the location of the mutation. Three-dimensional modeling of the Abc1p protein showed that the protein with the most similar structure is the Pdr5 protein from S. cerevisiase.

Abstrak :
tRNA UAA (trnL) intron have been widely utilised for phylogenetic reconstruction in angiosperm families. Two main helical elemnts of secondary structure of trnL intron (Stem loop regions P6 and P8) contained the most variable sequences across taxa....

Abstrak :
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik dan kekerabatan ikan cupang menggunakan sekuens Cytochrome Oxidase I. Keragaman genetik diketahui menggunakan sekuens Cytochrome Oxidase I. Amplifikasi Cytochrome Oxidase I dilakukan menggunakan primer HCO dan LCO dengan hasil sekuens yang diperoleh berukuran 680 pb. Hasil alignment sekuens menunjukkan keragaman genetik yang kurang signifikan pada B. imbellis, sedangkan pada B. pallifina, B. patoti, dan B. unimaculata menunjukkan keragaman yang cukup signifikan. Tiga spesies ikan cupang dari Kalimantan memiliki kekerabatan yang dekat. Namun demikian, kekerabatan ikan cupang dari Kalimantan dengan ikan cupang dari Sumatera cukup jauh. ...... This study aims to determine the genetic diversity and kinship of fighting fish using Cytochrome Oxidase I. Cytochrome Oxidase I is used to know the genetic diversity of fighting fish. Primer HCO and LCO were used to amplify 680 bp of Cytochrome Oxidase I. The results of sequence alignment showed less significant genetic diversity for B. imbellis, whereas B. pallifina, B. patoti, and B. unimaculata show significant diversity. Three species of fighting fish from Kalimantan are closely related. However, the kinship of fighting fish from Kalimantan with fighting fish from Sumatra are far enough.