Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Indonesia dianggap sebagai salah satu negara penghasil cengkeh terbesar di Indonesia dunia. Namun, saat ini produk yang diekspor sebagian besar masih dalam bentuk mentah rempah-rempah, tidak memiliki nilai jual yang lebih tinggi. Beberapa daerah di Indonesia sudah diproses itu menjadi produk minyak cengkeh, tetapi yang berkualitas rendah. Suatu upaya yang bisa dilakukan untuk meningkatkan kualitas ekspor potensi lokal Indonesia adalah dengan biokonversi eugenol yang terkandung dalam minyak cengkeh menjadi produk penyusun aroma seperti vanillin. Ini Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi molekul bakteri yang diisolasi dari cengkeh tanah perkebunan di Jawa Tengah yang berpotensi untuk dikembangkan sebagai eugenol Bakteri biokonversi dengan menggunakan ech (enoyl coA-hydratase) dan fcs (feruloyl gen coA-synthetase). Analisis in silico dilakukan dengan terlebih dahulu mengumpulkan gen fcs dari basis data DNA pada Genbank untuk merancang ech dan fcs maju dan mundur primer. Bakteri tanah yang dikumpulkan dari perkebunan cengkeh di Jawa Tengah diisolasi menggunakan a media selektif dan DNA genom kemudian diekstraksi. Teknik PCR dilakukan untuk mendeteksi keberadaan gen ech dan fcs yang ditunjukkan oleh band diperkuat dalam isolat. Amplikon yang diperoleh dianalisis menggunakan gel agarosa elektroforesis. Sequencing Sanger DNA dilakukan untuk menentukan spesies bakteri yang ditemukan dalam isolat. Hasil sekuensing DNA kemudian dianalisis menggunakan metode BLAST di NCBI. Berdasarkan hasil penelitian ini, bakteri ditemukan di lahan perkebunan cengkeh di Jawa Tengah diduga positif memiliki gen pemrosesan eugenol, gen fcs. Spesies bakteri yang diidentifikasi terutama Burkholderia sp. Namun lebih banyak pekerjaan yang harus dilakukan dalam upaya untuk mendapatkan amplikon yang lebih spesifik yang mewakili gen ech dan fcs

---

ABSTRACT
Indonesia is considered as one of the largest clove producing countries in the world. However, currently most of the products exported are still in raw form, which has a higher selling value. Some regions in Indonesia have started to become clove oil, but of low quality. An effort that can be done to improving the quality of Indonesia's local export potential by bioconversion of eugenol contained in clove oil into aroma constituent products such as vanillin. This The aim of this research is to discuss the bacteria isolated from clove plantation land in Central Java that were developed to be developed as eugenol Bacteria bioconversion using ech (enoyl coA-hydratase) and fcs (feruloyl coA-synthetase gene). Analysis in silico is carried out by first collecting the fcs gene from the DNA database on Genbank for primary and backward ech and primary approval. Soil bacteria collected from clove plantations in Central Java were isolated using selective media and the DNA genome was then extracted. The PCR technique was carried out to replace the ech and fcs genes that were approved by the band supported in isolates. The amplicons obtained were analyzed using agarose electrophoretic gel. Sanger DNA sequencing was carried out to determine the bacterial species found in the isolates. The DNA sequencing results were then analyzed using the BLAST method at NCBI. Based on the results of this study, bacteria found in clove plantations in Central Java tested positive for having a gene that supports eugenol, the fcs gene. The protected bacterial species are mainly Burkholderia sp. More work needs to be done in an effort to get more specific amplicons that represent ech and fcs genes

Abstrak :
Potensi Indonesia sebagai salah satu penghasil minyak cengkeh terbesar di dunia didukung dengan pengembangan perkebunan cengkeh di Indonesia. Sulawesi Utara merupakan provinsi penghasil minyak cengkeh di Indonesia. Desa Liandok yang berada pada kabupaten Minahasa Selatan, provinsi Sulawesi Utara memiliki area perkebunan cengkeh yang luas. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi gen ech dan gen fcs pada bakteri tanah dari perkebunan cengkeh Desa Liandok, Minahasa Selatan. Bakteri tanah dari perkebunan cengkeh di Desa Liandok, Minahasa Selatan diisolasi dengan beberapa medium selektif. Ektraksi DNA dilakukan dengan menggunakan Geneaid PrestoTM Mini gDNA Bacteria Kit. Isolasi genom dari ekstraksi DNA dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa. Primer forward dan primer reverse didesain dengan multiple alignment sekuens yang menyandi gen ech dan gen fcs dari bakteri Pseudomonas sp. pada data NCBI GenBank. Analisis PCR dilakukan melalui primer forward dan primer reverse untuk mendeteksi gen ech dan gen fcs pada isolat. Selanjutnya, amplikon dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa untuk menunjukan pita pada daerah gen ech dan gen fcs. Analisis secara molekuler dilakukan dengan mengamplifikasi gen 16S rRNA dengan metode PCR menggunakan primer universal 27F dan 534R dan dilanjutkan dengan sekuensing terhadap gen 16S rRNA. Langkah terakhir, yaitu dilakukan analisis hasil sekuensing menggunakan metode BLAST di NCBI. Keberadaan gen ech dan gen fcs pada isolat bervariasi. Sembilan isolat dari total 22 isolat memiliki gen ech dan gen fcs. Hasil BLAST terhadap urutan nukleotida gen 16S rRNA dari tiga isolat yang disekuensing mempunyai kesamaan 99% dengan bakteri Pseudomonas nitroreducens dan satu isolat mempunyai kesamaan 96% dengan Pseudomonas denitrificans. Sebagai kesimpulan, bakteri tanah pada perkebunan cengkeh di Desa Liandok, Minahasa Selatan memiliki gen ech dan gen fcs yang berpotensi untuk melakukan konversi eugenol menjadi vanillin.

---

Indonesias potential as worlds largest clove oil producer is supported by the development of clove plantations in Indonesia. North Sulawesi is a province that playing the biggest role in producing clove oil in Indonesia. Desa Liandok is located in Minahasa Selatan, North Sulawesi which has a large areal of clove oil plantation. This study was aimed to characterize ech and fcs genes in soil bacteria from clove plantation in Desa Liandok, South Minahasa which has the potential to bioconvert eugenol to vanillin. The soil bacteria from clove plantations in Desa Liandok, South Minahasa was isolated using selective mediums. DNA extraction was carried out using Geneaid PrestoTM Mini gDNA Bacteria Kit. The isolated genomes from DNA extraction were analyzed and carried out by agarose gel electrophoresis. Both primers for PCR were designed by aligning multiple ech and fcs genes sequences of Pseudomonas sp. in NCBI GenBank data. PCR analysis was performed within forward and reverse primers to detect ech and fcs genes in the isolate. Furthermore, the amplicons was analyzed using agarose gel electrophoresis to show ech and fcs genes bands. Molecular analysis was carried out by amplifying the 16S rRNA gene with the PCR method using universal primers 27F and 534R and continued with sequencing of the 16S rRNA gene. The last step was to analyze the result of DNA sequencing using BLAST method in NCBI. The existence of ech and fcs genes in each isolate were varied. BLAST analysis against nucleotide sequence of the 16S rRNA gene from three isolates that were sequenced possess 99% similarities with Pseudomonas nitroreducens and one isolate possesses 96% similarities with Pseudomonas denitrificans. Nine out of 22 isolates contained both fcs and ech genes. To conclude, soil bacterias in clove plantation in Desa Liandok, South Minahasa have ech and fcs genes which have the potential to bioconvert eugenol to vanillin.