Ditemukan 4 dokumen yang sesuai dengan query
Nidya Sutanto
Abstrak :
Kanker serviks yang banyak menyerang wanita di dunia disebabkan oleh human papillomavirus. Gen Late-2 (L2) human papillomavirus adalah gen yang menyandi protein kapsid minor dan memiliki daerah conserved yang mampu menginduksi cross-neutralizing antibodies. Penelitian bertujuan memperoleh klona gen L2. Gen L2 diamplifikasi menggunakan primer L2F (forward) dan L2R (reverse) serta diligasi dengan vektor pBluescript II KS (+) yang sebelumnya didigesti dengan enzim NotI. Hasil ligasi ditansformasi menggunakan metode kejutan panas ke dalam Escherichia coli TOP10 yang sebelumnya telah dibuat menjadi kompeten. Hasil efisiensi transformasi adalah 5,8 x 105 cfu/μg. Hal tersebut menunjukkan E. coli cukup kompeten karena berada pada kisaran antara 5 x 105—2 x 107 cfu/μg.
Hasil transformasi ditumbuhkan dalam medium LB agar berampisilin yang telah ditambahkan X-gal dan IPTG. Sebanyak lima koloni putih dan 10 koloni biru tumbuh dalam medium, namun tak satupun koloni putih tersebut membawa plasmid rekombinan. Hasil analisis menunjukkan gen L2 belum berhasil diklona. Adanya koloni putih kemungkinan disebabkan mutasi, sedangkan sedikitnya koloni yang tumbuh disebabkan proses ligasi yang tidak berhasil.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2010
S31616
UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library
Tanaya Subiantistha
Abstrak :
ABSTRACT
Indonesia merupakan salah satu wilayah endemik dari penyakit demam berdarah dengue (DBD). Negara ini memiliki jumlah infeksi dengue yang tinggi, dan terus meningkat setiap tahunnya. Oleh karena itu, mulai dilakukan pengembangan diagnostik dengue untuk menekan angka kematian dari infeksi dengue tersebut. Pengembangan diagnostik dengue dilakukan untuk menghasilkan kit antibodi dengan harga terjangkau dan mudah dalam produksinya. Pengembangan tersebut dilakukan dengan mengkloning fragment antigen binding (Fab) rantai berat (HC) dan rantai ringan (LC) yang berasal dari sel hibridoma 44F. Sel hibridoma 44F diproduksi dengan induksi sel rekombinan CHO-K1 yang kemudian digunakan untuk menghasilkan anti-NS1 dari virus dengue 3 (DENV-3) yang berasal dari Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh Fab 44F HC dan LC yang telah teramplifikasi serta transforman Escherichia coli TOP10 yang mengandung Fab 44F HC dan LC. Kloning Fab 44F HC dan LC dilakukan dengan menggunakan pGEM-T Easy dan sel inang Escherichia coli TOP10 dengan teknik heat shock, kemudian Fab 44F HC dan LC diverifikasi dengan proses isolasi plasmid rekombinan, digesti plasmid rekombinan, PCR plasmid, dan sekuensing. Hasil dari kloning tersebut menunjukkan Fab 44F HC dan LC berhasil teramplifikasi dan terverifikasi dengan ukuran 650 bp dan transforman E. coli TOP10 mengandung 44F HC dan LC berhasil diperoleh. Berdasarkan hasil tersebut kloning gen rantai penyusun Fab 44F telah berhasil dilakukan dengan menggunakan plasmid pGEM-T Easy.
ABSTRACT
Indonesia is one of the endemic areas of dengue hemorrhagic fever (DHF). It has a high number of dengue infections and continues to increase every year. Therefore, the development of dengue diagnostics had been started with the aim of reducing the mortality rate of dengue infections. Dengue diagnostic development is carried out to produce antibody kits at affordable prices and are easy to produce. The development was carried out by cloning heavy chain (HC) and light chain (LC) fragments of antigen derived from 44F hybridoma cell which was then used to produce anti-NS1 from dengue virus 3 (DENV-3) originating from Indonesia. This study aimed to obtain Fab 44F HC and LC that have been amplified and Escherichia coli TOP10 transformants containing Fab 44F HC and LC. Cloning of Fab 44F HC and LC was performed using pGEM-T Easy and host cells of E. coli TOP10 with heat shock technique. Furthermore, Fab 44F HC and LC were verified by recombinant plasmid isoation, recombinant plasmid digestion, plasmid PCR, and sequencing. The results of the cloning showed Fab 44F HC and LC were successfully amplified and verified with a size of 650 bp and the E. coli TOP10 transformants containing 44F HC and LC were successfully obtained. Based on these results, the cloning of gene composing Fab chain was successfully carried out using pGEM-T Easy plasmid.
2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library
Aprila Suprihendina
Abstrak :
Keamanan dari vaksin terapetik untuk kanker serviks yang didasarkan pada antigen HPV E6 perlu dipastikan dengan uji interaksi antara vaksin dan protein p53. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan plasmid rekombinan untuk ekspresi protein rekombinan p53 yang akan digunakan dalam uji interaksi. Enzim RevertAid dan primer random hexamer digunakan untuk mendapatkan cDNA dari sel HeLa yang akan digunakan sebagai cetakan PCR dengan menggunakan enzim Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity dan primer p53 spesifik. Produk PCR yang dihasilkan sebesar 1204 bp yang mengandung gen p53 dengan adanya penambahan situs restriksi endonuklease SalI dan PstI. Setelah pemotongan dengan enzim SalI dan PstI, produk PCR diligasi dengan plasmid pQE-80L yang juga sudah dipotong dengan enzim yang sama. Campuran ligasi digunakan untuk transformasi ke dalam Escherichia coli TOP10. Keberadaan fragmen DNA p53 yang berhasil dimasukkan ke dalam plasmid rekombinan yang sudah berada di dalam transforman diverifikasi menggunakan PCR, pemotongan DNA rekombinan, dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen p53 manusia berhasil diklon ke pQE-80L dengan adanya mutasi pada urutan basa nukleotida ke-386.
In order to confirm the safety of a therapeutic vaccine for cervical cancer that is based on HPV E6 antigen, an interaction assay between the vaccine and the p53 protein is required. The aim of this study is to obtain a recombinant plasmid for expression of p53 recombinant protein that will be used in the interaction assay. The RevertAid enzyme and random hexamer primer was employed to obtain cDNA from HeLa cell that will be used as template in PCR using the Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity enzyme and p53 specific primer set, to generate a 1204 bp PCR product containing the p53 gene, with flanking SalI and PstI endonuclease restriction sites. Following restriction with SalI and PstI enzyme, the PCR product was ligated with the plasmid pQE 80L that has been linearized by restriction with the same enzymes. The ligation mixture was used for transformation of Escherichia coli TOP10. The presence of the inserted p53 DNA fragment in the recombinant plasmid harboured by the transformants was verified using PCR, digestion of recombinant plasmids, and sequencing. The results showed that the human p53 gene was successfully cloned into pQE 80L with a mutation at position 386 of the p53 nucleotide base sequence.
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2017
S68628
UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library
Alfina Fauzanida Rahmani
Abstrak :
Infeksi dengue merupakan salah satu masalah utama kesehatan di dunia, termasuk di Indonesia. Angka kejadian demam berdarah dengue di Indonesia terus meningkat sejak tahun 1968 sampai tahun 2013. Akan tetapi, laju kematian atau case fatality ratio akibat demam berdarah dengue mengalami penurunan karena adanya deteksi infeksi dengue secara dini menggunakan antibodi monoklonal dan protein biomarka non-struktural 1 (NS1). Pengembangan antibodi monoklonal dengan teknologi hibridoma sebagai bahan baku kit diagnostik dengue terkendala masalah biaya produksi yang mahal dan waktu produksi yang relatif lama, sehingga dibutuhkan alternatif lain seperti pengembangan antibodi rekombinan. Penelitian ini dilakukan untuk memperbanyak gen rantai berat (heavy chain) dan rantai ringan (light chain) penyusun fragment antigen binding (Fab) rekombinan dari sel hibridoma lokal 71E2 yang telah diinduksi dengan virus dengue sehingga diharapkan mampu mensekreksikan antibodi anti-NS1. Gen heavy chain dan light chain diamplifikasi dengan menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR), kemudian divisualisasi dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa. Produk PCR gen heavy chain menghasilkan pita berukuran 600 bp, sedangkan produk PCR gen light chain menghasilkan pita berukuran 350 bp. Plasmid rekombinan yang terdiri atas gen heavy chain/light chain dan vektor pTA2 ditransformasi ke dalam Escherichia coli TOP10 dengan menggunakan metode heat shock. Teknik PCR, digesti, dan sekuensing digunakan untuk mengkonfirmasi keberadaan gen target pada plasmid rekombinan. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa gen heavy chain dan light chain yang berasal dari sel hibridoma 71E2 berhasil dikloning pada vektor pTA2 di dalam E. coli TOP10. Akan tetapi, diperlukan studi lebih lanjut untuk mengevaluasi kemampuan ekspresi Fab rekombinan yang tersusun atas gen heavy chain dan light chain hasil kloning sebagai material penting dalam pengembangan kit diagnostik dengue.
Dengue infection is one of major health problem which spread worldwide including in Indonesia. The dengue hemorrhagic fever (DHF) incidence in Indonesia increased rapidly from 1968 until 2013. However, the case fatality ratio decreased during the same period due to early detection of dengue infection by using monoclonal antibody and non-structural 1 (NS1) protein biomarker. The development of monoclonal antibody with hybridoma technology as raw material for dengue diagnostic kit was constrained by the expensive production costs and relatively long production time so that other alternatives are needed such as the development of recombinant antibody. This early study was conducted to clone heavy chain and light chain gene of recombinant fragment antigen binding (Fab) using local hybridoma cell 71E2 secreting monoclonal antibody anti-NS1 which was induced by dengue virus. The heavy chain and light chain gene of Fab were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and then visualized by agarose gel electrophoresis. Heavy chain PCR product produces a band at 600 bp, while light chain PCR product produces a band at 350 bp. The recombinant plasmid that consists of the gene and pTA2 vector were transformed to Escherichia coli TOP10 using heat shock method. Polymerase chain reaction, digestion, and sequencing method then used to confirm the gene insertion in the recombinant plasmid. The results showed that the heavy chain and light chain gene from hybridoma cell 71E2 were successfully cloned on the pTA2 vector in E. coli TOP10. However, further study should be conducted to evaluate the expression of the recombinant Fab from heavy chain and light chain gene as a valuable material in the development of dengue diagnostic kit.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library
